genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34558105--34558205	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
34558134--34558205	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
34563426--34563542	24	4.9	24	92	1	182	20	17	25	36	1.94
34571182--34571304	24	5.1	24	98	0	237	17	16	28	37	1.92
34571182--34571325	72	2.0	72	90	2	227	20	16	27	36	1.94
34575200--34575324	46	2.7	46	78	5	135	24	28	19	28	1.98
34578256--34578439	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
34582863--34582981	48	2.5	48	80	9	118	26	22	28	21	1.99
34585189--34585250	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
34585353--34585468	27	4.3	26	84	5	133	19	22	20	37	1.95
34585353--34585468	55	2.2	53	86	7	162	19	22	20	37	1.95
34589465--34589617	42	3.6	42	83	2	182	31	13	24	30	1.93
34589465--34589619	85	1.8	83	86	2	220	30	12	25	30	1.93
34590937--34591020	42	2.0	42	84	13	111	23	19	23	33	1.97
34601467--34601569	42	2.4	43	79	11	104	28	16	22	33	1.95
34603202--34603232	15	2.0	16	93	6	55	32	0	29	38	1.57
34604702--34604740	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
34609917--34609980	31	2.1	31	96	0	119	45	9	12	32	1.74
34613116--34613265	43	3.6	42	81	6	169	30	13	26	30	1.94
34633682--34633793	27	4.2	26	83	7	134	16	25	22	36	1.94
34633682--34633793	54	2.1	54	89	3	172	16	25	22	36	1.94
34637709--34637941	50	4.7	50	74	3	218	25	19	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34643423--34643506	29	2.9	29	98	0	159	26	25	13	35	1.92
34648785--34649154	49	7.7	49	95	1	590	33	9	29	27	1.88
34651206--34651437	40	5.8	40	96	0	410	25	20	28	26	1.99
34655090--34655407	47	6.7	47	92	2	492	33	8	29	28	1.86
34657891--34657955	29	2.2	29	97	0	121	26	27	16	29	1.97
34665847--34665919	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
34674585--34674707	24	5.1	24	98	0	237	17	16	28	37	1.92
34674585--34674728	72	2.0	72	90	2	227	20	16	27	36	1.94
34678232--34678747	53	9.9	54	75	14	445	23	24	16	35	1.95
34678255--34678800	201	2.6	206	85	7	680	24	24	16	35	1.95
34678255--34678800	108	5.3	100	91	3	641	24	24	16	35	1.95
34678938--34679022	44	1.9	44	80	4	100	24	21	12	41	1.88
34681127--34681206	38	2.1	39	95	2	144	22	25	2	50	1.62
34681234--34681275	20	2.0	21	90	4	68	16	2	4	76	1.07
34681269--34681355	43	2.0	44	82	8	106	40	3	1	55	1.24
34685999--34686043	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
34691971--34691995	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
34697924--34697962	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
34708137--34708281	24	6.0	24	95	0	263	17	16	28	37	1.91
34708146--34708302	72	2.2	72	89	2	235	19	17	28	35	1.94
34715982--34716124	24	6.0	24	95	3	263	17	16	27	38	1.91
34715991--34716145	72	2.2	70	89	4	231	19	16	27	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34720825--34720919	27	3.5	27	85	2	129	25	10	25	38	1.87
34724139--34724181	21	2.0	21	86	8	61	55	2	4	37	1.33
34727586--34727650	32	2.0	32	93	0	112	18	12	23	46	1.82
34727591--34727676	32	2.7	31	84	10	104	17	10	25	46	1.80
34728424--34728492	34	2.1	34	91	2	113	28	21	21	27	1.99
34734659--34734775	56	2.1	56	93	0	198	22	13	26	37	1.91
34734663--34734754	29	3.2	29	67	11	82	20	14	25	40	1.90
34739499--34739523	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
34743743--34743933	40	4.8	40	89	2	287	24	27	23	24	2.00
34743743--34743930	79	2.4	79	92	2	306	25	27	22	24	2.00
34751764--34751956	40	4.9	39	88	5	289	23	29	22	24	1.99
34751764--34751953	79	2.4	80	92	2	312	24	29	22	23	1.99
34757237--34757421	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
34757230--34757421	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
34766932--34767098	47	3.6	46	76	14	164	26	17	28	26	1.98
34766932--34767105	94	1.9	94	90	2	278	26	18	29	25	1.98
34767318--34767385	3	22.7	3	100	0	136	32	0	0	67	0.91
34768204--34768234	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
34768257--34768281	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
34769358--34769387	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
34775241--34775267	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
34775534--34775558	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34776629--34776685	5	11.0	5	92	7	96	59	0	0	40	0.97
34776626--34776685	17	3.2	18	86	13	70	58	0	0	41	0.98
34779002--34779030	10	2.7	11	89	10	51	17	0	20	62	1.33
34779793--34779846	2	27.0	2	80	0	54	1	0	59	38	1.08
34779789--34779839	8	6.4	8	93	0	84	0	0	62	37	0.95
34795352--34795434	41	2.0	41	97	0	157	34	30	7	27	1.84
34803006--34803230	48	4.7	48	91	1	344	27	30	17	24	1.97
34803006--34803289	96	3.0	95	84	5	317	27	29	17	25	1.98
34805622--34805646	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
34806762--34806825	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
34807019--34807207	24	8.0	24	90	3	276	26	21	23	29	1.99
34807039--34807207	47	3.6	47	93	1	293	26	20	23	29	1.99
34807019--34807208	71	2.7	72	89	3	287	26	21	23	29	1.99
34807019--34807207	95	2.0	95	91	2	308	26	21	23	29	1.99
34807261--34807323	20	3.2	20	97	0	117	30	19	14	36	1.91
34807360--34807407	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
34808579--34808659	27	3.0	27	89	3	119	18	24	22	34	1.96
34808712--34808941	27	8.4	27	77	5	140	32	9	19	38	1.83
34808802--34808941	54	2.6	54	82	4	183	31	7	21	39	1.82
34808918--34809130	27	7.9	27	84	7	236	39	8	23	28	1.84
34808920--34809130	54	3.9	54	87	3	282	39	8	23	28	1.84
34809136--34809225	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34809119--34809225	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
34809136--34809240	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
34810608--34810660	23	2.3	23	96	3	97	32	11	30	26	1.91
34813684--34813861	89	2.0	89	100	0	356	39	10	16	33	1.83
34814219--34814668	49	9.2	49	93	0	760	32	8	29	29	1.87
34818133--34818164	14	2.3	14	100	0	64	34	15	21	28	1.94
34820181--34820289	41	2.7	41	85	0	155	19	31	15	33	1.93
34820182--34820312	41	3.2	39	80	6	136	19	28	16	35	1.93
34822359--34822389	12	2.6	12	94	0	53	29	45	19	6	1.75
34837519--34837839	49	6.7	48	92	2	450	27	30	9	33	1.88
34841488--34841718	40	5.8	40	96	0	410	25	27	21	25	1.99
34843756--34844114	93	3.8	95	91	3	555	28	29	8	32	1.88
34843756--34844114	47	7.6	47	92	4	551	28	29	8	32	1.88
34848971--34849075	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
34849009--34849129	58	2.1	58	86	6	167	24	31	15	28	1.96
34849030--34849129	29	3.5	29	94	2	177	26	30	15	29	1.95
34851979--34852061	37	2.2	37	97	0	157	22	34	18	24	1.96
34852109--34852922	48	17.0	48	93	0	1362	30	26	6	35	1.82
34855908--34855937	9	3.3	9	100	0	60	10	0	76	13	1.01
34855901--34855937	18	2.1	18	89	0	56	13	0	72	13	1.11
34857646--34857775	50	2.6	50	90	0	197	25	29	16	28	1.97
34862679--34862994	48	6.6	48	85	0	391	25	17	30	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34862922--34863043	48	2.5	48	83	0	145	30	18	23	27	1.97
34863013--34863068	29	1.9	29	82	7	69	30	17	25	26	1.97
34869549--34869674	66	1.9	66	95	0	225	29	15	28	26	1.96
34875666--34875747	23	3.6	22	78	13	69	75	2	6	15	1.10
34875681--34875747	29	2.4	27	82	9	80	76	0	7	16	1.01
34889207--34889292	34	2.5	34	82	0	91	26	29	24	19	1.99
34892252--34892446	27	7.2	27	80	4	205	35	16	20	26	1.94
34892259--34892446	54	3.5	54	83	4	227	35	17	21	25	1.95
34893084--34893181	43	2.3	43	87	0	133	23	20	9	46	1.79
34893062--34893171	25	4.7	25	75	15	108	22	20	10	46	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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