genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65106388--65106547	41	3.9	41	77	12	168	22	23	28	26	1.99
65112909--65113021	44	2.6	44	84	0	154	26	15	26	30	1.96
65114396--65114487	43	2.2	42	86	2	121	25	16	23	34	1.95
65117110--65117373	40	6.6	40	87	3	307	27	26	22	24	2.00
65117140--65117374	81	2.9	81	88	0	337	26	26	22	23	2.00
65117105--65117373	121	2.2	121	84	3	337	27	25	22	24	2.00
65125372--65125619	40	6.2	40	88	1	325	27	26	22	23	1.99
65125388--65125620	81	2.9	81	90	1	344	27	27	22	23	1.99
65134055--65134181	46	2.8	46	91	3	202	30	29	19	20	1.97
65141591--65141769	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
65141591--65141783	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
65141712--65141795	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
65144544--65144583	13	3.1	13	88	0	62	17	30	35	17	1.93
65151318--65151354	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
65154517--65154565	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65155388--65155554	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65162519--65162567	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65163848--65164014	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
65163864--65164012	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
65171832--65171961	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
65171848--65171999	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
65171848--65171997	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65175741--65175912	47	3.6	47	78	10	197	27	17	29	26	1.98
65181386--65181483	23	4.3	23	75	12	85	19	27	15	37	1.92
65181397--65181495	23	4.3	23	73	14	80	19	27	16	37	1.92
65186657--65186828	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
65186650--65186825	46	3.8	46	77	14	200	30	29	19	20	1.97
65191407--65191527	42	2.8	43	72	14	124	29	19	21	29	1.97
65191377--65191535	85	1.9	85	85	2	221	27	20	23	28	1.99
65193758--65194009	68	3.8	63	76	9	204	29	16	29	24	1.97
65198222--65198393	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
65198246--65198429	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
65205196--65205227	16	2.0	17	88	11	50	40	34	0	25	1.56
65207657--65207713	24	2.4	24	97	2	107	35	7	17	40	1.77
65212172--65212287	42	2.8	42	80	5	128	29	13	25	31	1.94
65214702--65214861	43	3.7	43	79	3	151	23	16	26	33	1.96
65216681--65217085	49	8.3	49	93	2	658	30	29	7	32	1.86
65219208--65219266	27	2.2	27	81	6	66	28	16	27	27	1.97
65219234--65219416	27	6.8	28	85	5	216	25	12	22	39	1.89
65219234--65219416	81	2.3	81	88	1	260	25	12	22	39	1.89
65219407--65219640	27	8.7	27	84	3	274	38	7	23	30	1.82
65219274--65219441	81	2.1	81	85	4	223	28	11	22	37	1.89
65219407--65219640	54	4.3	54	88	2	328	38	7	23	30	1.82
65219407--65219637	81	2.9	81	86	1	320	39	6	23	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65223960--65224052	46	2.0	46	97	0	177	33	10	32	23	1.89
65224308--65224368	28	2.3	27	82	5	70	39	16	22	21	1.92
65224308--65224386	28	2.9	26	79	9	68	35	17	24	22	1.95
65232093--65232205	27	4.2	26	83	8	127	36	23	23	17	1.95
65232093--65232205	55	2.1	54	85	5	147	36	23	23	17	1.95
65234295--65234329	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
65236718--65239327	763	3.5	757	86	4	3490	25	16	25	32	1.96
65250033--65250214	94	1.9	94	97	0	346	34	4	20	40	1.74
65257200--65257272	34	2.1	34	100	0	146	34	16	12	36	1.86
65260843--65260914	29	2.5	28	86	6	92	27	26	15	30	1.96
65267067--65267138	29	2.5	28	86	6	92	27	26	15	30	1.96
65269364--65269443	27	2.9	27	83	9	92	40	15	10	35	1.80
65269373--65269479	27	4.0	27	79	7	103	38	18	10	32	1.85
65269468--65269678	27	7.8	27	87	2	271	28	24	8	38	1.84
65269603--65269881	27	10.3	27	78	6	145	37	19	8	34	1.83
65269671--65269909	54	4.4	53	76	9	205	39	19	9	31	1.83
65269672--65269826	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
65269666--65269886	27	8.1	27	76	7	153	39	18	8	33	1.81
65269917--65270004	27	3.3	27	73	9	81	39	20	18	21	1.92
65271247--65271303	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
65271245--65271307	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
65271363--65271505	23	6.1	23	88	3	214	29	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65271362--65271527	47	3.5	46	86	7	219	29	22	21	26	1.99
65271362--65271507	70	2.1	70	93	1	247	30	22	20	26	1.98
65271720--65271800	31	2.6	32	84	5	103	32	17	27	23	1.97
65276661--65276829	46	3.7	46	76	12	166	23	20	26	29	1.99
65276654--65276824	93	1.8	93	87	2	254	23	21	26	28	1.99
65277054--65277091	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
65284206--65284377	45	3.7	46	79	13	210	21	20	28	29	1.98
65284599--65284636	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
65290249--65290297	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65291121--65291287	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65298254--65298302	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65299124--65299289	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
65303741--65303916	46	3.8	45	76	12	187	22	20	28	28	1.99
65303737--65303908	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	27	1.99
65308945--65309152	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
65308947--65309152	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
65315897--65316086	29	6.6	29	88	1	256	25	16	32	25	1.96
65320314--65320521	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
65320316--65320521	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
65324865--65324934	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
65328637--65329260	47	13.3	47	91	0	1005	28	29	8	33	1.86
65338935--65338981	24	2.0	24	86	0	67	55	21	14	8	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65341560--65341727	40	4.2	40	78	6	171	26	22	26	23	2.00
65346407--65346540	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
65346470--65346685	47	4.6	47	96	0	378	25	31	12	30	1.93
65346470--65346711	94	2.5	94	89	2	385	26	30	11	30	1.92
65353652--65353819	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
65361736--65361841	39	2.7	38	86	5	133	21	30	24	23	1.99
65371101--65371220	55	2.2	55	80	5	136	17	29	30	23	1.97
65374526--65374689	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65374526--65374723	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65382104--65382267	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65382104--65382301	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65387560--65387701	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
65387599--65387727	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
65395584--65395725	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
65395623--65395751	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
65402190--65402282	28	3.3	28	95	0	159	32	7	25	34	1.84
65412892--65412963	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
65415589--65415617	14	2.1	14	100	0	58	37	27	0	34	1.57
65417203--65417235	17	1.9	17	88	11	50	51	15	6	27	1.66
65417804--65417838	12	2.9	12	87	12	54	68	0	0	31	0.90
65418357--65418404	21	2.4	19	80	13	51	10	8	6	75	1.20
65419487--65419551	21	3.1	21	95	0	112	15	50	23	10	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65420771--65420932	26	6.2	26	74	4	121	32	27	16	24	1.96
65428618--65428793	46	3.8	46	85	1	210	30	17	27	24	1.97
65428674--65428843	46	3.6	46	81	4	144	28	17	29	24	1.97
65430984--65431164	40	4.6	40	91	2	258	23	27	24	24	2.00
65439063--65439246	40	4.6	40	88	1	262	23	28	23	24	2.00
65439027--65439246	80	2.8	80	84	4	275	24	27	23	25	2.00
65449658--65449731	24	3.2	24	63	27	59	22	25	13	37	1.91
65449565--65449930	138	2.7	138	86	0	491	22	22	13	40	1.89
65449566--65449931	46	8.0	46	88	0	446	22	22	13	41	1.89
65450406--65450515	55	2.0	55	98	0	211	30	18	11	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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