genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  89  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26834007--26834088	26	3.2	26	96	0	155	35	25	7	31	1.84
26844814--26844866	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
26846344--26846440	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
26851270--26851300	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
26852900--26852952	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
26854430--26854526	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
26867675--26867774	39	2.6	38	81	7	121	38	4	8	50	1.51
26874404--26874466	30	2.1	30	97	2	119	38	3	0	58	1.14
26874834--26874860	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
26874913--26874989	9	8.6	9	76	11	77	48	16	0	35	1.47
26891244--26891277	15	2.3	15	89	0	50	5	8	0	85	0.75
26897082--26897188	26	4.1	26	96	0	169	36	23	5	34	1.78
26904294--26904434	27	5.2	27	80	11	164	19	24	21	34	1.96
26904291--26904434	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
26904294--26904452	81	2.0	80	81	8	189	20	24	20	34	1.96
26907217--26907317	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
26907246--26907321	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
26917757--26917905	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
26917798--26917905	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
26921488--26921588	29	3.5	28	76	8	87	27	33	17	20	1.96
26934158--26934182	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
26934141--26934177	16	2.3	16	90	0	56	86	2	2	8	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26934442--26934483	2	21.0	2	85	9	59	47	0	2	50	1.14
26934498--26934718	23	9.3	24	75	17	144	32	3	5	58	1.38
26934850--26934906	24	2.4	23	80	13	62	36	1	5	56	1.32
26934930--26935005	21	3.3	24	75	17	72	31	5	3	59	1.38
26934850--26935010	86	1.9	85	81	10	193	34	4	4	55	1.43
26934940--26935061	25	4.9	25	70	15	90	33	5	4	56	1.42
26935045--26935088	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
26937773--26937821	24	2.0	26	92	8	84	34	4	26	34	1.76
26941820--26941858	17	2.3	16	83	12	51	69	0	25	5	1.09
26942952--26942984	16	2.1	15	94	5	57	78	6	0	15	0.93
26949221--26949292	6	11.4	7	95	4	72	68	0	0	31	0.90
26949230--26949291	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
26949363--26949400	17	2.3	16	90	4	58	76	0	0	23	0.79
26949422--26949455	4	8.5	4	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26959360--26959471	27	4.2	26	85	5	125	35	23	23	17	1.95
26959360--26959471	54	2.1	54	84	3	145	35	23	23	17	1.95
26965723--26965762	20	2.0	20	100	0	80	45	15	15	25	1.84
26970541--26970590	19	2.6	19	84	6	66	16	22	22	40	1.91
26973044--26973099	3	18.7	3	96	0	103	0	30	0	69	0.89
26974058--26974172	57	2.0	57	84	0	149	37	12	20	29	1.89
26983487--26983539	24	2.1	26	86	6	74	56	9	18	15	1.65
26983924--26984174	3	83.0	3	67	18	78	27	8	2	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26984128--26984174	16	2.9	16	78	12	60	27	6	2	63	1.30
26984451--26984710	123	2.1	127	83	7	327	34	11	15	38	1.83
26988900--26988938	17	2.3	17	90	0	60	71	0	7	20	1.10
26995738--26995786	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
26995757--26995815	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
26997965--26998004	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
26999697--26999795	49	2.0	49	100	0	198	28	20	12	39	1.88
27004232--27004455	27	8.3	27	86	5	301	40	18	13	26	1.88
27009039--27009111	38	2.0	36	83	5	92	60	0	5	34	1.20
27012148--27012495	190	1.8	190	86	2	502	41	16	18	23	1.90
27013902--27013949	21	2.3	21	81	0	60	25	20	39	14	1.91
27015983--27016020	17	2.2	18	85	4	51	44	5	18	31	1.72
27021289--27021340	20	2.7	20	87	3	70	48	7	7	36	1.61
27025073--27025401	89	3.7	89	83	6	382	40	13	14	31	1.85
27031591--27031686	42	2.3	42	81	0	111	27	26	21	25	2.00
27033310--27033577	91	2.9	95	78	7	296	20	29	20	29	1.98
27033310--27033580	47	5.8	45	74	11	188	19	29	21	29	1.98
27033313--27033582	48	5.7	46	73	13	212	20	28	21	30	1.98
27037680--27037763	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
27037632--27037820	50	3.8	49	85	1	234	25	18	27	28	1.98
27045549--27045582	10	3.4	10	100	0	68	17	0	32	50	1.47
27045896--27045939	18	2.3	19	84	7	54	40	6	2	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27046984--27047099	35	3.3	35	86	3	164	17	14	29	38	1.89
27046998--27047142	70	2.1	71	82	1	175	16	12	31	39	1.86
27051625--27051754	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
27051641--27051791	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
27051625--27051791	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
27055600--27055648	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
27056470--27056636	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
27062869--27062997	40	3.3	38	82	5	159	24	27	23	24	2.00
27062869--27063034	79	2.1	79	83	6	203	23	27	22	26	2.00
27062885--27063034	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00
27066393--27066553	43	3.8	42	78	3	151	26	16	26	31	1.97
27066393--27066553	85	1.9	86	85	6	229	26	16	26	31	1.97
27067715--27067752	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
27075265--27075333	30	2.3	30	85	7	97	59	17	14	8	1.60
27075265--27075333	15	4.7	15	80	8	79	59	17	14	8	1.60
27084316--27084370	23	2.3	24	87	9	78	34	0	5	60	1.20
27086796--27086911	60	1.9	60	85	0	160	35	22	13	28	1.92
27092444--27092664	46	4.8	46	83	9	270	28	28	21	20	1.98
27092498--27092668	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
27100053--27100224	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
27100046--27100221	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
27111433--27111484	26	2.0	26	100	0	104	26	26	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27111229--27111657	223	1.9	223	94	0	750	30	20	13	34	1.92
27116874--27116980	33	3.2	33	82	2	126	24	13	46	15	1.81
27119112--27119459	113	3.0	113	84	8	449	51	14	0	33	1.48
27119729--27119761	16	2.1	16	94	0	57	0	27	0	72	0.85
27124549--27124606	28	2.1	28	100	0	116	13	20	18	46	1.83
27126267--27126314	23	2.2	21	85	7	60	50	6	12	31	1.65
27136154--27136207	27	2.0	27	100	0	108	40	22	14	22	1.90
27152153--27152205	6	8.8	6	97	0	88	20	0	16	62	1.33
27159115--27159172	20	2.8	21	94	5	109	29	27	29	13	1.94
27159995--27160067	37	2.0	37	97	0	137	38	21	13	26	1.91
27173869--27173916	25	1.9	25	83	8	62	47	6	6	39	1.54
27173941--27174011	34	2.1	34	84	2	90	63	9	0	26	1.26
27177959--27178014	15	3.9	15	86	9	80	19	5	32	42	1.74
27177959--27178014	28	1.9	29	85	7	78	19	5	32	42	1.74
27184586--27184645	17	3.7	17	70	18	56	56	1	3	38	1.26
27186111--27186156	21	2.2	21	80	3	58	19	36	21	21	1.95
27187766--27188158	27	14.7	27	81	6	381	38	20	10	31	1.86
27188110--27188198	27	3.3	27	85	3	108	38	15	15	30	1.89
27191821--27191849	15	1.9	15	100	0	58	68	6	10	13	1.37
27192668--27192701	17	2.0	17	94	0	59	20	5	38	35	1.77
27193546--27193593	18	2.8	17	81	6	60	18	6	12	62	1.50
27194502--27194610	32	3.4	32	81	10	123	46	9	8	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27196997--27197099	41	2.5	41	82	0	125	27	21	23	28	1.99
27207069--27207112	20	2.2	20	87	0	61	27	20	13	38	1.90
27208024--27208070	23	2.2	23	85	11	64	36	12	6	44	1.68
27208063--27208257	96	2.0	97	90	1	311	31	18	7	42	1.78
27210269--27210355	33	2.6	33	94	5	149	24	36	22	16	1.94
27212020--27212064	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27212111--27212159	20	2.3	22	80	16	59	30	16	0	53	1.43
27214009--27214064	27	2.1	27	96	0	103	28	3	23	44	1.70
27220656--27220805	48	3.1	48	83	0	183	26	22	24	27	2.00
27225405--27225429	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318