Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  190  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59458177--59458291
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
59458177--59458310
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
59464310--59464424
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
59464310--59464443
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
59470442--59470556
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
59470442--59470575
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
59472545--59472574
15
2.0
15
93
0
51
30
20
3
46
1.66
59473981--59474024
22
2.0
22
81
4
52
40
6
2
50
1.42
59478401--59478463
17
3.6
18
77
12
60
33
0
0
66
0.92
59478399--59478475
36
2.1
35
84
13
95
37
0
1
61
1.05
59482986--59483044
16
3.6
16
80
13
66
38
0
5
55
1.22
59497280--59497306
9
3.0
9
100
0
54
77
0
0
22
0.76
59498377--59498413
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
59501305--59501522
46
4.8
45
76
6
172
25
20
31
22
1.98
59504326--59504362
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
59506917--59507086
46
3.7
46
75
13
177
31
29
18
20
1.97
59507763--59507803
20
2.0
20
90
0
64
60
2
4
31
1.30
59509571--59509630
30
2.0
30
93
0
102
25
1
15
58
1.46
59518352--59518388
11
3.3
11
88
7
56
5
5
8
81
0.99
59519795--59519922
57
2.2
58
77
9
136
26
20
19
33
1.96
59526570--59526610
2
20.5
2
89
0
64
46
2
0
51
1.14
59526868--59526908
21
1.9
21
90
5
64
46
0
0
53
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59534492--59534543
5
10.2
5
82
12
52
36
15
25
23
1.93
59536338--59536371
16
2.2
15
89
5
50
70
0
5
23
1.09
59538702--59538742
15
2.5
17
88
11
59
75
2
0
21
0.92
59540011--59540053
21
2.0
21
81
4
50
74
2
11
11
1.17
59541161--59541388
44
5.2
44
67
8
167
26
22
22
28
1.99
59541165--59541416
88
2.9
88
88
2
389
27
21
23
27
1.99
59541671--59541797
64
2.0
64
95
0
227
36
14
18
31
1.90
59546438--59546484
19
2.5
19
86
6
60
46
14
21
17
1.83
59548960--59549006
16
3.0
16
77
22
55
70
6
0
23
1.10
59548970--59549010
15
2.5
17
88
11
59
73
4
0
21
1.02
59552658--59552760
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
59560455--59560557
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
59572577--59572706
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
59572593--59572744
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
59572593--59572742
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
59580604--59580733
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
59580620--59580770
40
3.8
40
78
6
146
22
26
23
27
2.00
59580620--59580768
80
1.9
79
83
6
194
22
26
24
26
2.00
59582951--59583060
42
2.6
42
79
4
132
26
18
22
32
1.97
59589673--59589722
24
2.1
24
100
0
100
38
8
12
42
1.71
59589673--59589730
24
2.4
24
94
0
89
36
8
12
43
1.73
59591117--59591142
6
4.3
6
100
0
52
15
0
0
84
0.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59603523--59603552
1
30.0
1
93
0
51
0
3
0
96
0.21
59607557--59607668
27
4.1
27
85
3
127
16
24
23
35
1.95
59607557--59607668
54
2.1
54
88
3
163
16
24
23
35
1.95
59614091--59614202
27
4.1
27
85
3
127
16
24
23
35
1.95
59614091--59614202
54
2.1
54
88
3
163
16
24
23
35
1.95
59617497--59617540
22
2.0
22
86
0
61
47
4
2
45
1.35
59626144--59626294
75
2.0
75
97
0
284
30
7
15
47
1.72
59628080--59628206
38
3.3
38
87
0
182
37
26
18
18
1.93
59631514--59631544
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
59631640--59631693
26
2.1
26
100
0
108
22
9
11
57
1.61
59631716--59631748
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
59633343--59633400
30
1.9
30
100
0
116
10
17
20
51
1.74
59639121--59639195
25
3.0
25
100
0
150
40
4
32
24
1.73
59653854--59653937
43
2.0
43
92
0
141
39
14
16
29
1.88
59656167--59656202
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
59656653--59656769
47
2.5
47
90
2
182
14
21
24
39
1.91
59656898--59657088
18
10.6
18
78
10
167
34
10
15
39
1.82
59656886--59657078
72
2.7
71
81
7
196
34
10
14
39
1.81
59657127--59657168
18
2.3
18
87
0
57
40
9
14
35
1.78
59657095--59657177
36
2.3
36
80
0
85
37
8
14
39
1.76
59661723--59661759
2
19.0
2
94
5
67
48
0
0
51
1.00
59663393--59663417
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59663474--59663564
47
1.9
47
93
0
155
17
19
24
38
1.93
59663681--59663958
18
15.1
18
73
9
175
35
11
14
38
1.83
59666959--59667123
43
3.9
42
76
11
131
33
24
16
24
1.96
59670454--59670703
40
6.3
40
82
5
251
26
26
22
24
2.00
59670454--59670703
80
3.2
79
82
4
290
26
26
22
24
2.00
59670479--59670703
120
1.9
119
83
6
294
27
27
21
24
1.99
59678569--59678792
40
5.7
40
87
5
271
26
27
22
23
2.00
59678545--59678792
78
3.2
79
84
6
274
26
26
22
24
2.00
59678570--59678792
118
1.9
119
83
6
292
26
26
22
23
2.00
59678570--59678792
78
2.8
79
84
6
292
26
26
22
23
2.00
59688390--59688530
40
3.5
40
76
9
101
24
23
26
25
2.00
59699743--59699897
43
3.6
42
76
15
140
30
23
19
25
1.98
59702161--59702344
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
59702201--59702389
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
59710281--59710464
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
59710321--59710509
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
59715915--59715951
14
2.6
15
79
12
51
27
0
0
72
0.84
59721977--59722146
40
4.2
40
85
3
225
21
28
24
25
1.99
59724400--59724441
14
3.1
13
86
10
57
11
2
0
85
0.68
59724400--59724441
20
2.0
21
90
4
68
11
2
0
85
0.68
59731278--59731317
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
59737867--59737911
23
2.0
23
90
0
72
31
17
15
35
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59738008--59738051
23
2.0
23
82
8
56
6
9
4
79
1.04
59739420--59739464
22
2.0
22
86
0
63
40
15
8
35
1.79
59741303--59741332
15
2.0
15
100
0
60
26
6
26
40
1.81
59742428--59742468
18
2.3
18
87
4
57
29
0
4
65
1.13
59744403--59744449
18
2.6
18
82
0
58
51
0
2
46
1.13
59744429--59744480
19
2.6
21
77
20
58
63
0
0
36
0.95
59752460--59752539
42
1.9
42
100
0
160
40
2
12
45
1.56
59752734--59753052
67
4.8
65
82
7
265
30
15
29
23
1.96
59752835--59752998
67
2.4
67
97
0
310
32
15
31
20
1.94
59754967--59754999
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
59756135--59756263
67
2.0
65
84
6
172
22
29
17
31
1.96
59756998--59757058
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
59762275--59762331
30
1.9
30
89
7
89
45
12
8
33
1.72
59765340--59765508
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
59773372--59773540
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
59778394--59778437
22
2.0
22
95
0
79
34
22
6
36
1.81
59781064--59781088
8
3.1
8
100
0
50
76
0
0
24
0.80
59783223--59783267
22
2.0
22
100
0
90
55
0
8
35
1.31
59797498--59797538
20
2.1
20
86
4
57
34
0
4
60
1.18
59797497--59797539
19
2.3
19
80
8
52
37
0
4
58
1.19
59800576--59800609
3
11.7
3
93
6
61
29
0
0
70
0.87
59802433--59802480
17
2.9
16
77
14
53
18
16
27
37
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59803005--59803046
21
2.0
21
85
0
57
38
7
14
40
1.73
59807583--59807639
22
2.6
22
75
10
62
22
22
28
26
1.99
59811688--59811863
46
3.8
45
79
12
196
19
20
29
30
1.97
59811685--59811856
93
1.8
93
93
0
299
20
20
29
29
1.98
59823388--59823450
30
2.1
30
87
0
90
28
3
14
53
1.56
59834053--59834238
40
4.7
40
88
5
227
25
22
26
25
2.00
59835596--59835854
45
5.9
45
82
8
257
32
28
16
22
1.96
59840701--59840775
36
2.1
36
100
0
150
34
22
13
29
1.92
59841161--59841233
36
2.0
36
97
0
137
26
32
9
31
1.88
59847290--59847362
28
2.6
28
84
0
92
32
10
20
35
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318