genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20904571--20904614	18	2.5	18	92	3	72	47	2	2	47	1.27
20905705--20905808	51	2.0	51	100	0	208	44	3	21	30	1.70
20907842--20907866	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
20910423--20910499	38	2.0	38	94	0	136	38	7	16	36	1.78
20910585--20910655	32	2.2	31	82	9	81	36	4	15	43	1.66
20912824--20912875	28	1.9	27	84	7	70	50	17	11	21	1.77
20916505--20916657	75	2.0	75	100	0	306	38	20	9	30	1.85
20916513--20916627	35	3.1	35	61	20	81	38	23	7	30	1.83
20919414--20919487	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
20927434--20927532	28	3.5	29	82	6	105	31	26	15	27	1.95
20927644--20927742	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
20927377--20927785	210	1.9	210	98	0	791	31	24	15	28	1.96
20933860--20933963	41	2.5	42	82	7	122	27	27	15	28	1.96
20933865--20934002	40	3.3	40	83	8	136	29	24	14	31	1.95
20933929--20934013	40	2.1	40	82	0	98	31	22	14	31	1.93
20934980--20935021	21	2.0	21	81	9	50	23	7	21	47	1.75
20939137--20939193	28	2.0	28	100	0	114	28	3	28	40	1.73
20947958--20948001	16	2.9	15	76	6	52	45	0	15	38	1.47
20949747--20949803	30	1.9	30	88	0	87	43	7	22	26	1.78
20950223--20950396	46	3.8	45	78	13	203	20	20	29	29	1.98
20950220--20950389	91	1.9	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
20957751--20957926	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20957748--20957919	93	1.8	93	97	0	326	21	20	29	28	1.98
20960271--20960335	3	21.3	3	76	14	62	60	0	40	0	0.97
20960368--20960398	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
20960368--20960434	12	5.4	12	76	13	64	71	0	28	0	0.86
20960363--20960427	26	2.5	26	80	9	71	70	0	29	0	0.87
20960869--20961603	142	5.2	143	85	4	927	59	8	6	26	1.49
20961396--20961462	13	4.8	14	75	12	66	71	1	2	23	1.08
20961400--20961456	30	1.9	29	92	3	96	68	1	3	26	1.15
20960867--20961603	285	2.6	284	84	4	957	59	8	6	26	1.49
20967797--20967862	29	2.3	26	76	16	60	6	22	1	69	1.19
20967930--20968015	27	3.2	27	89	0	127	9	38	30	22	1.85
20974587--20974940	48	7.7	48	86	8	520	34	7	27	29	1.85
20974727--20974796	34	2.1	34	97	0	131	32	10	28	28	1.89
20974679--20974940	82	3.0	81	83	13	335	33	7	28	30	1.85
20974631--20974892	130	2.0	130	94	0	461	33	8	28	29	1.86
20974587--20974940	178	2.0	178	94	1	629	34	7	27	29	1.85
20975113--20975245	37	3.6	37	91	0	212	26	19	28	25	1.99
20976318--20976476	40	4.0	40	82	8	191	23	21	28	25	1.99
20976485--20976614	29	4.6	29	80	6	140	20	15	30	33	1.94
20976486--20976614	57	2.3	57	82	5	145	20	15	31	32	1.94
20980152--20980553	48	8.7	48	86	7	589	34	7	28	30	1.84
20980292--20980361	34	2.1	34	94	0	122	32	8	28	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20980152--20980505	178	2.0	178	96	0	645	33	7	28	30	1.84
20980726--20980865	37	3.8	37	93	0	235	22	18	32	26	1.97
20982270--20982476	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
20982270--20982475	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
20990290--20990496	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
20990290--20990495	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
20997802--20997923	12	10.1	12	67	18	74	32	2	0	63	1.13
20997814--20997877	14	4.6	14	77	18	62	32	4	1	60	1.26
20997853--20997926	3	24.3	3	72	22	57	33	1	0	64	1.02
20997850--20997931	33	2.3	36	80	18	100	34	1	1	63	1.10
20997852--20997922	19	3.9	18	71	23	60	33	1	0	64	1.02
20997802--20997935	26	4.9	26	73	18	89	32	2	1	63	1.16
20998306--20998340	18	1.9	18	88	0	52	17	0	8	74	1.06
21001993--21002031	12	3.2	12	92	0	60	53	0	41	5	1.23
21009964--21010105	42	3.3	42	78	6	178	36	19	23	19	1.95
21009930--21010705	44	17.6	44	73	9	535	31	16	26	25	1.96
21009947--21010145	86	2.3	85	96	1	362	34	20	24	21	1.97
21010136--21010371	45	5.2	45	67	15	155	30	15	26	26	1.96
21009932--21010711	177	4.4	176	77	7	642	31	16	26	25	1.96
21009947--21010711	133	5.8	132	77	9	569	31	16	26	25	1.96
21009936--21010705	90	8.7	89	82	6	512	31	16	26	25	1.96
21013159--21013383	40	5.6	40	84	6	285	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21013159--21013383	83	2.8	81	86	6	305	25	27	22	24	2.00
21014976--21015074	40	2.5	39	82	9	112	26	29	22	22	1.99
21014976--21015126	39	3.8	40	78	7	148	25	27	23	23	2.00
21023745--21023818	36	2.1	36	100	0	148	36	18	10	33	1.86
21025812--21025993	78	2.3	81	86	6	257	24	22	27	25	2.00
21025812--21025995	40	4.7	40	86	8	252	24	22	27	25	2.00
21025812--21026028	118	1.8	118	81	7	271	25	22	27	24	2.00
21033903--21034087	40	4.7	40	77	10	175	24	23	27	25	2.00
21033959--21034110	79	1.9	78	80	10	175	25	21	26	26	1.99
21038072--21038192	42	2.9	40	78	7	125	26	28	16	28	1.97
21044350--21044513	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
21044350--21044513	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
21057908--21058009	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
21069359--21069579	40	5.6	40	85	6	281	26	28	22	22	1.99
21073694--21073887	47	4.1	47	88	0	271	34	10	28	26	1.90
21073741--21073819	25	3.3	25	66	16	67	32	10	27	29	1.89
21073857--21074047	48	3.8	48	81	13	240	37	6	25	31	1.81
21073937--21074044	56	1.9	56	88	3	164	37	5	24	33	1.79
21074192--21074300	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
21075569--21075958	40	9.8	40	95	0	681	23	22	28	25	1.99
21080093--21080286	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
21080122--21080193	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21080167--21080242	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
21080256--21080446	48	3.8	48	81	13	249	36	6	25	31	1.81
21080336--21080443	56	1.9	56	88	3	164	37	5	24	33	1.79
21080594--21080700	37	2.9	37	94	0	178	23	18	32	25	1.97
21085066--21085143	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
21089120--21089167	24	2.0	24	100	0	96	41	16	12	29	1.85
21090706--21090816	43	2.6	42	83	5	143	26	26	18	29	1.98
21091550--21091592	18	2.4	17	81	11	50	20	46	0	32	1.51
21110891--21110936	23	2.0	23	91	0	74	26	19	4	50	1.66
21113387--21113420	17	1.9	18	88	5	52	35	8	0	55	1.31
21118991--21119057	5	14.0	5	71	20	54	23	2	0	73	0.97
21118991--21119045	14	4.0	13	80	17	58	25	1	0	72	0.94
21120648--21120686	20	2.0	20	85	10	53	25	10	2	61	1.41
21121382--21121415	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
21123018--21123392	50	7.8	48	75	9	282	28	19	28	23	1.98
21123019--21123339	95	3.3	94	81	7	305	28	19	28	23	1.98
21123018--21123370	145	2.4	143	82	6	399	28	19	28	23	1.98
21126933--21127095	24	6.8	24	95	0	272	33	26	19	20	1.96
21131777--21131866	29	3.1	28	81	7	110	28	13	27	30	1.94
21145841--21145904	32	2.0	32	90	0	101	29	21	10	37	1.88
21148401--21148611	49	4.3	49	93	1	318	29	29	9	32	1.88
21152899--21153069	46	3.7	45	82	7	168	27	20	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21152901--21153069	93	1.8	93	82	7	218	27	20	29	22	1.99
21157039--21157077	16	2.4	16	95	0	69	51	30	5	12	1.62
21158775--21158830	23	2.2	26	78	15	64	35	1	5	57	1.32
21163200--21163423	93	2.4	94	81	10	246	28	19	29	22	1.98
21163199--21163421	47	4.8	47	78	10	208	28	19	29	22	1.98
21163154--21163423	140	1.9	141	84	5	359	29	20	28	22	1.98
21173226--21173380	42	3.7	42	84	3	204	26	25	16	31	1.97
21182681--21182871	40	4.8	40	80	7	194	24	23	28	24	2.00
21182681--21182864	79	2.3	82	83	8	229	24	23	27	24	2.00
21182733--21182899	79	2.1	79	82	4	194	25	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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