genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58367858--58367905	11	4.0	11	75	19	51	29	0	47	22	1.51
58368183--58368240	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
58368217--58368260	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
58368482--58368508	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
58368497--58368540	21	2.0	22	86	4	63	45	36	0	18	1.49
58368614--58368834	41	5.4	41	87	2	293	20	23	21	34	1.96
58368782--58368862	40	2.0	40	85	4	110	19	18	25	35	1.95
58384087--58384270	40	4.7	40	84	8	209	25	26	22	26	2.00
58384087--58384270	79	2.3	79	81	10	207	25	26	22	26	2.00
58390093--58390164	29	2.6	29	86	4	103	26	16	31	25	1.96
58397911--58397984	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
58397968--58398043	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
58397911--58398043	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
58405741--58405804	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
58410234--58410408	46	3.8	46	77	15	198	29	28	20	22	1.98
58410242--58410412	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
58410239--58410428	46	4.1	45	71	18	142	29	27	20	22	1.98
58418775--58418839	28	2.3	28	89	0	94	30	9	27	32	1.88
58419904--58419936	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
58422717--58422881	40	4.1	40	82	5	172	25	27	21	24	1.99
58422717--58422881	80	2.0	81	82	3	199	25	27	21	24	1.99
58430822--58430985	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58430822--58430985	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
58435309--58435383	27	2.8	26	84	6	87	33	18	26	21	1.96
58436986--58437067	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
58441820--58441848	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
58447031--58447214	67	2.8	63	74	10	167	28	16	29	24	1.97
58450523--58450592	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58450523--58450604	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58458494--58458563	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58458494--58458575	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58462807--58462839	17	1.9	17	93	0	57	51	12	0	36	1.39
58464823--58464870	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58464914--58464972	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
58465023--58465141	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
58465023--58465141	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
58465333--58465427	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
58472299--58472346	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58472390--58472446	18	3.1	18	87	9	87	35	10	22	31	1.88
58472389--58472446	20	3.0	20	90	7	93	34	10	22	32	1.88
58472498--58472637	47	3.0	47	90	7	205	27	22	22	26	1.99
58472497--58472637	23	6.0	24	89	5	200	28	22	22	26	1.99
58472829--58472892	31	2.1	31	97	2	121	40	15	21	21	1.91
58472877--58472907	16	1.9	16	100	0	62	61	0	12	25	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58475085--58475187	28	3.7	28	84	0	116	27	16	31	25	1.97
58477994--58478160	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58485993--58486160	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58491341--58491379	16	2.3	16	91	8	60	76	0	15	7	0.99
58492802--58493049	40	6.2	40	89	1	347	22	20	29	27	1.99
58492798--58493029	120	1.9	120	92	1	385	23	21	28	25	1.99
58496806--58496830	13	1.9	13	100	0	50	28	24	16	32	1.96
58500053--58500243	40	4.8	40	88	0	247	26	23	26	24	2.00
58500053--58500271	40	5.5	39	84	7	235	26	23	26	23	2.00
58500059--58500286	120	1.9	121	83	4	300	28	22	25	23	2.00
58500101--58500297	40	4.9	40	86	3	110	28	23	25	22	1.99
58504007--58504307	40	7.6	40	85	5	317	26	28	20	24	1.99
58506213--58506303	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
58506343--58506542	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
58506534--58506960	47	9.0	47	92	2	701	29	28	8	33	1.86
58506534--58506959	96	4.5	96	94	2	707	29	28	8	34	1.86
58506535--58506959	143	3.0	143	97	0	796	29	28	8	33	1.86
58510593--58510893	40	7.6	40	85	5	326	26	28	20	24	1.99
58512796--58512886	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
58512926--58513125	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
58513117--58513496	47	8.0	47	91	2	607	28	28	8	33	1.87
58513117--58513496	96	4.0	94	95	2	607	28	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58513118--58513496	143	2.6	143	97	0	704	28	29	8	33	1.87
58514193--58514356	71	2.3	71	95	2	294	34	17	28	19	1.95
58514576--58514675	47	2.1	47	100	0	200	29	27	8	36	1.85
58519690--58519813	39	3.2	39	88	0	158	22	24	19	33	1.97
58521594--58521641	23	2.1	23	100	0	96	45	14	8	31	1.74
58530687--58530720	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
58536643--58536691	23	2.1	23	85	7	64	12	10	28	48	1.73
58538787--58538957	93	1.8	93	93	0	297	21	22	29	26	1.99
58538791--58538962	46	3.7	46	78	13	199	21	22	28	27	1.99
58540934--58541107	40	4.4	40	92	2	271	25	28	22	23	2.00
58548932--58549108	40	4.5	40	90	4	245	24	28	24	23	2.00
58548932--58549108	79	2.2	80	88	5	254	24	28	24	23	2.00
58550889--58550938	25	2.0	25	96	0	91	30	20	26	24	1.98
58550841--58550987	73	2.0	73	90	2	233	29	17	26	25	1.98
58554961--58555178	40	5.5	39	84	6	226	22	26	23	26	2.00
58554935--58555179	79	3.1	79	80	5	253	23	26	23	26	2.00
58554988--58555179	80	2.4	81	84	2	253	23	27	22	26	2.00
58557633--58557692	29	2.1	29	96	0	111	35	16	0	48	1.47
58560463--58560611	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58560504--58560611	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58563025--58563208	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
58574540--58574568	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58575316--58575383	34	2.0	34	97	0	127	32	5	7	54	1.52
58576294--58576345	20	2.7	19	77	13	54	69	3	9	17	1.31
58582103--58582153	21	2.5	20	75	15	50	19	35	25	19	1.95
58590831--58590938	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58590790--58590938	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58592732--58592792	23	2.5	25	73	13	63	26	18	13	42	1.86
58592874--58592903	11	2.7	11	100	0	60	43	0	26	30	1.55
58596171--58596271	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58604114--58604214	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58612055--58612155	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58619988--58620088	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58622820--58623044	46	4.9	46	87	1	290	22	22	14	40	1.90
58633138--58633180	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
58658884--58659015	39	3.4	39	87	0	183	29	3	22	43	1.71
58658994--58659031	16	2.4	16	86	8	51	39	2	18	39	1.65
58661464--58661674	42	5.0	42	81	0	242	24	23	22	30	1.99
58663879--58663926	23	2.1	23	100	0	96	27	18	12	41	1.86
58665483--58665533	25	2.0	25	96	0	93	47	5	7	39	1.57
58671331--58671361	7	4.4	7	100	0	62	12	0	0	87	0.55
58672533--58672581	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
58673037--58673066	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
58675337--58676265	465	2.0	465	91	1	1515	26	25	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58681865--58681960	50	1.9	50	81	10	115	53	3	2	41	1.28
58681915--58682052	19	7.4	18	71	14	86	57	6	0	34	1.29
58681915--58682080	10	17.7	9	70	14	88	58	6	1	33	1.32
58686117--58686147	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
58686327--58686559	40	5.8	40	88	1	326	24	29	24	22	1.99
58690694--58690788	40	2.4	38	82	3	118	14	12	33	38	1.84
58699618--58699778	10	16.6	9	69	18	76	28	3	5	62	1.33
58699621--58699759	49	2.8	49	79	9	140	28	3	5	62	1.35
58699720--58699776	19	2.9	19	76	7	53	31	1	5	61	1.28
58699854--58699972	9	11.3	11	68	17	58	26	3	5	65	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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