genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  57  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16234017--16234054	16	2.4	16	86	4	51	31	15	2	50	1.58
16237255--16237366	40	2.8	39	84	8	129	25	23	27	23	2.00
16250782--16251031	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
16253168--16253464	47	6.4	47	92	1	445	28	29	9	32	1.88
16253244--16253426	46	4.2	40	88	10	111	27	30	10	31	1.90
16253168--16253464	93	3.2	94	90	1	472	28	29	9	32	1.88
16253438--16253620	48	3.8	48	94	2	305	34	27	6	31	1.82
16256773--16257094	40	8.1	40	92	0	509	24	27	22	24	2.00
16259695--16259876	47	3.9	47	92	1	294	29	31	6	32	1.83
16259695--16259875	93	1.9	93	93	0	308	29	30	6	33	1.83
16259845--16259907	32	2.0	32	93	0	108	30	31	6	31	1.83
16259798--16259954	79	2.0	79	92	0	260	28	31	8	31	1.86
16259864--16259948	23	3.7	23	68	20	68	27	32	8	31	1.86
16259895--16259969	22	3.3	22	66	23	64	25	32	12	30	1.92
16259874--16260015	47	3.0	47	93	3	234	27	30	10	31	1.90
16259752--16259995	126	1.9	125	90	0	389	29	30	7	32	1.85
16259999--16260175	46	3.8	47	93	3	295	33	27	6	31	1.83
16259710--16260047	172	2.0	172	86	4	477	28	30	8	31	1.87
16259999--16260174	94	1.9	92	92	2	298	33	27	6	31	1.83
16265981--16266131	33	4.5	33	84	5	153	39	35	7	17	1.79
16267169--16267221	27	2.0	27	88	0	79	33	15	16	33	1.90
16269961--16270023	27	2.3	27	100	0	126	38	19	3	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16272535--16272594	27	2.3	26	85	2	75	35	16	21	26	1.95
16275989--16276013	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16276016--16276152	46	3.0	46	84	0	175	27	30	8	34	1.85
16283848--16283907	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
16285660--16285769	55	2.0	55	100	0	220	38	21	5	34	1.77
16286537--16286652	43	2.7	43	82	2	126	31	26	16	25	1.96
16290285--16290324	16	2.6	16	84	4	55	57	2	10	30	1.45
16290530--16290567	20	2.0	20	89	5	60	47	0	18	34	1.49
16297050--16297109	27	2.3	26	88	2	93	21	18	18	41	1.90
16306842--16306913	31	2.3	31	90	0	117	50	16	15	18	1.79
16307058--16307159	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
16307318--16307382	22	3.0	22	77	8	69	32	23	23	21	1.98
16307809--16308003	27	7.3	27	83	2	232	25	21	18	34	1.96
16307987--16308247	27	9.7	27	81	4	204	31	8	21	39	1.84
16308042--16308247	81	2.5	80	82	6	227	30	8	20	40	1.83
16308042--16308247	54	3.8	54	83	1	234	30	8	20	40	1.83
16311847--16311997	48	3.1	48	61	19	114	39	24	2	33	1.69
16311840--16312038	97	2.1	97	99	0	389	41	24	3	30	1.70
16314995--16315161	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
16321750--16321916	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
16331438--16331721	47	6.0	47	82	4	290	26	29	9	33	1.89
16331506--16331583	25	3.2	25	64	29	69	29	28	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16331484--16331721	94	2.5	93	87	1	341	27	29	9	33	1.89
16331578--16331700	23	5.3	22	65	18	61	26	30	10	33	1.90
16331438--16331721	141	2.0	141	93	1	480	26	29	9	33	1.89
16333960--16334022	32	2.0	32	100	0	126	22	22	26	28	1.99
16339693--16339742	25	2.0	25	96	0	91	46	12	6	36	1.66
16340950--16341017	6	12.8	5	73	17	50	76	1	4	17	1.03
16340970--16341021	6	9.0	6	85	4	63	78	1	3	15	0.98
16340960--16341021	18	3.6	17	81	14	74	75	1	4	17	1.05
16340950--16341021	11	6.2	11	78	12	65	76	1	4	18	1.02
16340950--16341034	16	5.2	16	77	13	77	75	2	4	17	1.08
16347550--16347734	46	4.0	46	78	9	189	27	18	30	22	1.98
16349661--16349697	16	2.2	17	95	4	67	32	0	24	43	1.55
16357425--16357473	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
16358296--16358462	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
16366390--16366520	29	4.6	29	84	1	156	25	33	16	25	1.95
16374169--16374271	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
16374140--16374271	58	2.3	58	81	0	156	25	33	15	25	1.95
16377293--16377496	40	5.1	40	88	5	272	25	28	23	22	1.99
16380771--16380965	68	2.8	68	89	2	282	23	29	15	32	1.95
16380766--16380991	68	3.3	66	82	7	247	22	27	15	34	1.94
16386416--16386566	57	2.6	57	76	7	153	31	21	18	28	1.97
16390466--16390576	42	2.6	42	75	10	111	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16390659--16390705	20	2.4	19	79	10	58	36	2	27	34	1.69
16395484--16395533	23	2.2	23	88	0	73	52	0	24	24	1.48
16396801--16396859	27	2.2	27	93	0	100	33	8	20	37	1.83
16411199--16411262	22	2.9	22	81	4	58	37	48	1	12	1.51
16412280--16412317	17	2.2	17	100	0	76	31	0	18	50	1.47
16412318--16412424	48	2.2	48	89	0	160	25	14	21	39	1.90
16413793--16413884	44	2.1	44	95	4	168	41	18	4	35	1.70
16422394--16422602	40	5.2	40	83	3	224	25	20	26	27	1.99
16426064--16426106	22	2.0	21	86	13	61	41	2	0	55	1.12
16426678--16426728	26	2.0	26	96	0	93	45	1	9	43	1.48
16427173--16427221	15	3.4	14	81	15	55	24	2	2	71	1.07
16427155--16427207	22	2.4	22	75	6	63	26	3	0	69	1.05
16427155--16427221	14	4.6	14	75	14	55	25	2	1	70	1.10
16434736--16434886	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
16434773--16434902	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
16439529--16439560	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
16443905--16443941	19	2.1	19	85	10	51	8	16	0	75	1.02
16444618--16444650	8	4.1	8	100	0	66	51	24	24	0	1.48
16445259--16445303	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
16450415--16450648	41	5.3	43	71	17	158	28	19	19	32	1.96
16450345--16450749	137	3.0	136	87	1	567	29	22	17	31	1.96
16450390--16450767	45	8.3	45	68	16	156	28	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16462088--16462554	255	1.8	255	85	1	668	37	20	13	28	1.90
16471898--16471948	25	2.0	25	92	0	84	37	13	5	43	1.69
16476564--16476614	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
16489302--16489426	29	4.3	29	85	1	171	30	28	15	25	1.96
16491724--16491786	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
16492920--16492971	19	2.9	18	75	13	54	9	11	1	76	1.09
16499601--16499687	24	3.6	24	100	0	174	35	26	17	20	1.95
16500826--16500877	19	2.9	18	75	13	54	9	11	1	76	1.09
16504100--16504334	49	4.7	50	76	8	246	26	17	25	30	1.97
16504105--16504347	100	2.4	98	80	7	267	27	17	25	30	1.97
16509091--16509241	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
16509127--16509257	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
16517097--16517247	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
16517133--16517263	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
16518662--16518716	28	2.0	28	100	0	110	34	14	14	36	1.87
16519289--16519348	29	2.1	29	100	0	120	20	26	13	40	1.89
16520767--16520832	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
16522479--16522591	33	3.5	32	81	7	131	37	13	23	25	1.91
16522587--16522727	31	4.5	31	85	1	176	29	19	26	24	1.98
16522584--16522727	62	2.3	62	85	0	198	29	18	27	25	1.98
16522820--16522872	27	2.0	27	88	0	79	35	7	26	30	1.84
16525712--16525777	19	3.5	19	91	0	96	37	28	15	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16528170--16528351	36	4.9	37	77	6	179	35	21	14	28	1.93
16528170--16528374	39	5.5	39	80	6	183	35	21	13	29	1.92
16532633--16532731	28	3.5	28	78	9	103	29	24	16	30	1.96
16540315--16540413	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
16548059--16548173	49	2.3	49	98	0	221	32	6	29	31	1.84
16548148--16548199	26	2.0	26	100	0	104	34	3	30	30	1.76
16548099--16548248	75	2.0	75	100	0	300	32	6	30	30	1.83
16548059--16548292	124	1.9	119	92	4	387	32	6	29	31	1.84
16548174--16548431	47	5.5	48	86	6	325	32	7	31	29	1.85
16558527--16558574	24	2.0	24	100	0	96	58	16	0	25	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318