genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11519838--11519925	45	1.9	46	90	2	142	38	19	7	34	1.81
11519810--11519946	72	1.9	73	90	1	222	39	19	8	32	1.81
11519864--11519905	17	2.3	19	84	8	52	40	14	7	38	1.73
11519784--11519973	99	1.9	100	82	3	240	38	20	8	32	1.83
11519756--11520006	126	2.0	127	82	2	308	38	20	9	31	1.84
11519955--11520054	27	3.7	27	70	5	85	38	21	8	33	1.82
11520038--11520502	27	17.3	27	86	1	531	36	18	19	25	1.95
11520904--11521015	6	18.3	6	72	14	68	19	13	14	52	1.74
11520904--11521006	31	3.5	31	76	18	105	19	13	13	53	1.73
11525874--11525925	22	2.4	22	81	12	63	57	9	0	32	1.31
11526011--11526055	20	2.2	20	100	0	90	44	15	4	35	1.67
11527213--11527328	35	3.3	35	86	1	142	43	18	10	26	1.82
11528072--11528136	29	2.2	29	81	13	71	24	15	4	55	1.59
11530025--11530414	200	2.0	200	93	3	678	40	15	10	33	1.82
11531351--11531381	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11531348--11531387	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11531573--11531827	55	4.8	54	80	9	258	21	24	17	36	1.94
11531620--11531820	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	34	1.96
11532167--11532224	29	2.0	30	82	3	73	27	25	6	39	1.81
11533117--11533208	33	2.8	32	81	3	85	30	22	21	25	1.99
11534364--11534395	13	2.5	13	89	0	55	56	0	31	12	1.37
11534209--11534529	176	1.8	176	92	0	543	38	15	23	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11536746--11536991	129	1.9	128	85	4	334	25	28	19	27	1.98
11536747--11536991	86	2.9	86	85	3	332	25	28	19	27	1.99
11536746--11536991	43	5.7	43	81	2	262	25	28	19	27	1.98
11537285--11537334	21	2.4	21	86	6	66	6	40	12	42	1.67
11537771--11537799	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
11540139--11540356	48	4.6	47	78	12	221	27	18	29	23	1.98
11540139--11540464	49	6.8	48	76	11	267	29	18	27	23	1.98
11540142--11540459	98	3.3	97	84	4	319	30	18	27	23	1.98
11543692--11543908	40	5.5	40	88	3	289	25	26	23	24	2.00
11546582--11546808	114	2.0	114	97	0	427	29	25	11	34	1.90
11550107--11550196	9	10.0	9	74	9	85	33	1	17	47	1.55
11550107--11550228	63	1.9	62	88	6	183	33	2	16	47	1.60
11560157--11560323	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
11560157--11560323	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
11561148--11561193	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
11568156--11568322	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
11568156--11568322	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
11569147--11569192	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
11572133--11572333	41	4.9	41	86	3	262	25	24	15	33	1.95
11577732--11577758	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11577857--11577950	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
11577819--11577950	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11581820--11581970	78	1.9	80	83	5	200	22	29	23	25	1.99
11581780--11581970	40	4.8	40	77	7	167	23	29	23	24	1.99
11586199--11586361	46	3.5	46	79	3	148	31	17	30	21	1.96
11586245--11586394	48	3.2	47	79	6	128	30	20	27	22	1.98
11602319--11602704	131	2.9	131	79	1	434	33	16	20	30	1.94
11610952--11610981	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
11612659--11612773	45	2.5	45	80	4	122	26	17	33	22	1.96
11620012--11620041	12	2.5	12	94	0	51	20	43	30	6	1.77
11621687--11621797	55	2.0	55	100	0	222	27	18	23	30	1.97
11625134--11625172	19	2.0	20	90	5	62	25	17	35	20	1.95
11628318--11628363	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
11628324--11628375	23	2.2	24	83	10	63	44	15	5	34	1.70
11636437--11636488	24	2.2	24	86	3	70	32	21	26	19	1.97
11638288--11638317	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
11640057--11640366	48	6.5	49	72	11	159	23	27	20	28	1.99
11640205--11640369	48	3.5	47	81	3	190	22	26	21	29	1.99
11640205--11640378	94	1.8	96	85	4	246	23	27	20	28	1.99
11642316--11642465	4	37.0	4	91	2	219	45	24	4	25	1.72
11642867--11642981	9	12.4	9	70	18	67	27	1	3	66	1.17
11642867--11642967	19	5.3	19	71	15	75	29	0	3	65	1.17
11642836--11642926	29	3.2	29	75	9	71	28	5	2	63	1.28
11642867--11642899	10	3.4	10	83	8	50	24	0	3	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11643426--11643460	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11650628--11650753	62	2.0	62	98	0	243	30	17	26	25	1.97
11653940--11654071	53	2.4	55	82	6	151	46	1	3	48	1.29
11654166--11654259	44	2.1	44	86	4	125	35	25	5	34	1.79
11654267--11654310	16	2.8	16	82	0	61	36	27	0	36	1.57
11655067--11655121	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
11656489--11656523	18	1.9	18	100	0	70	51	5	14	28	1.65
11658201--11658391	39	4.8	40	78	7	185	24	24	28	23	2.00
11658201--11658384	79	2.3	81	82	8	218	24	24	27	23	2.00
11660787--11660830	7	6.1	7	89	2	61	38	0	45	15	1.47
11664410--11664484	37	2.0	37	97	0	141	20	25	21	33	1.97
11665650--11665794	41	3.5	40	86	3	157	37	22	20	18	1.94
11665681--11665817	41	3.4	41	84	5	163	37	22	21	18	1.94
11665872--11665905	15	2.2	16	94	5	61	50	38	0	11	1.39
11665857--11665930	37	2.0	37	91	0	121	44	36	1	17	1.57
11665858--11665927	22	3.5	21	70	25	62	47	34	1	17	1.56
11666471--11666496	13	2.0	13	100	0	52	0	0	7	92	0.39
11667156--11667195	14	2.8	14	85	14	55	15	0	40	45	1.46
11671941--11672020	42	1.9	42	92	0	133	21	15	31	32	1.94
11674563--11674770	40	5.2	39	81	3	193	25	25	23	25	2.00
11674563--11674765	80	2.5	80	82	3	221	25	26	23	25	2.00
11688622--11688659	6	6.3	6	87	0	58	78	0	2	18	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11694754--11694827	37	2.0	37	94	0	130	24	18	21	35	1.96
11702261--11702341	40	2.0	41	87	2	119	25	28	13	32	1.94
11704537--11704561	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
11710000--11710036	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
11710647--11710785	39	3.5	39	84	1	179	29	18	25	26	1.98
11712373--11712440	24	2.8	24	88	2	91	25	29	27	17	1.97
11713831--11713903	34	2.1	34	82	7	85	35	16	20	27	1.94
11713891--11713974	35	2.4	35	83	0	105	34	16	21	27	1.95
11717530--11717685	43	3.6	42	74	8	111	28	19	24	27	1.99
11717527--11717685	85	1.9	84	81	5	194	27	20	24	27	1.99
11722056--11722155	50	2.0	50	100	0	200	24	10	22	44	1.83
11722057--11722136	25	3.2	25	63	19	67	21	11	22	45	1.83
11724831--11724988	43	3.7	43	79	6	162	24	22	27	25	2.00
11724830--11724988	85	1.9	84	85	5	221	24	22	27	25	2.00
11731514--11731598	24	3.5	24	88	3	118	25	17	23	32	1.97
11737827--11737859	17	1.9	17	93	0	57	48	12	0	39	1.40
11739062--11739086	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
11739164--11739213	20	2.5	20	76	0	55	26	16	2	56	1.51
11742989--11743062	28	2.9	25	79	16	82	43	2	2	51	1.30
11742989--11743049	28	2.2	28	91	5	97	39	3	3	54	1.33
11744461--11744509	24	2.0	24	96	0	89	40	24	14	20	1.89
11748438--11748635	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11748504--11748621	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
11748472--11748635	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
11753615--11753771	29	5.6	29	91	3	241	25	33	15	26	1.95
11763871--11764058	40	4.7	39	75	8	137	22	23	29	23	1.99
11763872--11764053	79	2.3	80	78	6	183	23	24	29	22	1.99
11766429--11766486	27	2.1	27	87	0	80	32	15	18	32	1.93
11769749--11770038	54	5.4	53	78	6	273	40	18	10	30	1.85
11769762--11770064	80	3.8	80	83	3	349	40	19	10	29	1.85
11769748--11770037	134	2.2	134	80	5	327	40	18	10	30	1.84
11769749--11770065	107	3.0	108	75	11	312	40	19	10	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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