genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6929314--6929368	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
6931054--6931118	13	4.7	13	76	14	67	9	33	38	18	1.83
6932112--6932219	33	3.3	33	78	2	110	29	22	12	35	1.91
6932143--6932382	33	7.3	33	80	6	213	30	20	11	37	1.88
6933058--6933099	21	2.0	22	86	13	63	33	19	0	47	1.49
6938758--6938815	30	1.9	30	92	0	98	13	29	39	17	1.88
6939902--6939950	21	2.2	23	78	10	57	38	14	0	46	1.44
6940346--6940393	18	2.8	18	81	12	57	31	14	6	47	1.69
6941925--6941967	17	2.6	17	92	3	70	0	16	4	79	0.90
6941914--6941965	27	1.9	27	84	7	70	0	21	3	75	0.97
6952394--6952558	42	3.9	41	73	7	134	30	23	16	29	1.96
6959656--6959680	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6960464--6960511	14	3.8	13	76	18	57	37	2	0	60	1.09
6960467--6960511	23	2.0	23	86	0	63	37	2	0	60	1.09
6971764--6971813	22	2.3	22	86	6	66	22	4	10	64	1.41
6974738--6975006	134	2.0	134	99	0	529	33	9	21	36	1.86
6976137--6976178	22	1.9	23	85	9	61	40	7	7	45	1.59
6981122--6981184	7	8.9	7	76	10	56	44	1	0	53	1.10
6981130--6981186	16	3.9	15	76	15	57	47	1	0	50	1.11
6982900--6982937	12	3.2	12	100	0	76	39	0	0	60	0.97
6983570--6983602	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
6987614--6987666	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6989149--6989232	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6990201--6990238	20	1.9	20	94	0	67	52	7	0	39	1.31
6990257--6990357	49	2.1	49	96	0	184	60	8	5	24	1.49
6993055--6993217	43	3.8	43	82	6	170	33	25	16	25	1.96
6993055--6993217	86	1.9	85	83	6	213	33	25	16	25	1.96
7001049--7001171	42	2.9	42	81	6	149	33	24	17	24	1.97
7002615--7002660	15	3.3	14	82	17	60	60	4	2	32	1.28
7003553--7003628	29	2.6	29	87	2	98	26	31	18	23	1.97
7003852--7003902	8	6.4	8	73	8	50	9	21	19	49	1.77
7005505--7005567	30	2.1	30	91	5	101	58	15	1	23	1.46
7006539--7006574	18	2.0	18	94	0	63	63	0	5	30	1.17
7006534--7006575	18	2.4	18	84	4	59	59	0	4	35	1.19
7013080--7013123	22	1.9	24	90	9	74	70	15	13	0	1.17
7018146--7018242	20	4.8	19	80	7	86	37	16	9	37	1.81
7018135--7018222	40	2.2	41	82	13	112	38	15	7	37	1.77
7018409--7018523	23	4.9	23	74	13	74	35	17	21	25	1.95
7040635--7040673	21	1.9	20	84	5	51	56	5	0	38	1.22
7041139--7041202	3	21.3	3	80	0	74	31	37	1	29	1.67
7041202--7041248	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
7042111--7042140	14	2.1	14	100	0	60	40	13	6	40	1.71
7042256--7042353	43	2.3	42	80	13	103	41	9	0	48	1.35
7042969--7043011	22	1.9	23	86	13	63	58	2	6	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7044044--7044084	20	2.0	20	85	0	55	36	24	19	19	1.95
7044147--7044186	20	2.1	19	95	4	71	32	5	0	62	1.17
7046245--7046296	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
7046387--7046771	192	2.0	192	97	0	725	33	12	19	34	1.89
7048978--7049022	20	2.1	22	84	8	58	42	0	11	46	1.39
7052207--7052283	31	2.4	32	89	4	129	20	27	35	16	1.95
7054343--7054397	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
7054405--7054489	31	2.8	31	91	3	129	68	4	18	8	1.33
7054466--7054513	21	2.4	19	78	18	53	70	4	20	4	1.21
7054412--7054527	26	4.3	27	76	11	87	68	3	21	6	1.26
7054498--7054533	15	2.2	17	90	9	58	69	0	30	0	0.89
7057187--7057377	40	4.7	40	83	3	231	34	26	15	24	1.95
7063308--7063374	24	3.0	22	77	12	64	29	19	17	32	1.95
7063330--7063398	24	2.8	25	80	8	79	28	21	17	31	1.96
7068125--7068308	40	4.6	40	86	1	233	34	27	14	23	1.94
7069511--7069549	14	2.5	16	84	16	55	35	0	23	41	1.55
7071894--7071932	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
7077371--7077424	9	5.5	10	81	18	60	33	0	0	66	0.92
7077790--7077818	14	2.1	14	100	0	58	37	27	20	13	1.91
7078391--7078421	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7079453--7079513	28	2.2	28	96	0	113	40	3	13	42	1.60
7082891--7082964	27	2.7	27	79	4	69	20	31	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7088605--7088719	27	4.3	27	82	2	133	16	37	15	30	1.90
7088615--7088717	54	1.9	54	88	4	154	15	39	14	30	1.87
7091468--7091492	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7091814--7091866	28	1.9	27	81	11	63	58	3	3	33	1.34
7095992--7096025	14	2.4	14	90	0	50	50	2	8	38	1.49
7097579--7097654	35	2.1	35	85	7	98	50	5	0	44	1.24
7100751--7100813	34	2.0	33	81	12	78	50	6	14	28	1.67
7101439--7101709	145	1.8	145	82	5	346	42	16	5	35	1.73
7104481--7104861	44	8.5	44	70	8	140	29	24	18	28	1.98
7104504--7104683	95	1.9	96	82	3	229	27	22	18	31	1.97
7104519--7104874	133	2.6	133	83	4	426	28	24	18	28	1.98
7105008--7105040	15	2.1	16	88	11	50	27	12	9	51	1.69
7114212--7114422	56	3.8	56	88	0	296	29	16	22	31	1.96
7115925--7115972	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
7116430--7116473	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
7121738--7121772	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7138115--7138235	64	1.9	64	96	0	224	36	4	25	33	1.78
7138115--7138270	64	2.3	64	89	7	222	34	4	26	34	1.77
7138463--7138766	122	2.5	124	78	6	314	37	4	21	36	1.74
7138848--7139258	60	6.5	67	71	13	180	36	2	22	37	1.70
7138848--7139258	129	3.3	123	79	11	372	36	2	22	37	1.70
7138969--7139332	61	5.9	60	73	10	234	36	3	23	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7139304--7139415	57	1.9	58	89	5	174	31	1	24	42	1.65
7139770--7139804	17	2.1	17	88	0	52	22	11	17	48	1.79
7140589--7140650	30	2.1	31	81	6	74	48	14	1	35	1.54
7144326--7144493	51	3.3	51	86	1	230	32	13	22	30	1.93
7145716--7145778	31	2.1	31	90	3	101	25	3	12	58	1.49
7149452--7149538	42	2.1	41	85	8	113	42	5	10	41	1.63
7151140--7151181	17	2.4	17	92	4	66	71	9	11	7	1.31
7151140--7151188	17	2.9	17	84	6	55	73	8	10	8	1.25
7151327--7151386	3	21.0	3	73	10	54	63	0	35	1	1.05
7151926--7151994	30	2.3	30	100	0	138	62	0	2	34	1.10
7152116--7152161	17	2.7	17	96	0	83	58	0	4	36	1.18
7151975--7152309	163	2.0	166	89	2	514	56	6	6	30	1.50
7152406--7152441	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
7152132--7152656	150	3.5	150	90	2	817	57	6	8	28	1.52
7151952--7152656	301	2.3	302	89	6	1050	56	6	7	29	1.52
7154324--7154384	26	2.3	27	94	2	106	44	6	9	39	1.64
7172011--7172052	20	2.1	20	83	16	52	21	11	23	42	1.86
7172477--7172528	26	2.0	27	85	11	72	23	5	21	50	1.70
7175337--7175362	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7184599--7184662	6	10.7	6	81	6	58	39	18	21	20	1.93
7184599--7184662	18	3.6	18	77	8	67	39	18	21	20	1.93
7187362--7187447	41	2.1	41	91	0	136	30	11	20	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7191563--7191656	34	2.9	32	87	6	134	37	1	15	45	1.54
7195503--7195544	18	2.3	19	80	12	52	42	7	26	23	1.80
7197308--7197369	30	2.1	30	93	0	106	38	3	27	30	1.72
7208444--7208515	29	2.4	29	84	8	92	29	6	6	56	1.52
7211829--7211857	14	2.0	15	93	6	51	68	0	24	6	1.13
7220469--7220551	28	3.0	28	81	8	73	44	1	0	54	1.08
7227441--7227568	64	2.0	64	100	0	256	35	10	18	34	1.86
7234334--7234407	36	2.1	36	100	0	148	27	16	21	35	1.94
7235806--7235851	21	2.2	21	84	7	58	41	6	30	21	1.78
7239953--7239984	15	2.2	15	94	5	57	25	9	0	65	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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