genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83008515--83008544	15	2.0	15	93	0	51	70	0	26	3	1.03
83016083--83016222	71	2.0	71	91	0	226	36	25	9	28	1.87
83016942--83016990	25	2.0	25	100	0	98	36	12	18	32	1.88
83020967--83021045	39	2.1	39	97	2	151	29	5	7	58	1.47
83025150--83025236	30	2.9	30	82	5	95	49	2	1	47	1.21
83028826--83028864	20	2.0	20	84	0	51	46	12	7	33	1.71
83032033--83032154	47	2.6	44	81	12	147	28	16	31	23	1.96
83032157--83032184	14	2.0	14	100	0	56	21	35	28	14	1.92
83037239--83037456	40	5.5	40	88	2	298	25	28	23	22	1.99
83041441--83041540	50	2.0	50	98	0	191	31	24	19	26	1.98
83043048--83043313	46	5.7	46	78	9	220	30	18	27	23	1.98
83047136--83047501	48	7.6	48	78	4	353	28	19	27	24	1.99
83047123--83047502	96	4.0	96	85	2	460	28	19	27	24	1.99
83047133--83047501	144	2.6	143	81	4	393	28	20	27	24	1.99
83050991--83051356	180	2.0	179	86	3	513	34	19	9	37	1.83
83051924--83052310	101	3.8	100	77	3	267	29	26	18	25	1.98
83051927--83052311	151	2.5	151	89	0	565	30	26	18	24	1.98
83051924--83052357	50	8.6	50	78	3	404	30	26	18	25	1.98
83051923--83052355	151	2.9	150	83	4	557	30	26	18	24	1.97
83059613--83059642	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
83060234--83060414	40	4.6	40	90	2	260	27	23	27	20	1.99
83064247--83064366	57	2.1	58	83	7	147	40	16	15	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83065556--83065722	40	4.2	40	77	6	162	25	22	27	23	2.00
83067273--83067463	30	6.5	30	91	5	291	27	25	13	33	1.93
83075469--83075586	56	2.1	56	82	7	150	40	16	16	26	1.89
83076771--83076937	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
83086127--83086307	40	4.6	40	87	2	242	28	23	27	21	1.99
83092658--83092824	90	1.9	90	84	2	228	26	27	17	28	1.97
83092748--83092867	42	2.9	42	87	0	159	30	29	15	25	1.95
83092695--83092951	48	5.6	46	75	11	156	29	28	16	26	1.97
83092657--83092952	132	2.2	137	80	7	320	28	28	16	27	1.97
83092831--83093000	48	3.5	49	84	4	186	29	28	15	26	1.96
83093095--83093139	22	2.0	22	100	0	90	40	26	13	20	1.89
83099621--83099791	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.98
83099616--83099788	46	3.7	46	76	13	183	30	26	20	22	1.98
83103526--83103583	29	2.0	29	100	0	116	37	20	17	24	1.93
83109448--83109665	40	5.5	40	79	3	242	30	16	30	22	1.96
83116891--83116939	17	3.1	17	75	19	52	36	22	0	40	1.54
83127693--83127725	8	4.2	8	88	3	50	24	0	0	75	0.80
83130129--83130173	19	2.3	20	96	3	83	22	6	11	60	1.54
83132276--83132348	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
83151723--83151766	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
83151862--83151952	42	2.1	43	87	2	130	29	26	14	29	1.95
83155113--83155261	41	3.6	39	74	10	104	30	26	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83168728--83168774	23	2.0	23	95	0	85	55	19	4	21	1.60
83173214--83173344	40	3.3	40	78	2	147	25	23	26	23	2.00
83174934--83174989	20	2.8	20	91	0	94	33	21	10	33	1.88
83182126--83182189	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
83182403--83182517	22	5.1	23	93	5	184	29	21	20	28	1.98
83182382--83182517	22	6.0	22	88	8	177	28	22	20	27	1.99
83182568--83182634	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
83182568--83182623	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
83188094--83188310	40	5.4	40	88	2	287	22	23	29	25	1.99
83198154--83198183	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
83206202--83206245	20	2.2	20	91	0	70	15	36	31	15	1.90
83209714--83209945	49	4.7	50	80	2	243	30	27	17	25	1.97
83209714--83209943	101	2.3	100	82	5	279	30	26	17	25	1.97
83219043--83219144	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
83226764--83226865	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
83237940--83238041	3	34.3	3	98	2	197	32	0	0	67	0.91
83239207--83239517	47	6.6	48	74	15	228	28	18	29	23	1.98
83239207--83239518	46	6.6	49	78	10	264	28	18	29	23	1.98
83239248--83239518	47	5.8	48	76	12	233	27	18	30	22	1.98
83240597--83240636	21	2.0	21	85	5	55	12	37	30	20	1.89
83242397--83242426	13	2.3	13	94	0	51	13	13	0	73	1.10
83243842--83244308	48	9.7	48	77	2	434	27	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83243836--83244302	96	4.8	96	84	1	594	28	18	26	26	1.98
83243840--83244302	192	2.4	192	87	0	656	28	18	26	26	1.98
83245913--83245976	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
83246168--83246334	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
83246167--83246334	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
83246385--83246444	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
83247774--83248118	27	12.8	27	87	4	392	40	8	22	28	1.83
83248043--83248346	27	11.3	27	84	3	224	32	8	20	37	1.84
83248196--83248363	27	6.3	26	86	2	165	32	7	18	42	1.77
83258675--83258719	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
83259223--83259248	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
83259497--83259572	34	2.2	34	88	0	107	23	23	26	26	2.00
83266627--83266774	40	3.7	39	89	4	217	25	27	23	23	2.00
83266614--83266774	80	2.0	81	89	6	247	25	27	23	22	2.00
83270633--83270804	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	20	1.98
83270629--83270800	46	3.7	46	80	4	211	28	29	21	20	1.98
83272454--83272534	42	1.9	42	87	0	117	37	18	13	30	1.90
83273974--83274149	46	3.8	46	80	4	210	21	20	28	28	1.98
83273970--83274141	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
83282376--83282445	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
83282376--83282457	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
83288800--83288889	45	2.0	45	100	0	180	51	11	8	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83288824--83288889	16	4.3	15	68	27	50	51	10	9	28	1.67
83295565--83295595	16	1.9	16	93	0	53	12	35	35	16	1.87
83301205--83301242	19	2.0	20	89	5	60	28	28	15	26	1.96
83303639--83303718	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
83303690--83303919	43	5.4	43	89	3	333	12	23	33	30	1.92
83304236--83304361	45	2.9	44	80	11	136	24	22	27	25	2.00
83306311--83306339	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
83308815--83308840	11	2.4	11	100	0	52	30	0	19	50	1.48
83318494--83318527	6	5.7	6	96	0	59	2	64	14	17	1.40
83324002--83324109	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
83331391--83331498	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
83339483--83339778	44	6.8	44	80	7	293	25	20	28	25	1.99
83339475--83339705	89	2.6	88	90	4	347	25	20	26	27	1.99
83339884--83339967	42	2.0	42	97	0	159	34	2	21	41	1.66
83341862--83341914	17	3.1	17	78	13	54	24	1	0	73	0.93
83341871--83341930	16	3.7	16	70	12	50	20	5	0	75	0.99
83357121--83357662	47	11.6	45	71	14	259	24	27	18	29	1.98
83357121--83357567	93	4.8	93	85	1	574	24	27	18	29	1.98
83357390--83357662	140	2.0	140	82	6	340	23	28	18	29	1.98
83357143--83357620	186	2.6	186	83	3	570	24	27	18	29	1.98
83364674--83364801	47	2.7	47	86	2	159	31	25	15	28	1.96
83364803--83364831	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83364830--83365038	31	6.7	31	89	0	292	26	25	19	29	1.98
83365016--83365191	49	3.5	49	92	4	273	26	22	17	34	1.95
83365016--83365191	50	3.5	50	92	3	284	26	22	17	34	1.95
83366217--83366253	18	2.1	18	90	5	58	37	16	2	43	1.62
83368377--83368734	47	7.7	45	72	14	216	23	28	18	29	1.98
83368378--83368636	93	2.8	92	82	4	322	23	28	17	30	1.97
83368378--83368733	93	3.8	89	76	11	263	23	28	18	29	1.98
83368378--83368733	140	2.6	137	80	9	357	23	28	18	29	1.98
83373504--83373738	128	1.8	128	92	1	400	34	13	16	35	1.88
83375153--83375244	41	2.2	41	90	0	148	14	35	26	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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