genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68282387--68282554	49	3.5	49	92	3	270	33	7	30	28	1.84
68286781--68286835	27	2.0	27	96	0	101	38	21	18	21	1.94
68286798--68286870	38	1.9	38	94	0	128	32	26	16	24	1.96
68286836--68286963	27	4.7	27	80	5	116	33	19	21	25	1.97
68286858--68286960	54	1.9	53	88	2	152	34	18	22	24	1.96
68286858--68286964	27	4.0	27	81	4	126	34	19	21	24	1.96
68288328--68288365	15	2.4	16	86	8	51	47	13	0	39	1.42
68292931--68293112	37	4.9	37	94	0	301	23	33	19	23	1.97
68293317--68293604	47	6.1	47	89	0	432	27	29	11	32	1.91
68293317--68293605	141	2.0	141	94	0	506	27	29	11	32	1.91
68296812--68296869	26	2.2	27	87	9	84	18	25	8	46	1.78
68297666--68297694	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
68300993--68301026	16	2.1	17	88	5	52	35	5	5	52	1.50
68304046--68304115	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
68304046--68304127	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
68312050--68312119	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
68312050--68312131	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
68314585--68314633	24	2.0	24	100	0	98	36	12	24	26	1.91
68318069--68318231	40	4.1	40	82	3	193	24	15	25	34	1.94
68323923--68324010	3	29.3	3	100	0	176	32	0	0	67	0.91
68325249--68325300	26	2.1	24	82	7	59	40	13	11	34	1.81
68326017--68326052	10	3.6	10	84	0	54	52	2	8	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68326100--68326151	20	2.6	20	87	0	86	15	32	32	19	1.93
68327231--68327270	14	2.8	15	85	11	57	42	7	0	50	1.30
68327624--68327709	45	1.9	45	92	0	145	36	23	13	26	1.93
68331506--68331690	40	4.6	40	79	11	191	24	23	28	23	2.00
68331506--68331690	80	2.3	80	82	10	216	24	23	28	23	2.00
68339041--68339225	40	4.6	40	79	11	191	25	24	27	22	2.00
68339041--68339225	80	2.3	81	84	8	227	25	24	27	22	2.00
68355898--68356067	93	1.8	93	90	0	277	28	25	21	24	1.99
68355890--68356113	46	4.8	46	80	5	254	29	25	20	23	1.99
68359174--68359344	93	1.8	93	91	0	279	26	29	20	22	1.98
68359166--68359341	46	3.8	46	79	12	198	27	29	19	22	1.98
68363580--68363677	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68371265--68371342	28	2.8	28	86	5	95	30	15	21	32	1.94
68371246--68371343	28	3.5	28	81	9	94	29	15	24	30	1.95
68377673--68377770	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
68382970--68383089	43	2.8	42	81	7	161	32	17	22	27	1.96
68384855--68385198	180	1.9	180	87	1	501	33	19	8	38	1.83
68385779--68385912	50	2.6	50	83	2	160	34	25	16	23	1.95
68386845--68386987	6	23.2	6	71	16	96	49	13	17	18	1.79
68386857--68387016	25	6.4	25	80	7	173	48	13	17	20	1.80
68386890--68387016	19	6.8	18	70	22	75	48	12	17	21	1.79
68386857--68387016	50	3.2	50	84	2	198	48	13	17	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68387448--68387679	27	8.6	27	82	1	241	25	19	18	36	1.94
68387459--68387676	81	2.7	80	84	4	285	26	20	16	36	1.94
68387662--68388172	27	18.9	27	80	3	132	31	8	20	38	1.83
68387718--68388166	54	8.3	54	87	0	549	30	9	20	39	1.84
68387718--68388166	27	16.6	27	84	1	499	30	9	20	39	1.84
68393075--68393135	32	2.0	32	87	12	92	32	1	26	39	1.66
68400065--68400106	9	5.0	8	81	18	50	23	0	2	73	0.94
68400073--68400117	19	2.4	19	89	10	67	26	0	2	71	0.98
68400049--68400124	19	4.1	19	72	17	61	32	0	1	65	1.01
68407064--68407103	20	2.0	20	86	13	57	40	5	7	47	1.54
68419729--68419766	20	1.9	20	89	10	60	34	5	7	52	1.53
68420025--68420141	43	2.8	40	85	11	132	33	4	7	54	1.48
68426389--68426430	19	2.2	19	100	0	84	47	4	14	33	1.65
68426709--68426751	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
68426935--68427016	42	2.0	42	85	7	114	23	20	15	40	1.91
68426937--68427002	21	3.2	21	68	10	55	22	19	16	40	1.91
68429993--68430149	77	2.0	77	100	0	314	38	14	12	34	1.84
68434485--68434521	13	2.8	14	88	8	51	45	8	5	40	1.56
68440698--68441351	70	9.3	70	77	2	533	30	25	17	26	1.97
68440698--68441383	140	4.9	140	77	1	588	30	26	17	26	1.97
68440698--68441383	210	3.3	209	76	2	640	30	26	17	26	1.97
68442105--68442215	54	2.1	54	100	0	222	36	17	14	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68444487--68444592	12	9.1	11	68	13	52	68	1	5	23	1.20
68451025--68451193	70	2.4	70	78	3	169	31	29	17	20	1.96
68457035--68457078	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
68457135--68457192	22	2.6	22	94	0	98	37	18	3	39	1.68
68457297--68457339	15	2.5	17	78	21	54	46	9	2	41	1.48
68457308--68457350	15	2.9	15	92	0	68	48	4	0	46	1.22
68458970--68459039	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
68466604--68466639	16	2.2	16	95	0	63	30	0	13	55	1.39
68473189--68473227	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
68473526--68473787	6	43.7	6	98	0	488	17	15	16	51	1.77
68476471--68476533	31	2.1	28	88	8	90	42	0	0	57	0.99
68476479--68476525	25	1.9	25	95	4	87	40	0	0	59	0.97
68477083--68477138	30	1.9	28	92	7	94	44	7	0	48	1.30
68487415--68487444	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
68491547--68491718	46	3.7	46	78	11	190	22	20	27	29	1.98
68491943--68491980	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68493095--68493148	16	3.4	16	78	0	63	38	5	25	29	1.79
68496731--68496800	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
68504754--68504823	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
68505787--68507142	680	2.0	675	98	1	2642	31	23	12	31	1.92
68509995--68510064	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
68518024--68518093	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68521585--68521754	46	3.7	47	86	7	226	22	30	18	28	1.98
68523330--68523358	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
68526049--68526215	91	1.8	91	91	5	275	34	20	14	30	1.93
68526790--68526865	37	2.1	37	94	0	134	43	6	34	15	1.73
68529067--68529102	13	2.8	13	86	0	54	58	0	2	38	1.13
68530379--68530422	19	2.3	19	84	4	52	68	2	4	25	1.20
68530431--68530487	28	2.1	26	87	6	78	64	1	0	33	1.04
68530430--68530488	9	6.4	9	72	16	50	66	1	0	32	1.02
68531120--68531176	29	2.0	29	82	6	71	35	5	7	52	1.51
68531185--68531214	9	3.2	9	90	9	51	33	0	0	66	0.92
68531673--68531727	24	2.2	24	83	3	65	25	18	7	49	1.73
68532766--68532869	28	3.7	28	81	8	97	24	11	4	59	1.51
68537038--68537126	43	2.1	43	97	0	169	16	33	25	23	1.96
68538998--68539099	50	2.0	50	98	0	195	28	17	19	34	1.95
68543849--68543924	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
68543878--68543975	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
68543885--68543975	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
68544327--68544598	45	6.1	45	77	6	284	25	26	16	31	1.96
68544327--68544509	88	2.1	90	88	2	271	25	26	14	32	1.95
68544541--68544806	78	3.4	78	90	3	428	24	24	17	33	1.96
68545231--68545724	175	2.8	175	90	3	730	29	27	15	27	1.96
68545231--68545724	87	5.6	87	89	5	683	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68545303--68545708	47	9.2	44	68	18	236	30	27	16	26	1.96
68546706--68546765	6	9.5	6	86	13	77	0	15	0	85	0.61
68546703--68546766	14	4.6	14	86	9	96	0	17	0	82	0.66
68546703--68546765	20	3.2	20	89	10	103	0	15	0	84	0.63
68552899--68552956	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
68552935--68553007	19	3.9	19	92	7	132	35	15	10	38	1.82
68552926--68552973	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
68555258--68555337	31	2.5	32	82	8	92	57	1	7	33	1.35
68555369--68555403	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
68555281--68555396	37	2.9	39	70	13	94	58	0	5	35	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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