genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20612307--20612352	23	2.1	22	92	8	76	67	4	0	28	1.10
20615185--20615270	42	2.0	42	100	0	172	61	6	9	22	1.50
20615763--20615797	19	1.9	17	88	11	52	60	2	0	37	1.12
20628645--20628799	69	2.2	69	97	2	292	35	17	27	19	1.94
20631446--20631512	17	3.7	18	84	8	91	35	14	13	35	1.86
20631446--20631508	18	3.5	18	84	6	92	36	14	14	34	1.86
20634306--20634969	49	14.1	49	78	14	516	28	8	33	30	1.86
20634482--20634547	33	2.0	33	96	0	123	25	12	31	30	1.92
20634433--20634595	82	2.0	81	97	1	308	26	9	33	30	1.89
20634514--20634969	235	1.9	238	94	4	812	27	7	33	30	1.85
20634515--20634969	97	4.8	98	92	5	790	27	7	33	30	1.85
20634519--20635024	97	5.3	96	89	6	424	28	7	32	30	1.86
20635071--20635189	37	3.2	37	97	0	220	25	19	33	21	1.97
20636999--20637083	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
20637230--20637393	29	5.7	29	97	0	301	26	15	32	25	1.96
20637877--20637975	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
20640699--20641353	49	13.4	49	97	0	1168	28	8	33	29	1.87
20641455--20641573	37	3.2	37	97	0	220	25	19	33	21	1.97
20643607--20643741	29	4.7	29	95	0	234	25	15	34	24	1.95
20643604--20643741	58	2.4	58	97	0	258	26	15	33	25	1.95
20644225--20644365	40	3.5	41	77	12	114	28	23	24	24	2.00
20647051--20647842	341	2.3	341	95	0	1395	28	8	33	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20647056--20647842	49	16.1	49	95	0	1364	28	8	33	30	1.87
20647944--20648062	37	3.2	37	97	0	220	25	19	33	21	1.97
20671435--20671657	47	4.7	48	89	3	299	33	7	30	28	1.84
20680441--20680611	45	3.9	45	83	6	190	23	21	29	25	1.99
20686894--20687006	56	2.0	56	100	0	226	33	8	15	41	1.79
20688338--20688494	45	3.5	44	83	5	185	24	22	26	26	2.00
20690515--20690948	94	4.7	94	79	6	415	29	22	19	29	1.98
20690514--20690763	44	5.4	44	67	18	150	28	22	18	30	1.98
20690504--20690948	188	2.4	189	81	6	491	29	22	18	29	1.97
20690692--20691224	228	2.3	228	81	3	579	28	21	18	31	1.97
20690931--20691165	94	2.5	94	80	1	256	29	20	17	33	1.95
20691100--20691231	44	3.0	43	79	6	124	28	19	19	31	1.97
20691271--20691373	44	2.3	44	81	6	111	31	22	13	33	1.93
20691093--20691372	152	1.8	152	84	0	380	28	22	15	33	1.95
20691297--20691479	44	4.0	44	72	17	149	30	20	16	32	1.95
20691321--20691528	94	2.2	94	88	5	305	29	21	18	29	1.97
20693775--20693919	40	3.6	40	78	1	130	37	24	14	24	1.92
20697068--20697238	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
20697060--20697235	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
20703487--20703572	43	2.0	43	83	0	109	22	19	29	29	1.98
20716959--20717143	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
20716960--20717151	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20716959--20717176	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
20719490--20719642	43	3.6	42	65	9	96	29	23	15	32	1.95
20726691--20726918	40	5.8	40	86	3	300	24	24	26	24	2.00
20734746--20734973	40	5.8	40	89	3	336	25	23	28	23	2.00
20739563--20739729	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
20740552--20740597	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
20747550--20747715	40	4.2	40	83	4	194	25	26	21	26	2.00
20748541--20748586	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
20751425--20751834	27	15.2	27	85	3	511	40	6	21	30	1.79
20751829--20752007	27	6.6	25	81	10	126	29	9	21	39	1.85
20751425--20751834	54	7.6	54	88	0	568	40	6	21	30	1.79
20751867--20752007	54	2.6	54	83	0	174	31	9	20	38	1.85
20751862--20752034	54	3.2	54	78	6	136	30	12	19	38	1.88
20751989--20752060	27	2.7	27	82	0	90	26	18	20	34	1.95
20753748--20753954	53	3.8	53	76	3	180	37	17	22	22	1.94
20758900--20758993	43	2.2	43	88	3	145	26	28	26	18	1.98
20759874--20759959	23	3.8	23	87	4	77	32	17	24	25	1.97
20759896--20759959	23	2.8	23	92	0	101	32	15	26	25	1.95
20761520--20761604	41	2.1	41	84	0	107	23	18	25	31	1.97
20763532--20763752	40	5.5	40	85	3	248	24	25	23	26	2.00
20764163--20764415	129	2.0	129	98	0	488	33	22	15	28	1.95
20767729--20767976	31	8.0	31	79	1	246	19	26	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20767752--20767976	62	3.6	61	86	2	279	19	26	13	40	1.88
20775545--20775651	26	4.2	26	89	2	171	37	23	6	32	1.81
20775545--20775651	51	2.1	52	92	1	180	37	23	6	32	1.81
20782622--20782729	26	4.2	26	92	0	171	37	23	6	33	1.80
20783216--20783327	43	2.6	43	85	4	163	37	19	12	30	1.89
20789008--20789171	71	2.3	71	96	0	301	34	18	28	18	1.95
20797167--20797333	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
20799152--20799359	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
20799154--20799359	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
20800696--20800971	138	2.0	138	100	0	552	20	18	23	37	1.94
20801757--20801859	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
20809549--20809651	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
20815905--20816044	42	3.2	42	74	11	131	27	17	25	30	1.97
20822320--20822400	41	2.0	41	92	4	137	25	18	22	33	1.97
20822389--20822416	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
20822348--20822457	56	2.0	55	89	5	168	23	18	21	36	1.95
20822403--20822655	42	6.0	42	85	3	312	26	19	23	30	1.98
20822313--20822500	98	1.9	98	90	4	299	26	18	21	33	1.96
20830367--20830401	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
20831189--20831247	31	2.0	29	87	12	84	61	6	3	28	1.38
20834225--20834426	95	2.1	95	81	2	226	29	23	16	30	1.96
20834279--20834457	48	3.8	48	79	6	159	28	22	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20840122--20840377	46	5.7	45	85	9	337	21	23	15	39	1.92
20840292--20840365	38	1.9	38	100	0	148	21	25	18	33	1.96
20842508--20842559	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
20851610--20851675	32	2.1	32	94	0	114	42	3	9	45	1.51
20851782--20851818	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
20859309--20859348	20	2.0	20	95	0	71	45	22	5	27	1.73
20861780--20861867	44	2.0	44	82	8	108	46	6	29	17	1.73
20861856--20861930	6	12.5	6	85	0	60	65	8	25	1	1.28
20861856--20861930	9	8.3	9	75	0	60	65	8	25	1	1.28
20861862--20861930	12	5.8	12	84	0	84	66	8	23	1	1.27
20861874--20861930	24	2.4	24	90	0	96	66	10	22	0	1.22
20863422--20863477	29	2.0	28	89	10	87	23	21	23	32	1.98
20865383--20865422	17	2.2	19	86	8	57	20	0	2	77	0.88
20865704--20865753	19	2.6	19	77	3	55	30	6	16	48	1.70
20870419--20870451	3	11.0	3	87	12	50	36	0	0	63	0.95
20871206--20871281	38	2.0	39	94	2	136	51	15	15	17	1.77
20872933--20872980	19	2.5	19	89	0	69	54	0	16	29	1.43
20875107--20875132	4	6.5	4	100	0	52	26	0	73	0	0.84
20881432--20881512	42	1.9	42	94	0	144	37	11	19	32	1.87
20885673--20885705	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
20886291--20886338	23	2.1	23	84	7	62	33	0	12	54	1.38
20889476--20889513	12	2.9	13	88	7	51	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20891561--20891706	44	3.4	42	70	11	111	26	17	23	32	1.96
20894343--20894391	13	3.8	13	81	10	64	55	0	14	30	1.40
20894341--20894394	26	2.1	26	96	0	99	50	0	18	31	1.48
20896754--20896795	21	2.0	22	90	4	68	4	9	4	80	0.99
20897812--20897840	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
20897954--20898026	17	4.3	16	78	14	67	76	0	1	21	0.86
20897890--20898026	25	5.0	24	74	21	87	72	1	2	22	1.05
20897972--20898025	9	5.7	10	85	10	62	79	0	0	20	0.73
20899774--20899805	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
20899801--20899862	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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