genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94889035--94889105	37	1.9	37	85	5	99	18	18	11	52	1.74
94902078--94902160	35	2.4	35	85	0	103	34	19	16	28	1.94
94906745--94906916	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
94906738--94906913	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
94908457--94908500	19	2.3	19	100	0	88	29	18	9	43	1.80
94916878--94916902	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
94919114--94919153	20	2.0	20	100	0	80	55	25	5	15	1.60
94920768--94920801	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
94920855--94920915	23	2.5	25	81	7	72	65	1	4	27	1.22
94920928--94921101	3	58.3	3	69	12	81	63	2	7	25	1.35
94921033--94921101	24	2.7	26	86	8	90	69	4	1	24	1.15
94925438--94925481	21	2.1	21	91	4	72	54	4	9	31	1.52
94925401--94925537	26	5.6	25	73	17	101	54	5	5	35	1.45
94925401--94925507	47	2.2	49	83	11	132	53	6	5	34	1.50
94925497--94925599	33	3.2	32	79	8	109	57	1	3	36	1.28
94925463--94925597	60	2.3	59	74	14	134	57	2	3	37	1.29
94925577--94925652	24	3.3	22	76	10	64	55	3	5	35	1.41
94925567--94925629	21	2.8	23	80	7	67	58	3	4	33	1.35
94925960--94926037	3	26.0	3	69	10	52	61	1	5	32	1.26
94927303--94927350	20	2.4	20	96	0	87	20	25	14	39	1.91
94928856--94929141	136	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
94930922--94931057	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94934747--94935033	137	2.1	137	96	0	529	31	24	19	25	1.98
94936810--94936919	26	4.2	26	97	0	202	35	25	6	32	1.81
94937240--94937310	31	2.3	31	85	7	92	21	8	19	50	1.73
94937973--94938010	17	2.2	17	90	9	60	71	13	5	10	1.30
94945894--94945929	18	1.9	19	88	5	56	50	0	8	41	1.33
94949893--94950007	17	6.9	17	71	16	53	66	4	3	26	1.27
94949923--94950119	3	65.7	3	72	14	124	64	2	3	29	1.22
94949923--94949997	14	5.4	14	71	16	57	68	1	2	28	1.12
94950069--94950119	11	4.9	10	77	13	50	66	0	1	31	1.03
94950851--94950883	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
94951169--94951441	92	3.0	92	90	0	402	20	23	14	41	1.89
94951169--94951441	46	5.9	46	90	0	359	20	23	14	41	1.89
94954227--94954276	24	2.1	24	96	0	91	22	4	50	24	1.66
94954255--94954322	30	2.3	30	89	0	100	19	0	48	32	1.49
94954255--94954312	17	3.6	17	75	17	70	18	0	50	31	1.48
94954639--94954918	133	2.1	134	86	4	386	27	22	20	28	1.99
94954862--94954951	46	2.0	45	80	10	103	28	23	17	30	1.97
94954957--94955772	85	9.6	85	87	3	1090	21	26	22	29	1.99
94955637--94956026	84	4.6	84	81	6	349	19	20	22	36	1.95
94954965--94956026	427	2.5	423	82	5	1124	20	24	22	31	1.98
94958676--94958703	8	3.5	8	100	0	56	75	0	10	14	1.06
94962411--94962452	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94962441--94962637	3	65.7	3	70	14	88	64	3	3	28	1.25
94962471--94962637	23	6.8	24	65	20	78	64	2	2	31	1.19
94962488--94962526	14	2.7	15	88	4	62	76	0	0	23	0.78
94966016--94966055	21	1.9	21	94	0	71	22	10	7	60	1.54
94974672--94974889	46	4.7	46	92	1	330	39	14	24	21	1.90
94978351--94978385	12	3.0	12	87	8	54	74	2	0	22	0.95
94990971--94991045	37	2.0	37	92	0	123	40	14	14	30	1.86
94991750--94991788	19	2.1	19	85	9	53	58	0	15	25	1.37
94992492--94992774	18	15.3	18	72	11	169	36	14	12	36	1.84
94992483--94992774	36	7.9	36	70	11	187	37	14	11	35	1.84
94992891--94993007	47	2.5	47	88	2	173	40	23	21	15	1.91
94995798--94995868	24	3.0	23	86	12	90	18	12	29	39	1.88
94996503--94996539	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
95001252--95001338	30	3.0	29	75	11	79	48	4	3	43	1.40
95001317--95001385	31	2.2	31	79	7	77	52	8	1	37	1.42
95002566--95002604	20	2.0	20	89	0	60	25	2	2	69	1.14
95005608--95005649	21	2.0	22	90	4	68	69	0	0	30	0.89
95009446--95009478	15	2.1	16	88	5	50	30	3	6	60	1.36
95010474--95010515	22	1.9	22	85	9	59	71	2	0	26	0.98
95016759--95016800	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
95022054--95022082	11	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
95025339--95025373	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95025599--95025641	21	2.0	21	86	0	59	37	2	16	44	1.60
95034422--95034454	7	4.7	7	100	0	66	84	0	0	15	0.61
95035613--95035670	3	20.7	3	72	13	52	29	1	3	65	1.19
95035611--95035666	22	2.5	22	88	5	78	28	1	3	66	1.19
95035607--95035694	22	4.0	21	73	24	67	27	2	2	68	1.14
95036527--95036551	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95038149--95038214	31	2.1	32	82	2	80	56	3	3	37	1.30
95038276--95038300	7	3.6	7	100	0	50	64	24	12	0	1.27
95038564--95038588	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95043061--95043102	20	2.0	20	90	4	66	61	0	7	30	1.22
95043340--95043380	2	20.5	2	94	0	73	51	46	0	2	1.14
95046837--95046872	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
95047374--95047420	22	2.2	20	85	7	58	51	2	0	46	1.13
95052462--95052661	103	1.9	104	93	1	348	31	14	18	36	1.90
95063270--95063316	17	2.7	18	80	6	60	27	10	6	55	1.58
95065701--95065742	19	2.2	19	91	0	66	14	19	33	33	1.91
95065874--95065934	28	2.1	29	85	8	81	60	4	3	31	1.34
95065891--95066025	18	8.0	16	69	22	73	62	4	4	28	1.34
95065902--95065993	48	1.9	48	82	12	118	63	5	4	27	1.36
95065864--95065992	66	1.9	67	88	1	197	61	5	4	28	1.38
95065874--95066010	66	2.0	67	86	5	188	62	4	5	28	1.36
95066253--95066337	40	2.1	40	86	4	118	65	7	1	25	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95066253--95066344	41	2.2	40	84	7	114	65	6	1	27	1.24
95074569--95075058	245	2.0	245	92	1	813	35	20	15	29	1.93
95083654--95083726	35	2.1	35	81	0	83	23	13	20	42	1.88
95084216--95084280	27	2.4	27	89	7	96	53	0	3	43	1.16
95084718--95084783	24	2.7	24	79	9	71	40	12	3	43	1.57
95085748--95085836	44	2.0	44	100	0	178	23	22	17	35	1.95
95088164--95088188	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
95088447--95088485	18	2.2	19	86	9	55	23	0	0	76	0.78
95089928--95089961	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
95093086--95093133	7	6.9	7	92	0	69	6	29	20	43	1.76
95093077--95093133	21	2.7	21	83	0	78	10	29	17	42	1.83
95093077--95093136	7	8.6	7	90	0	66	11	30	16	41	1.84
95097923--95097985	14	4.5	14	73	15	51	33	0	3	63	1.10
95100104--95100328	124	1.8	124	85	1	317	31	10	23	35	1.88
95100323--95100452	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
95103083--95103540	46	10.0	46	92	0	585	40	13	22	22	1.89
95103706--95103766	25	2.4	25	91	0	95	59	3	16	21	1.51
95103718--95103770	25	2.1	25	100	0	106	60	3	16	18	1.51
95103852--95103884	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
95111465--95111654	25	8.0	24	70	10	140	34	19	26	19	1.96
95111490--95111658	47	3.6	46	95	0	284	36	18	24	20	1.95
95111449--95111586	72	1.9	72	89	2	215	35	18	26	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95111998--95112107	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
95113729--95113866	27	5.1	27	88	2	170	16	23	23	36	1.94
95116695--95117032	48	7.0	48	89	0	496	29	25	7	36	1.83
95116695--95117032	144	2.3	144	94	0	577	29	25	7	36	1.83
95123451--95123492	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
95123547--95123666	23	5.1	23	75	14	102	14	1	28	55	1.48
95123963--95124048	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
95123962--95124048	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
95123963--95124052	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
95124283--95124308	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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