genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34893062--34893146	6	13.8	6	76	14	75	21	20	11	47	1.81
34895528--34895746	40	5.6	40	90	3	313	27	22	27	21	1.99
34898047--34898248	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
34898046--34898197	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
34906124--34906325	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
34906123--34906274	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
34910885--34911491	303	2.0	304	99	0	1189	26	20	16	36	1.93
34914045--34914091	21	2.3	21	96	3	87	40	4	19	36	1.71
34914317--34914402	43	2.0	43	82	8	104	26	19	26	26	1.99
34918389--34918560	40	4.3	40	79	3	186	26	20	26	26	1.99
34927489--34927672	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
34927529--34927717	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
34929799--34929970	40	4.3	40	80	3	195	26	21	26	26	2.00
34932878--34932989	43	2.7	41	73	8	100	27	17	22	32	1.97
34934382--34934510	47	2.7	46	85	5	152	23	31	20	25	1.98
34940651--34940772	47	2.7	45	84	6	158	27	28	17	26	1.97
34952135--34952246	43	2.6	41	72	14	102	25	19	23	32	1.98
34955543--34955712	93	1.8	93	89	3	272	29	28	21	21	1.98
34955540--34955720	45	4.0	43	71	16	116	29	28	20	21	1.98
34956137--34956196	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34962860--34962907	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
34962955--34963008	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34962950--34963008	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
34963059--34963201	24	6.0	24	90	4	200	29	22	21	26	1.99
34963059--34963201	47	3.0	47	89	5	198	29	22	21	26	1.99
34963059--34963202	71	2.0	72	87	4	211	29	22	21	26	1.99
34963392--34963455	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
34965301--34965476	49	3.7	49	89	3	243	33	7	30	28	1.85
34965301--34965476	96	1.8	95	85	4	246	33	7	30	28	1.85
34969646--34969759	39	2.9	39	86	0	156	26	26	21	25	2.00
34971899--34972013	27	4.3	26	75	11	88	34	18	23	23	1.96
34971933--34972012	28	2.9	28	83	3	101	32	17	26	23	1.97
34980067--34980178	27	4.2	26	72	12	64	33	23	23	20	1.98
34980108--34980181	28	2.7	27	79	8	69	32	22	22	21	1.98
34986954--34986979	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
34988206--34988412	106	2.0	106	98	0	396	27	25	13	34	1.93
35001112--35001161	24	2.1	24	100	0	100	30	8	20	42	1.80
35001795--35001896	29	3.6	29	75	10	102	21	16	32	29	1.95
35006101--35006127	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
35013681--35013731	16	3.2	16	82	0	57	50	19	15	13	1.77
35013941--35014060	29	4.2	29	88	1	170	29	12	28	30	1.93
35015254--35015384	27	4.9	27	86	0	190	23	16	21	38	1.92
35015258--35015404	54	2.7	54	82	4	170	26	14	20	38	1.91
35015254--35015419	81	2.0	81	82	2	199	24	16	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35017551--35017590	12	3.3	12	85	0	53	32	0	40	27	1.57
35019014--35019155	27	5.3	27	88	3	207	26	14	19	39	1.90
35019014--35019155	52	2.7	53	87	2	205	26	14	19	39	1.90
35019033--35019185	79	1.9	79	82	2	191	29	14	18	37	1.90
35019064--35019198	52	2.6	52	86	2	162	28	16	18	37	1.92
35026185--35026221	10	3.7	10	88	0	56	64	21	2	10	1.37
35026924--35026965	22	1.9	22	95	0	75	33	14	14	38	1.86
35027340--35027545	45	4.7	43	81	7	188	26	27	20	26	1.99
35027383--35027554	45	3.9	44	84	5	197	25	27	21	25	1.99
35034404--35034445	22	1.9	22	100	0	84	35	14	14	35	1.86
35034863--35035034	45	3.9	44	84	5	197	26	27	20	25	1.99
35035840--35035982	47	3.0	47	96	2	261	42	14	13	28	1.84
35038058--35038111	26	2.1	26	85	0	72	29	20	25	24	1.99
35038859--35038999	41	3.5	41	82	2	169	36	13	27	22	1.92
35041946--35042040	42	2.2	43	81	5	113	32	25	16	25	1.96
35043761--35043981	40	5.5	39	85	7	277	24	23	26	25	2.00
35051766--35052028	42	6.5	41	85	8	289	24	23	26	25	2.00
35057595--35057695	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
35057595--35057777	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
35057636--35057822	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
35060777--35060952	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
35060773--35060944	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35063905--35063973	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
35063896--35063983	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
35066368--35066543	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
35066364--35066535	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
35074059--35074242	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
35074101--35074287	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
35090197--35090382	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
35098267--35098416	40	3.8	40	90	4	207	26	26	21	26	1.99
35103752--35103808	26	2.2	26	90	6	89	14	21	22	42	1.88
35107596--35107659	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
35114478--35114541	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
35117440--35117661	40	5.6	40	91	1	358	27	26	21	24	1.99
35120353--35120401	20	2.5	19	73	3	53	73	0	18	8	1.07
35134496--35134563	30	2.3	30	86	0	100	19	19	33	27	1.96
35137559--35137786	48	4.9	48	69	11	148	28	19	24	27	1.99
35142180--35142266	37	2.3	36	84	5	120	25	33	20	20	1.97
35142335--35142744	49	8.2	49	90	5	635	29	28	9	32	1.88
35146759--35146943	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
35146760--35146951	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
35154834--35154945	38	2.8	39	81	5	120	26	22	28	22	1.99
35154796--35154986	40	4.8	40	79	6	167	24	24	28	23	2.00
35154795--35154978	78	2.3	80	81	9	207	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35156855--35156993	40	3.5	39	77	6	136	23	26	25	25	2.00
35157740--35158044	40	7.6	40	96	0	538	25	28	21	24	1.99
35159878--35159949	37	1.9	37	94	0	126	23	29	22	25	1.99
35160033--35160533	49	10.2	49	94	1	837	29	28	9	32	1.88
35164481--35164737	48	5.4	47	82	6	284	24	31	18	25	1.97
35164515--35164797	96	3.0	96	82	5	335	24	31	17	26	1.97
35164515--35164792	142	1.9	142	82	8	341	24	31	17	25	1.97
35174331--35174431	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
35174360--35174435	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
35180820--35180860	15	2.8	15	88	3	57	58	17	14	9	1.62
35189878--35189903	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
35189900--35189959	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
35191589--35191665	40	1.9	40	100	0	154	45	10	6	37	1.64
35193194--35193343	42	3.6	42	90	2	223	33	26	19	21	1.97
35197178--35197319	47	3.0	47	96	1	259	28	13	14	43	1.83
35206327--35206487	42	3.9	42	84	7	195	34	25	18	21	1.96
35206327--35206487	83	1.9	83	83	5	209	34	25	18	21	1.96
35208735--35208772	19	2.1	18	90	5	58	13	31	28	26	1.93
35210548--35210827	48	5.8	48	80	8	259	24	31	18	25	1.97
35210649--35210827	94	1.9	94	85	5	227	26	32	15	25	1.96
35212641--35212792	40	3.8	40	82	1	162	26	24	26	23	2.00
35217317--35217541	40	5.6	40	83	4	256	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35217281--35217541	80	3.3	79	81	4	276	24	25	23	26	2.00
35221262--35221360	24	4.1	24	98	0	189	18	16	28	37	1.92
35221273--35221381	48	2.3	48	88	3	157	20	17	27	34	1.95
35229055--35229175	24	5.0	24	98	0	233	17	16	28	38	1.91
35229055--35229196	72	2.0	72	90	2	223	19	16	26	36	1.94
35236998--35237160	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
35239449--35239536	24	3.6	24	75	3	77	25	17	28	29	1.97
35247253--35247342	24	3.7	24	76	2	81	25	16	28	28	1.97
35253123--35253500	126	3.0	125	82	3	456	30	15	15	38	1.88
35253592--35253683	34	2.7	35	83	6	118	44	11	0	43	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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