genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347925--347993	20	3.5	20	94	4	113	42	0	0	57	0.98
347880--348000	54	2.2	55	80	12	142	42	0	0	56	1.11
347925--348007	41	2.0	41	84	9	107	44	0	0	55	0.99
348048--348092	10	4.5	10	79	20	58	35	0	0	64	0.94
347922--348091	20	8.5	19	70	22	84	41	1	1	55	1.15
348150--348230	21	4.0	20	81	13	69	58	1	0	40	1.06
348158--348225	22	3.2	21	88	12	95	63	1	0	35	1.04
348216--348279	23	2.5	26	80	19	82	54	1	0	43	1.09
348377--348415	21	1.9	21	89	5	62	76	7	7	7	1.15
353499--353557	31	1.9	31	85	0	82	32	6	15	45	1.72
359138--359200	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
363384--363568	83	2.2	85	82	10	234	30	7	13	48	1.69
363809--363865	30	1.9	29	82	3	69	64	1	10	22	1.34
370450--370517	31	2.2	31	84	5	84	41	10	13	35	1.78
380676--380804	46	2.8	46	92	0	213	19	22	29	28	1.98
386642--386688	20	2.4	19	85	7	58	14	8	2	74	1.15
398249--398288	18	2.2	18	86	8	55	55	0	2	42	1.13
399076--399133	30	1.9	30	85	0	80	29	18	1	50	1.57
399216--399250	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
405906--405946	5	7.8	5	91	5	55	80	0	0	19	0.71
407326--407381	21	2.8	19	79	12	67	42	1	1	53	1.21
407349--407404	28	2.0	28	92	0	94	46	3	3	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
407522--407616	48	2.0	48	97	0	181	30	20	8	41	1.81
431906--431937	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
433273--433395	61	2.0	61	95	0	219	36	19	13	30	1.90
437688--437744	25	2.2	25	96	3	105	29	8	28	33	1.87
442909--442959	4	12.8	4	100	0	102	50	25	0	23	1.49
447613--447638	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
448492--448683	97	2.0	97	90	2	305	38	18	4	39	1.70
449186--449218	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
451862--451891	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
454942--455002	21	2.9	21	72	0	50	24	14	37	22	1.92
455011--455192	21	8.7	21	77	2	105	22	7	44	25	1.79
455011--455192	42	4.3	42	77	5	152	22	7	44	25	1.79
455178--455309	63	2.1	63	82	2	158	23	9	39	27	1.86
455136--455306	42	4.1	42	78	6	150	22	9	40	26	1.86
455158--455309	21	7.2	21	79	4	128	23	9	39	27	1.86
455356--455495	42	3.3	43	87	2	169	25	15	40	18	1.90
455401--455498	21	4.7	21	84	0	124	28	17	38	15	1.90
455418--455524	21	5.1	21	83	0	124	28	14	40	15	1.88
455401--455524	42	3.0	42	87	2	142	28	16	39	16	1.89
463383--463446	31	2.1	31	84	0	83	45	10	10	32	1.74
464051--464118	29	2.3	29	87	5	102	33	48	1	16	1.55
464066--464129	17	4.1	17	69	19	66	29	51	0	18	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
464385--464435	21	2.4	21	83	0	57	27	11	5	54	1.59
464466--464512	17	2.8	16	81	15	51	25	2	6	65	1.27
465750--465900	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
467333--467576	126	1.9	126	94	0	425	29	17	14	38	1.89
478918--478944	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
479280--479329	14	3.6	14	81	8	57	28	4	0	68	1.08
479280--479317	13	2.7	14	88	8	51	26	5	0	68	1.11
479673--479713	16	2.5	17	80	15	50	43	0	0	56	0.99
479680--479726	22	2.1	22	84	0	58	46	2	0	51	1.13
491570--491595	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
501955--502010	29	1.9	29	92	0	94	39	10	8	41	1.71
502828--502865	15	2.4	16	86	8	51	55	2	0	42	1.14
502839--502906	28	2.5	27	76	11	75	44	1	1	52	1.19
512452--512521	35	2.0	35	97	0	131	48	10	8	32	1.67
513427--513482	27	2.1	27	96	0	103	30	10	26	32	1.90
521476--521552	21	3.8	20	76	15	61	53	2	2	41	1.28
522791--522856	28	2.4	28	85	5	82	28	18	7	45	1.76
523030--523065	18	2.1	17	89	5	54	72	0	0	27	0.85
524552--524580	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
524550--524595	15	2.9	15	83	9	56	58	8	26	6	1.52
525320--525370	15	3.4	15	86	0	66	33	1	11	52	1.49
525366--525402	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
525767--525810	23	1.9	23	90	0	70	15	20	25	38	1.92
526099--526131	17	1.9	17	93	0	57	48	3	21	27	1.64
528618--528663	24	1.9	24	86	0	65	60	2	6	30	1.34
535093--535161	32	2.2	32	86	5	95	15	14	26	43	1.85
535916--535980	34	1.9	34	93	0	112	36	15	7	40	1.76
536200--536284	31	2.8	31	75	16	88	45	2	5	45	1.40
547382--547425	21	2.1	21	87	4	63	47	0	4	47	1.22
548814--548848	16	2.2	16	94	0	61	11	25	5	57	1.56
550925--550956	15	2.1	16	88	11	50	75	3	9	12	1.16
552333--552358	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
555255--555280	3	8.7	3	100	0	52	0	34	34	30	1.58
559924--559971	24	2.0	24	100	0	96	54	4	8	33	1.50
568583--568610	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
572131--572160	7	4.3	7	100	0	60	56	0	0	43	0.99
577447--577664	39	5.7	39	85	7	286	29	31	21	17	1.96
577466--577664	73	2.6	74	86	6	267	30	31	20	17	1.95
577737--577818	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
578747--578780	13	2.4	14	90	9	52	20	5	0	73	1.04
581480--581539	25	2.4	26	83	10	72	38	0	0	61	0.96
581500--581541	19	2.2	20	86	4	59	38	0	0	61	0.96
584543--584579	17	2.2	16	90	4	56	51	2	0	45	1.15
588062--588098	19	1.9	19	94	0	65	51	5	2	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
588748--588774	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
591517--591553	4	9.2	4	87	0	56	27	2	27	43	1.68
591646--591695	4	12.5	4	100	0	100	26	0	24	50	1.50
593739--593775	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
600786--600831	24	2.0	23	86	4	65	63	0	4	32	1.14
604978--605838	280	3.0	282	80	7	739	27	16	18	37	1.92
605864--605926	21	3.0	22	80	17	71	65	1	33	0	1.03
610014--610206	102	1.9	101	89	1	296	29	27	15	27	1.96
610980--611014	15	2.3	15	86	13	54	14	0	2	82	0.77
615990--616049	30	2.0	31	87	9	88	41	0	1	56	1.09
617053--617097	22	2.1	22	84	12	58	71	2	6	20	1.20
617761--617804	23	2.0	23	86	8	65	31	22	0	45	1.53
618617--618661	23	1.9	23	86	4	63	55	2	6	35	1.38
619580--619649	31	2.2	32	84	5	88	34	12	8	44	1.73
620100--620134	18	1.9	18	88	11	54	62	0	0	37	0.95
621468--621497	4	7.5	4	100	0	60	23	0	26	50	1.50
632870--633012	77	1.9	76	81	8	173	51	8	16	23	1.71
633025--633379	146	2.4	146	91	1	563	39	18	16	25	1.91
644753--644923	66	2.6	65	85	1	207	29	16	30	22	1.96
650038--650183	77	1.9	77	84	0	193	28	14	8	49	1.72
650691--650722	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
656043--656090	22	2.2	21	77	3	51	70	6	8	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
667866--668481	164	3.8	164	84	4	698	26	21	17	34	1.95
672892--672952	28	2.0	30	84	12	81	40	6	0	52	1.27
678853--678911	31	2.0	30	83	12	77	52	5	11	30	1.59
680338--680418	38	2.4	33	86	14	103	33	16	8	41	1.78
680352--680428	38	2.0	38	100	0	154	33	12	10	42	1.77
682870--682901	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
693362--693396	6	5.8	6	100	0	70	31	0	0	68	0.90
694009--694151	71	2.0	71	90	0	223	32	25	16	26	1.96
707055--707095	12	2.8	16	72	27	54	31	9	14	43	1.78
710904--710934	12	2.7	11	90	9	53	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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