genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4516500--4516547	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
4516571--4516653	42	2.0	42	92	0	139	27	10	16	44	1.81
4519231--4519275	23	2.0	22	82	4	54	53	0	6	40	1.27
4526261--4526308	18	2.5	20	77	16	57	41	2	2	54	1.24
4526327--4526355	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
4526993--4527080	41	2.2	40	83	6	106	47	4	1	46	1.30
4528093--4528147	27	2.0	27	100	0	110	25	29	10	34	1.90
4533463--4533547	32	2.6	33	87	5	120	40	12	14	32	1.84
4535784--4535808	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
4537446--4537480	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
4541439--4541538	21	4.9	21	67	9	53	45	2	1	52	1.19
4547370--4547410	21	1.9	22	85	5	57	70	0	21	7	1.11
4555163--4555567	130	3.1	130	90	1	627	27	16	19	36	1.93
4557751--4557810	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
4563024--4563065	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
4569264--4569320	30	1.9	30	89	7	89	21	31	29	17	1.96
4571111--4571161	6	8.5	6	93	0	84	62	0	19	17	1.32
4571111--4571161	18	2.8	18	93	0	93	62	0	19	17	1.32
4574560--4574606	23	2.0	23	91	0	76	46	17	14	21	1.83
4584362--4584454	17	5.3	17	73	25	77	29	48	1	21	1.57
4584414--4584439	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
4584931--4584974	23	2.0	22	86	4	61	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4585014--4585044	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
4585032--4585070	21	1.9	20	84	5	51	28	5	7	58	1.47
4585233--4585257	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
4587440--4587485	19	2.4	19	85	7	58	19	19	15	45	1.85
4588866--4588899	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
4593074--4593143	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
4593152--4593258	42	2.5	42	96	0	196	22	32	14	30	1.93
4609619--4609744	64	2.0	65	87	1	182	26	18	19	35	1.95
4609820--4610268	133	3.4	133	87	0	639	29	19	20	31	1.97
4610085--4610444	176	2.0	177	88	4	541	30	20	20	30	1.97
4610262--4610710	133	3.4	132	92	2	713	28	20	21	29	1.98
4610437--4610646	45	4.7	45	67	17	159	26	20	22	30	1.98
4609806--4611249	442	3.3	438	88	2	2037	29	19	20	29	1.98
4610658--4610756	44	2.2	44	83	3	128	31	21	19	28	1.97
4610527--4611031	177	2.8	175	85	6	671	28	20	21	29	1.98
4609995--4611249	310	4.1	310	83	6	1172	29	20	21	29	1.98
4610615--4610937	133	2.4	133	82	3	357	28	20	20	30	1.98
4610747--4611001	45	5.7	45	73	10	218	27	20	22	29	1.98
4610260--4610784	266	2.0	265	84	7	681	29	20	21	28	1.98
4610704--4610956	133	1.9	133	93	0	434	29	19	21	30	1.97
4611230--4611266	17	2.2	17	100	0	74	18	27	16	37	1.92
4611185--4611311	62	2.0	62	92	3	211	25	21	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4611596--4611630	17	2.1	17	100	0	70	28	54	0	17	1.43
4611596--4611715	42	2.9	41	86	10	156	31	45	1	20	1.61
4612305--4612349	16	2.9	15	78	18	56	26	2	8	62	1.37
4614596--4614684	3	29.7	3	97	0	169	0	31	0	68	0.90
4615842--4615880	20	2.0	20	84	0	51	33	17	17	30	1.94
4618071--4618104	17	2.0	17	88	0	50	44	20	20	14	1.87
4628863--4628933	37	1.9	37	100	0	142	43	11	16	28	1.83
4636759--4636802	6	7.3	6	100	0	88	34	0	15	50	1.45
4638913--4638950	16	2.3	17	90	4	60	60	0	10	28	1.30
4639349--4639591	3	81.0	3	72	13	137	62	3	5	29	1.33
4643029--4643070	15	2.6	16	85	7	50	57	2	0	40	1.12
4643051--4643104	22	2.5	21	73	8	54	62	5	0	31	1.18
4643942--4643973	11	2.9	11	100	0	64	18	18	0	62	1.33
4644398--4644479	16	5.3	15	77	10	60	56	0	4	39	1.21
4644516--4644564	15	3.1	15	88	5	62	69	2	26	2	1.10
4644502--4644564	16	3.9	16	74	14	58	68	3	25	3	1.19
4646370--4646520	53	2.8	53	88	4	205	26	15	27	29	1.96
4648531--4648654	65	1.9	65	81	6	153	20	29	21	28	1.98
4651531--4651587	22	2.6	22	100	0	114	24	31	29	14	1.94
4656414--4656448	14	2.6	13	82	8	52	68	8	5	17	1.35
4659646--4659818	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
4659646--4659815	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4666652--4666824	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
4666652--4666821	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
4673339--4673409	36	2.0	36	97	0	133	52	8	21	18	1.71
4676822--4676861	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
4680457--4680979	132	4.0	133	84	3	612	28	19	18	34	1.95
4680457--4680975	263	2.0	264	82	3	634	28	19	18	33	1.95
4684622--4684655	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
4686232--4686261	6	4.8	6	95	4	51	83	0	0	16	0.65
4686378--4686430	20	2.6	20	80	11	63	30	11	0	58	1.33
4688238--4688273	15	2.4	15	95	0	63	30	13	0	55	1.39
4691883--4691989	42	2.5	42	86	3	144	27	21	26	25	1.99
4696363--4696428	28	2.3	28	76	10	71	66	25	4	3	1.25
4696635--4696673	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
4696720--4696770	12	4.0	12	77	20	50	72	3	0	23	1.01
4697209--4697310	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
4699006--4699041	12	3.0	12	91	0	54	30	27	2	38	1.71
4704069--4704208	46	3.0	46	86	2	183	40	14	23	21	1.90
4710769--4710883	61	1.9	61	98	0	221	33	17	26	22	1.96
4710693--4710963	137	2.0	137	85	5	370	29	17	24	28	1.97
4710827--4711480	170	3.9	169	90	3	867	29	19	20	31	1.97
4711055--4711245	93	2.1	92	83	4	233	26	20	18	35	1.95
4711146--4711322	77	2.3	77	87	2	237	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4711225--4711415	93	2.1	91	86	2	256	27	20	17	35	1.95
4711316--4711551	77	3.1	76	84	7	246	27	18	21	32	1.97
4711414--4711669	139	1.9	135	88	4	388	31	17	24	26	1.97
4711554--4711694	73	1.9	73	89	5	221	31	18	22	27	1.97
4710996--4712271	553	2.3	552	86	8	1703	28	19	20	31	1.97
4711720--4711865	75	1.9	76	87	4	213	32	19	21	26	1.97
4711778--4711958	93	1.9	93	83	6	233	25	21	19	33	1.97
4711870--4712045	77	2.3	77	87	3	237	27	21	17	34	1.95
4711553--4712340	169	4.9	166	86	8	879	29	19	20	30	1.97
4711948--4712137	92	2.1	91	87	3	265	26	21	16	35	1.94
4712042--4712387	76	4.7	74	81	12	335	29	18	22	29	1.98
4712136--4712409	138	2.0	137	88	8	405	30	17	24	27	1.97
4712274--4712415	74	1.9	74	89	5	223	31	18	22	27	1.97
4712438--4712817	76	4.8	77	76	13	283	28	19	22	29	1.98
4710693--4713304	721	3.6	721	91	5	3929	29	18	21	30	1.97
4712273--4712813	168	3.3	164	85	9	684	29	19	21	29	1.98
4712517--4712686	90	1.9	92	82	4	220	27	22	20	30	1.98
4712589--4712813	77	3.0	75	86	5	267	27	19	22	30	1.98
4711720--4713826	549	3.8	550	95	2	3696	29	19	21	30	1.97
4712685--4712939	138	1.9	137	90	4	399	30	17	25	26	1.97
4712989--4713137	77	1.9	78	88	2	228	34	18	21	26	1.96
4712821--4713317	169	2.9	168	88	5	698	29	18	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4713069--4713240	92	1.9	92	82	4	222	26	21	19	31	1.97
4713145--4713371	75	3.0	74	85	5	267	27	19	22	30	1.98
4713316--4713430	61	1.9	61	98	0	221	33	17	26	22	1.96
4713545--4713685	73	1.9	74	88	2	212	29	18	23	29	1.98
4713374--4714024	176	3.8	168	89	5	841	29	19	19	31	1.97
4713618--4713788	93	1.8	93	82	2	218	27	20	18	33	1.96
4713689--4713849	77	2.1	78	86	2	225	29	21	18	31	1.96
4713768--4713948	99	1.8	99	89	0	281	25	20	18	34	1.96
4713867--4714357	77	6.3	77	75	14	373	29	17	18	34	1.94
4713944--4714241	80	3.7	81	75	15	267	30	15	18	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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