genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89837233--89837325	41	2.2	42	88	1	134	30	5	11	52	1.60
89847997--89848027	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
89854741--89854806	21	3.3	21	70	12	66	10	22	24	42	1.85
89854723--89854862	39	3.6	39	92	0	217	12	25	24	37	1.90
89854749--89854844	20	4.9	19	69	13	61	12	25	22	39	1.89
89859105--89859225	64	1.9	64	98	0	233	26	22	30	20	1.98
89862103--89862145	20	2.2	20	95	0	77	41	13	9	34	1.77
89884878--89884938	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
89892049--89892168	39	3.1	39	82	1	141	40	22	21	15	1.90
89893611--89893658	26	1.9	24	83	8	60	60	10	4	25	1.47
89895584--89896559	180	5.5	180	89	1	1468	28	23	17	29	1.97
89895785--89896242	88	5.1	92	61	20	223	28	23	18	29	1.98
89895584--89896559	357	2.7	356	89	2	1444	28	23	17	29	1.97
89907841--89907897	26	2.2	25	81	9	62	26	8	5	59	1.48
89915062--89915093	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89919831--89919878	21	2.4	20	80	10	53	33	4	4	58	1.36
89924452--89924506	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
89924567--89924658	25	3.8	24	77	11	80	60	5	5	28	1.41
89924649--89924702	21	2.4	21	84	9	63	55	0	5	38	1.23
89924642--89924776	47	2.9	48	72	11	118	57	2	5	35	1.34
89924753--89924782	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
89925242--89925309	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89925944--89926149	87	2.4	87	84	4	245	35	19	14	30	1.92
89926340--89926372	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
89926187--89926536	86	4.0	87	82	7	386	36	18	16	28	1.93
89926189--89926515	177	1.8	176	87	6	482	34	19	16	28	1.94
89926443--89926855	73	5.6	75	85	4	511	34	20	16	29	1.94
89926864--89927033	74	2.3	73	88	1	241	36	17	15	30	1.91
89927203--89927247	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
89927031--89927333	99	3.0	100	88	5	427	41	18	17	23	1.90
89927216--89927389	89	2.0	86	84	5	224	37	19	17	25	1.93
89939356--89939380	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
89939387--89939441	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
89939507--89939713	23	8.6	25	70	14	105	56	4	6	32	1.44
89939515--89939620	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
89940173--89940270	30	3.3	30	97	0	178	18	6	51	24	1.69
89940207--89940260	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
89945872--89945911	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
89945973--89946086	27	4.2	27	82	6	99	38	22	21	16	1.93
89947704--89947813	26	4.2	25	91	6	166	35	24	4	35	1.76
89957172--89957197	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
89957490--89957536	25	1.9	24	82	4	58	68	0	4	27	1.08
89957187--89957819	311	2.0	310	89	2	975	45	11	17	24	1.82
89960299--89960351	21	2.5	22	77	22	60	13	7	3	75	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89962595--89963078	242	2.0	242	99	0	959	30	13	15	41	1.85
89964038--89964181	43	3.3	43	86	1	200	29	24	19	26	1.98
89964039--89964223	86	2.2	85	79	7	196	28	24	19	27	1.98
89964351--89964441	47	1.9	47	97	0	173	48	25	7	18	1.75
89965053--89965081	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
89968389--89968414	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
89970127--89970205	9	8.6	9	75	15	72	34	1	18	45	1.58
89970084--89970206	47	2.6	47	86	1	165	37	0	16	45	1.53
89973940--89973993	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
89974164--89974324	7	22.4	7	75	9	101	48	28	0	22	1.51
89974164--89974324	29	5.6	28	71	10	101	48	28	0	22	1.51
89974283--89974352	14	4.9	14	70	3	50	51	22	2	22	1.61
89974801--89974879	40	2.0	40	87	5	115	31	26	18	22	1.97
89975889--89975928	20	2.0	20	86	13	57	20	2	7	70	1.24
89988346--89988581	89	2.6	89	82	4	271	32	12	25	28	1.93
89990906--89990953	21	2.3	20	82	10	53	43	2	2	52	1.24
89992639--89992686	23	2.1	23	92	0	78	77	2	0	20	0.88
89993042--89993111	33	2.1	34	86	7	99	50	0	2	47	1.16
89996683--89996733	6	8.5	6	91	0	84	80	1	1	15	0.89
89996677--89996728	24	2.1	24	89	3	77	80	3	1	13	0.93
90000052--90000838	3	262.7	3	65	15	152	28	9	2	59	1.41
90000333--90000377	14	3.1	16	81	18	62	24	11	0	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90002320--90002344	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90005032--90005090	3	19.7	3	76	13	59	66	1	3	28	1.18
90005815--90005863	20	2.5	20	93	0	80	14	40	18	26	1.89
90015112--90015187	40	1.9	40	86	5	109	15	13	34	36	1.87
90020781--90020813	5	6.6	5	89	10	50	81	0	0	18	0.68
90024435--90024507	3	24.0	3	97	2	137	32	0	0	67	0.91
90026787--90026813	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
90026836--90027002	41	4.1	40	84	7	187	37	20	22	19	1.94
90027072--90027111	14	2.9	14	80	0	53	25	0	27	47	1.52
90027071--90027163	32	2.9	32	76	14	95	29	3	25	41	1.71
90028062--90028105	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
90032309--90032351	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
90036136--90036230	31	3.1	30	74	10	86	35	12	3	48	1.57
90040645--90040699	22	2.4	23	75	9	58	16	25	23	34	1.95
90044108--90044141	16	2.1	17	88	5	52	32	0	2	64	1.08
90049492--90050383	147	6.1	146	87	5	1215	28	5	7	58	1.47
90049962--90049997	13	2.8	13	87	4	56	22	0	2	75	0.94
90049492--90050383	437	2.0	433	88	5	1325	28	5	7	58	1.47
90050379--90050407	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
90050706--90050734	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
90050916--90050964	3	16.7	3	95	4	91	0	34	0	65	0.93
90051121--90051198	27	3.0	27	90	3	124	8	35	32	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90063182--90063217	14	2.6	14	86	0	54	55	0	2	41	1.14
90065719--90065779	30	2.0	30	96	0	113	49	8	13	29	1.70
90067626--90067684	26	2.2	26	90	3	91	44	27	13	15	1.84
90074955--90075107	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
90076896--90076920	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
90080630--90080700	35	2.0	35	100	0	142	26	28	11	33	1.91
90081470--90081516	20	2.4	19	82	7	58	0	51	2	46	1.13
90081691--90081745	28	2.0	28	82	13	69	25	7	0	67	1.16
90083219--90083248	6	5.2	6	96	4	53	16	0	0	83	0.65
90088668--90088724	30	1.9	30	89	7	89	17	36	31	14	1.89
90097933--90097962	6	5.2	6	92	8	53	16	0	0	83	0.65
90097933--90097962	11	2.6	11	94	5	51	16	0	0	83	0.65
90102466--90102504	19	2.1	19	90	4	62	17	25	2	53	1.56
90103020--90103139	60	2.0	60	98	0	231	26	22	15	35	1.93
90104621--90104800	40	4.4	40	85	5	222	25	26	24	23	2.00
90105413--90105448	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
90112858--90113041	40	4.6	40	87	5	239	25	26	23	24	2.00
90123751--90124741	48	20.5	48	74	12	609	22	19	23	34	1.97
90124162--90124470	57	5.8	57	75	16	338	21	18	25	35	1.95
90124114--90124528	105	4.1	102	88	5	576	21	17	25	35	1.95
90124433--90124509	39	2.0	39	92	0	127	22	22	22	33	1.97
90127353--90127404	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90129906--90129989	38	2.2	39	82	6	109	26	13	17	42	1.86
90132473--90132507	18	1.9	18	100	0	70	34	11	14	40	1.82
90147079--90147151	30	2.4	30	83	0	92	27	32	26	13	1.94
90155904--90155943	6	6.5	6	97	2	71	15	2	0	82	0.77
90162553--90162628	26	2.9	26	82	0	89	36	18	5	39	1.73
90166687--90166798	27	4.1	27	82	3	118	16	23	23	36	1.94
90166687--90166798	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	36	1.94
90169530--90169596	16	4.2	16	80	0	71	44	2	23	28	1.68
90170247--90170288	4	10.0	4	80	19	50	73	0	26	0	0.83
90170247--90170288	21	2.0	21	86	9	59	73	0	26	0	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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