genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82584621--82584703	37	2.2	37	84	0	112	49	15	15	19	1.80
82584642--82584696	19	2.9	19	79	12	69	54	14	12	18	1.71
82584950--82585001	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
82585229--82585517	27	10.7	27	87	0	353	41	6	21	30	1.78
82585229--82585517	81	3.6	81	87	1	418	41	6	21	30	1.78
82589059--82589103	10	4.2	10	81	15	54	51	28	2	17	1.58
82589061--82589103	23	1.9	22	90	4	68	51	30	2	16	1.57
82597526--82597556	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
82600773--82600807	17	2.1	17	88	0	52	34	5	20	40	1.76
82609528--82609597	35	2.0	35	100	0	140	37	14	17	31	1.89
82611089--82611161	37	2.0	37	86	5	103	46	0	5	47	1.25
82611293--82611430	46	3.0	46	93	4	228	38	23	5	32	1.77
82611409--82611448	16	2.5	16	88	8	55	25	27	7	40	1.82
82611605--82611668	29	2.2	30	81	13	71	67	3	6	23	1.28
82615420--82615591	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
82615413--82615588	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
82615462--82615600	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
82620068--82620099	11	2.9	11	95	0	55	28	31	9	31	1.88
82629952--82630016	28	2.3	29	83	2	87	27	32	15	24	1.95
82632794--82632896	42	2.4	43	79	7	120	24	14	17	43	1.86
82632794--82632896	43	2.4	42	79	10	111	24	14	17	43	1.86
82647482--82647511	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82649016--82649689	268	2.5	265	81	3	726	32	25	17	24	1.97
82649016--82649698	137	5.1	137	78	4	600	32	25	17	24	1.97
82653922--82654043	43	2.9	43	71	8	108	31	23	13	31	1.94
82655496--82655532	13	2.8	13	91	4	56	35	0	0	64	0.94
82655501--82655556	21	2.8	19	75	20	53	30	0	0	69	0.89
82655497--82655557	18	3.1	19	76	13	61	29	0	0	70	0.88
82655497--82655557	19	3.1	19	75	13	61	29	0	0	70	0.88
82656220--82656273	24	2.1	27	83	10	69	29	7	5	57	1.49
82658536--82658594	24	2.5	24	78	10	61	37	0	10	52	1.35
82661785--82661941	43	3.7	43	74	10	142	26	17	24	31	1.97
82664086--82664137	19	2.7	19	81	0	59	19	21	30	28	1.97
82664644--82664669	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82664389--82664926	275	2.0	275	98	0	1040	41	7	18	32	1.78
82665311--82665337	6	4.5	6	100	0	54	14	0	14	70	1.17
82669522--82669686	40	4.2	38	79	12	165	26	22	27	23	2.00
82669522--82669670	78	1.9	78	84	6	203	26	22	27	22	1.99
82677516--82677666	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
82677553--82677682	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
82677514--82677682	80	2.1	80	82	6	209	26	23	27	23	2.00
82688443--82688473	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
82688566--82688638	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
82696533--82696605	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82704404--82704436	16	1.9	18	88	11	52	39	3	12	45	1.57
82705389--82705440	23	2.2	24	86	3	70	48	0	1	50	1.12
82707130--82707196	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
82715514--82715560	22	2.1	22	100	0	94	65	8	8	17	1.44
82723721--82723843	42	2.9	42	86	0	156	24	15	29	30	1.96
82732155--82732227	28	2.5	28	82	4	83	30	30	13	26	1.94
82738436--82738527	35	2.6	35	82	3	105	28	25	21	25	1.99
82749181--82749221	14	2.8	14	85	7	55	80	0	4	14	0.87
82749182--82749220	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
82753551--82753651	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
82761502--82761573	28	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
82781269--82781329	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82785715--82785775	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82790167--82790227	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82792696--82792739	18	2.9	14	76	23	52	13	34	0	52	1.41
82793862--82793913	27	2.0	26	88	3	77	28	15	19	36	1.92
82796024--82796195	43	4.0	43	77	10	181	22	15	27	34	1.94
82801026--82801108	29	3.0	26	73	13	85	34	10	18	36	1.85
82800989--82801106	27	4.3	27	77	11	107	32	13	15	38	1.86
82806255--82806395	43	3.3	43	83	3	167	23	16	27	32	1.96
82808162--82808329	40	4.2	40	79	3	187	24	22	27	26	2.00
82815390--82815557	40	4.2	40	79	3	187	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82819900--82819967	26	2.7	25	76	13	68	47	1	8	42	1.43
82823160--82823355	99	2.0	98	94	1	347	31	16	10	41	1.83
82825543--82825609	27	2.5	27	80	4	73	26	17	14	40	1.89
82826726--82826767	14	3.1	14	74	19	52	28	7	9	54	1.59
82831561--82831631	35	2.0	35	100	0	142	25	11	30	32	1.91
82832423--82832457	17	2.1	17	100	0	70	45	0	22	31	1.53
82844945--82845129	54	3.5	53	77	7	151	40	17	9	31	1.82
82844938--82845100	54	3.0	54	79	3	177	39	20	9	30	1.85
82844938--82845128	27	7.1	27	75	5	120	39	19	9	30	1.85
82844948--82845128	81	2.2	81	80	4	197	40	18	9	30	1.83
82845083--82845143	27	2.3	27	85	5	79	40	14	16	27	1.88
82845442--82845506	22	3.0	22	72	0	58	23	23	20	33	1.97
82845605--82845674	32	2.2	32	84	0	86	30	18	20	31	1.96
82847378--82847697	94	3.4	96	79	9	338	25	30	18	25	1.98
82872681--82872757	36	2.1	37	92	2	129	29	27	16	25	1.97
82872727--82872850	50	2.5	50	81	11	148	24	32	19	24	1.98
82872776--82873034	46	5.5	46	75	15	196	24	29	18	27	1.98
82875365--82875485	34	3.6	34	85	1	172	26	22	22	28	1.99
82875353--82875485	68	2.0	67	87	1	194	25	21	23	29	1.99
82877811--82877921	49	2.3	47	87	3	150	31	8	30	29	1.86
82879662--82879790	27	4.8	27	78	3	143	37	17	17	27	1.92
82882065--82882156	47	2.0	47	84	0	121	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82882121--82882255	55	2.4	55	91	1	216	28	14	25	31	1.94
82883912--82883952	21	2.0	21	85	9	57	21	0	17	60	1.35
82886555--82886637	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
82903002--82903071	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
82910766--82910835	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
82911860--82911909	18	2.8	18	71	0	55	10	16	2	72	1.21
82915646--82915768	42	2.9	42	84	8	151	31	23	17	26	1.97
82925384--82925496	27	4.2	26	81	7	127	15	23	23	36	1.94
82925384--82925496	54	2.1	54	86	3	156	15	23	23	36	1.94
82927249--82927370	44	2.9	42	80	10	133	31	31	16	20	1.95
82938834--82938991	85	1.9	85	86	2	228	19	29	25	24	1.98
82943191--82943243	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
82956205--82956328	39	3.2	39	92	0	212	29	26	16	27	1.97
82964631--82964796	39	4.3	39	86	1	226	30	27	18	24	1.98
82964631--82964796	77	2.1	78	85	2	226	30	27	18	24	1.98
82973040--82973067	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
82974942--82975000	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
82974950--82975073	18	6.9	17	80	11	76	63	2	1	32	1.17
82976521--82976558	15	2.5	15	83	12	51	50	0	5	44	1.24
82977396--82977558	87	1.9	86	92	1	272	26	12	22	38	1.89
82979288--82979321	18	1.9	17	88	5	50	26	0	5	67	1.13
82979522--82979574	16	3.4	16	73	5	54	58	5	0	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82985169--82985278	26	4.2	26	96	0	175	33	6	24	35	1.81
82986885--82986969	27	3.2	26	86	8	116	14	22	23	40	1.90
82991755--82991907	42	3.6	42	80	7	130	26	20	26	26	1.99
82995684--82995742	29	2.0	31	83	12	79	40	18	1	38	1.61
82999929--82999962	17	2.0	17	100	0	68	17	11	5	64	1.45
83001007--83001051	14	3.2	15	78	15	51	57	0	0	42	0.98
83001019--83001051	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
83001951--83002012	6	10.2	6	91	1	79	19	20	14	45	1.85
83008464--83008497	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
83008487--83008540	21	2.6	19	72	16	54	68	3	24	3	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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