genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22442686--22442810	48	2.5	50	81	6	137	39	3	4	53	1.36
22442751--22442869	62	2.0	59	83	8	150	40	2	5	52	1.37
22454431--22454609	66	2.7	66	85	0	232	21	26	26	25	1.99
22454592--22454653	31	2.0	31	100	0	124	29	22	22	25	1.99
22461938--22461976	17	2.3	17	90	0	60	23	30	28	17	1.97
22462283--22462338	18	3.3	18	65	27	50	26	5	17	50	1.68
22462270--22462341	32	2.2	32	95	0	126	25	4	19	51	1.64
22468271--22468330	21	2.9	21	80	2	68	41	1	20	36	1.62
22473503--22473541	19	2.1	19	95	0	69	33	2	15	48	1.58
22476791--22476822	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
22479726--22479785	26	2.3	26	91	0	93	35	30	13	21	1.92
22483229--22483598	96	3.9	96	89	3	498	28	18	29	24	1.98
22483219--22483598	48	7.9	48	84	4	446	27	17	29	24	1.97
22484499--22484566	30	2.3	30	76	2	75	22	27	30	19	1.97
22486203--22486300	47	2.1	47	96	0	178	28	4	11	56	1.53
22486214--22486296	26	3.4	25	67	21	68	30	3	12	54	1.54
22487049--22487087	17	2.2	18	86	4	53	38	0	2	58	1.12
22492891--22492942	22	2.5	20	85	11	77	23	0	1	75	0.91
22492975--22493032	17	3.5	17	84	13	77	22	1	0	75	0.89
22493021--22493060	18	2.2	18	86	4	53	2	7	2	87	0.71
22493029--22493085	8	7.2	8	80	7	55	0	12	3	84	0.75
22493020--22493079	11	5.5	11	81	0	75	1	10	3	85	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22493112--22493182	18	3.9	18	90	7	76	30	0	5	63	1.17
22493133--22493215	3	27.7	3	97	0	121	26	0	6	67	1.13
22494219--22494244	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
22498908--22498968	31	2.0	31	86	0	86	49	13	4	32	1.63
22506702--22506885	92	2.0	92	82	7	223	49	11	13	25	1.76
22525273--22525443	46	3.7	46	75	14	181	21	22	28	28	1.99
22528038--22528134	38	2.5	39	86	1	142	26	23	26	22	2.00
22527989--22528134	77	1.9	79	84	8	201	26	22	27	23	2.00
22535995--22536179	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
22535996--22536187	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
22535995--22536212	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
22538886--22538969	42	2.0	43	83	6	109	32	16	20	30	1.95
22538945--22538992	23	2.1	23	96	0	87	27	16	22	33	1.96
22546369--22546624	47	5.5	46	78	10	218	26	20	29	23	1.99
22546400--22546610	46	4.5	45	80	7	210	27	19	30	22	1.98
22560044--22560250	43	4.9	43	78	8	165	31	17	22	28	1.97
22565480--22565553	27	2.8	26	76	21	66	67	2	0	29	1.04
22566599--22566644	23	2.1	21	84	15	58	36	0	0	63	0.95
22575975--22576029	24	2.3	23	93	6	101	32	23	0	43	1.54
22579759--22579815	25	2.3	26	84	6	73	38	12	14	35	1.83
22582830--22582887	28	2.1	28	83	6	73	22	10	25	41	1.85
22585139--22585269	70	1.9	70	83	0	172	34	7	24	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22586825--22586862	15	2.5	15	100	0	76	18	21	34	26	1.96
22587152--22587184	16	1.9	18	88	11	52	75	12	0	12	1.04
22590141--22590180	7	5.9	7	94	5	73	85	0	0	15	0.61
22590141--22590180	13	3.0	13	92	7	71	85	0	0	15	0.61
22590910--22590941	13	2.5	13	94	0	55	18	40	28	12	1.87
22596291--22596431	65	2.2	65	85	10	191	21	29	26	21	1.99
22596504--22596570	30	2.2	30	83	0	89	25	31	22	20	1.98
22611595--22611685	44	2.1	44	97	0	173	37	20	26	15	1.93
22617408--22617583	46	3.8	46	75	14	171	28	31	21	19	1.97
22617418--22617588	94	1.8	93	91	1	279	28	31	20	19	1.97
22619504--22619592	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
22619504--22619586	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
22619515--22619592	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
22622515--22622684	93	1.8	93	92	0	286	28	31	20	20	1.97
22622515--22622680	46	3.6	46	78	11	185	29	30	19	19	1.97
22631435--22631491	24	2.4	25	79	8	64	22	5	0	71	1.05
22635620--22635817	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22635686--22635803	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22635654--22635817	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
22643186--22643383	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
22643252--22643369	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
22643220--22643383	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22646813--22646863	21	2.4	21	100	0	102	47	15	3	33	1.64
22660372--22660417	17	2.7	18	78	21	55	10	19	6	63	1.48
22663840--22663919	27	2.9	27	85	5	99	40	16	10	33	1.82
22663849--22663938	27	3.3	27	84	3	110	40	16	10	33	1.82
22663950--22664154	27	7.6	27	87	2	277	28	22	8	40	1.84
22663952--22664182	54	4.3	54	85	0	165	29	21	8	40	1.82
22664035--22664191	81	1.9	81	79	2	172	33	21	7	37	1.82
22664133--22664385	55	4.6	54	74	12	183	38	20	7	32	1.82
22664133--22664386	27	9.3	27	75	4	161	38	20	8	32	1.82
22664147--22664386	54	4.4	54	78	5	214	39	19	8	32	1.82
22665719--22665775	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
22665717--22665779	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
22665834--22666002	25	7.0	24	88	7	195	27	18	24	29	1.98
22665834--22665974	25	5.8	25	93	2	202	25	19	25	29	1.98
22666192--22666255	31	2.1	31	90	0	101	39	15	20	25	1.92
22667520--22667566	23	2.0	23	100	0	94	44	4	17	34	1.68
22670397--22670437	14	3.1	14	80	20	61	65	0	7	26	1.18
22670408--22670434	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
22670401--22670439	18	2.2	18	90	0	60	66	0	5	28	1.12
22673408--22673591	40	4.5	41	80	4	167	24	16	26	32	1.96
22674558--22674613	27	2.2	26	84	9	78	44	25	7	23	1.78
22674565--22674617	27	2.0	26	96	3	97	45	24	7	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22691878--22691913	16	2.2	16	95	0	63	44	16	16	22	1.86
22692857--22692950	49	1.9	49	93	0	161	39	15	11	32	1.84
22696425--22696535	41	2.7	41	81	0	141	20	30	15	33	1.94
22705386--22705574	29	6.5	29	85	3	238	25	30	16	26	1.97
22714174--22714341	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
22717668--22717937	134	2.0	137	94	2	483	20	28	16	35	1.94
22720480--22720609	40	3.3	39	84	4	172	23	24	28	23	2.00
22725457--22725567	27	4.1	27	83	5	127	36	20	25	17	1.94
22726974--22727074	24	4.2	24	93	0	157	23	40	1	33	1.66
22733289--22733386	27	3.6	27	83	8	119	35	21	25	17	1.95
22733280--22733386	54	2.0	53	85	5	144	37	20	25	16	1.93
22734792--22734879	24	3.7	24	87	0	131	23	38	2	35	1.68
22736870--22737114	49	4.9	49	82	4	303	29	25	18	26	1.98
22759867--22759909	23	2.0	21	86	9	59	39	0	2	58	1.11
22766470--22766578	53	2.1	53	100	0	218	36	31	7	24	1.83
22770321--22770585	48	5.3	50	76	10	240	27	28	17	26	1.98
22776917--22777296	48	7.8	48	84	1	429	28	29	16	26	1.97
22776917--22777296	144	2.6	146	82	2	478	28	29	16	26	1.97
22777509--22777567	28	2.1	28	100	0	118	45	25	6	22	1.76
22784452--22784567	23	4.9	23	86	7	135	37	18	23	20	1.95
22784478--22784594	23	4.9	23	79	9	94	36	19	22	21	1.95
22787380--22787408	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22790317--22790350	12	2.8	12	95	0	59	85	0	11	2	0.71
22797473--22797787	47	6.7	47	91	1	450	28	30	8	32	1.86
22803679--22804017	145	2.3	148	86	7	454	43	10	3	42	1.57
22804359--22804419	3	20.3	3	93	0	104	62	0	3	34	1.12
22805536--22805570	16	2.2	16	100	0	70	25	11	22	40	1.88
22809889--22809940	18	2.9	18	88	5	70	48	9	3	38	1.54
22811322--22811419	41	2.4	41	87	5	144	28	24	23	23	2.00
22814796--22814960	45	3.9	41	75	9	125	30	24	17	27	1.97
22815792--22815862	36	2.0	36	97	0	133	36	11	25	26	1.90
22817751--22817777	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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