genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12296434--12296642	49	4.3	49	94	1	341	30	31	7	31	1.85
12302840--12302877	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
12306265--12306367	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
12314209--12314311	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
12321406--12321507	41	2.4	42	85	4	134	28	19	24	27	1.99
12326294--12326458	43	3.9	42	70	10	113	23	33	26	15	1.95
12326337--12326530	85	2.3	85	83	7	225	22	32	26	17	1.96
12326973--12327000	9	3.1	9	100	0	56	21	32	10	35	1.88
12327356--12327413	30	1.9	31	85	3	82	39	10	22	27	1.86
12328174--12328295	47	2.6	47	92	0	181	36	12	25	26	1.91
12328281--12328535	54	4.7	54	84	5	300	36	17	23	22	1.95
12328636--12328674	16	2.4	16	84	12	53	35	2	23	38	1.68
12330405--12330568	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
12332981--12333178	86	2.5	77	78	15	227	19	30	29	21	1.97
12333047--12333179	43	3.1	43	73	6	144	18	30	30	20	1.96
12333015--12333179	86	1.9	86	88	2	251	19	29	29	22	1.98
12335108--12335286	95	1.9	96	86	1	261	34	16	35	13	1.88
12336724--12337068	43	8.1	42	74	11	238	23	31	26	17	1.97
12336724--12336992	42	6.3	42	77	10	183	23	32	25	17	1.97
12336724--12337068	170	2.0	170	86	1	485	23	31	26	17	1.97
12336768--12337079	85	3.7	82	71	8	232	24	31	25	18	1.98
12340260--12340348	30	3.1	28	74	19	76	77	3	4	14	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12340317--12340348	15	2.1	15	94	0	55	78	0	6	15	0.95
12340314--12340464	12	12.8	12	64	21	54	67	0	7	24	1.17
12348614--12348643	14	2.1	14	93	0	51	23	13	20	43	1.86
12349660--12349686	10	2.7	10	100	0	54	18	7	0	74	1.05
12349821--12349854	15	2.3	15	94	0	59	11	44	0	44	1.40
12352795--12352839	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
12352821--12352873	17	3.0	17	76	10	52	37	20	7	33	1.81
12352792--12352855	22	3.0	21	82	12	78	43	18	4	32	1.71
12353186--12353239	24	2.2	24	90	0	81	27	33	27	11	1.91
12355258--12355427	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
12363354--12363523	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
12367852--12367910	30	2.0	30	86	6	84	20	35	0	44	1.52
12370267--12370377	53	2.1	53	93	0	186	26	20	8	45	1.79
12373589--12373762	94	1.9	94	98	0	339	29	24	25	20	1.99
12374886--12374926	20	2.0	20	90	0	64	26	17	17	39	1.91
12377076--12377149	21	3.7	21	87	7	109	62	9	14	13	1.55
12377080--12377171	21	4.6	20	80	10	91	60	7	16	15	1.56
12377080--12377171	39	2.3	41	77	9	100	60	7	16	15	1.56
12377057--12377171	60	1.9	60	80	3	133	60	8	15	15	1.59
12377496--12377538	21	2.1	20	83	12	52	53	11	18	16	1.72
12379601--12379745	40	3.6	40	75	5	134	20	24	24	30	1.98
12383598--12383755	46	3.4	47	82	11	175	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12383597--12383803	93	2.2	94	80	8	235	24	30	17	27	1.97
12391912--12391959	20	2.4	20	96	0	87	20	45	8	25	1.79
12400010--12400070	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12402383--12402455	33	2.2	33	83	11	89	24	10	17	46	1.80
12402953--12402991	19	2.1	19	100	0	78	56	15	7	20	1.63
12403402--12403436	18	1.9	18	88	0	52	77	11	0	11	1.00
12413330--12413399	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
12417383--12417488	27	3.9	26	84	9	124	16	24	22	35	1.95
12417383--12417492	54	2.0	54	86	6	152	16	24	21	37	1.93
12420995--12421170	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
12420991--12421162	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
12424119--12424198	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
12424110--12424197	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
12426579--12426749	41	3.8	45	79	13	194	20	21	29	28	1.98
12426575--12426744	46	3.8	46	79	13	169	20	22	29	27	1.98
12428106--12428141	18	2.1	18	89	5	56	69	0	0	30	0.89
12428316--12428609	113	2.6	114	86	4	385	28	20	20	30	1.98
12428543--12428651	42	2.6	42	88	2	150	33	18	22	25	1.96
12428430--12428763	155	2.2	150	81	7	377	30	19	20	29	1.97
12428698--12428775	40	2.0	40	86	0	111	28	21	17	32	1.96
12433151--12433279	40	3.2	40	86	5	174	24	29	21	24	1.99
12433169--12433285	39	3.0	38	85	6	137	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12436165--12436242	26	3.0	26	98	0	147	34	25	7	32	1.84
12436758--12436888	45	2.9	45	81	7	151	41	19	19	18	1.90
12439636--12439719	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
12441338--12441450	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
12441336--12441450	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
12441512--12441551	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
12444589--12444629	20	2.0	20	85	0	55	58	2	9	29	1.43
12445182--12445243	28	2.2	28	85	5	81	40	9	1	48	1.46
12448735--12448773	21	1.9	20	89	5	60	41	28	0	30	1.57
12457590--12457695	26	4.1	26	91	0	176	34	23	8	33	1.85
12464618--12464721	26	4.0	26	88	0	163	35	23	8	32	1.85
12467119--12467366	40	6.2	40	84	3	266	25	21	27	25	2.00
12467119--12467366	120	2.1	120	82	6	306	25	21	27	25	2.00
12473765--12474549	49	16.1	49	89	6	1191	34	11	26	27	1.91
12473847--12473906	18	3.3	18	73	17	70	41	5	21	31	1.75
12473838--12473909	36	2.0	36	100	0	144	41	5	22	30	1.76
12474618--12474704	37	2.3	36	90	5	129	20	17	33	28	1.95
12477691--12478052	48	7.7	48	75	13	276	28	20	29	20	1.98
12477742--12478052	94	3.3	93	78	11	323	28	19	29	21	1.98
12477647--12478002	47	7.6	45	75	12	170	28	20	29	21	1.98
12490343--12490510	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
12498350--12498517	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12502962--12503014	19	2.7	19	85	2	70	15	20	32	32	1.93
12504400--12504439	21	1.9	21	85	10	55	47	2	20	30	1.63
12504528--12504573	22	2.1	22	84	4	58	43	0	8	47	1.34
12508717--12508795	35	2.2	35	84	2	104	39	26	16	17	1.91
12515341--12515568	48	4.9	48	72	11	186	25	20	24	29	1.99
12517881--12518240	47	7.6	48	75	11	241	24	30	18	26	1.98
12517881--12518240	94	3.8	92	74	14	292	24	30	18	26	1.98
12519483--12519656	83	2.1	83	97	0	330	28	24	24	22	2.00
12522180--12522346	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
12523172--12523217	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
12530202--12530368	40	4.2	41	81	5	173	25	26	22	26	2.00
12530218--12530368	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
12531195--12531240	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
12540983--12541039	23	2.6	21	74	17	53	26	21	15	36	1.93
12547986--12548116	68	1.9	68	100	0	262	33	16	15	35	1.90
12551824--12551914	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
12551954--12552153	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
12552146--12552431	47	5.9	49	89	6	456	29	28	8	32	1.87
12552148--12552431	147	1.9	145	97	1	532	29	28	8	32	1.87
12555627--12555668	15	2.9	15	82	3	50	45	14	0	40	1.45
12555649--12555688	21	2.0	20	85	5	53	42	12	2	42	1.56
12560513--12560760	40	6.2	40	78	4	259	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12560513--12560760	80	3.1	80	90	1	356	26	22	26	24	2.00
12560513--12560740	120	1.9	120	87	1	332	26	23	26	23	2.00
12562507--12562661	38	4.0	38	93	1	247	25	20	31	21	1.98
12562526--12562705	38	4.6	40	87	1	145	22	22	32	22	1.98
12570451--12570605	38	4.0	38	91	5	249	26	20	31	21	1.98
12570470--12570649	38	4.6	40	87	1	145	23	22	32	22	1.98
12573385--12573497	41	2.7	43	80	6	133	31	23	15	28	1.96
12578480--12578701	40	5.6	40	89	1	331	27	25	22	24	2.00
12584344--12584434	42	2.1	43	82	6	114	31	25	12	30	1.92
12586332--12586357	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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