genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30133217--30133286	30	2.3	30	87	0	95	31	15	10	42	1.80
30133234--30133290	30	1.9	30	92	0	96	31	15	10	42	1.81
30133286--30133341	29	1.9	29	85	7	78	12	25	14	48	1.78
30133391--30133461	29	2.4	30	92	2	117	16	28	11	43	1.83
30133217--30133487	120	2.3	119	81	3	346	23	22	12	41	1.87
30136730--30136829	28	3.4	29	82	6	114	29	26	15	30	1.95
30141964--30141989	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
30143418--30143461	22	2.0	22	100	0	88	18	22	22	36	1.95
30143378--30143499	62	2.0	62	96	0	226	21	22	26	30	1.99
30143440--30143590	39	3.8	40	88	5	220	23	21	26	28	1.99
30146864--30147071	40	5.2	39	79	5	177	25	25	21	27	1.99
30146864--30147070	80	2.6	80	82	4	229	25	25	21	27	2.00
30150817--30150860	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
30155035--30155077	19	2.5	17	85	11	52	39	9	0	51	1.34
30161478--30161685	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
30161478--30161683	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
30169254--30169459	40	5.2	40	91	1	326	23	21	26	28	1.99
30178083--30178283	99	2.0	99	99	0	393	30	22	13	33	1.92
30179658--30179702	23	2.0	23	100	0	90	22	31	17	28	1.97
30180801--30180831	7	4.4	7	91	0	53	67	3	0	29	1.06
30181431--30181490	27	2.2	27	82	5	68	21	15	26	36	1.93
30181596--30181629	18	1.9	18	94	5	61	23	44	20	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30183796--30183846	25	2.0	26	81	11	61	37	1	1	58	1.20
30183833--30183904	5	14.4	5	73	15	51	33	1	2	62	1.18
30183860--30183979	24	4.9	24	71	17	88	35	7	0	57	1.27
30183833--30184024	8	24.1	8	66	21	66	34	5	1	58	1.29
30184041--30184115	16	4.9	16	68	26	56	32	8	1	58	1.35
30184229--30184272	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
30184531--30184563	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
30192724--30192766	21	2.0	21	82	13	52	34	27	2	34	1.70
30198018--30198107	7	12.7	7	78	13	69	84	4	11	0	0.76
30198017--30198085	29	2.5	27	86	6	102	89	5	4	0	0.57
30198017--30198085	25	2.8	25	86	0	93	89	5	4	0	0.57
30198017--30198085	16	4.2	17	85	9	90	89	5	4	0	0.57
30198017--30198085	1	69.0	1	79	0	75	89	5	4	0	0.57
30198973--30199428	206	2.2	206	88	1	671	31	17	21	29	1.96
30200729--30200904	46	3.8	45	80	10	212	21	21	28	28	1.98
30200726--30200896	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
30204048--30204214	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
30204048--30204214	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
30205040--30205085	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
30212047--30212213	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
30212063--30212213	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
30213038--30213083	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30215588--30215695	38	2.8	38	87	6	155	25	24	28	21	1.99
30223651--30223756	37	2.8	37	85	9	133	23	25	29	21	1.99
30231703--30231886	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
30231743--30231931	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
30233329--30233968	48	13.3	48	94	0	1091	34	7	27	31	1.83
30234023--30234120	37	2.6	37	95	0	169	23	20	30	25	1.98
30244392--30244697	47	6.5	46	72	12	194	27	19	29	23	1.98
30244351--30244697	94	3.7	93	75	8	310	28	19	29	23	1.98
30244340--30244702	47	7.7	50	72	11	144	28	19	29	23	1.98
30249427--30249575	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
30249468--30249575	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
30253964--30254093	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
30253980--30254131	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
30253980--30254129	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
30265857--30265972	43	2.7	43	78	6	146	23	18	26	31	1.98
30275221--30275323	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
30283236--30283338	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
30293348--30293392	24	1.9	24	90	4	74	8	37	2	51	1.46
30300673--30300721	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
30301544--30301694	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
30301580--30301710	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
30306128--30306189	30	2.1	30	84	0	79	38	9	22	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30311392--30311440	18	2.7	19	81	6	57	65	0	0	34	0.93
30312067--30312114	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
30326554--30326822	46	5.8	45	72	14	190	22	19	28	30	1.98
30326550--30326768	46	4.7	47	74	16	197	22	19	28	29	1.98
30326550--30326815	93	2.9	93	91	0	433	22	19	28	29	1.98
30329626--30329687	30	2.1	30	84	0	79	38	11	20	29	1.88
30330101--30330211	46	2.5	44	82	7	116	27	20	27	24	1.99
30330899--30330980	42	2.0	42	82	4	103	17	24	35	23	1.95
30334335--30334485	40	3.8	39	86	4	187	24	25	27	22	2.00
30341987--30342194	40	5.2	40	81	6	201	24	25	23	26	2.00
30349148--30349277	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
30355762--30355834	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
30355925--30355967	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
30358284--30358472	40	4.8	40	90	1	265	24	23	28	23	2.00
30366006--30366196	40	4.8	40	88	1	260	24	24	27	23	2.00
30372661--30372868	40	5.2	40	88	2	301	22	27	24	25	2.00
30376322--30376379	15	3.9	15	86	0	80	10	10	17	62	1.54
30376322--30376379	30	1.9	30	92	0	98	10	10	17	62	1.54
30380040--30380157	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
30380008--30380171	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
30387149--30387266	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
30387117--30387280	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30392570--30392738	40	4.3	40	90	3	254	27	26	21	24	1.99
30396028--30396593	54	10.5	54	87	0	749	38	18	16	25	1.92
30396010--30396593	27	21.6	27	82	3	649	38	18	17	26	1.92
30396927--30396977	22	2.3	22	96	0	93	27	23	17	31	1.97
30397162--30397265	27	3.9	27	83	6	131	19	22	19	39	1.93
30397383--30397529	6	24.0	6	72	16	115	19	17	14	49	1.79
30397386--30397447	25	2.5	25	91	0	97	17	19	16	46	1.84
30397411--30397480	19	3.8	18	81	11	79	17	18	15	48	1.81
30397392--30397480	37	2.4	37	84	5	108	19	19	14	47	1.83
30397412--30397565	37	4.4	37	73	17	119	18	16	13	51	1.76
30401781--30402360	48	12.0	48	92	1	928	34	6	27	31	1.82
30404043--30404226	40	4.7	40	78	8	180	24	24	27	23	2.00
30404043--30404226	78	2.3	82	83	8	229	24	24	27	23	2.00
30412064--30412248	79	2.3	82	82	9	222	24	24	27	23	2.00
30412065--30412256	40	4.8	40	77	8	169	25	24	28	22	2.00
30412064--30412281	79	2.7	79	78	7	176	25	23	27	23	2.00
30413661--30413768	37	2.9	37	95	0	189	23	19	32	25	1.97
30415002--30415124	40	3.1	40	91	0	201	26	20	26	26	1.99
30415100--30415146	22	2.1	22	100	0	94	23	21	27	27	1.99
30418997--30419133	48	2.9	48	89	0	202	34	7	27	31	1.84
30420799--30420982	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
30420839--30421027	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30428477--30428667	39	4.8	40	86	0	199	24	31	21	23	1.98
30428513--30428675	39	4.2	39	89	0	245	23	31	20	23	1.98
30430680--30430749	35	2.0	35	100	0	140	31	22	11	34	1.90
30436306--30436391	28	3.0	28	76	15	86	26	27	16	29	1.97
30436458--30436499	19	2.3	19	87	4	59	19	35	16	28	1.93
30440816--30440874	18	3.3	18	90	4	66	16	42	25	15	1.88
30440825--30440874	18	2.7	18	96	3	91	16	42	24	18	1.89
30442124--30442157	16	2.1	16	88	0	50	17	5	23	52	1.66
30447189--30447328	23	6.0	23	78	9	88	32	19	22	25	1.97
30447285--30447353	23	3.0	24	79	12	72	42	18	18	20	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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