genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74149537--74149593	29	2.0	29	85	0	78	26	0	0	73	0.83
74153042--74153115	37	2.0	37	100	0	148	27	5	24	43	1.76
74170836--74170943	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
74176979--74177086	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
74186488--74186605	44	2.8	42	77	3	128	29	25	21	23	1.99
74190882--74191220	27	12.6	27	90	0	464	34	20	20	24	1.96
74191665--74191729	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
74191889--74191989	27	3.7	27	85	5	114	18	23	19	37	1.94
74192156--74192236	6	13.2	6	72	14	67	18	17	14	49	1.80
74192139--74192236	31	3.2	31	86	0	133	20	16	14	48	1.80
74194188--74194571	27	14.3	27	87	0	475	33	19	20	26	1.97
74194998--74195062	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
74195221--74195296	27	2.8	27	82	7	91	18	23	19	38	1.93
74196656--74196821	40	4.2	40	87	3	212	24	27	25	23	2.00
74198755--74198812	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
74198744--74198863	6	19.3	6	71	19	86	19	17	15	48	1.81
74198744--74198879	31	4.4	31	86	3	168	19	16	14	49	1.80
74200062--74200119	28	2.1	28	96	0	107	34	15	3	46	1.63
74212671--74212699	13	2.1	14	93	6	51	31	13	0	55	1.39
74213933--74213980	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
74214055--74214102	14	3.7	13	74	20	55	52	2	0	45	1.12
74216656--74216728	37	2.0	37	91	0	119	31	28	17	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74216873--74217054	48	3.8	48	88	4	285	30	27	6	35	1.82
74216873--74217054	98	1.9	97	90	4	296	30	27	6	35	1.82
74217027--74217220	47	4.1	47	88	0	271	26	28	10	33	1.90
74217120--74217191	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
74217562--74217671	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
74219457--74219729	136	2.0	136	98	0	528	25	18	24	31	1.98
74224465--74224736	40	6.8	40	93	0	418	26	29	20	23	1.99
74226001--74226072	37	1.9	37	88	5	110	29	29	18	23	1.97
74226218--74226401	48	3.8	48	91	4	298	29	26	7	36	1.84
74226218--74226401	98	1.9	97	91	4	300	29	26	7	36	1.84
74226416--74226491	23	3.2	25	65	30	65	23	32	13	30	1.93
74226372--74226565	47	4.1	47	90	0	280	26	28	10	33	1.90
74226465--74226536	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
74226325--74226565	94	2.6	94	83	4	281	27	28	9	33	1.89
74226839--74227111	136	2.0	136	99	0	537	25	18	24	31	1.98
74234322--74234420	28	3.5	28	78	9	103	29	26	15	29	1.96
74236399--74236497	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
74243815--74243913	28	3.5	28	78	9	103	29	26	15	29	1.96
74248712--74248858	40	3.7	40	90	3	217	20	22	27	29	1.98
74256707--74256893	40	4.7	40	90	4	263	20	22	25	31	1.98
74263397--74263547	40	3.8	39	78	8	126	21	27	23	27	1.99
74263397--74263546	80	1.9	80	83	5	196	21	27	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74265613--74265648	17	2.1	17	100	0	72	22	19	11	47	1.80
74266783--74266935	76	2.0	76	90	0	243	21	11	19	47	1.80
74267611--74267782	43	4.0	43	75	11	133	25	21	27	25	1.99
74269909--74270059	77	2.0	77	97	0	284	24	19	9	45	1.81
74272392--74272467	26	3.0	26	71	3	66	40	17	19	22	1.91
74282396--74282550	42	3.7	42	86	3	213	28	25	14	30	1.95
74282902--74283023	43	2.9	43	73	10	124	27	22	18	31	1.98
74291206--74291326	46	2.6	47	77	6	129	29	15	29	24	1.96
74291305--74291356	26	2.0	26	88	0	77	23	25	30	21	1.99
74292193--74292369	40	4.4	40	88	5	243	24	22	27	26	2.00
74292193--74292401	80	2.6	79	80	10	203	24	20	26	28	1.99
74300792--74300911	43	2.8	42	81	7	134	28	25	15	30	1.96
74308850--74309025	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
74308847--74309017	93	1.8	93	91	0	279	20	21	29	28	1.98
74310863--74311034	46	3.7	46	75	13	190	29	27	20	22	1.99
74310868--74311038	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
74312378--74312417	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
74314307--74314435	25	5.2	25	79	3	134	36	19	14	29	1.92
74314307--74314435	50	2.6	50	83	2	161	36	19	14	29	1.92
74316197--74316254	28	2.0	30	87	12	86	36	8	3	51	1.49
74319831--74319974	47	3.1	47	89	0	189	34	9	28	28	1.87
74322310--74322497	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74322346--74322498	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
74322315--74322497	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
74330709--74330895	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
74330732--74330895	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74330732--74330929	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
74338248--74338434	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
74338271--74338434	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74338271--74338468	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
74345805--74345991	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
74345828--74345991	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
74345828--74346025	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
74352078--74352201	39	3.2	39	89	1	167	23	28	22	25	1.99
74359505--74359558	2	27.0	2	88	7	83	46	0	3	50	1.19
74359736--74359860	39	3.2	39	87	1	115	25	27	20	26	1.99
74359771--74359860	39	2.3	39	94	0	153	23	27	22	26	1.99
74378796--74378843	19	2.5	19	100	0	96	39	14	0	45	1.45
74379281--74379436	45	3.6	45	78	11	157	30	28	17	23	1.97
74388377--74388429	26	2.0	26	85	0	70	45	5	11	37	1.64
74391925--74392004	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
74399829--74399908	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
74411329--74411390	32	1.9	32	96	0	115	11	29	12	46	1.77
74420613--74420682	25	2.8	25	77	0	77	24	24	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74420621--74420719	25	4.0	25	75	7	85	26	21	19	33	1.97
74424638--74424766	57	2.3	56	89	1	186	33	17	17	31	1.93
74436056--74436092	19	1.9	19	88	0	56	27	0	0	72	0.84
74448020--74448137	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74447988--74448151	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74457649--74457718	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
74465584--74465653	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
74473521--74473590	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
74475955--74476084	61	2.1	61	94	0	224	28	13	26	31	1.93
74478085--74478141	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
74483899--74483947	24	2.0	24	96	0	89	38	18	8	34	1.80
74489049--74489161	40	2.8	40	76	1	109	31	25	13	29	1.93
74491091--74491199	37	2.9	37	91	0	173	28	31	17	22	1.97
74491345--74491481	50	2.8	48	87	8	213	31	25	6	36	1.82
74491453--74491644	47	4.1	47	88	0	267	27	29	10	32	1.91
74491544--74491615	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
74495508--74495755	40	6.2	40	91	0	370	26	28	20	24	1.99
74498164--74498388	40	5.6	40	83	2	272	24	27	23	25	2.00
74498128--74498388	80	3.3	80	81	3	285	24	26	22	25	2.00
74500419--74500527	37	2.9	37	91	0	173	28	31	17	22	1.97
74500673--74500809	50	2.8	48	87	8	213	31	25	6	36	1.82
74500781--74500972	47	4.1	47	88	0	267	27	29	10	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74500872--74500943	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
74504841--74505088	40	6.2	40	91	0	370	26	28	20	24	1.99
74507497--74507721	40	5.6	40	83	2	272	24	27	23	25	2.00
74507461--74507721	80	3.3	80	81	3	285	24	26	22	25	2.00
74509749--74509857	37	2.9	37	91	0	173	28	31	17	22	1.97
74510003--74510139	50	2.8	49	90	6	224	31	26	6	35	1.82
74510109--74510302	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	32	1.90
74510202--74510273	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
74510062--74510302	94	2.6	94	83	4	281	27	29	9	33	1.89
74516854--74516896	5	8.4	5	85	14	61	60	2	0	37	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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