genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86288231--86288277	23	2.0	24	87	8	69	74	0	2	23	0.93
86293572--86293609	14	2.8	14	96	4	69	18	23	28	28	1.98
86297459--86297527	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
86299156--86299193	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
86305978--86306303	96	3.4	96	90	0	508	27	17	24	30	1.97
86305978--86306269	48	6.1	48	90	0	449	27	17	24	30	1.97
86306320--86306420	37	2.8	37	84	1	132	32	16	24	25	1.96
86308431--86308490	25	2.3	27	83	13	72	61	1	8	28	1.34
86308578--86308629	26	2.0	26	84	0	68	69	0	0	30	0.89
86308590--86308689	21	4.7	20	69	18	67	64	1	4	31	1.19
86308578--86308629	12	4.2	12	78	9	59	69	0	0	30	0.89
86308586--86308679	33	2.8	33	71	14	86	64	1	4	29	1.19
86308612--86308715	53	1.9	55	80	7	124	60	2	4	31	1.32
86310268--86310510	126	1.9	126	91	1	398	25	22	15	36	1.93
86310515--86310738	44	5.3	42	77	10	172	26	25	17	29	1.98
86311073--86311126	22	2.5	22	93	0	90	20	24	11	44	1.83
86313287--86313317	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
86315273--86315333	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
86320934--86321022	46	1.9	46	95	0	160	26	19	20	33	1.96
86326022--86326052	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
86326469--86326507	12	3.0	13	81	11	53	46	0	15	38	1.46
86326593--86326652	25	2.3	27	83	13	72	61	1	8	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86329605--86329634	15	2.0	15	93	0	51	10	20	13	56	1.65
86331326--86331358	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
86334244--86334316	5	13.8	5	77	18	69	76	0	4	19	0.94
86334244--86334322	32	2.5	30	80	11	86	77	0	3	18	0.92
86334264--86334317	6	9.5	6	82	11	53	79	0	3	16	0.87
86334278--86334324	14	3.1	15	80	19	53	78	0	4	17	0.90
86345434--86345478	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
86360059--86360159	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
86367981--86368081	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
86375060--86375249	40	4.7	40	86	1	227	21	27	16	33	1.95
86376438--86376499	28	2.2	28	94	0	106	27	9	29	33	1.88
86381828--86381999	43	4.0	43	77	10	156	26	18	23	31	1.97
86385544--86385699	35	4.5	35	79	3	161	42	17	9	30	1.81
86386442--86386496	28	1.9	30	88	7	87	21	12	3	61	1.46
86389604--86389769	40	4.2	40	92	2	255	22	21	27	27	1.99
86398385--86398514	46	2.8	45	83	5	154	28	14	29	27	1.95
86406650--86406792	41	3.5	41	84	3	180	21	29	16	32	1.96
86410614--86410649	17	2.1	17	89	0	54	44	11	0	44	1.39
86414825--86414868	20	2.2	20	87	0	61	27	13	27	31	1.94
86414831--86414874	20	2.2	20	83	0	52	29	13	27	29	1.94
86421716--86421770	27	2.0	27	96	0	101	21	1	36	40	1.64
86425280--86425305	12	2.2	12	100	0	52	19	7	15	57	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86428928--86428996	30	2.3	31	82	12	81	46	5	17	30	1.71
86429262--86429300	8	5.0	8	88	11	55	23	0	0	76	0.78
86429262--86429299	19	2.1	18	95	5	67	23	0	0	76	0.79
86430896--86430973	33	2.4	32	75	10	77	32	17	23	26	1.97
86431024--86431127	44	2.3	45	85	1	129	37	18	23	21	1.94
86431109--86431326	46	4.7	46	91	0	337	42	15	22	19	1.89
86431530--86431566	15	2.5	15	95	0	65	45	5	21	27	1.73
86435603--86435629	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
86442144--86442177	2	16.5	2	93	6	59	2	47	0	50	1.16
86443510--86443546	17	2.2	18	85	9	51	21	0	27	51	1.48
86451855--86451884	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
86452017--86452075	3	19.3	3	82	3	73	5	33	1	59	1.29
86462123--86462251	64	2.0	64	100	0	258	37	20	24	18	1.94
86463302--86463340	10	3.8	10	93	3	60	41	0	0	58	0.98
86466589--86466638	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
86466581--86466638	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
86467797--86467823	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
86468746--86468881	27	5.0	28	90	6	176	34	22	24	18	1.96
86470500--86470609	26	4.2	26	93	4	177	35	24	5	34	1.79
86471437--86471502	30	2.2	30	86	5	89	30	45	18	6	1.73
86471556--86471598	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
86472051--86472235	61	3.1	61	69	21	194	38	4	9	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86471804--86472304	116	4.3	116	95	0	860	40	3	8	46	1.53
86471804--86472304	231	2.2	233	93	0	862	40	3	8	46	1.53
86475307--86475840	126	4.3	125	89	3	797	28	22	16	32	1.96
86475307--86475851	250	2.2	252	89	2	812	28	21	17	32	1.96
86475931--86476138	97	2.1	98	82	6	253	41	17	1	39	1.58
86476127--86476168	16	2.6	17	81	11	52	52	28	0	19	1.46
86476932--86476956	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
86478484--86478526	14	3.1	14	79	0	59	51	4	11	32	1.59
86478219--86478807	125	4.7	126	88	1	805	39	14	17	28	1.89
86478209--86478812	251	2.4	250	85	3	817	39	14	18	27	1.89
86479402--86479441	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
86479407--86479449	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
86480619--86480644	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
86480619--86480655	11	3.2	12	85	14	51	40	0	0	59	0.97
86481518--86481557	18	2.2	18	86	0	53	37	0	25	37	1.56
86482126--86482164	18	2.1	19	85	4	53	38	0	5	56	1.22
86485032--86485303	48	5.7	47	73	12	189	23	29	19	27	1.98
86485077--86485353	142	2.0	142	79	7	303	23	28	19	28	1.98
86487276--86487559	129	2.2	128	88	1	410	42	12	16	28	1.85
86487656--86487727	25	2.9	25	83	4	92	55	2	20	20	1.56
86493084--86493259	3	58.7	3	78	4	185	62	1	5	30	1.28
86494785--86494819	13	2.8	13	86	4	54	28	5	2	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86494571--86494906	162	2.1	165	93	2	572	31	4	4	59	1.37
86494620--86494817	3	64.7	3	70	20	110	31	4	4	60	1.34
86495054--86495096	3	13.7	3	90	4	59	34	0	2	62	1.08
86507423--86507793	72	5.1	72	83	6	458	32	15	16	35	1.91
86507429--86507794	151	2.5	144	86	4	491	32	15	17	34	1.91
86510499--86510714	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
86510449--86510714	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
86511320--86511719	73	5.3	75	75	16	328	29	16	19	34	1.94
86511706--86511734	14	2.0	15	93	6	51	13	31	6	48	1.69
86511648--86511849	94	2.2	92	83	8	241	32	17	17	32	1.94
86513597--86513869	3	89.3	3	69	20	140	32	5	3	58	1.36
86514515--86514539	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86515379--86515424	3	15.3	3	82	8	58	63	0	0	36	0.95
86517966--86518035	34	2.1	34	94	0	122	37	21	14	27	1.92
86522385--86522409	11	2.3	11	100	0	50	36	24	20	20	1.95
86534953--86534985	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86535273--86535316	20	2.3	19	88	4	61	36	0	0	63	0.95
86535558--86535603	4	11.2	4	86	13	67	73	0	26	0	0.83
86535715--86535763	26	1.9	26	84	12	66	28	2	12	57	1.46
86543051--86543122	33	2.2	33	87	0	99	25	12	44	18	1.84
86545050--86545522	110	4.4	110	83	10	599	57	15	1	25	1.48
86545137--86545459	99	3.2	98	81	12	405	57	15	1	25	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86546643--86546736	28	3.2	28	70	21	84	26	29	18	25	1.98
86546601--86546774	60	2.9	59	80	10	158	27	27	18	27	1.99
86546765--86546810	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
86550302--86550469	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
86553924--86554038	60	1.9	60	82	10	146	26	26	20	26	1.99
86554029--86554074	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
86561198--86561240	23	1.9	22	85	4	59	34	2	32	30	1.71
86561358--86561468	40	2.8	41	82	5	129	27	18	16	36	1.92
86562784--86562842	28	2.1	28	84	6	75	25	0	22	52	1.47
86562790--86562829	21	1.9	21	84	0	53	25	0	22	52	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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