genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75486569--75486623	10	5.4	10	80	2	65	36	9	20	34	1.84
75486576--75486619	15	2.9	15	82	3	52	34	9	22	34	1.86
75495683--75495738	27	2.1	27	86	6	78	60	3	0	35	1.14
75495760--75495806	18	2.7	17	80	9	51	36	6	0	57	1.24
75496100--75496168	9	7.1	9	71	19	50	31	5	0	62	1.19
75496098--75496186	10	8.8	10	68	17	51	32	6	0	60	1.23
75496353--75496408	17	3.1	18	80	10	60	32	5	1	60	1.29
75498444--75498550	43	2.5	43	95	0	178	35	21	18	24	1.96
75501973--75502052	38	2.1	38	88	0	115	21	21	28	28	1.98
75502024--75502169	43	3.4	43	85	3	190	13	23	32	30	1.93
75506161--75506261	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
75510097--75510247	40	3.8	40	75	13	132	25	23	27	23	2.00
75510134--75510263	40	3.2	40	80	2	145	22	23	29	25	1.99
75521163--75521221	31	1.9	31	85	0	82	13	27	37	22	1.91
75523802--75523917	27	4.3	26	76	6	88	39	19	20	19	1.93
75523952--75524001	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
75525475--75525580	37	2.9	37	94	0	176	25	32	18	23	1.97
75525746--75526119	47	8.0	47	88	1	534	26	29	12	31	1.92
75536799--75537006	67	3.2	65	75	11	192	31	16	28	23	1.96
75538088--75538123	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
75546859--75546900	21	2.0	21	95	0	75	26	9	19	45	1.80
75561722--75561949	48	4.9	48	75	9	218	28	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75562830--75562876	23	2.0	23	91	0	76	34	25	17	23	1.96
75567353--75567475	47	2.6	47	96	0	219	31	8	30	29	1.88
75567453--75567720	48	5.6	48	94	0	437	33	8	27	29	1.87
75567769--75567854	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
75569751--75570101	40	8.8	40	91	2	546	26	20	27	25	1.99
75569751--75570101	119	2.9	120	91	2	546	26	20	27	25	1.99
75573566--75573735	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
75573566--75573985	48	8.8	48	91	2	326	33	8	28	29	1.86
75573713--75573980	48	5.6	48	94	0	437	33	8	27	29	1.87
75574029--75574114	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
75580832--75580865	17	1.9	18	94	5	61	8	20	41	29	1.82
75584233--75584359	40	3.2	40	82	8	134	22	25	28	22	1.99
75590899--75590997	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
75598896--75598994	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
75607743--75607884	40	3.5	40	81	4	135	28	23	26	21	1.99
75615722--75615872	40	3.8	40	76	11	132	27	23	27	21	1.99
75615759--75615888	40	3.2	40	78	2	145	24	23	28	23	2.00
75615721--75615888	80	2.1	80	81	6	198	26	23	27	22	1.99
75623450--75623650	40	5.0	39	82	7	208	24	20	28	25	1.99
75623450--75623650	80	2.5	79	84	4	251	24	20	28	25	1.99
75633218--75633307	46	2.0	46	82	8	112	54	6	4	34	1.47
75641507--75641583	37	2.1	37	100	0	154	36	5	18	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75642664--75642992	48	6.9	48	87	2	446	27	17	29	25	1.98
75646082--75646207	47	2.7	47	83	0	135	22	15	30	32	1.94
75648639--75648843	42	4.8	42	75	9	148	30	20	20	28	1.98
75652479--75652512	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
75653685--75653757	28	2.6	28	100	0	146	32	31	13	21	1.93
75658698--75658745	18	2.4	20	83	13	55	14	37	25	22	1.92
75665064--75665604	48	11.3	48	94	0	915	36	7	26	30	1.84
75666725--75666800	29	2.7	28	85	4	116	27	28	11	31	1.92
75666706--75666807	28	3.6	28	81	5	116	27	30	12	29	1.93
75674609--75674830	124	1.8	122	80	3	266	31	11	23	32	1.91
75674788--75674939	40	3.8	40	77	5	146	27	24	26	21	1.99
75674826--75674953	40	3.2	40	78	2	150	24	24	27	24	2.00
75677174--75677221	23	2.1	23	100	0	96	12	4	8	75	1.18
75677186--75677234	22	2.2	23	81	3	55	14	4	12	69	1.33
75679430--75679499	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
75679430--75679511	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
75687230--75687255	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75688032--75688190	43	3.7	42	73	5	131	31	26	18	23	1.98
75694158--75694316	43	3.7	42	73	5	122	31	25	18	23	1.98
75700039--75700114	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
75700012--75700295	47	6.1	47	88	3	414	32	10	29	27	1.91
75700034--75700349	94	3.4	92	81	10	315	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75700498--75700672	69	2.5	71	89	4	255	23	18	33	24	1.97
75700498--75700674	37	4.9	37	88	6	256	23	18	33	24	1.97
75701943--75702290	40	8.8	40	92	2	560	27	22	25	24	2.00
75701943--75702303	157	2.3	159	94	0	636	26	22	26	24	2.00
75704909--75704954	19	2.4	19	100	0	92	28	0	26	45	1.54
75706376--75706616	47	5.1	47	89	0	356	31	11	29	26	1.91
75706397--75706616	94	2.3	94	97	0	413	32	12	29	25	1.92
75706834--75707014	37	4.9	37	93	0	283	23	19	32	24	1.97
75707830--75707985	27	5.7	27	81	0	177	23	21	9	44	1.82
75707837--75708005	27	6.3	26	78	5	131	22	21	10	46	1.81
75707837--75708005	54	3.1	53	79	3	176	22	21	10	46	1.81
75707830--75708005	81	2.2	81	84	3	228	23	21	10	44	1.83
75707998--75708060	32	2.0	32	96	0	117	30	14	6	49	1.68
75709471--75709648	47	3.8	47	90	0	284	32	12	29	25	1.93
75709472--75709649	94	1.9	94	96	0	329	32	12	29	25	1.93
75709479--75709601	24	5.2	24	62	24	73	30	13	30	25	1.93
75709868--75710049	37	4.9	37	93	0	292	23	19	32	24	1.98
75710866--75711021	27	5.7	27	81	0	177	23	21	9	44	1.82
75710873--75711041	27	6.3	26	78	5	131	22	21	10	46	1.81
75710873--75711041	54	3.1	53	79	3	176	22	21	10	46	1.81
75710866--75711041	81	2.2	81	84	3	228	23	21	10	44	1.83
75711034--75711096	32	2.0	32	96	0	117	30	14	6	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75724829--75725099	49	5.4	49	91	4	411	29	27	8	33	1.87
75738777--75738805	9	3.2	9	100	0	58	55	0	20	24	1.44
75740213--75740399	40	4.7	40	83	2	225	21	22	24	32	1.98
75742626--75742659	14	2.4	14	95	0	59	35	2	11	50	1.54
75744449--75744534	43	2.0	43	88	0	127	26	11	33	27	1.91
75752654--75752769	58	2.0	58	96	0	214	18	16	25	40	1.90
75755191--75755366	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
75755188--75755359	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
75759916--75760045	46	2.8	45	74	5	125	20	32	20	26	1.97
75766168--75766240	22	3.3	22	80	1	83	28	17	23	30	1.97
75773347--75773447	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75773376--75773451	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75781290--75781356	28	2.3	29	84	2	91	29	29	13	26	1.94
75784112--75784224	39	2.9	39	87	1	163	23	22	30	23	1.99
75784112--75784253	39	3.6	39	82	1	158	23	22	30	22	1.99
75789364--75789471	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
75789323--75789471	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
75797467--75797616	40	3.8	39	76	10	126	22	27	24	26	2.00
75800365--75800404	21	1.9	21	89	0	62	40	15	27	17	1.89
75802486--75802523	20	1.9	20	84	10	51	52	0	7	39	1.31
75802506--75802543	16	2.4	16	90	0	58	50	0	10	39	1.37
75802536--75802695	80	2.0	80	93	2	277	33	11	16	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75820109--75820254	31	4.7	31	91	0	231	28	25	15	30	1.96
75820278--75820411	42	3.2	42	97	0	250	34	20	14	31	1.92
75821434--75821498	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
75821529--75821764	27	8.7	27	78	4	161	31	9	19	39	1.83
75821616--75821764	80	1.9	81	85	7	214	28	8	20	42	1.81
75821615--75821792	80	2.2	81	80	10	206	28	9	20	41	1.84
75821786--75821845	27	2.3	27	82	2	68	36	6	21	35	1.80
75821796--75821887	27	3.4	27	86	5	123	39	6	23	30	1.80
75821626--75821858	107	2.2	107	78	6	249	30	9	21	38	1.85
75824137--75824312	31	5.7	31	89	3	259	30	25	13	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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