genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50999513--50999597	41	2.1	41	100	0	170	37	18	12	30	1.89
51001386--51001503	39	3.0	39	86	1	164	25	30	20	23	1.98
51007583--51007713	30	4.5	30	85	8	162	29	25	12	32	1.93
51007582--51007713	58	2.3	58	84	4	167	28	26	12	31	1.93
51015370--51015500	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
51015369--51015500	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
51020844--51020974	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
51020843--51020974	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
51025680--51025823	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
51031837--51031870	18	1.9	18	88	5	52	38	11	35	14	1.83
51038155--51038179	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
51044209--51044468	43	6.1	43	89	1	380	13	24	30	31	1.93
51044222--51044468	127	1.9	129	91	3	410	12	24	30	31	1.93
51051518--51051604	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
51051518--51051626	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
51051518--51051626	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
51052964--51053095	43	3.1	43	83	2	176	13	25	30	30	1.94
51052967--51053089	42	2.9	42	86	2	156	13	26	28	32	1.93
51054764--51055651	294	3.0	294	98	0	1713	32	16	12	37	1.86
51056561--51056683	47	2.6	47	92	0	201	29	28	20	21	1.98
51062418--51062442	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
51063739--51063789	14	3.4	15	78	15	61	43	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51066339--51066407	26	2.6	27	86	6	97	42	14	10	33	1.79
51066395--51066626	27	8.6	27	85	1	286	37	20	17	24	1.94
51066365--51066644	27	10.4	27	77	8	130	36	19	18	25	1.94
51066935--51066975	20	2.0	20	95	0	73	14	17	29	39	1.89
51066992--51067050	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
51067208--51067315	27	4.0	26	83	5	126	19	22	21	37	1.95
51067433--51067582	6	24.3	6	68	17	85	20	19	13	47	1.82
51067433--51067531	25	3.7	25	80	15	117	19	20	13	47	1.82
51067433--51067561	31	4.4	31	80	11	153	20	20	13	46	1.83
51072644--51072734	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
51072824--51072959	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
51072830--51072986	49	3.4	49	81	15	215	28	32	10	29	1.90
51076364--51076556	29	6.7	29	96	0	341	24	32	16	26	1.96
51076730--51076854	40	3.1	40	94	0	205	25	25	20	28	1.99
51078674--51078764	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
51078854--51078989	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
51078860--51079016	49	3.4	49	80	15	206	28	31	10	29	1.90
51084280--51084432	46	3.3	46	80	4	137	35	20	18	24	1.95
51090345--51090522	67	2.7	67	85	0	239	24	20	17	38	1.93
51091224--51091267	16	2.8	16	89	0	61	43	0	31	25	1.55
51097035--51097242	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
51097036--51097242	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51105176--51105383	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
51105177--51105383	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
51109649--51109856	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
51109650--51109856	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
51114736--51114827	45	2.0	45	100	0	184	47	16	27	8	1.75
51119923--51119964	2	20.5	2	95	4	75	50	2	0	47	1.14
51120412--51120612	45	4.5	44	82	7	230	34	26	15	22	1.95
51120442--51120614	45	3.8	45	87	3	233	35	26	15	22	1.93
51124900--51125008	40	2.7	41	80	9	134	22	23	27	25	2.00
51129893--51129931	20	1.9	21	84	5	53	43	7	5	43	1.55
51147422--51147456	17	2.1	18	89	10	56	40	0	0	60	0.97
51165306--51165484	40	4.4	40	81	0	187	25	24	26	23	2.00
51165306--51165524	80	2.7	80	81	2	226	26	24	26	23	2.00
51173741--51173796	27	2.1	27	89	0	85	37	21	10	30	1.87
51173751--51173973	27	8.3	27	82	3	234	36	19	18	26	1.94
51173751--51173969	81	2.7	81	86	2	271	36	18	18	26	1.94
51174219--51174270	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
51174294--51174345	27	2.0	26	88	3	77	17	28	21	32	1.96
51174207--51174358	75	2.0	75	97	0	286	16	32	22	28	1.95
51174390--51174449	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
51177468--51177786	47	6.8	47	73	11	190	21	29	21	27	1.99
51177464--51177786	94	3.5	92	76	10	316	21	29	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51180118--51180155	18	2.1	18	85	9	51	31	21	13	34	1.91
51182580--51182730	78	1.9	78	89	2	232	26	20	24	28	1.99
51182580--51182727	39	3.8	39	86	1	208	26	20	25	28	1.99
51182584--51182749	78	2.1	77	83	7	210	25	21	24	29	1.99
51189085--51189441	178	2.0	179	86	2	495	31	13	20	34	1.92
51191964--51192071	45	2.3	46	86	9	141	33	11	28	26	1.91
51192142--51192226	40	2.2	40	82	2	100	17	21	31	29	1.96
51195471--51195600	40	3.2	40	81	8	167	24	29	23	22	1.99
51203430--51203559	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
51206210--51206365	76	2.0	78	92	2	262	26	21	25	26	2.00
51206210--51206365	39	4.1	39	92	3	262	26	21	25	26	2.00
51214291--51214448	39	4.1	39	90	0	226	29	22	21	26	1.99
51216863--51217032	47	3.6	47	95	0	304	31	8	30	30	1.86
51216863--51217229	48	7.7	46	87	5	276	33	8	28	29	1.86
51217010--51217229	48	4.6	48	92	0	341	34	8	27	29	1.87
51217278--51217363	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
51219259--51219888	40	15.8	40	91	2	982	26	20	26	26	1.99
51223354--51223523	47	3.6	47	97	0	313	31	8	30	29	1.87
51223354--51223773	48	8.8	48	91	2	326	33	8	28	29	1.86
51223501--51223768	48	5.6	48	94	0	437	33	8	27	29	1.87
51223817--51223902	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
51225799--51226429	40	15.8	40	92	2	1000	26	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51229893--51230062	47	3.6	47	95	0	304	31	8	30	30	1.86
51229893--51230259	48	7.7	46	87	5	276	33	8	28	29	1.86
51230040--51230259	48	4.6	48	92	0	341	34	8	27	29	1.87
51230308--51230393	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
51243765--51243851	34	2.5	35	80	10	90	31	6	14	47	1.71
51252143--51252195	19	2.7	19	88	2	79	35	26	13	24	1.92
51267519--51267754	38	6.1	40	87	5	333	24	22	26	26	2.00
51267519--51267754	78	3.0	80	87	6	342	24	22	26	26	2.00
51276735--51276836	29	3.5	28	75	12	84	24	16	30	28	1.97
51282724--51282775	27	1.9	27	96	0	95	40	13	17	28	1.87
51282762--51283105	27	12.7	27	80	1	285	40	20	9	29	1.84
51283642--51283694	27	2.0	27	88	7	81	30	15	26	28	1.96
51291357--51291464	38	2.8	38	85	0	135	21	22	26	29	1.99
51291457--51291538	43	1.9	43	92	0	137	13	25	32	28	1.93
51292331--51292438	38	2.8	38	88	0	144	21	23	26	28	1.99
51299905--51300131	40	5.7	40	88	4	343	26	26	22	25	2.00
51299872--51300127	80	3.2	80	88	3	360	25	26	22	25	2.00
51299905--51300131	118	1.9	120	90	3	370	26	26	22	25	2.00
51306058--51306117	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
51311499--51311572	29	2.5	30	82	6	89	27	28	14	29	1.95
51317698--51317757	24	2.5	24	100	0	120	36	26	16	20	1.93
51319639--51319801	39	4.2	39	92	0	254	23	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51328761--51328819	24	2.5	24	97	2	111	37	25	16	20	1.93
51331858--51331945	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
51339346--51339433	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
51340963--51341093	49	2.7	49	83	5	149	26	18	29	25	1.98
51348873--51348908	17	2.1	17	94	0	63	25	8	44	22	1.80
51351714--51351843	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
51351730--51351880	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
51351730--51351878	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
51358699--51358838	56	2.6	55	81	10	162	46	10	6	36	1.64
51360278--51360308	16	2.0	16	93	6	55	32	6	9	51	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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