genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  56  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15916811--15916926	43	2.7	42	81	6	135	28	25	15	30	1.96
15920375--15920489	44	2.7	42	72	17	96	24	22	22	30	1.99
15924370--15924488	23	5.1	23	87	7	161	31	20	17	30	1.96
15924547--15924623	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
15924543--15924625	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
15924543--15924614	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
15924662--15924709	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
15925883--15925957	27	2.8	27	77	0	87	30	9	21	38	1.85
15925950--15926152	81	2.5	81	89	1	291	39	7	23	29	1.82
15925950--15926152	27	7.5	27	86	0	244	39	7	23	29	1.82
15928531--15928605	23	3.1	25	86	9	120	28	21	20	30	1.98
15928663--15928739	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
15928659--15928741	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
15928659--15928730	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
15928778--15928825	25	1.9	25	82	0	60	27	16	22	33	1.96
15930064--15930402	27	12.6	27	85	3	416	39	9	23	28	1.85
15941551--15941718	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
15949618--15949784	40	4.2	40	80	3	194	25	21	27	25	1.99
15955556--15955722	40	4.2	38	81	9	167	23	25	22	28	1.99
15955573--15955722	78	1.9	80	84	5	207	23	25	22	28	1.99
15963580--15963747	40	4.2	40	80	5	173	23	26	21	28	1.99
15970404--15970521	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15970372--15970535	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
15982827--15983189	46	7.7	48	72	11	227	22	29	19	28	1.98
15982829--15983184	94	3.8	93	78	10	291	23	29	19	28	1.98
15988057--15988222	86	1.9	86	92	0	278	18	13	32	35	1.90
15990703--15990769	27	2.5	27	77	0	71	29	16	19	34	1.94
15997681--15997820	43	3.3	41	83	6	163	30	20	17	31	1.95
16002026--16002097	29	2.5	29	79	6	74	23	19	20	36	1.95
16002819--16002866	24	2.0	24	91	0	78	39	12	12	35	1.81
16004139--16004186	17	2.6	18	75	15	53	79	2	14	4	0.98
16004658--16004719	30	2.1	29	96	3	115	37	12	27	22	1.91
16005376--16005509	29	4.6	29	85	3	151	27	15	32	24	1.96
16005376--16005458	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
16005372--16005508	60	2.3	58	81	6	152	28	15	31	24	1.95
16018498--16018681	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16018538--16018726	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
16026921--16027023	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
16030794--16030908	23	4.9	23	79	6	90	39	15	20	24	1.92
16031168--16031227	31	1.9	31	100	0	120	35	25	10	30	1.88
16040050--16040120	27	2.6	27	86	0	106	50	26	4	18	1.65
16040139--16040264	27	5.0	27	69	18	108	37	17	18	26	1.93
16040947--16040998	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
16041037--16041096	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16044189--16044291	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
16051985--16052087	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
16053926--16054023	27	3.6	27	94	0	169	45	24	6	23	1.75
16054035--16054228	54	3.6	54	81	2	230	37	17	18	27	1.93
16054035--16054229	81	2.4	80	83	5	241	36	17	17	27	1.93
16054035--16054229	27	7.3	27	84	0	194	36	17	17	27	1.93
16054960--16055015	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
16058778--16058897	28	4.2	28	79	5	134	26	13	35	25	1.93
16063442--16063542	28	3.6	28	82	4	123	25	13	35	24	1.93
16066547--16066744	71	2.8	70	90	3	276	34	17	27	20	1.95
16066581--16066744	71	2.3	71	96	0	301	35	17	27	18	1.94
16067871--16068002	23	5.8	23	75	12	110	27	18	17	36	1.94
16067844--16068001	46	3.4	43	81	11	147	27	19	17	34	1.95
16070692--16070920	40	5.7	40	86	5	293	24	23	27	25	2.00
16070689--16070920	82	2.9	80	87	5	310	24	22	27	25	2.00
16078603--16078880	40	6.8	40	86	6	335	24	22	26	26	2.00
16078603--16078882	83	3.4	83	87	3	397	24	22	26	26	2.00
16080710--16080786	38	2.0	38	89	0	118	20	23	24	31	1.98
16083262--16083293	16	2.0	16	100	0	64	12	18	12	56	1.67
16097745--16097773	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
16099328--16099478	40	3.8	39	84	2	151	23	27	22	26	2.00
16099328--16099478	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16100300--16100345	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16107314--16107479	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
16108302--16108347	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16116359--16116552	96	2.0	96	89	2	300	12	30	15	40	1.85
16129626--16129756	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
16129643--16129793	40	3.8	40	83	6	164	24	25	21	28	1.99
16134840--16134914	37	2.1	35	80	14	82	5	29	1	64	1.24
16135940--16136003	28	2.3	27	94	2	110	34	28	7	29	1.85
16136109--16136196	26	3.2	27	79	14	101	20	25	22	31	1.98
16136119--16136207	29	3.2	28	81	7	85	22	26	19	31	1.97
16143758--16143822	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
16143928--16144017	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
16143928--16144042	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
16144832--16144895	19	3.1	21	86	6	60	35	18	10	34	1.86
16144849--16144895	19	2.3	21	92	7	80	36	17	8	38	1.80
16144872--16144919	14	3.4	14	73	21	55	33	16	12	37	1.86
16145687--16145741	27	2.0	27	92	0	92	47	3	7	41	1.49
16145692--16145752	27	2.5	24	86	10	79	49	3	6	40	1.45
16146905--16147044	57	2.4	57	79	8	142	29	18	18	33	1.95
16153413--16153534	50	2.4	51	83	1	138	27	15	26	31	1.96
16164193--16164267	25	3.2	25	66	14	77	33	2	25	38	1.70
16164191--16164282	46	2.0	46	100	0	184	36	2	23	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16167846--16167923	28	2.8	28	86	7	113	29	24	10	35	1.88
16170283--16170383	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
16170312--16170383	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
16178339--16178439	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
16178368--16178439	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
16181272--16181420	57	2.6	57	74	8	142	30	22	17	28	1.97
16182763--16182847	43	2.0	43	90	0	134	24	11	25	37	1.90
16187709--16187736	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16189597--16189706	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
16189597--16189746	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
16196406--16196559	65	2.3	66	83	3	204	33	23	22	21	1.98
16197692--16197753	28	2.1	30	94	5	110	22	29	4	43	1.74
16197703--16197764	29	2.2	28	88	2	88	27	30	4	37	1.78
16200439--16200540	44	2.4	44	81	3	109	36	21	10	31	1.88
16202446--16202551	27	3.9	27	82	0	122	27	14	18	39	1.89
16207114--16207311	80	2.5	80	84	6	258	26	18	26	28	1.98
16207114--16207311	40	4.9	40	86	3	231	26	18	26	28	1.98
16209121--16209219	27	3.7	27	84	0	126	26	14	19	40	1.89
16209532--16209611	34	2.3	35	80	4	92	30	22	20	27	1.98
16212657--16212754	27	3.6	27	85	0	97	22	13	19	44	1.85
16212648--16212754	54	2.0	55	81	1	126	25	13	18	42	1.86
16216628--16216770	40	3.6	40	89	5	211	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16221313--16221472	29	5.5	29	84	1	187	26	16	31	25	1.97
16228365--16228828	27	17.2	27	84	4	578	27	23	9	39	1.85
16228833--16229028	27	7.3	27	85	0	248	35	19	19	25	1.95
16229227--16229309	27	3.1	26	86	5	85	20	20	21	37	1.95
16229404--16229455	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
16229620--16229693	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
16229811--16229912	6	16.8	6	77	17	104	19	17	13	49	1.80
16229811--16229912	30	3.4	30	90	6	161	19	17	13	49	1.80
16231419--16231574	42	3.7	41	83	3	186	30	13	24	31	1.93
16232266--16232321	27	2.1	27	100	0	112	17	3	30	48	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318