genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67032517--67032647	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
67040298--67040428	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
67040298--67040428	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
67049209--67049242	5	6.8	5	100	0	68	20	20	17	41	1.91
67049359--67049417	26	2.2	27	81	6	75	40	18	13	27	1.88
67051328--67051364	18	2.1	18	100	0	74	48	16	5	29	1.68
67060771--67060809	16	2.4	16	91	0	60	46	17	23	12	1.83
67060780--67060814	16	2.2	16	94	0	61	48	14	22	14	1.79
67061030--67061141	28	4.0	29	80	4	122	29	15	27	27	1.96
67063064--67063105	21	2.0	21	85	0	57	28	9	30	30	1.89
67065493--67065538	23	2.0	23	95	0	83	56	8	15	19	1.65
67085307--67085609	150	2.0	150	98	0	579	21	31	25	21	1.98
67086870--67086899	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
67087071--67087226	42	3.7	42	83	2	186	29	25	16	29	1.96
67091395--67091449	25	2.2	24	87	9	83	40	3	18	38	1.68
67099829--67099873	20	2.3	19	84	3	54	24	0	11	64	1.26
67106296--67106330	5	6.8	5	96	3	61	17	0	0	82	0.66
67114705--67114919	49	4.4	49	97	0	412	28	9	32	29	1.88
67115021--67115142	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
67118756--67118886	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
67130550--67130680	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
67138652--67138773	29	4.2	29	90	0	172	32	15	27	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67149353--67149377	10	2.5	10	100	0	50	20	40	20	20	1.92
67149732--67149894	43	3.8	43	79	9	154	30	27	17	24	1.97
67149780--67149899	42	2.8	40	80	13	132	32	27	15	24	1.96
67157252--67157418	86	2.0	85	80	8	187	35	28	13	22	1.92
67160622--67160806	39	4.7	39	84	0	262	31	21	13	33	1.92
67165055--67165110	28	2.0	28	100	0	112	39	7	10	42	1.67
67168315--67168374	29	2.0	30	83	3	77	30	23	8	38	1.84
67173631--67173766	68	2.0	67	85	5	184	36	19	11	32	1.88
67178374--67178540	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
67178374--67178540	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
67179365--67179410	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
67186383--67186549	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
67186383--67186549	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
67187374--67187419	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
67196869--67196947	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
67197592--67197638	2	23.5	2	91	0	76	46	2	2	48	1.25
67201147--67201361	40	5.5	40	90	6	307	23	23	27	25	2.00
67201143--67201361	78	2.8	78	88	6	311	24	22	26	25	2.00
67209189--67209410	40	5.6	40	89	3	297	25	22	26	25	2.00
67212710--67212741	9	3.8	9	84	16	50	56	37	0	6	1.25
67212710--67212741	16	2.0	16	100	0	64	56	37	0	6	1.25
67214013--67214066	16	3.4	16	84	0	72	46	20	22	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67214017--67214063	8	5.9	8	79	0	58	42	21	23	12	1.87
67214013--67214066	24	2.2	24	81	15	67	46	20	22	11	1.82
67214282--67214393	29	3.9	29	85	6	140	26	14	30	28	1.95
67214290--67214405	57	2.0	57	86	3	162	25	14	31	28	1.95
67216126--67216313	49	3.8	49	78	2	214	30	26	17	26	1.97
67216136--67216318	100	1.8	100	92	0	312	30	26	17	25	1.97
67219865--67219957	27	3.4	26	85	8	123	18	25	19	36	1.94
67221867--67222023	43	3.7	43	78	8	176	30	27	19	22	1.98
67221867--67222023	86	1.8	85	85	6	219	30	27	19	22	1.98
67224117--67224168	20	2.6	20	96	0	95	17	32	30	19	1.95
67237437--67237643	67	3.2	64	76	9	195	31	16	28	22	1.96
67244045--67244087	16	2.7	16	88	0	68	48	16	23	11	1.78
67244297--67244354	28	2.0	29	86	3	82	25	12	32	29	1.92
67247278--67247444	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
67262143--67262309	46	3.6	44	73	18	135	23	20	26	29	1.99
67262136--67262305	93	1.8	93	85	2	243	24	20	26	28	1.99
67263886--67263949	29	2.2	29	97	0	119	17	26	9	46	1.78
67264016--67264268	53	4.8	53	76	6	212	22	24	16	35	1.95
67265958--67266083	46	2.8	43	84	7	144	30	21	26	20	1.98
67266003--67266316	49	6.6	49	76	8	186	27	19	28	24	1.99
67266003--67266316	142	2.2	145	80	10	364	27	19	28	24	1.99
67268679--67268742	27	2.4	27	91	0	101	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67271049--67271176	43	3.0	43	92	5	201	32	22	13	31	1.92
67271058--67271184	40	3.1	40	92	5	193	32	22	13	31	1.93
67271255--67271413	43	3.7	42	79	5	158	33	27	14	23	1.94
67271306--67271417	44	2.6	43	87	7	147	36	28	12	22	1.91
67276320--67276489	46	3.7	45	79	9	193	22	21	27	28	1.99
67283828--67283998	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	26	1.99
67283832--67284003	46	3.7	46	75	13	181	22	22	27	27	1.99
67288883--67288982	47	2.1	47	86	0	137	33	10	29	28	1.89
67288952--67289139	102	1.8	102	96	0	349	36	6	24	31	1.82
67288952--67289139	50	3.7	50	94	2	331	36	6	24	31	1.82
67289289--67289471	37	4.9	37	96	0	330	23	19	32	25	1.97
67296826--67296890	7	9.3	7	87	0	85	18	0	33	47	1.49
67298727--67298786	24	2.5	24	94	0	102	40	26	13	20	1.89
67300869--67301050	51	3.6	50	83	5	215	28	28	14	29	1.96
67302096--67302121	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
67303784--67303945	42	3.9	42	79	3	146	28	22	19	29	1.98
67303784--67303945	84	1.9	84	82	2	200	28	22	19	29	1.98
67304824--67304950	54	2.3	55	81	6	134	19	32	23	24	1.98
67307929--67308227	29	10.2	28	73	12	149	24	25	13	37	1.91
67307908--67308227	88	3.6	88	87	4	455	23	25	13	36	1.92
67307908--67308176	59	4.6	57	73	12	204	23	26	14	36	1.93
67307951--67308210	59	4.4	59	76	10	237	23	25	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67310886--67310940	20	2.8	20	97	0	101	29	34	7	29	1.84
67313679--67313781	52	2.0	52	92	0	170	31	16	14	37	1.89
67315192--67315540	189	1.8	191	91	2	587	38	14	10	37	1.80
67318388--67318440	12	4.3	12	77	17	56	45	0	54	0	0.99
67318380--67318438	14	4.4	14	76	20	56	47	0	52	0	1.00
67323358--67323973	214	2.9	213	93	3	1013	55	20	5	18	1.63
67324484--67324549	34	1.9	34	100	0	132	40	10	12	36	1.77
67327197--67327451	49	5.4	49	87	8	366	29	9	32	28	1.88
67327302--67327430	40	3.0	40	81	18	177	27	9	34	28	1.88
67327251--67327430	89	2.0	89	96	0	333	28	8	33	28	1.87
67327553--67327637	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
67330776--67331099	158	2.1	158	93	1	551	42	14	9	33	1.77
67341036--67341207	93	1.8	93	95	2	310	29	30	20	20	1.97
67341029--67341204	46	3.8	46	80	14	209	30	30	19	19	1.97
67344621--67344651	16	1.9	16	100	0	62	25	9	25	38	1.86
67355061--67355165	53	2.0	53	86	0	147	40	17	22	20	1.92
67356993--67357224	49	4.7	49	80	3	275	29	26	17	25	1.98
67356993--67357224	100	2.3	99	82	2	277	29	26	17	25	1.98
67380323--67380493	93	1.8	93	94	0	306	29	29	19	21	1.98
67380315--67380490	46	3.8	46	77	10	196	30	28	19	21	1.97
67389655--67389826	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67389647--67389822	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67392207--67392295	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67392207--67392286	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67392218--67392295	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
67395247--67395418	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67395239--67395414	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67397796--67397884	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67397796--67397875	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67397807--67397884	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
67400835--67401006	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67400827--67401002	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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