genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66076534--66076722	46	4.1	44	71	19	118	28	28	21	21	1.99
66079064--66079140	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
66079062--66079140	29	2.7	30	82	9	99	56	13	17	11	1.66
66081878--66082007	46	2.8	45	80	6	154	30	28	20	21	1.98
66086668--66086851	40	4.6	40	76	4	138	22	25	29	23	1.99
66092288--66092346	27	2.3	25	82	5	64	35	20	22	22	1.96
66093044--66093097	27	2.0	26	82	3	63	35	18	22	24	1.96
66093099--66093243	27	5.4	27	85	3	168	28	22	15	33	1.94
66093099--66093243	54	2.7	54	85	0	200	28	22	15	33	1.94
66099947--66100095	40	3.7	41	80	7	162	27	22	26	22	1.99
66103849--66103905	27	2.1	27	83	0	69	36	17	21	24	1.94
66103903--66104083	27	6.8	26	86	2	209	24	18	19	37	1.94
66111376--66111503	40	3.2	39	81	6	141	24	26	21	27	1.99
66119363--66119529	40	4.2	40	82	3	185	23	26	22	26	2.00
66119379--66119488	39	2.8	39	87	4	141	23	29	23	23	1.99
66122584--66122623	2	21.0	2	90	10	66	47	0	0	52	1.00
66124871--66124940	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
66129385--66129591	40	5.2	39	81	8	156	27	23	25	24	2.00
66129520--66129594	39	1.9	39	100	0	150	30	21	24	24	1.99
66129386--66129591	79	2.6	78	79	9	202	27	23	25	23	2.00
66130301--66130491	40	4.8	40	81	4	163	25	24	25	24	2.00
66130301--66130491	80	2.4	79	80	7	215	25	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66131225--66131433	40	5.2	39	83	5	195	26	24	25	23	2.00
66128671--66133252	922	5.0	926	98	1	8762	30	15	22	32	1.94
66131225--66131433	80	2.6	79	81	8	226	26	24	25	23	2.00
66132147--66132355	40	5.2	40	83	4	190	26	24	25	23	2.00
66132147--66132328	80	2.3	81	83	4	226	26	25	25	22	2.00
66132147--66132355	80	2.6	80	81	6	219	26	24	25	23	2.00
66133070--66133261	40	4.8	40	78	7	185	26	24	26	23	2.00
66133105--66133287	78	2.3	80	78	7	194	27	24	24	22	2.00
66134797--66134835	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
66135271--66135358	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
66135463--66135527	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
66140978--66141033	30	1.9	28	86	13	78	3	23	0	73	0.99
66147500--66147617	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66147468--66147631	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66155079--66155196	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66155047--66155210	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66158801--66158838	13	2.9	13	100	0	76	7	23	44	23	1.79
66160803--66160975	46	3.7	46	74	17	169	21	19	27	31	1.97
66160800--66160970	93	1.8	93	89	2	272	21	19	28	30	1.97
66163462--66163503	17	2.4	18	80	11	52	45	0	0	54	0.99
66168819--66168875	26	2.2	26	96	0	105	28	36	5	29	1.79
66188252--66188433	40	4.5	40	86	0	220	26	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66188304--66188496	80	2.4	80	81	0	197	29	24	24	21	1.99
66188413--66188496	40	2.1	40	84	4	107	29	27	23	19	1.98
66188252--66188470	120	1.8	121	81	3	271	27	24	25	22	2.00
66191160--66191312	78	2.0	77	92	5	258	24	22	32	20	1.98
66201054--66201119	29	2.3	29	92	2	107	33	27	7	31	1.85
66201224--66201286	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
66201234--66201297	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
66201738--66201785	19	2.6	19	80	3	53	18	4	6	70	1.25
66206069--66206181	44	2.6	43	92	2	181	25	28	22	23	1.99
66206893--66206931	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
66208466--66208637	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
66208459--66208634	46	3.8	46	78	12	198	29	30	20	19	1.97
66208510--66208653	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
66210793--66210836	23	1.9	23	81	9	54	15	9	9	65	1.45
66217869--66218142	48	5.6	48	79	3	255	26	18	27	26	1.98
66217908--66218091	96	1.9	96	89	2	289	27	17	26	28	1.98
66224456--66224682	48	4.7	49	76	9	153	25	20	27	26	1.99
66224456--66224682	95	2.4	97	82	6	282	25	20	27	26	1.99
66232179--66232217	19	1.9	19	85	10	51	43	12	7	35	1.72
66232341--66232366	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
66233411--66233511	42	2.4	42	89	0	148	31	16	21	29	1.96
66238626--66238664	20	2.0	20	100	0	78	30	10	17	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66239003--66239055	21	2.5	21	93	0	88	50	0	35	13	1.41
66243083--66243207	23	5.2	25	61	30	67	28	28	11	32	1.91
66243061--66243251	47	4.1	47	92	0	292	27	28	9	33	1.89
66243108--66243182	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
66243038--66243251	94	2.3	94	87	1	313	28	28	9	33	1.88
66247112--66247421	40	7.8	40	91	0	478	28	30	20	20	1.97
66248988--66249225	47	5.1	47	94	0	386	27	28	10	33	1.90
66249035--66249156	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
66252506--66252555	24	2.1	23	82	10	57	56	4	2	38	1.30
66256914--66257125	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
66256914--66257125	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
66261889--66262030	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
66261927--66262056	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
66269895--66270006	40	2.8	40	84	0	134	27	23	26	22	1.99
66271998--66272181	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
66272038--66272226	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66280071--66280254	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
66280111--66280299	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66282044--66282083	20	2.0	20	85	9	55	77	0	0	22	0.77
66292723--66292789	34	2.0	34	82	5	82	41	22	5	29	1.77
66297661--66297788	23	5.7	22	79	4	89	17	25	20	37	1.93
66297661--66297751	23	4.0	23	82	2	94	15	25	19	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66297664--66297789	45	2.8	46	77	7	125	16	25	20	37	1.93
66300057--66300229	93	1.9	93	95	0	310	27	27	21	23	1.99
66300050--66300225	46	3.8	46	81	12	225	28	27	21	22	1.99
66302608--66302661	14	3.8	14	78	4	54	59	16	14	9	1.60
66302619--66302665	15	3.2	15	81	3	60	57	14	14	12	1.66
66305581--66305754	46	3.8	45	77	6	179	28	28	21	22	1.99
66305589--66305759	92	1.8	93	89	1	272	27	28	21	22	1.99
66309336--66309379	16	2.6	17	85	7	63	11	6	4	77	1.11
66311102--66311155	27	2.0	27	82	7	65	44	5	1	48	1.37
66315605--66315812	40	5.2	40	82	2	220	26	23	26	24	2.00
66318736--66318836	28	3.5	30	79	6	109	29	15	26	27	1.96
66325042--66325131	40	2.2	41	84	9	123	25	26	23	24	2.00
66325058--66325169	40	2.8	40	84	0	134	22	26	23	27	1.99
66333005--66333171	40	4.2	40	82	2	176	23	27	22	25	2.00
66333005--66333171	80	2.1	79	83	7	205	23	27	22	25	2.00
66341503--66341686	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
66341543--66341731	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66349227--66349370	39	3.7	39	87	0	216	27	21	28	22	1.99
66365752--66365800	22	2.2	22	88	0	71	28	20	6	44	1.75
66369633--66369880	25	10.0	24	72	10	97	33	22	18	25	1.96
66369633--66369870	74	3.2	73	82	5	266	33	23	18	24	1.96
66369771--66369815	14	3.4	14	73	17	51	40	22	17	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66369638--66369870	50	4.7	49	77	8	215	33	22	18	25	1.96
66372665--66372709	22	2.0	22	83	8	56	15	4	51	28	1.63
66374147--66374179	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
66375540--66375579	19	2.2	18	90	4	62	25	17	37	20	1.94
66375648--66375766	29	4.2	29	79	6	136	28	12	30	28	1.93
66375652--66375764	58	2.0	57	85	5	156	28	13	30	27	1.94
66378120--66378284	43	3.9	42	75	8	136	30	26	18	24	1.98
66384069--66384195	42	3.0	43	76	4	132	30	25	18	25	1.98
66389575--66389740	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
66390560--66390605	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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