genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64151443--64151654	81	2.6	81	83	5	241	31	8	20	40	1.82
64151524--64151693	54	3.2	54	89	3	229	32	7	19	41	1.78
64151442--64151675	27	8.7	26	83	4	200	30	7	20	40	1.81
64151525--64151692	27	6.3	26	88	2	183	32	7	19	41	1.78
64153577--64153610	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
64157901--64158063	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
64157955--64158036	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
64158159--64158243	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
64160064--64160308	40	6.1	40	95	0	355	27	20	26	24	1.99
64160482--64160674	29	6.7	29	96	0	341	26	16	32	24	1.96
64164050--64164212	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
64164104--64164185	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
64164308--64164392	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
64169274--64169430	43	3.7	43	91	3	228	35	26	11	26	1.91
64170775--64170818	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
64170832--64170856	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
64172612--64172666	28	2.0	28	100	0	110	47	21	10	20	1.80
64179448--64179494	20	2.3	20	82	7	60	42	23	27	6	1.78
64181181--64181343	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
64181181--64181374	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
64194070--64194147	26	3.0	26	71	14	88	25	28	28	17	1.98
64202088--64202228	40	3.6	37	81	12	160	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64214538--64214674	46	2.9	46	84	6	161	24	31	17	27	1.97
64218003--64218132	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
64226064--64226193	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
64228896--64229082	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
64228919--64229082	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64228919--64229116	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64230805--64231034	40	5.8	40	88	1	309	26	23	26	23	2.00
64230805--64231030	79	2.8	80	87	2	328	26	23	26	23	2.00
64230805--64231062	40	6.4	40	86	4	297	27	23	26	22	2.00
64230846--64231077	119	1.9	119	80	4	261	28	24	26	21	1.99
64230842--64231102	119	2.2	118	76	5	256	28	23	25	22	1.99
64238950--64239141	40	4.8	40	83	3	224	25	23	27	23	2.00
64238950--64239169	80	2.7	81	81	4	239	26	24	26	22	2.00
64238951--64239174	40	5.6	39	78	11	177	27	24	25	22	2.00
64238951--64239169	120	1.8	121	84	4	300	26	24	26	22	2.00
64239112--64239195	40	2.1	40	82	4	98	27	27	26	19	1.99
64246861--64247003	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
64254908--64255089	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
64254938--64255090	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
64256987--64257158	46	3.7	46	79	13	208	28	28	22	20	1.99
64257593--64257671	30	2.6	30	100	0	158	26	27	6	39	1.80
64257599--64257650	14	3.6	14	70	10	50	23	28	7	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64257613--64257666	16	3.5	16	70	10	58	25	24	7	42	1.80
64263521--64263738	48	4.6	47	79	12	209	24	31	16	27	1.96
64270466--64270566	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
64270495--64270570	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
64278335--64278435	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
64278364--64278439	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
64283315--64283417	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
64297164--64297237	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
64297221--64297296	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
64298815--64298844	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
64302577--64302735	43	3.7	43	70	10	128	26	17	25	30	1.97
64305832--64305861	8	3.8	8	90	0	51	73	0	0	26	0.84
64308707--64308931	40	5.7	40	85	4	287	27	28	21	22	1.99
64308706--64308931	80	2.8	80	87	4	316	27	28	21	22	1.99
64312502--64312606	42	2.5	42	81	9	124	34	30	11	23	1.90
64312549--64312646	42	2.4	42	80	13	98	35	27	14	22	1.93
64314207--64314245	11	3.6	11	83	16	55	0	17	23	58	1.38
64318036--64318075	20	2.0	21	85	9	57	50	0	27	22	1.50
64327795--64327964	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
64335888--64336057	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
64348300--64348357	25	2.3	25	78	3	62	41	5	24	29	1.76
64349659--64349730	27	2.5	28	80	8	74	47	6	9	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64349935--64349968	17	1.9	18	88	5	52	32	0	2	64	1.08
64352637--64353198	44	12.8	44	85	2	709	32	14	25	27	1.94
64354245--64354557	44	7.1	44	86	4	427	27	26	14	30	1.95
64354533--64354582	25	2.0	25	100	0	100	36	24	16	24	1.94
64354558--64354849	44	6.7	44	86	1	399	28	25	14	31	1.95
64354489--64354622	69	1.9	69	87	3	198	29	24	15	29	1.96
64354445--64354664	113	1.9	113	94	0	386	29	24	15	30	1.95
64354401--64354708	157	2.0	157	86	3	433	28	25	14	30	1.95
64354356--64354751	201	2.0	201	90	2	625	28	25	15	31	1.95
64354558--64354849	88	3.3	88	87	1	444	28	25	14	31	1.95
64366837--64366874	15	2.6	14	88	8	58	71	0	0	28	0.87
64366884--64366980	14	6.7	14	71	17	74	59	0	5	35	1.19
64367209--64367267	30	2.0	30	82	0	73	59	6	11	22	1.56
64371506--64371687	40	4.6	39	82	9	208	24	21	27	26	1.99
64371556--64371710	79	2.0	79	84	7	208	25	21	26	25	2.00
64376485--64376518	3	11.3	3	93	0	59	70	0	0	29	0.87
64378055--64378080	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
64389632--64389694	32	2.0	32	93	0	108	47	26	14	11	1.77
64395284--64395437	77	2.0	77	100	0	308	29	11	24	33	1.91
64396995--64397387	47	8.4	47	93	0	642	33	9	29	27	1.88
64397505--64397587	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
64401715--64401826	9	12.9	9	74	9	65	32	4	2	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64401903--64401942	18	2.3	17	86	4	53	27	5	2	65	1.27
64404406--64404457	25	2.1	25	100	0	104	48	19	15	17	1.82
64406319--64406388	12	5.8	12	71	18	56	31	0	5	62	1.18
64406319--64406382	18	3.6	17	71	23	51	32	0	4	62	1.16
64406325--64406382	24	2.4	24	78	16	66	32	0	5	62	1.18
64411479--64411520	21	2.0	21	90	0	66	40	0	14	45	1.45
64411549--64411590	8	5.2	8	83	11	59	38	0	0	61	0.96
64411549--64411590	15	2.6	17	81	11	61	38	0	0	61	0.96
64412385--64412457	37	2.0	35	82	12	85	57	0	0	42	0.98
64412461--64412511	17	2.9	17	91	2	75	54	1	5	37	1.36
64412610--64412660	16	3.2	16	80	8	68	37	1	1	58	1.20
64417211--64417888	337	2.0	337	94	1	1198	27	11	24	37	1.89
64418616--64418663	24	2.0	25	83	4	62	18	14	12	54	1.71
64429151--64429184	17	2.1	16	88	5	50	47	26	0	26	1.53
64429148--64429287	39	3.5	40	87	3	180	46	20	2	30	1.65
64437671--64437719	21	2.3	21	96	0	89	24	20	10	44	1.82
64446494--64446631	39	3.5	39	90	1	204	26	18	28	25	1.98
64446494--64446660	39	4.2	39	89	2	201	25	19	28	25	1.99
64446522--64446670	79	1.9	78	82	8	185	24	20	28	25	1.99
64454399--64454618	49	4.4	49	87	9	336	33	7	27	31	1.85
64454701--64454771	37	1.9	37	100	0	142	21	22	33	22	1.97
64456646--64456875	120	1.9	120	87	0	334	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64456646--64456875	40	5.8	40	86	0	280	25	19	27	27	1.99
64460288--64460504	49	4.4	49	92	4	373	33	8	27	30	1.86
64460587--64460657	37	1.9	37	100	0	142	21	22	33	22	1.97
64463632--64463771	39	3.6	39	93	0	217	25	20	29	25	1.99
64463632--64463800	39	4.3	39	91	2	214	24	20	28	25	1.99
64466941--64467055	46	2.5	44	84	6	142	26	19	31	23	1.98
64468189--64468227	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
64468677--64468715	14	2.8	14	84	11	53	46	5	15	33	1.68
64469176--64469228	15	3.3	15	73	19	52	43	0	1	54	1.11
64469261--64469297	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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