genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  216  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68006013--68006113	40	2.4	41	82	11	116	27	27	16	27	1.97
68008024--68008140	58	2.0	58	96	0	216	44	22	6	26	1.77
68010775--68010841	30	2.2	30	94	0	116	65	1	2	29	1.16
68012213--68012273	25	2.5	24	84	12	72	21	26	19	32	1.97
68013237--68013285	23	2.3	23	83	13	61	22	6	24	46	1.74
68017944--68018149	70	2.9	70	88	0	295	43	19	9	27	1.82
68017877--68018149	35	7.8	35	77	6	250	42	19	8	29	1.81
68020661--68020800	27	5.2	27	82	1	156	30	24	6	38	1.80
68020675--68020800	54	2.3	54	87	0	180	32	23	4	38	1.76
68020808--68020986	54	3.3	52	78	12	175	41	21	9	27	1.84
68020836--68021099	27	9.7	27	82	3	233	40	20	9	30	1.83
68021912--68021988	20	3.8	20	89	0	118	42	10	16	29	1.82
68023026--68023129	23	4.4	24	84	4	140	28	21	16	33	1.95
68023026--68023129	47	2.2	47	87	5	156	28	21	16	33	1.95
68023179--68023234	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
68023179--68023235	20	2.8	20	100	0	114	35	19	10	35	1.86
68023283--68023330	25	2.0	24	87	4	69	22	14	25	37	1.92
68025054--68025117	25	2.7	23	71	23	60	29	21	18	29	1.97
68025249--68025336	42	2.1	42	84	0	113	32	14	17	35	1.90
68025362--68025473	31	3.6	31	91	0	188	32	16	25	25	1.97
68029494--68029539	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
68029650--68029707	24	2.4	24	85	11	82	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68029915--68029998	31	2.7	30	90	1	132	34	17	25	22	1.96
68035125--68035395	35	7.7	35	78	2	256	41	22	9	27	1.84
68035125--68035395	107	2.6	105	81	4	260	41	22	9	27	1.84
68035193--68035388	72	2.8	71	89	1	286	41	21	10	26	1.85
68035193--68035395	107	1.9	105	84	2	271	41	22	9	26	1.85
68041401--68041450	23	2.3	23	83	10	61	24	2	28	46	1.64
68043942--68044093	42	3.5	41	76	13	142	24	23	21	30	1.99
68043942--68044146	90	2.3	90	81	3	216	26	22	20	30	1.98
68044151--68044287	48	2.8	48	80	1	157	25	29	18	26	1.98
68044112--68044287	96	1.8	97	80	1	210	25	27	19	27	1.99
68054738--68054913	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
68054735--68054905	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
68057861--68057940	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
68057852--68057939	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
68060316--68060491	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
68060313--68060483	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
68067650--68067700	13	3.9	13	86	0	75	31	9	23	35	1.87
68075187--68075226	8	5.0	8	90	0	53	45	22	25	7	1.78
68075643--68075748	27	3.9	26	83	13	124	18	23	21	35	1.95
68075643--68075752	55	2.0	54	85	5	150	18	23	20	37	1.94
68080792--68081001	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
68084093--68084380	47	6.1	47	87	0	405	31	11	28	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68084120--68084195	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
68084092--68084380	141	2.0	141	92	0	479	31	11	28	28	1.91
68084093--68084431	141	2.4	139	86	6	434	32	10	28	28	1.90
68084585--68084765	37	4.9	37	90	1	265	24	18	32	24	1.97
68086011--68086480	40	11.8	40	94	0	773	27	22	25	24	2.00
68090582--68090867	47	6.1	47	88	3	416	32	11	29	27	1.91
68090603--68090867	93	2.8	92	90	4	397	32	12	28	26	1.92
68090581--68090867	140	2.0	140	93	1	486	32	11	28	27	1.91
68091075--68091211	38	3.8	37	87	10	196	26	17	33	22	1.96
68091153--68091237	26	3.0	26	86	10	98	29	17	29	23	1.97
68094711--68094807	37	2.6	39	85	6	121	24	20	24	29	1.99
68094805--68095002	43	4.6	43	94	0	324	11	24	32	31	1.91
68100248--68100360	27	4.2	26	84	8	136	16	23	23	37	1.94
68100248--68100360	55	2.1	54	90	5	174	16	23	23	37	1.94
68106487--68106514	12	2.3	12	100	0	56	17	17	14	50	1.79
68106767--68106795	14	2.1	14	100	0	58	34	6	27	31	1.83
68118369--68118466	29	3.4	29	86	0	88	25	34	15	24	1.94
68118394--68118474	29	2.8	29	94	0	135	25	32	14	27	1.95
68120831--68120997	46	3.6	45	78	12	187	29	28	19	21	1.98
68120831--68121001	93	1.8	93	93	0	297	29	28	19	21	1.98
68121421--68121480	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
68125723--68125786	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68125979--68126169	24	8.0	24	90	7	291	27	21	20	29	1.98
68125979--68126169	47	4.0	48	90	6	291	27	21	20	29	1.98
68125979--68126169	71	2.7	71	91	6	289	27	21	20	29	1.98
68126223--68126281	20	3.0	20	92	0	100	32	18	11	37	1.87
68126322--68126369	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
68135412--68135673	47	5.4	48	76	13	234	28	19	27	24	1.99
68135400--68135673	94	2.8	99	85	6	346	29	19	27	24	1.98
68137629--68137675	15	3.1	15	79	11	60	57	17	14	10	1.65
68139810--68139837	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
68145342--68145448	23	4.7	23	80	4	117	31	27	18	22	1.97
68145342--68145448	46	2.3	46	88	3	153	31	27	18	22	1.97
68154710--68154928	123	1.8	120	85	5	305	32	10	23	32	1.89
68154887--68155037	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
68163282--68163447	46	3.7	45	76	13	180	30	27	19	22	1.98
68163287--68163454	92	1.8	90	91	2	273	29	27	20	22	1.98
68171477--68171616	27	5.2	28	89	2	182	35	20	23	20	1.96
68175877--68176016	57	2.4	58	79	3	158	30	25	17	27	1.97
68185888--68186076	55	3.5	53	83	5	227	22	23	19	35	1.96
68186063--68186182	47	2.6	47	93	0	204	26	24	14	35	1.93
68186207--68186308	45	2.2	45	84	6	125	21	25	19	33	1.97
68191417--68191624	54	3.9	54	80	6	224	23	24	15	36	1.94
68191428--68191617	55	3.5	53	81	6	213	23	23	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68191602--68191724	47	2.6	47	90	0	192	29	21	12	36	1.90
68197006--68197068	32	2.0	32	87	0	90	23	22	20	33	1.97
68197170--68197211	21	2.0	21	86	9	59	7	0	50	42	1.30
68197303--68197358	28	2.0	28	82	6	69	21	19	25	33	1.97
68202465--68202553	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
68202465--68202547	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
68202476--68202553	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
68205441--68205607	44	3.7	43	77	14	176	29	30	19	19	1.97
68205448--68205616	92	1.8	92	92	3	288	28	30	20	20	1.98
68212824--68213191	47	7.7	49	92	5	585	32	7	30	29	1.86
68212824--68213191	96	3.9	96	92	2	600	32	7	30	29	1.86
68221491--68221662	27	6.4	27	78	6	152	38	20	11	29	1.87
68221492--68221633	53	2.7	53	81	3	142	38	21	9	29	1.86
68221614--68221674	27	2.3	27	94	0	104	40	14	16	27	1.88
68222144--68222215	32	2.2	32	82	0	90	20	20	25	33	1.97
68222315--68222356	21	2.0	21	86	9	59	7	2	50	40	1.43
68222448--68222503	28	2.0	28	86	6	78	21	21	25	32	1.98
68225670--68225698	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
68226299--68226463	83	2.0	83	96	0	303	26	11	15	46	1.79
68248974--68249267	50	5.8	50	77	6	281	31	26	16	25	1.96
68248968--68249263	151	1.9	152	86	2	425	31	27	15	25	1.96
68251365--68251517	40	3.8	40	79	6	157	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68251365--68251515	80	1.9	80	83	5	198	22	27	24	25	2.00
68258513--68258642	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
68258529--68258679	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
68258529--68258677	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
68263070--68263251	40	4.6	39	75	8	138	26	23	27	22	2.00
68263109--68263296	80	2.3	80	77	7	184	22	24	29	22	1.99
68268023--68268372	47	7.3	47	90	2	484	32	8	30	28	1.87
68268023--68268372	98	3.6	96	89	2	497	32	8	30	28	1.87
68270489--68270720	40	5.8	40	93	0	383	26	20	27	25	1.99
68274526--68274873	49	7.3	47	88	5	484	32	8	30	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318