genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  59  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16970186--16970370	100	1.9	100	90	2	300	29	23	18	28	1.98
16972374--16972433	30	2.0	30	87	12	88	63	16	10	10	1.51
16972364--16972428	15	4.4	15	76	16	64	64	13	12	9	1.49
16973568--16973754	30	6.4	30	83	11	244	48	14	17	19	1.82
16973568--16973754	85	2.2	85	96	0	338	48	14	17	19	1.82
16973568--16973729	6	26.8	6	78	15	174	48	14	17	19	1.80
16973885--16973964	27	3.0	26	90	3	115	35	21	23	20	1.96
16973885--16973986	27	3.8	27	85	5	93	35	20	23	20	1.96
16973885--16973986	54	1.9	53	80	6	116	35	20	23	20	1.96
16974144--16974206	22	2.8	23	83	7	76	33	22	23	20	1.97
16974633--16974936	27	11.3	27	85	1	342	24	19	20	35	1.95
16974634--16974927	81	3.6	81	86	2	378	24	20	20	35	1.96
16974920--16975270	27	13.1	27	77	8	168	33	7	23	35	1.84
16975074--16975246	81	2.1	81	92	2	285	38	6	25	29	1.82
16975074--16975246	54	3.2	54	87	1	258	38	6	25	29	1.82
16978757--16978946	49	3.9	48	78	7	211	29	24	18	27	1.98
16978762--16978944	100	1.8	100	92	2	314	30	25	18	26	1.98
16980033--16980285	135	1.9	135	84	1	337	36	18	18	26	1.93
16980004--16980266	45	5.8	45	81	2	269	36	17	19	26	1.94
16980246--16980393	45	3.3	45	87	0	197	42	16	19	20	1.89
16985937--16986169	45	5.2	45	84	1	288	36	18	19	25	1.94
16985944--16986189	135	1.8	135	84	1	341	38	17	19	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16985955--16986199	45	5.4	45	78	4	109	38	17	19	24	1.93
16985937--16986200	90	2.9	90	87	4	363	38	17	19	25	1.93
16987052--16987105	26	2.1	26	96	0	99	46	1	29	22	1.62
16989491--16989540	23	2.1	24	81	7	57	14	30	8	48	1.72
16993217--16993423	53	3.8	54	77	4	211	21	24	17	36	1.94
17006243--17006286	22	2.0	22	90	0	70	59	2	0	38	1.10
17006243--17006278	12	3.3	11	88	11	56	66	0	0	33	0.92
17006234--17006285	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
17007834--17007884	26	2.0	26	84	7	68	39	3	9	47	1.55
17014358--17014579	40	5.6	40	90	1	340	28	25	22	22	1.99
17019162--17019334	47	3.7	47	88	6	246	21	20	29	27	1.98
17022936--17023122	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
17022959--17023122	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
17022959--17023156	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
17030505--17030691	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
17030528--17030691	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
17030528--17030725	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
17034868--17034969	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
17042696--17042759	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
17042949--17043069	24	5.0	24	90	8	183	27	21	20	30	1.98
17043118--17043173	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
17043118--17043184	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17043221--17043268	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17044387--17044420	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
17050786--17050845	31	1.9	31	89	0	93	26	23	16	33	1.96
17051061--17051142	28	3.1	26	86	8	121	30	18	17	34	1.94
17051190--17051245	11	5.5	11	71	16	57	28	19	14	37	1.91
17051190--17051256	20	3.3	20	89	0	98	29	20	13	35	1.91
17051293--17051340	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17052458--17052491	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
17055266--17055326	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17056602--17056706	53	2.0	53	86	3	149	20	24	19	35	1.96
17058714--17058899	55	3.5	53	82	7	214	22	22	18	36	1.95
17067659--17067762	42	2.5	42	80	10	113	28	21	25	25	1.99
17070441--17070495	28	1.9	29	85	3	76	47	0	21	30	1.51
17082167--17082329	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
17082167--17082360	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
17090088--17090250	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
17090088--17090281	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
17107287--17107384	28	3.5	28	81	4	99	29	16	23	30	1.96
17110783--17110884	29	3.6	30	80	9	115	25	31	16	26	1.97
17110783--17110892	58	1.9	57	83	5	141	26	30	15	28	1.96
17117059--17117206	43	3.4	43	75	5	129	32	25	14	27	1.94
17117700--17117765	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17132777--17132805	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
17138658--17138760	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
17141910--17141999	29	3.1	29	87	4	130	25	14	31	28	1.95
17151168--17151371	40	5.2	40	88	4	281	25	21	26	26	1.99
17156320--17156433	29	4.0	29	87	1	149	25	15	30	28	1.96
17157558--17157591	18	1.9	18	88	5	52	38	11	17	32	1.86
17159416--17159604	24	8.0	24	92	4	296	28	21	22	28	1.99
17159437--17159603	23	7.1	23	95	2	280	28	20	22	28	1.99
17159437--17159604	47	3.6	47	93	3	293	28	20	22	28	1.98
17159660--17159716	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
17159648--17159718	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
17159653--17159707	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
17159754--17159801	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17161035--17161458	27	15.7	27	85	5	464	41	8	21	28	1.83
17164584--17164758	24	7.4	24	93	3	284	28	21	21	28	1.99
17164591--17164757	23	7.1	23	94	2	271	29	20	21	28	1.98
17164591--17164758	47	3.6	47	92	3	284	29	20	21	28	1.98
17164816--17164872	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
17164804--17164874	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
17164809--17164863	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
17164911--17164958	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17166085--17166112	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17167738--17167827	45	2.0	45	95	0	162	32	23	12	32	1.91
17169634--17169801	43	3.9	43	68	12	110	30	20	23	26	1.98
17177798--17177979	79	2.3	80	83	9	239	25	21	26	25	2.00
17177798--17177981	40	4.7	40	88	7	236	25	21	27	25	2.00
17177798--17178013	79	2.7	78	80	11	212	26	21	26	25	1.99
17185885--17186067	40	4.7	40	87	8	227	25	22	26	25	2.00
17185885--17186065	79	2.3	79	82	10	228	25	22	26	24	2.00
17185885--17186100	79	2.7	74	79	15	211	26	21	26	25	2.00
17187748--17187906	44	3.7	43	75	12	139	30	20	23	26	1.98
17187760--17187906	42	3.4	43	74	11	113	30	21	23	25	1.99
17189888--17189918	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
17190991--17191106	56	2.1	56	100	0	232	37	3	19	39	1.69
17200015--17200138	39	3.2	40	86	5	173	25	21	27	25	2.00
17206557--17206719	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
17206557--17206753	70	2.8	69	90	4	247	20	28	17	33	1.95
17214110--17214296	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
17214133--17214296	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
17214133--17214330	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
17215624--17215663	21	1.9	21	85	10	55	55	20	25	0	1.44
17223100--17223266	40	4.2	40	79	2	167	24	28	22	25	1.99
17224092--17224137	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
17225028--17225126	28	3.5	27	87	4	117	26	14	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17231326--17231373	21	2.3	21	82	13	71	25	14	14	45	1.83
17241510--17241712	42	4.8	42	84	3	228	31	24	20	23	1.98
17248836--17249058	42	5.2	42	83	4	245	28	23	20	27	1.99
17248836--17249061	84	2.7	86	83	7	282	28	23	20	27	1.99
17252985--17253074	42	2.1	42	81	4	101	28	16	25	28	1.97
17253028--17253195	90	1.9	90	81	5	205	28	21	26	23	1.99
17260891--17261056	90	1.8	90	82	5	210	29	19	26	24	1.98
17269949--17269994	23	2.0	23	86	0	65	32	10	13	43	1.78
17271828--17271864	15	2.3	17	86	9	51	70	0	21	8	1.13
17273444--17273596	67	2.3	65	80	10	166	21	28	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318