genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81221534--81221572	13	2.9	13	81	7	51	74	7	2	15	1.15
81221607--81221717	3	36.7	3	72	16	54	68	2	4	24	1.21
81221657--81221744	30	2.9	30	76	17	76	68	4	4	22	1.27
81221622--81221724	18	5.8	17	69	24	61	69	2	3	23	1.18
81225748--81225777	13	2.3	13	100	0	60	46	6	6	40	1.56
81230011--81230039	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
81232419--81232556	58	2.4	56	83	7	161	34	22	16	26	1.95
81233856--81233897	15	2.8	16	82	13	54	47	14	19	19	1.82
81234259--81234306	21	2.3	21	85	7	62	41	6	0	52	1.27
81240124--81240175	24	2.2	24	100	0	104	36	19	13	30	1.90
81240163--81240196	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
81241867--81241901	3	11.7	3	93	0	61	68	28	0	2	1.04
81241864--81241904	12	3.4	12	93	0	73	68	24	0	7	1.15
81241876--81241931	18	3.1	18	86	0	67	64	16	0	19	1.29
81241864--81241934	21	3.4	21	84	0	79	64	16	0	18	1.29
81242064--81242102	20	2.0	20	85	10	53	74	0	7	17	1.05
81242047--81242106	23	2.6	23	73	23	63	73	0	6	20	1.05
81242098--81242164	3	22.7	3	78	14	68	64	1	2	31	1.18
81242242--81242282	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
81243405--81243438	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
81243703--81244015	44	7.0	44	76	5	232	28	19	18	33	1.95
81244042--81244336	89	3.3	88	70	16	260	32	21	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81243904--81244326	181	2.3	181	85	4	546	30	21	15	32	1.94
81244347--81244603	94	2.7	94	83	2	293	28	21	18	31	1.97
81251552--81251663	38	2.9	38	87	1	143	23	23	26	26	2.00
81251570--81251669	38	2.6	38	90	0	146	23	21	27	29	1.99
81251667--81251778	43	2.6	43	97	0	206	12	25	31	30	1.93
81255131--81255184	25	2.2	25	81	15	60	61	1	7	29	1.34
81255280--81255360	4	19.8	4	78	12	60	74	1	3	20	1.05
81255279--81255319	5	8.8	5	89	10	61	80	0	0	19	0.71
81255460--81255497	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
81256311--81256476	80	2.1	80	98	1	325	24	20	13	42	1.87
81256697--81256731	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
81261575--81261656	40	2.0	40	97	0	155	23	9	23	43	1.83
81262068--81262099	6	5.7	6	89	10	50	15	0	0	84	0.63
81271306--81271355	23	2.2	22	80	13	57	44	0	50	6	1.26
81272797--81272837	13	3.2	13	86	3	57	21	0	7	70	1.11
81272776--81272843	16	4.3	15	80	9	82	19	0	11	69	1.19
81272818--81272919	39	2.7	36	74	18	107	30	3	15	50	1.62
81279495--81279529	11	2.9	12	91	8	54	25	0	2	71	1.00
81279293--81280275	149	6.6	149	87	3	1290	27	5	7	58	1.50
81279293--81280275	294	3.3	295	86	5	1340	27	5	7	58	1.50
81280085--81280178	47	2.0	49	82	4	120	36	3	5	55	1.39
81280195--81280246	22	2.3	22	83	9	61	26	3	1	67	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81280818--81280863	20	2.3	20	82	10	51	0	28	0	71	0.86
81282154--81282201	18	2.9	18	77	22	61	39	4	0	56	1.19
81286344--81286394	18	2.9	18	81	16	63	70	1	1	25	1.08
81290829--81290853	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
81294656--81294721	30	2.2	31	86	2	89	25	22	18	33	1.97
81294732--81294913	58	3.0	60	78	11	203	41	20	19	18	1.91
81303976--81304044	28	2.6	27	95	4	122	31	26	13	28	1.93
81311855--81311923	28	2.6	27	95	4	122	31	26	13	28	1.93
81320477--81320501	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
81320432--81320533	46	2.2	46	91	0	159	34	7	12	45	1.71
81322386--81322418	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
81322652--81322741	42	2.1	42	81	4	101	16	20	18	44	1.87
81322645--81322741	21	4.6	21	78	7	90	15	20	17	46	1.84
81327907--81327969	18	3.5	18	80	0	72	39	15	9	34	1.80
81327865--81327972	36	3.0	36	79	1	101	40	14	7	37	1.74
81327995--81328046	18	2.8	19	76	5	61	50	7	7	34	1.60
81328162--81328282	53	2.3	53	81	8	165	42	21	19	16	1.88
81328270--81328376	51	2.1	50	84	5	135	41	21	16	20	1.91
81328465--81328498	16	2.1	16	89	10	52	32	8	0	58	1.29
81329324--81329382	29	2.0	30	86	3	84	52	8	1	37	1.42
81333638--81333757	21	5.7	21	82	0	132	12	19	19	49	1.79
81333638--81333744	42	2.5	42	90	0	160	13	19	18	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81334783--81334821	20	2.0	20	84	0	51	35	20	2	41	1.66
81337287--81337417	55	2.6	52	78	12	139	31	9	13	45	1.77
81338732--81338799	36	1.9	35	96	0	109	22	10	20	47	1.80
81340707--81340809	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
81342520--81342611	35	2.6	35	98	0	175	44	14	11	29	1.80
81345308--81345352	15	3.0	15	86	0	63	42	33	6	17	1.76
81345456--81345586	61	2.2	61	93	4	221	46	22	8	22	1.78
81345853--81345934	6	13.7	6	89	0	92	59	13	3	23	1.50
81345941--81345971	16	1.9	16	100	0	62	51	25	3	19	1.62
81356929--81356956	13	2.2	13	100	0	56	46	32	0	21	1.52
81363852--81363956	53	2.0	53	80	0	120	20	22	18	39	1.93
81365276--81365383	44	2.4	44	87	3	144	28	23	13	34	1.93
81369922--81370078	35	4.5	35	84	6	201	32	22	15	29	1.94
81372677--81372817	27	5.2	27	80	11	164	36	24	21	17	1.95
81372677--81372817	54	2.6	54	92	2	230	36	24	21	17	1.95
81373234--81373263	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
81374440--81374547	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
81376486--81376577	47	2.0	47	95	0	166	28	22	19	29	1.98
81380675--81380787	40	2.8	40	89	4	158	23	23	29	24	1.99
81384093--81384220	35	3.7	35	86	2	132	38	20	11	29	1.88
81384085--81384220	70	1.9	70	83	2	175	38	19	13	29	1.89
81389407--81389658	127	2.0	123	83	10	320	39	13	9	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81398421--81398552	46	2.8	47	83	3	142	21	21	25	32	1.98
81401418--81401451	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
81406029--81406084	17	3.4	16	72	22	53	71	5	0	23	1.06
81406037--81406083	24	1.9	25	83	12	62	72	2	0	25	0.96
81406513--81406555	16	2.6	16	88	3	68	32	4	2	60	1.30
81406614--81406664	11	5.0	10	77	11	50	37	0	1	60	1.08
81409571--81409599	11	2.5	12	88	11	51	89	0	0	10	0.48
81409574--81409599	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
81411897--81411937	22	1.9	22	90	5	66	34	7	19	39	1.80
81412764--81412801	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
81413363--81413406	22	2.0	22	90	0	70	38	4	6	50	1.50
81415271--81415479	46	4.5	46	78	12	189	24	28	18	28	1.98
81415210--81415487	94	3.0	95	74	11	277	25	29	17	27	1.98
81415215--81415477	138	1.9	141	81	7	320	24	29	18	28	1.98
81424113--81424143	3	10.3	3	92	0	53	64	0	35	0	0.94
81425546--81426182	318	2.0	318	98	0	1238	27	14	23	34	1.94
81429662--81429864	55	3.7	54	82	5	237	25	9	13	51	1.71
81430308--81430387	39	2.1	39	100	0	160	35	23	7	33	1.83
81435240--81435287	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
81440159--81440361	102	2.0	102	95	0	361	28	17	23	30	1.97
81441092--81441186	30	3.2	30	65	21	81	40	2	20	37	1.64
81441843--81441901	24	2.5	25	79	20	65	16	27	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81449673--81449818	40	3.7	40	84	0	166	25	27	20	26	1.99
81457762--81457907	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
81457794--81457945	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
81462743--81462869	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
81462759--81462908	40	3.8	40	78	6	144	22	26	24	26	2.00
81462759--81462907	80	1.9	79	84	6	203	22	26	24	26	2.00
81469225--81469266	18	2.5	17	81	18	52	76	2	16	4	1.07
81471466--81471659	49	3.9	49	79	6	194	26	27	20	25	1.99
81471477--81471606	50	2.6	49	89	3	181	28	28	18	24	1.98
81476683--81476779	19	5.1	19	87	7	144	36	15	10	38	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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