genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85948164--85948242	24	3.2	23	72	18	61	50	1	0	48	1.08
85957294--85957326	12	2.8	12	90	0	57	63	0	12	24	1.28
85958236--85958297	10	6.1	10	79	9	63	67	4	4	22	1.29
85958236--85958295	30	2.0	31	83	9	79	68	5	5	21	1.29
85958649--85958679	16	1.9	16	93	0	53	12	12	6	67	1.40
85960105--85960154	25	2.0	25	81	11	59	52	0	2	46	1.12
85960197--85960311	59	1.9	59	82	10	144	45	3	1	49	1.29
85968088--85968261	40	4.4	39	75	7	136	27	22	27	22	1.99
85976201--85976384	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
85976241--85976429	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
85981924--85981957	10	3.4	10	87	0	50	88	2	2	5	0.70
85981917--85981969	16	3.2	16	76	5	52	83	1	3	11	0.87
85981919--85981985	33	2.0	33	85	11	91	82	4	5	7	0.96
85982392--85982603	42	5.3	42	81	13	257	20	16	24	39	1.92
85982472--85982536	32	2.0	32	100	0	130	20	15	27	36	1.92
85982392--85982603	116	1.8	117	90	1	345	20	16	24	39	1.92
85982430--85982578	74	2.0	74	92	2	246	20	16	26	36	1.94
85985038--85985149	39	2.9	39	87	0	170	34	33	16	15	1.90
85985038--85985170	39	3.4	37	79	10	140	34	33	17	15	1.91
85989634--85989669	18	2.0	18	88	0	54	16	38	27	16	1.90
85994858--85995043	40	4.7	40	82	6	200	26	25	21	26	1.99
86000121--86000171	18	2.9	18	97	2	95	9	45	33	11	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86002312--86002342	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
86003619--86003675	15	3.9	15	86	2	80	38	0	10	50	1.37
86004040--86004097	21	2.8	21	94	0	107	15	29	27	27	1.96
86005283--86005392	44	2.5	44	81	0	139	40	25	14	20	1.90
86007074--86007159	40	2.2	40	82	0	100	34	10	15	39	1.81
86007371--86007473	45	2.3	45	89	3	154	22	16	18	42	1.89
86012232--86012262	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
86012972--86013052	40	2.0	40	85	0	108	34	9	16	39	1.81
86016221--86016250	13	2.3	13	94	0	51	16	6	3	73	1.18
86016387--86016464	41	1.9	41	97	0	147	33	5	19	42	1.73
86017182--86017258	37	2.0	41	82	12	99	46	1	2	49	1.23
86024799--86024882	40	2.1	40	86	0	114	20	28	15	35	1.93
86024810--86024967	60	2.6	61	75	6	144	22	30	15	32	1.94
86024935--86024987	19	2.7	19	72	13	54	24	33	7	33	1.84
86025751--86025784	13	2.6	13	90	0	59	20	20	32	26	1.97
86025990--86026089	48	2.1	48	90	0	155	34	4	21	41	1.72
86028082--86028126	20	2.2	20	84	0	63	17	24	28	28	1.97
86031380--86031435	11	4.9	11	85	8	67	33	0	1	64	1.04
86033282--86033647	46	8.0	46	85	1	439	42	13	23	20	1.88
86033292--86033647	138	2.6	138	86	0	496	42	14	23	20	1.88
86036472--86036536	22	2.9	22	84	11	62	52	0	3	44	1.16
86036488--86036536	23	2.2	22	89	10	73	55	0	2	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86037449--86037496	24	2.0	24	95	0	87	18	20	18	41	1.90
86043924--86043969	8	6.1	8	82	12	62	56	0	2	41	1.11
86050000--86050029	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
86051988--86052057	37	1.9	35	82	5	86	48	0	7	44	1.30
86059221--86059263	6	7.2	6	97	0	68	37	0	46	16	1.47
86063824--86063878	24	2.3	24	84	6	67	29	3	29	38	1.74
86068626--86068686	29	2.1	29	90	0	95	34	9	36	19	1.85
86071375--86071415	16	2.6	16	88	0	55	56	0	9	34	1.32
86071588--86071637	26	1.9	26	83	0	64	54	0	2	44	1.11
86071592--86071720	56	2.3	58	82	6	156	51	3	0	44	1.22
86071725--86071767	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
86072237--86072289	26	2.0	26	100	0	106	54	11	7	26	1.62
86075210--86075254	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
86079426--86079537	44	2.5	44	79	5	118	41	14	18	25	1.89
86079383--86079641	45	5.7	46	72	7	138	41	17	19	21	1.91
86079519--86079683	45	3.6	45	81	4	152	42	18	21	17	1.89
86079562--86079683	46	2.7	46	82	6	149	43	18	21	17	1.88
86081481--86081510	15	2.0	15	93	0	51	16	50	0	33	1.46
86082843--86082925	26	3.2	26	94	1	141	33	4	24	37	1.77
86084526--86084665	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
86084526--86084665	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
86089451--86089509	22	2.7	21	80	17	75	42	18	23	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86091016--86091057	3	14.0	3	94	0	75	64	0	0	35	0.94
86091010--86091093	12	6.8	12	80	14	68	58	2	1	38	1.19
86093761--86093820	6	9.7	6	76	20	61	80	3	1	15	0.93
86093751--86093820	20	3.5	20	79	12	74	80	2	2	14	0.95
86095936--86096139	40	5.1	40	84	5	225	27	26	21	24	1.99
86096226--86096414	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
86096108--86096446	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
86100919--86101028	42	2.6	42	75	17	109	27	28	18	26	1.98
86101000--86101192	48	3.7	57	71	24	197	27	28	18	25	1.98
86101039--86101227	96	2.0	96	92	0	315	28	26	18	25	1.98
86101035--86101227	48	4.0	48	89	1	280	29	27	18	25	1.98
86109015--86109048	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
86113463--86113521	29	2.1	28	96	3	109	25	6	13	54	1.64
86117898--86117931	14	2.4	14	90	5	50	67	0	17	14	1.23
86134336--86134364	14	2.1	14	93	6	51	41	6	0	51	1.28
86139632--86139682	26	2.0	26	96	0	93	25	21	7	45	1.79
86140428--86140556	50	2.6	50	78	10	140	24	31	18	24	1.97
86140522--86140649	46	2.8	44	82	6	148	27	31	17	23	1.97
86144843--86144876	3	10.7	3	90	6	50	29	2	2	64	1.22
86167404--86167476	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
86167463--86167535	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
86175320--86175392	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86175379--86175451	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
86196156--86196209	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
86196463--86196652	50	3.8	50	85	1	220	27	17	25	28	1.98
86200161--86200224	32	2.0	32	100	0	128	28	12	18	40	1.87
86202716--86202753	17	2.2	17	90	0	58	26	15	21	36	1.93
86202916--86203051	49	2.8	49	76	9	134	30	16	28	25	1.96
86207309--86207375	20	3.4	19	82	10	82	20	22	0	56	1.42
86210737--86210894	43	3.7	43	77	13	130	31	24	19	25	1.98
86214966--86215150	50	3.7	50	85	1	219	27	17	25	29	1.98
86217042--86217079	13	2.9	13	92	0	58	15	36	28	18	1.92
86219638--86219672	18	1.9	18	100	0	70	28	14	45	11	1.79
86234227--86234398	46	3.7	46	80	13	208	28	28	21	21	1.99
86234232--86234402	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
86240856--86241065	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
86244679--86244849	93	1.8	93	89	2	272	28	29	21	21	1.98
86244676--86244842	46	3.6	45	75	16	164	29	29	20	20	1.98
86246419--86246449	12	2.7	12	95	5	55	19	6	0	74	1.03
86253591--86253647	29	2.0	30	82	6	73	28	22	5	43	1.75
86253818--86253931	43	2.7	43	81	11	137	29	26	20	23	1.99
86262543--86262594	24	2.2	24	92	0	86	48	1	25	25	1.62
86264258--86264321	24	2.7	24	87	0	92	15	15	21	46	1.83
86268206--86268376	93	1.8	93	89	2	272	29	29	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86268198--86268364	46	3.6	45	77	10	185	31	30	17	20	1.96
86272008--86272109	28	3.5	30	80	6	111	28	15	27	28	1.96
86272037--86272112	29	2.7	28	76	13	75	28	15	26	28	1.96
86279865--86279965	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
86279894--86279969	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
86281560--86281685	30	4.2	30	83	0	171	16	30	30	23	1.96
86281560--86281674	60	1.9	60	92	0	194	15	30	31	22	1.95
86282528--86282570	9	4.8	9	79	0	50	13	4	2	79	1.00
86283394--86283420	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
86288226--86288274	18	2.7	17	84	12	62	73	0	2	24	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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