genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12905243--12905367	40	3.1	41	80	7	125	25	24	26	23	2.00
12908045--12908226	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
12908230--12908340	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
12916488--12916597	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
12916488--12916637	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
12918110--12918298	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
12918020--12918330	123	2.5	123	96	0	559	34	26	9	30	1.88
12922933--12923100	40	4.2	40	78	6	189	25	21	27	26	1.99
12924495--12924810	46	6.7	48	74	12	187	29	18	28	23	1.98
12924677--12924808	49	2.7	49	82	6	160	26	18	31	23	1.98
12927590--12927752	71	2.3	70	97	1	308	19	28	18	33	1.95
12929045--12929170	45	2.8	45	87	4	175	36	29	14	19	1.91
12930685--12930739	25	2.3	25	84	9	71	40	0	5	54	1.23
12934299--12934350	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
12935795--12935823	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
12935802--12935874	27	2.7	27	91	2	110	58	9	2	28	1.43
12937126--12937176	21	2.5	20	84	9	59	11	29	25	33	1.91
12940285--12940386	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
12947671--12947931	46	5.6	47	73	13	202	27	18	29	23	1.98
12948126--12948180	26	2.1	26	96	0	101	34	5	23	36	1.78
12951298--12951322	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
12955733--12955774	22	1.9	22	90	0	66	23	4	26	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12958572--12958614	10	3.9	10	78	21	50	25	0	23	51	1.49
12963034--12963288	40	6.4	40	88	2	338	25	29	22	22	1.99
12971171--12971313	40	3.6	40	90	1	207	25	30	23	20	1.99
12975627--12975765	42	3.2	43	76	5	120	27	17	23	30	1.97
12975627--12975783	43	3.7	43	73	7	131	26	18	24	30	1.98
12976352--12976438	43	2.0	43	100	0	174	36	13	11	37	1.81
12978483--12978818	168	2.0	168	100	0	672	30	14	21	33	1.93
12979952--12980499	47	11.6	47	94	1	925	32	8	29	29	1.86
12979952--12980499	143	3.9	143	95	0	942	32	8	29	29	1.86
12982979--12983121	48	3.0	48	90	0	214	27	20	22	28	1.99
12989774--12989837	31	2.1	31	100	0	128	35	21	14	28	1.92
12998507--12998561	23	2.4	23	87	0	74	32	47	0	20	1.50
13015561--13015592	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
13016089--13016146	30	1.9	30	89	0	89	31	37	15	15	1.89
13016089--13016154	30	2.2	30	83	5	80	30	39	16	13	1.87
13016497--13016537	21	2.0	21	100	0	82	36	48	14	0	1.44
13031732--13031783	26	2.0	26	100	0	104	46	11	0	42	1.40
13033486--13033591	41	2.6	41	76	18	112	25	21	24	28	1.99
13034335--13034375	21	1.9	22	85	5	57	21	4	19	53	1.63
13034635--13034774	66	2.1	65	79	6	149	20	26	28	24	1.99
13036490--13036765	95	2.9	95	85	3	340	26	18	29	25	1.98
13036487--13036765	50	5.9	48	75	10	241	26	17	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13040003--13040126	46	2.7	46	82	9	155	30	17	29	22	1.97
13040186--13040358	49	3.6	49	83	3	181	26	21	28	23	1.99
13042222--13042280	29	2.0	29	100	0	118	32	13	20	33	1.91
13044913--13044961	25	2.0	25	92	8	82	32	4	14	48	1.62
13051891--13051989	42	2.4	41	80	13	112	24	21	25	29	1.99
13063691--13063731	21	1.9	22	85	5	57	21	4	19	53	1.63
13064535--13065028	126	3.9	127	88	2	681	26	17	17	37	1.92
13064534--13065025	254	1.9	254	86	2	704	27	17	17	38	1.92
13065135--13065736	34	19.0	32	66	22	174	41	19	1	36	1.63
13065189--13065488	30	10.0	29	73	18	190	40	22	2	35	1.67
13065189--13065737	64	8.9	63	74	16	364	41	20	2	36	1.63
13065189--13065708	121	4.2	121	78	10	527	41	20	2	36	1.64
13065445--13065530	42	2.0	42	90	0	136	38	17	1	43	1.57
13065324--13065737	163	2.6	156	83	7	497	42	19	1	37	1.60
13065554--13065737	30	6.1	29	68	21	103	44	16	0	38	1.52
13065510--13065689	86	2.1	86	93	0	306	43	18	1	36	1.58
13065574--13065626	22	2.4	22	90	0	79	43	16	0	39	1.49
13068544--13068589	16	2.7	17	80	10	58	45	0	0	54	0.99
13069174--13069204	8	3.9	8	100	0	62	22	0	0	77	0.77
13069165--13069202	16	2.4	16	90	0	58	26	0	2	71	1.00
13075479--13075503	6	4.2	6	100	0	50	32	48	20	0	1.50
13075894--13075942	22	2.2	22	96	0	89	24	4	6	65	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13076371--13076434	31	2.1	31	84	0	83	28	20	6	45	1.75
13077595--13077634	19	2.1	19	100	0	80	22	20	22	35	1.96
13078082--13078144	29	2.2	29	88	0	90	17	26	31	23	1.97
13079484--13079609	46	2.7	46	93	2	200	30	27	20	20	1.98
13079486--13079628	46	3.1	45	84	7	132	30	28	20	20	1.98
13082576--13082638	31	2.0	31	100	0	126	38	15	19	26	1.92
13084053--13084077	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
13087681--13087759	40	2.0	40	100	0	158	22	25	10	41	1.85
13089544--13089676	9	14.7	9	72	14	78	43	0	3	53	1.16
13089537--13089690	55	2.8	54	73	11	134	40	0	3	55	1.16
13089628--13089683	20	2.9	20	84	7	71	44	0	3	51	1.18
13090275--13090303	6	5.0	6	91	8	51	65	0	0	34	0.93
13095074--13095117	18	2.4	18	100	0	88	54	9	25	11	1.65
13097458--13097491	16	2.1	16	100	0	68	23	11	35	29	1.90
13098603--13098642	18	2.2	19	90	4	64	55	5	0	40	1.22
13098869--13098914	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
13100186--13100219	16	2.1	16	88	0	50	52	5	11	29	1.61
13102896--13102937	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13105029--13105066	19	2.0	19	94	0	67	23	15	7	52	1.69
13105029--13105075	17	2.6	18	86	6	60	27	21	6	44	1.76
13108101--13108223	56	2.2	56	94	1	210	42	17	6	33	1.75
13109798--13110012	78	2.8	77	86	4	283	44	12	13	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13113216--13113327	27	4.1	27	78	7	120	38	21	23	16	1.93
13113216--13113327	54	2.1	54	83	3	136	38	21	23	16	1.93
13115757--13115942	75	2.4	76	92	2	311	22	31	21	24	1.98
13115755--13115941	38	4.9	39	91	5	301	21	31	21	24	1.98
13123248--13123465	38	5.7	40	85	4	173	21	31	22	24	1.98
13123280--13123465	75	2.4	76	92	2	311	22	31	20	25	1.98
13123278--13123464	38	4.9	39	90	5	292	21	31	21	25	1.98
13126793--13126847	10	5.5	10	87	8	76	67	1	9	21	1.28
13127904--13127928	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
13131585--13131612	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13133412--13134060	47	13.5	47	88	4	895	33	14	28	23	1.94
13133508--13133623	61	1.9	61	96	0	214	33	14	25	25	1.94
13133806--13133977	22	7.4	22	65	26	79	34	13	27	24	1.93
13135507--13135596	17	5.3	17	69	19	71	27	23	22	26	1.99
13135490--13135651	34	4.8	33	81	8	152	27	24	22	25	2.00
13135486--13135651	68	2.5	68	82	5	196	27	24	22	25	2.00
13136315--13136377	23	2.7	23	78	9	74	41	12	14	31	1.83
13141344--13141402	21	2.8	21	86	0	82	30	18	22	28	1.97
13143064--13143116	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
13151161--13151213	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
13153093--13153217	39	3.2	39	84	4	153	36	29	18	16	1.92
13154506--13154681	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13154503--13154674	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
13157008--13157049	22	1.9	22	100	0	84	30	11	0	57	1.35
13163266--13163322	28	2.1	28	96	3	107	63	3	3	29	1.28
13167749--13167793	22	2.0	22	100	0	90	15	40	4	40	1.67
13168372--13168462	45	2.0	45	100	0	182	41	15	2	40	1.59
13173309--13173353	20	2.2	20	88	0	63	46	2	13	37	1.55
13182311--13182380	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
13182311--13182392	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
13190329--13190398	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
13190329--13190410	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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