genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89256179--89256205	7	3.9	7	100	0	54	14	0	40	44	1.46
89259647--89259738	46	2.0	44	87	8	132	40	25	3	31	1.71
89259717--89259783	16	4.2	16	88	3	100	25	26	5	41	1.78
89259717--89259783	32	2.1	32	94	0	116	25	26	5	41	1.78
89260065--89260106	21	2.0	21	95	0	75	64	4	11	19	1.44
89260066--89260118	21	2.5	21	87	3	70	62	3	13	20	1.46
89261726--89261766	2	20.0	2	95	5	73	48	2	0	48	1.14
89261873--89261932	20	3.0	20	78	11	61	38	3	0	58	1.15
89274843--89275048	94	2.2	94	89	1	317	57	12	19	10	1.64
89275767--89275810	21	2.0	22	86	4	63	59	2	0	38	1.10
89275829--89275868	17	2.4	17	95	0	71	47	15	17	20	1.83
89285987--89286054	33	2.1	33	100	0	136	42	8	13	35	1.75
89286393--89286431	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
89293863--89294027	58	2.9	56	81	10	165	42	1	3	52	1.27
89294194--89294248	16	3.4	16	92	0	92	27	29	7	36	1.84
89294684--89294727	22	2.0	23	81	4	54	45	9	9	36	1.68
89294855--89294901	16	2.9	16	90	0	67	44	6	23	25	1.77
89295034--89295071	19	2.0	20	84	5	51	36	0	13	50	1.42
89304001--89304062	32	1.9	32	100	0	124	32	19	14	33	1.92
89307988--89308020	16	2.1	16	94	0	57	30	3	0	66	1.06
89307991--89308053	28	2.3	25	76	23	65	30	3	3	63	1.25
89313896--89314009	39	2.9	39	89	0	174	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89315473--89315498	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
89318097--89318190	27	3.5	26	82	5	107	21	29	25	23	1.99
89324825--89325034	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
89332960--89333169	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
89336266--89336307	19	2.2	20	91	4	68	54	0	7	38	1.28
89336758--89336811	18	3.2	17	75	19	51	61	1	1	35	1.18
89336708--89336810	16	6.5	15	68	17	50	60	1	3	33	1.26
89338528--89338610	43	1.9	43	82	2	103	26	27	15	30	1.96
89338573--89339536	205	4.7	205	97	0	1757	28	21	18	30	1.97
89340479--89340547	1	69.0	1	73	0	57	0	13	0	86	0.56
89340479--89340545	7	9.9	7	77	16	70	0	13	0	86	0.57
89340480--89340547	6	11.7	6	84	12	81	0	13	0	86	0.56
89340479--89340545	18	3.7	18	84	11	93	0	13	0	86	0.57
89349945--89349986	19	2.2	20	91	4	68	54	0	7	38	1.28
89350329--89350372	15	2.9	15	86	3	52	61	2	2	34	1.21
89350438--89350491	18	3.2	17	75	19	51	61	1	1	35	1.18
89354639--89354706	26	2.7	26	88	2	102	36	25	22	16	1.94
89354639--89354721	26	3.2	26	81	8	73	34	25	22	16	1.95
89356717--89356749	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
89356966--89357008	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
89358017--89358163	43	3.4	43	76	9	138	26	17	27	28	1.98
89360871--89360957	25	3.5	25	75	6	86	29	21	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89360927--89361015	25	3.6	25	80	6	90	38	20	22	19	1.94
89361346--89361399	23	2.3	23	100	0	108	42	24	0	33	1.55
89362385--89362435	26	2.0	26	96	0	93	33	21	11	33	1.90
89375470--89375494	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
89375488--89375545	19	2.9	20	87	7	82	63	1	0	34	1.04
89375486--89375556	29	2.4	29	85	4	88	64	1	1	32	1.11
89375486--89375549	14	4.9	13	71	19	53	64	1	0	34	1.03
89377403--89377518	57	2.0	57	100	0	232	27	19	24	28	1.99
89391012--89391216	94	2.2	94	89	1	315	56	12	20	11	1.66
89392460--89392496	6	6.2	6	100	0	74	35	64	0	0	0.94
89396251--89396402	31	4.9	31	86	0	205	42	18	12	26	1.86
89396251--89396402	62	2.5	62	88	0	232	42	18	12	26	1.86
89399842--89400046	94	2.2	94	92	1	333	56	12	20	11	1.66
89408831--89408866	17	2.1	17	94	0	63	27	13	16	41	1.87
89413079--89413141	30	2.1	30	84	0	81	15	26	30	26	1.96
89414754--89414879	27	4.7	27	94	0	207	22	30	26	20	1.98
89417733--89417896	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
89417733--89417930	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
89420939--89420975	6	6.2	6	100	0	74	0	0	64	35	0.94
89422223--89422423	94	2.2	94	89	1	307	11	20	12	55	1.67
89431107--89431222	57	2.0	57	100	0	232	28	24	19	27	1.99
89437314--89437373	26	2.4	25	81	13	70	68	3	0	28	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89437344--89437399	21	2.7	22	83	8	64	69	5	0	25	1.09
89437449--89437481	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
89442146--89442192	23	2.0	23	100	0	94	12	8	38	40	1.74
89444107--89444136	10	2.8	11	90	10	53	60	6	16	16	1.56
89444659--89444712	26	2.1	26	89	0	81	33	12	20	33	1.91
89446079--89446127	25	2.0	25	84	8	64	14	28	18	38	1.90
89448411--89448487	26	3.0	26	83	5	95	18	24	22	35	1.96
89451671--89451714	17	2.6	17	100	0	88	25	4	25	45	1.72
89457907--89457997	19	4.9	19	90	8	152	37	12	15	35	1.84
89457928--89457983	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
89457907--89457997	35	2.5	37	89	8	141	37	12	15	35	1.84
89461739--89461851	56	2.0	56	100	0	226	31	19	5	43	1.73
89466348--89466509	89	1.8	87	84	5	218	30	17	23	28	1.97
89466543--89466834	78	3.7	77	89	3	442	33	19	22	24	1.97
89466759--89466966	89	2.4	88	77	11	210	30	17	23	28	1.97
89466996--89467369	78	4.6	78	85	6	430	32	18	23	24	1.97
89466322--89467317	454	2.2	452	93	1	1717	32	18	22	25	1.97
89467304--89467450	45	3.3	45	85	4	181	33	17	27	22	1.96
89467759--89467815	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
89467757--89467847	19	4.9	19	89	8	152	38	9	15	36	1.81
89467757--89467847	37	2.5	37	94	1	157	38	9	15	36	1.81
89467757--89467870	19	5.8	22	85	10	87	37	8	15	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89469246--89469344	27	3.7	27	94	0	171	20	28	30	21	1.98
89470961--89471034	30	2.5	30	84	0	94	21	31	31	16	1.95
89475293--89475328	17	2.1	17	94	0	63	38	13	16	30	1.88
89481471--89481505	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
89485691--89485748	30	1.9	30	89	0	89	15	37	12	34	1.85
89487763--89487967	94	2.2	94	92	1	333	11	20	12	56	1.66
89491399--89491543	31	4.7	31	86	0	200	26	13	19	40	1.88
89491399--89491543	62	2.3	62	89	0	227	26	13	19	40	1.88
89498399--89498562	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
89498399--89498596	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
89500737--89500823	19	4.7	19	88	5	142	35	16	11	36	1.84
89500737--89500817	36	2.2	36	88	4	126	35	14	12	37	1.84
89500737--89500833	36	2.6	35	73	20	90	36	15	11	37	1.83
89501508--89501590	44	1.9	43	87	2	121	24	21	18	36	1.95
89501452--89502294	220	3.8	220	94	0	1476	27	22	18	32	1.96
89501581--89501741	89	1.8	87	88	5	243	27	22	17	32	1.96
89501801--89501961	89	1.8	88	88	7	247	28	22	16	31	1.96
89502018--89502178	89	1.8	87	90	5	261	27	23	16	31	1.96
89501452--89502294	437	1.9	438	95	0	1526	27	22	18	32	1.96
89502358--89502453	44	2.2	44	90	1	149	28	20	21	29	1.98
89507953--89508102	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
89507992--89508118	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89512217--89512263	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
89512234--89512312	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
89512234--89512306	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
89512235--89512322	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
89515262--89515447	40	4.7	40	87	5	218	26	26	21	25	2.00
89517692--89517738	24	2.0	24	83	8	60	2	38	14	44	1.58
89523176--89523259	26	3.2	26	93	0	141	34	4	23	36	1.76
89524742--89524794	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
89528943--89529026	26	3.2	26	93	0	141	34	4	23	36	1.76
89530502--89530554	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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