genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37816622--37816724	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
37823605--37823677	29	2.5	29	80	4	85	28	32	15	23	1.95
37825041--37825170	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
37825057--37825207	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
37825041--37825207	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
37831281--37831541	40	6.6	39	79	10	237	25	23	27	23	2.00
37831281--37831541	80	3.3	80	83	4	296	25	23	27	23	2.00
37831281--37831505	120	1.9	121	84	6	305	24	24	28	22	2.00
37833233--37833278	22	2.1	22	83	0	56	47	13	2	36	1.54
37834654--37834687	17	2.0	17	88	0	50	8	26	0	64	1.22
37841158--37841196	21	1.9	21	89	5	62	10	33	30	25	1.89
37843484--37843634	67	2.3	66	84	4	191	29	14	33	23	1.94
37854017--37854224	47	4.5	48	85	6	218	28	18	28	24	1.98
37861639--37861807	47	3.6	46	83	7	166	28	18	28	24	1.98
37868882--37869042	29	5.6	29	88	1	103	26	31	16	26	1.96
37868881--37869042	58	2.8	59	86	3	204	25	30	16	27	1.96
37876109--37876154	23	2.0	23	86	4	65	56	10	10	21	1.64
37878057--37878106	19	2.6	19	80	3	55	62	16	14	8	1.54
37882578--37882645	27	2.5	27	90	4	102	38	13	17	30	1.88
37883107--37883177	32	2.2	33	80	7	83	25	16	19	38	1.93
37883395--37883454	27	2.2	27	75	0	66	21	20	25	33	1.97
37891404--37891525	42	2.9	42	75	7	113	28	22	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37897051--37897219	46	3.7	46	76	15	186	22	19	27	30	1.98
37897044--37897214	93	1.8	93	91	2	281	21	20	28	29	1.98
37898589--37898641	19	2.7	19	78	21	56	9	7	13	69	1.35
37900562--37900661	27	3.5	28	90	5	139	28	12	27	33	1.92
37906225--37906322	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
37913901--37913998	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
37918364--37918433	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
37918364--37918446	27	3.0	27	89	5	96	30	14	24	31	1.94
37922435--37922618	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
37922475--37922663	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
37930553--37930736	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
37930593--37930781	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
37943484--37943625	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
37943523--37943651	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
37949019--37949058	19	2.1	19	86	9	55	65	0	2	32	1.06
37949309--37949384	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
37949345--37949435	19	4.9	19	89	8	152	36	14	10	38	1.81
37949338--37949435	35	2.7	37	84	12	141	35	15	10	38	1.81
37949553--37949593	21	2.0	20	85	4	55	12	2	14	70	1.26
37950327--37950357	16	1.9	16	100	0	62	25	19	22	32	1.97
37952387--37952422	18	2.0	18	94	0	63	63	16	2	16	1.42
37960198--37960323	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37960137--37960323	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
37961993--37962060	34	2.0	34	100	0	136	23	29	20	26	1.99
37962052--37962221	27	6.3	27	86	1	216	25	17	20	37	1.94
37962052--37962259	81	2.6	81	85	3	258	25	15	20	38	1.92
37962052--37962283	27	8.6	27	85	2	209	26	14	20	38	1.91
37962077--37962340	54	4.9	54	83	3	239	29	12	19	39	1.88
37962106--37962364	81	3.2	80	81	6	265	28	11	20	39	1.87
37962212--37962419	27	7.7	27	88	1	265	29	6	21	42	1.78
37962214--37962419	81	2.5	81	89	0	313	29	6	20	42	1.78
37966101--37966188	27	3.3	27	77	6	90	36	19	19	25	1.95
37966551--37966651	33	3.0	33	88	1	139	24	21	27	25	1.99
37966617--37966672	28	2.0	28	82	0	67	21	23	28	26	1.99
37973382--37973567	39	4.7	39	87	0	228	24	20	31	23	1.98
37973392--37973605	78	2.7	78	83	5	207	25	21	31	22	1.98
37977330--37977354	13	1.9	13	100	0	50	28	16	24	32	1.96
37985868--37986040	38	4.5	38	82	1	175	34	23	19	22	1.96
37989823--37989886	31	2.1	31	84	0	83	23	23	14	39	1.91
37990078--37990245	24	7.0	24	92	4	250	26	22	22	28	1.99
37990077--37990245	71	2.3	71	89	5	250	26	22	22	28	1.99
37990294--37990354	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
37990294--37990349	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
37990397--37990444	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37991604--37992054	27	16.7	27	84	5	500	39	8	23	28	1.84
37991605--37992054	81	5.6	81	84	5	561	39	8	23	28	1.84
37996061--37996148	44	2.0	44	86	4	124	29	28	17	25	1.97
37998720--37998788	28	2.5	28	82	0	84	28	13	27	30	1.94
37998742--37998801	28	2.1	28	84	0	75	35	11	18	35	1.87
38004836--38004911	37	2.1	37	83	14	95	26	7	22	43	1.80
38012780--38012872	40	2.3	40	92	0	150	31	17	21	30	1.96
38014616--38014672	28	2.0	28	96	0	105	47	22	8	21	1.78
38015707--38015778	22	3.4	22	69	11	69	41	18	27	12	1.86
38015712--38015802	42	2.2	42	92	4	148	41	17	26	14	1.88
38016809--38016855	16	2.9	16	81	12	60	25	10	0	63	1.26
38018998--38019251	47	5.5	45	74	11	165	31	18	26	23	1.97
38021704--38021779	30	2.6	30	95	4	138	39	6	7	46	1.59
38022486--38022530	22	2.0	22	100	0	90	42	26	8	22	1.83
38026270--38026316	2	23.5	2	100	0	94	0	51	0	48	1.00
38026759--38026819	18	3.4	18	68	8	61	62	4	4	27	1.37
38026759--38026830	36	2.0	36	100	0	144	55	8	8	27	1.58
38027104--38027154	3	16.3	3	76	15	50	62	3	1	31	1.24
38027590--38027652	11	5.5	11	78	16	65	39	0	0	60	0.97
38027616--38027659	23	1.9	23	95	0	79	34	2	0	63	1.07
38027796--38027826	14	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
38030394--38030658	40	6.7	40	87	2	329	23	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38059162--38059264	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
38060798--38061011	29	7.3	29	84	5	243	20	26	14	38	1.90
38060798--38060965	59	2.8	59	88	2	239	20	29	13	36	1.91
38061067--38061120	25	2.2	25	96	0	99	53	5	3	37	1.42
38065917--38065943	10	2.7	10	100	0	54	59	11	0	29	1.32
38065935--38065968	15	2.3	15	100	0	68	41	11	0	47	1.40
38067053--38067078	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
38073325--38073437	48	2.4	47	77	4	109	23	18	26	30	1.98
38073415--38073578	90	1.8	90	84	2	222	29	19	23	27	1.98
38074867--38074908	19	2.2	19	91	0	66	21	19	40	19	1.92
38075405--38075429	13	1.9	13	100	0	50	20	8	16	56	1.65
38076493--38076645	27	5.7	27	82	0	173	37	9	26	26	1.86
38078409--38078530	43	2.9	42	81	7	165	29	24	13	31	1.94
38078630--38078681	25	2.1	25	96	0	95	53	13	3	28	1.57
38082432--38082516	43	2.0	43	85	0	116	32	24	16	25	1.96
38093369--38093402	12	2.8	12	90	0	50	8	23	44	23	1.81
38094001--38094078	40	2.0	40	92	0	129	16	14	34	34	1.89
38098225--38098314	40	2.2	40	83	11	105	27	24	17	30	1.97
38100882--38101007	48	2.6	48	87	1	173	33	23	13	30	1.93
38108944--38108981	16	2.3	16	95	4	67	23	13	15	47	1.81
38118973--38119095	37	3.3	37	97	0	228	22	33	20	23	1.97
38119159--38119276	58	2.0	59	85	1	157	28	27	6	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38119218--38119373	48	3.3	48	99	0	305	32	26	7	33	1.85
38119351--38119567	47	4.6	47	95	0	389	29	29	8	31	1.87
38123019--38123450	40	10.8	40	93	1	706	25	27	20	26	1.99
38125166--38125288	37	3.3	37	95	0	219	22	32	20	24	1.98
38125337--38125556	48	4.6	48	91	0	332	30	27	8	34	1.86
38125534--38125750	47	4.6	47	98	0	407	29	29	8	31	1.87
38130063--38130114	24	2.3	22	77	12	52	51	1	1	44	1.23
38130826--38130884	27	2.1	27	84	3	73	32	22	3	42	1.70
38132458--38132487	15	1.9	16	93	6	53	30	10	13	46	1.75
38136277--38136455	40	4.5	40	93	2	292	25	27	23	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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