genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28408075--28408102	5	5.6	5	100	0	56	21	21	39	17	1.93
28414247--28414310	33	1.9	33	100	0	128	42	0	15	42	1.47
28414253--28414314	20	3.5	20	67	28	66	43	0	17	38	1.49
28428115--28428248	54	2.5	54	93	0	232	24	20	23	32	1.98
28435128--28435166	19	2.0	19	90	5	60	71	0	5	23	1.05
28435173--28435233	29	2.1	30	96	3	115	57	3	9	29	1.47
28435173--28435240	29	2.4	29	90	4	104	55	2	8	32	1.45
28435232--28435494	27	10.8	26	66	22	135	58	0	13	26	1.41
28435202--28435494	48	6.1	47	76	10	270	58	1	13	27	1.42
28435141--28435484	150	2.3	152	81	12	385	58	1	12	27	1.41
28435141--28435469	75	4.4	75	72	17	240	58	1	13	27	1.43
28435481--28435527	12	4.2	11	84	15	53	53	2	25	19	1.56
28435481--28435518	17	2.2	16	90	9	58	55	2	23	18	1.55
28440011--28440051	2	20.0	2	90	5	64	46	0	2	51	1.14
28442981--28443223	89	2.7	87	76	8	247	57	12	4	25	1.53
28443959--28444099	50	2.7	53	85	4	198	33	26	15	24	1.95
28445363--28445477	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
28445363--28445477	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
28447087--28447196	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
28451153--28451258	27	3.9	27	86	7	117	35	21	23	18	1.95
28451146--28451260	54	2.1	54	85	3	151	36	22	22	18	1.95
28452872--28452981	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28454212--28454253	23	1.9	23	85	9	61	30	0	14	54	1.40
28458413--28458539	49	2.6	48	82	4	150	26	20	29	23	1.99
28465752--28465920	46	3.7	44	77	15	155	28	18	29	23	1.97
28467346--28467656	30	10.4	29	75	10	152	25	21	11	40	1.87
28467327--28467541	90	2.4	91	86	3	283	25	24	12	38	1.90
28467496--28467570	29	2.6	29	93	2	123	22	24	10	42	1.85
28467346--28467656	60	5.2	60	73	8	231	25	21	11	40	1.87
28473189--28473319	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
28481151--28481281	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
28485727--28485843	41	2.8	43	79	5	132	29	23	16	30	1.96
28489851--28489971	43	2.8	43	85	5	147	27	14	26	32	1.94
28494504--28494687	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
28494544--28494732	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
28511342--28511525	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
28511382--28511570	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
28514114--28514289	46	3.8	46	80	12	225	29	29	20	20	1.98
28514121--28514292	93	1.8	93	97	0	326	28	29	20	20	1.98
28518024--28518124	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
28524346--28524517	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
28524339--28524514	46	3.8	47	80	12	220	29	29	20	20	1.98
28529369--28529602	50	4.7	50	88	2	321	23	29	17	28	1.97
28535875--28536044	50	3.4	50	84	9	199	21	30	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28535875--28536062	100	1.9	98	83	6	245	22	30	18	28	1.97
28539409--28539502	47	2.0	47	97	0	179	32	12	18	36	1.88
28540449--28540570	43	2.8	43	74	9	131	29	16	24	29	1.96
28545337--28545395	15	3.9	15	73	20	59	62	1	1	33	1.15
28545337--28545394	17	3.6	17	67	21	52	62	1	1	34	1.16
28545691--28545812	25	4.9	23	71	26	88	61	0	4	34	1.15
28545660--28545801	20	7.4	18	71	25	89	59	0	4	35	1.24
28547768--28548145	205	1.8	205	95	0	693	28	21	18	30	1.97
28550727--28550772	20	2.3	20	96	0	83	34	4	19	41	1.71
28553291--28554241	47	20.3	47	96	0	1645	32	9	31	26	1.89
28555907--28556155	40	6.2	40	93	1	403	24	20	27	27	1.99
28556187--28556286	28	3.5	28	77	8	103	22	18	29	31	1.97
28558359--28558385	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28559622--28559697	22	3.3	22	67	16	64	30	9	32	27	1.88
28559584--28560195	47	13.0	47	96	0	999	32	9	31	26	1.88
28559998--28560073	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
28571131--28571251	24	4.9	23	71	24	86	61	0	4	34	1.15
28577447--28577524	40	2.0	40	94	0	138	29	29	19	21	1.98
28580029--28580059	15	2.1	15	100	0	62	35	12	25	25	1.92
28582658--28582689	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
28594995--28595199	40	5.2	40	82	3	200	25	22	26	25	2.00
28594997--28595184	77	2.4	80	85	2	229	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28603059--28603210	80	1.9	80	85	4	209	25	23	26	24	2.00
28603007--28603211	40	5.2	40	76	4	173	26	22	25	25	2.00
28604581--28604696	47	2.5	47	90	2	171	35	6	30	27	1.83
28607653--28607686	3	11.3	3	100	0	68	32	0	32	35	1.58
28610090--28610123	17	2.0	17	100	0	68	17	35	35	11	1.87
28612079--28612194	39	3.0	39	96	0	205	22	21	29	26	1.99
28612079--28612231	39	3.9	39	88	3	130	22	22	28	25	1.99
28612079--28612222	78	1.8	78	82	5	184	23	22	27	25	2.00
28612079--28612242	78	2.1	78	81	7	183	23	22	28	26	1.99
28615903--28615955	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
28617440--28617547	26	4.2	26	95	0	189	35	24	7	33	1.83
28621787--28621898	39	2.9	39	95	0	197	21	22	28	27	1.99
28621787--28621930	39	3.7	39	89	3	139	22	22	28	26	1.99
28621787--28621930	78	1.8	78	82	5	184	22	22	28	26	1.99
28621787--28621950	78	2.1	78	81	7	183	22	21	28	26	1.99
28626474--28626571	31	3.2	31	84	8	146	31	19	16	32	1.94
28626470--28626560	30	3.0	31	87	6	141	30	18	15	35	1.92
28633310--28633407	48	2.0	48	94	0	169	14	33	31	20	1.92
28636479--28636525	21	2.2	21	77	7	51	40	4	14	40	1.66
28637172--28637258	22	3.9	22	77	7	77	22	21	20	34	1.97
28640022--28640447	14	30.4	14	72	4	196	32	20	11	35	1.89
28640151--28640447	28	10.6	28	78	5	217	32	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28644219--28644317	50	2.0	50	93	0	171	24	7	23	45	1.77
28645593--28645671	38	2.1	38	88	4	115	35	29	21	13	1.92
28646430--28646468	20	2.0	20	85	5	53	30	12	0	56	1.37
28650473--28650552	31	2.6	31	84	4	99	43	8	12	35	1.73
28652271--28652303	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
28655670--28655861	96	2.0	96	93	0	330	27	16	21	34	1.94
28657937--28657962	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28659135--28659229	28	3.2	32	68	25	89	26	6	15	51	1.67
28659125--28659241	58	2.0	58	95	3	209	26	7	14	51	1.69
28659564--28659594	15	2.1	15	100	0	62	32	0	12	54	1.38
28659550--28659597	15	2.9	17	79	20	57	35	0	10	54	1.35
28659569--28659602	15	2.3	15	89	0	50	38	2	8	50	1.49
28661646--28661765	60	2.0	60	100	0	240	31	8	20	40	1.82
28664205--28664330	35	3.5	34	67	16	83	24	20	23	31	1.98
28665954--28665988	9	3.8	9	92	3	52	31	0	2	65	1.07
28672726--28672769	21	2.1	21	82	0	52	13	15	36	34	1.87
28676988--28677137	43	3.5	42	87	5	203	30	28	18	24	1.97
28677145--28677192	20	2.4	20	75	6	53	68	4	2	25	1.18
28681941--28681985	19	2.3	19	84	3	63	17	2	2	77	0.97
28682327--28682366	21	1.9	21	94	0	71	37	32	0	30	1.58
28682406--28682444	14	2.8	14	84	0	51	43	30	2	23	1.67
28682673--28682838	41	4.1	40	78	8	156	34	22	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28683069--28683120	21	2.4	21	78	9	52	25	0	26	48	1.52
28683132--28683164	15	2.3	15	89	5	50	21	0	30	48	1.50
28683208--28683254	23	2.0	23	88	8	69	12	0	34	53	1.39
28683183--28683299	7	16.1	7	70	15	60	17	0	37	43	1.56
28683398--28683436	14	2.8	14	88	0	60	20	0	25	53	1.45
28684189--28684291	25	4.0	27	81	9	101	15	40	22	21	1.90
28687812--28687876	24	2.8	23	81	9	62	26	0	24	49	1.51
28687829--28687876	23	2.1	22	85	11	62	27	0	22	50	1.50
28687917--28688093	41	4.4	40	92	2	282	18	24	24	32	1.97
28687917--28688124	81	2.6	81	86	3	240	19	24	23	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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