genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84637900--84638084	40	4.6	40	80	7	205	24	24	27	23	2.00
84637902--84638084	80	2.3	81	84	4	228	24	24	27	22	2.00
84640320--84640417	48	2.0	48	84	0	124	24	26	21	27	1.99
84640461--84640586	48	2.6	49	81	2	139	27	27	19	25	1.98
84652681--84652822	40	3.6	40	90	2	207	24	23	25	26	2.00
84660624--84660725	40	2.6	40	92	4	163	23	23	27	25	2.00
84662874--84663305	95	4.6	94	73	11	296	28	15	16	38	1.90
84664355--84664465	20	5.4	20	72	14	66	27	21	17	34	1.95
84666996--84667163	40	4.2	40	82	4	180	25	26	22	25	2.00
84686169--84686207	19	2.1	19	95	0	69	33	33	5	28	1.79
84716435--84716498	24	2.6	24	85	5	74	26	21	17	34	1.95
84716457--84716549	23	3.8	24	75	17	77	23	21	20	34	1.97
84716457--84716535	23	3.3	23	84	8	79	22	22	17	36	1.95
84718331--84718399	36	1.9	36	93	0	120	52	30	1	15	1.52
84722878--84723087	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
84737278--84737453	46	3.8	46	76	10	187	23	20	26	29	1.99
84737275--84737445	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
84738889--84738957	27	2.6	27	88	0	93	30	21	10	37	1.87
84739343--84739371	14	2.0	15	93	6	51	34	31	6	27	1.83
84739827--84739872	23	2.0	23	95	0	83	32	23	4	39	1.75
84744679--84744845	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
84744695--84744845	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84752684--84752850	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
84752700--84752850	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
84760232--84760858	322	1.9	322	93	0	1085	42	17	8	32	1.79
84762631--84762695	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
84762811--84762901	27	3.2	28	78	7	78	21	26	19	31	1.98
84771531--84771978	85	5.3	85	87	1	621	31	20	21	27	1.98
84771535--84771978	169	2.6	170	88	1	658	31	20	21	27	1.98
84778506--84779053	85	6.4	85	89	1	787	29	20	24	26	1.99
84778603--84778997	42	9.3	42	62	16	136	28	21	24	26	1.99
84779941--84779984	20	2.2	20	83	0	52	36	0	18	45	1.49
84782697--84782859	49	3.5	49	80	14	209	29	9	31	28	1.89
84782751--84782832	40	2.0	40	100	0	164	28	9	34	28	1.89
84782955--84783039	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
84789997--84790211	49	4.5	49	90	5	316	33	8	30	27	1.86
84795990--84796144	43	3.7	42	77	8	145	28	27	18	25	1.98
84799499--84799696	40	4.9	40	88	4	269	28	21	25	24	1.99
84799499--84799724	40	5.7	40	87	4	264	27	21	25	25	1.99
84799592--84799743	40	3.8	40	85	6	114	26	20	26	25	1.99
84801466--84801499	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
84801997--84802038	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
84807409--84807454	22	2.1	22	100	0	92	36	0	13	50	1.41
84807672--84807812	43	3.3	43	84	2	185	31	29	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84809337--84809388	26	2.1	26	85	7	72	46	5	0	48	1.26
84809331--84809419	25	3.6	25	76	15	80	43	4	0	51	1.21
84809383--84809460	41	1.9	41	81	5	95	38	5	0	56	1.22
84809436--84809495	24	2.6	24	84	7	72	33	3	0	63	1.11
84809749--84809802	21	2.7	21	81	18	62	37	0	0	62	0.95
84809792--84809842	25	1.9	28	88	11	81	43	3	0	52	1.19
84809756--84809832	12	6.1	13	70	11	61	40	1	0	58	1.06
84812588--84812618	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
84815124--84815185	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
84815977--84816060	40	2.1	40	88	0	123	17	20	17	44	1.88
84816414--84816541	7	18.0	7	69	18	50	41	37	1	19	1.61
84816488--84816541	28	1.9	28	85	7	74	44	38	1	14	1.56
84816522--84816645	7	17.4	7	68	9	54	48	25	1	24	1.60
84816526--84816577	22	2.4	22	78	15	63	48	28	0	23	1.51
84816501--84816645	29	5.1	28	74	5	76	46	28	1	23	1.60
84816569--84816645	28	2.7	29	79	2	84	46	27	2	23	1.65
84816948--84817069	40	3.0	40	87	2	165	26	24	21	27	1.99
84823131--84823259	40	3.2	39	76	8	134	24	27	24	24	2.00
84823146--84823297	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
84823146--84823295	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
84825366--84825418	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
84826905--84827014	26	4.2	26	96	0	202	35	23	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84862386--84862610	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
84862605--84862734	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
84862567--84862734	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
84874604--84874673	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
84874604--84874685	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
84888022--84888050	6	4.8	6	100	0	58	0	51	0	48	1.00
84888188--84888254	27	2.4	27	78	7	64	20	5	4	68	1.29
84888539--84888575	17	2.1	18	90	5	58	21	13	2	62	1.44
84889946--84889970	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
84895765--84895795	11	2.7	12	95	5	55	9	6	0	83	0.79
84896229--84896270	17	2.5	17	80	7	50	64	4	7	23	1.38
84896369--84896402	18	1.9	18	88	5	52	67	0	2	29	1.05
84905709--84905859	40	3.8	39	76	8	126	21	27	23	26	1.99
84944251--84944418	46	3.6	46	77	6	144	24	29	14	30	1.95
84945242--84945270	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
84952988--84953104	47	2.5	46	82	6	137	23	25	17	32	1.97
84963971--84964002	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
84970280--84970329	16	3.1	16	82	0	64	28	28	18	26	1.98
84971534--84971699	23	7.3	23	76	6	160	15	4	34	46	1.65
84977534--84977581	19	2.6	19	90	6	73	25	14	10	50	1.74
84977610--84977659	2	25.5	2	91	4	84	50	0	0	50	1.00
84977825--84977870	21	2.2	21	84	7	58	45	17	0	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84985536--84985579	22	2.0	22	95	0	79	47	20	9	22	1.78
84988006--84988141	40	3.4	40	87	0	146	32	12	19	36	1.89
84991718--84991837	47	2.6	47	83	1	143	30	26	15	27	1.96
84991866--84992045	31	5.8	31	92	2	272	26	27	19	27	1.99
84996575--84996652	39	2.0	39	97	0	147	43	1	24	30	1.62
84996813--84996950	40	3.5	39	76	4	132	30	13	19	36	1.90
85001736--85001866	23	5.7	23	82	0	154	16	3	33	46	1.65
85001736--85001887	46	3.3	46	83	1	182	14	3	35	46	1.63
85001859--85001898	21	1.9	21	94	0	71	5	2	47	45	1.38
85002773--85002863	19	4.9	19	89	8	152	37	12	15	35	1.84
85002773--85002870	35	2.7	37	86	12	141	37	11	16	34	1.84
85002773--85002886	19	5.8	22	78	17	87	36	10	15	36	1.82
85010184--85010260	35	2.2	33	84	13	109	37	18	2	41	1.64
85010198--85010267	35	2.0	35	100	0	140	42	17	2	37	1.64
85014211--85015019	220	3.7	220	93	0	1350	32	18	21	26	1.97
85014767--85014928	89	1.8	87	82	5	209	29	19	24	27	1.98
85014961--85015877	78	11.8	78	85	3	1238	32	18	23	25	1.97
85014961--85015858	156	5.8	156	92	1	1446	32	18	23	25	1.97
85015817--85016092	45	6.1	45	76	7	256	31	15	26	26	1.96
85015891--85016092	89	2.3	90	85	3	273	33	14	27	25	1.94
85016449--85016529	17	4.6	17	90	6	126	39	12	12	35	1.81
85016433--85016529	34	2.7	35	83	13	119	39	12	12	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85019229--85019275	12	4.2	12	76	15	55	61	2	2	34	1.20
85019301--85019368	26	2.7	26	86	2	93	51	2	7	38	1.45
85021474--85021498	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
85022689--85022752	18	3.6	17	77	10	58	67	1	0	31	1.00
85022709--85022777	18	3.9	18	79	12	63	72	4	1	21	1.10
85022721--85022769	25	1.9	26	87	4	73	73	4	2	20	1.10
85022702--85022784	9	9.0	9	69	13	53	71	3	1	24	1.09
85022875--85022921	22	2.0	24	88	8	71	48	0	6	44	1.28
85022878--85022929	24	2.3	22	83	6	59	51	1	5	40	1.37
85031478--85031547	17	4.1	17	78	8	63	70	1	0	28	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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