genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59851738--59851788	15	3.3	15	73	24	52	47	1	5	45	1.38
59851803--59851835	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
59852936--59853042	20	5.3	20	74	5	74	11	28	21	38	1.88
59857337--59857466	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
59857337--59857500	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
59860065--59860106	19	2.3	19	95	4	77	40	14	11	33	1.82
59860326--59860466	37	3.8	37	83	6	171	28	19	28	24	1.98
59860437--59860591	48	3.4	42	75	19	134	31	16	24	27	1.96
59860461--59860605	48	3.0	48	89	2	211	31	15	24	28	1.96
59860465--59860626	48	3.5	46	84	9	174	30	15	24	29	1.95
59867172--59867297	46	2.7	46	91	4	209	19	19	30	30	1.96
59870594--59870673	29	2.8	28	81	7	99	23	17	33	25	1.96
59875733--59875773	19	2.2	19	95	0	73	58	12	14	14	1.63
59876813--59876990	47	3.8	48	81	8	206	27	18	30	23	1.97
59876813--59876989	94	1.9	94	90	2	284	27	18	31	23	1.97
59881548--59881605	30	1.9	30	85	0	80	34	10	25	29	1.89
59881945--59882111	46	3.6	46	81	6	185	28	19	29	22	1.98
59884105--59884162	26	2.2	26	81	9	64	32	24	15	27	1.95
59894012--59894179	40	4.2	40	82	4	187	23	28	23	23	2.00
59901960--59902127	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
59907800--59907963	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59907800--59907997	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59915372--59915535	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59915372--59915569	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
59920919--59920960	22	2.0	22	90	4	68	11	45	26	16	1.82
59921507--59921532	9	2.9	9	100	0	52	11	76	0	11	1.01
59923952--59923986	12	2.9	12	86	0	52	34	8	0	57	1.29
59926074--59926166	46	2.0	46	100	0	186	27	21	15	35	1.93
59926937--59926962	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59927490--59927552	15	4.2	15	75	0	63	50	15	17	15	1.78
59929080--59929123	18	2.4	18	80	0	61	15	38	25	20	1.92
59929481--59929556	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
59938323--59938363	22	1.9	21	85	5	55	14	41	21	21	1.89
59940137--59940304	40	4.2	40	81	2	187	26	26	22	25	2.00
59940128--59940301	80	2.2	79	82	3	206	26	26	21	25	1.99
59946710--59946840	29	4.5	29	85	1	165	27	15	32	25	1.95
59946859--59946928	29	2.4	29	90	6	108	30	14	25	30	1.95
59951601--59951768	40	4.2	40	81	2	187	25	27	22	24	2.00
59951592--59951768	80	2.2	80	82	5	207	25	27	22	24	2.00
59954165--59954353	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
59956232--59956367	40	3.4	40	84	0	164	24	27	20	27	1.99
59956254--59956405	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
59965397--59965585	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
59970617--59970658	20	2.1	20	100	0	84	33	4	30	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59982304--59982393	43	2.1	43	85	2	119	30	16	22	31	1.96
59988572--59988744	48	3.6	48	80	3	179	28	19	26	25	1.98
59988524--59988741	94	2.3	93	83	3	249	29	19	27	23	1.98
59997258--59997399	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
59997297--59997425	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
60005191--60005332	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60005230--60005341	40	2.8	39	87	4	152	24	23	28	24	2.00
60011346--60011510	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
60011347--60011494	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
60011346--60011510	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
60012832--60012910	40	2.0	40	97	0	149	12	24	37	25	1.90
60019527--60019689	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
60019581--60019662	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
60019785--60019869	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
60026939--60026972	16	2.1	16	94	0	59	26	14	26	32	1.95
60028367--60028430	20	3.4	18	78	18	67	51	9	1	37	1.44
60028433--60028472	21	1.9	21	94	0	71	62	2	0	35	1.09
60028660--60028684	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
60029604--60029671	31	2.2	31	91	0	109	52	7	4	35	1.49
60040123--60040164	6	7.3	6	89	10	52	26	0	73	0	0.83
60040123--60040164	17	2.5	17	88	0	57	26	0	73	0	0.83
60044886--60045038	52	2.9	52	81	4	173	27	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60045819--60045874	20	2.8	20	91	0	94	19	37	32	10	1.86
60047722--60047774	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
60048022--60048131	58	1.9	57	81	9	134	33	23	18	24	1.97
60050131--60050280	40	3.8	40	77	12	148	22	27	24	26	1.99
60050131--60050279	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
60058122--60058271	40	3.8	40	77	12	148	22	27	24	26	1.99
60058122--60058270	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
60059277--60059483	104	2.0	102	91	3	335	39	27	12	21	1.89
60059654--60059866	104	2.1	103	94	3	383	27	25	20	25	1.99
60061084--60061253	40	4.2	40	78	4	153	23	26	23	26	2.00
60061100--60061253	82	1.9	82	83	5	204	22	26	24	26	2.00
60067015--60067040	12	2.2	12	100	0	52	0	38	7	53	1.30
60069099--60069249	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
60069099--60069248	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
60072333--60072390	27	2.1	27	83	0	71	18	25	20	34	1.96
60083942--60084138	55	3.6	53	78	8	191	36	17	23	22	1.95
60084388--60084418	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60086006--60086046	22	1.9	22	90	5	66	17	26	46	9	1.79
60087204--60087427	47	4.8	49	78	12	195	23	30	17	28	1.97
60087248--60087462	46	4.6	46	74	14	154	23	30	18	27	1.98
60094522--60094674	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
60101714--60101865	40	3.8	40	78	8	132	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60103402--60103439	12	3.2	12	92	0	58	28	0	42	28	1.56
60109776--60109835	27	2.3	27	81	13	65	53	3	10	33	1.51
60110523--60110548	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
60110988--60111038	24	2.0	26	85	11	70	41	3	11	43	1.60
60113733--60113814	23	3.5	23	75	12	87	35	19	23	21	1.96
60115275--60115386	56	2.0	56	89	0	170	33	22	16	27	1.96
60118877--60118917	2	21.0	2	90	5	66	48	0	2	48	1.14
60142413--60142645	48	4.9	48	80	0	223	24	30	18	27	1.97
60142426--60142645	96	2.3	96	85	0	296	24	30	18	27	1.98
60145500--60145548	16	3.1	16	90	0	80	34	10	2	53	1.47
60145500--60145548	8	6.1	8	85	0	71	34	10	2	53	1.47
60148211--60148260	25	2.0	25	96	0	91	32	22	20	26	1.98
60149170--60149217	21	2.3	21	88	0	69	39	14	25	20	1.91
60149726--60149759	18	1.9	18	88	5	52	47	11	0	41	1.40
60150886--60150916	15	2.1	15	100	0	62	0	32	0	67	0.91
60155445--60155520	38	2.0	38	100	0	152	15	5	23	55	1.61
60155828--60155852	12	2.1	12	100	0	50	32	16	24	28	1.96
60155966--60156002	19	1.9	19	88	0	56	40	5	16	37	1.71
60156504--60156569	30	2.3	29	80	12	73	66	1	3	28	1.15
60160911--60160936	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
60175751--60175885	40	3.3	40	85	5	182	24	26	24	24	2.00
60181457--60181514	15	3.9	15	79	0	62	58	13	15	12	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60192742--60192780	17	2.3	17	100	0	78	46	20	5	28	1.72
60203485--60203959	48	10.0	48	94	3	829	34	6	28	30	1.82
60203814--60203894	28	3.2	28	62	26	70	35	6	28	29	1.81
60203864--60203944	41	2.0	41	100	0	162	29	7	32	30	1.85
60205397--60205755	40	9.0	40	93	0	601	21	22	29	26	1.99
60205919--60205969	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
60209489--60209569	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
60209016--60209641	48	13.0	48	97	0	1153	34	6	28	30	1.82
60212530--60212650	45	2.7	46	77	2	138	33	26	14	26	1.94
60215583--60215767	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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