genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82142636--82142751	61	1.9	58	84	5	151	40	3	6	50	1.44
82148097--82148315	48	4.6	48	87	3	298	25	17	29	27	1.97
82148097--82148315	95	2.3	96	88	2	307	25	17	29	27	1.97
82148147--82148359	96	2.2	95	81	5	234	27	17	27	27	1.98
82151120--82151165	24	1.9	24	83	16	60	50	0	39	10	1.38
82151759--82151805	22	2.1	22	100	0	94	40	0	27	31	1.57
82152783--82152861	39	2.0	39	100	0	158	35	12	10	41	1.77
82153286--82153344	30	2.0	30	93	0	100	25	1	13	59	1.44
82154301--82154348	3	16.0	3	100	0	96	0	33	0	66	0.92
82175147--82175353	53	3.9	54	74	6	170	38	17	23	20	1.93
82177144--82177188	18	2.3	20	85	7	58	37	4	4	53	1.41
82177143--82177184	20	2.3	19	80	15	52	38	4	4	52	1.44
82177256--82177289	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
82177253--82177292	22	1.9	19	85	14	53	55	0	0	45	0.99
82180225--82180375	68	2.3	64	81	10	162	27	28	15	28	1.96
82200046--82200117	28	2.6	28	80	6	83	27	11	27	33	1.91
82200076--82200129	28	1.9	28	84	0	72	24	12	33	29	1.92
82201069--82201244	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
82201066--82201236	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
82204192--82204260	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
82204183--82204270	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
82206183--82206358	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82206180--82206350	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
82209301--82209378	15	5.4	15	77	10	74	10	16	14	58	1.62
82209296--82209378	43	2.0	42	87	2	121	9	15	16	57	1.63
82209292--82209374	28	2.9	28	80	10	87	10	15	16	56	1.66
82211773--82211944	46	3.7	46	74	13	154	23	18	28	30	1.97
82211765--82211935	93	1.8	93	89	0	270	22	18	28	29	1.98
82213961--82214177	40	5.5	40	92	3	334	23	23	28	24	1.99
82221036--82221253	40	5.5	40	91	2	334	23	22	28	25	1.99
82229250--82229467	40	5.5	40	92	2	343	23	23	28	24	2.00
82245369--82245478	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
82245369--82245518	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
82253421--82253563	40	3.7	38	75	5	119	27	21	25	25	1.99
82256875--82256992	59	2.0	59	98	0	227	52	19	11	16	1.74
82257349--82257452	35	3.0	35	80	5	120	41	18	10	29	1.84
82261454--82261512	29	2.0	29	96	0	109	37	16	1	44	1.59
82262091--82262127	18	2.1	18	100	0	74	27	10	10	51	1.70
82265759--82265804	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
82267573--82267631	30	2.0	30	96	0	109	28	3	10	57	1.48
82274061--82274121	30	2.0	30	100	0	122	26	14	29	29	1.95
82276986--82277020	9	3.9	9	92	0	52	11	34	34	20	1.88
82283587--82283755	92	1.8	92	92	2	286	26	29	22	21	1.99
82283579--82283757	46	3.9	46	80	11	224	26	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82291513--82291758	40	6.2	40	78	2	235	23	26	23	26	2.00
82291529--82291759	120	1.9	120	99	0	453	22	26	23	26	2.00
82294557--82294783	120	1.9	120	90	0	364	29	18	19	32	1.96
82295119--82295146	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
82305847--82305994	41	3.6	41	80	0	172	20	28	17	33	1.95
82315473--82315500	13	2.2	13	100	0	56	28	0	35	35	1.58
82316833--82316961	46	2.8	46	90	0	204	20	20	28	30	1.98
82320209--82320269	30	2.0	30	100	0	122	52	13	6	27	1.64
82332552--82332597	24	1.9	24	81	0	56	19	19	19	41	1.91
82332787--82332872	20	4.4	20	72	5	86	32	4	19	43	1.72
82342134--82342158	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
82360622--82360761	59	2.3	62	80	9	164	45	13	5	35	1.67
82364557--82364773	40	5.5	40	89	3	307	23	23	28	25	1.99
82372785--82373002	40	5.5	40	92	2	343	23	23	28	24	2.00
82381625--82381784	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
82381625--82381784	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
82394278--82394312	17	2.1	17	88	0	52	11	31	42	14	1.81
82397319--82397375	24	2.4	24	82	5	71	36	12	19	31	1.89
82397511--82397559	13	3.8	13	77	0	53	34	18	16	30	1.93
82403716--82403821	27	3.9	27	87	0	140	42	19	14	23	1.88
82408672--82408741	32	2.2	32	100	0	140	54	11	5	28	1.59
82409801--82409959	27	5.9	27	79	10	173	34	20	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82409801--82409962	54	3.0	54	87	2	229	34	20	25	19	1.96
82411558--82411665	26	4.2	26	91	0	180	35	25	7	32	1.84
82413642--82413669	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
82415514--82415543	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
82416667--82416835	48	3.6	48	75	4	182	28	17	27	25	1.98
82416855--82417036	49	3.7	49	75	3	163	26	21	26	25	1.99
82423071--82423282	46	4.5	47	78	4	214	31	20	26	21	1.98
82423068--82423423	94	3.8	96	79	7	329	27	19	27	25	1.99
82424750--82424788	21	1.9	20	84	5	51	10	35	23	30	1.88
82426650--82426691	19	2.2	19	95	0	75	11	33	11	42	1.78
82428036--82428388	114	3.1	113	79	8	378	50	17	7	24	1.73
82432584--82432726	72	2.0	70	97	2	268	31	9	9	48	1.69
82437458--82437588	47	2.8	46	76	17	135	21	29	19	29	1.98
82437929--82437972	23	1.9	23	90	0	70	38	29	6	25	1.81
82444457--82444530	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
82446459--82446514	11	4.9	11	85	8	67	33	0	0	66	0.92
82448619--82448938	46	7.0	46	94	0	480	40	13	23	22	1.90
82453630--82453744	48	2.4	47	86	2	167	29	26	8	34	1.87
82459925--82460452	48	11.0	48	93	0	813	35	6	27	30	1.82
82460497--82460646	37	4.1	37	94	0	255	22	19	32	25	1.97
82467642--82467705	29	2.2	29	85	0	92	29	15	28	26	1.96
82469269--82469429	46	3.5	45	80	8	180	21	30	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82469258--82469432	94	1.9	92	85	7	246	21	30	21	26	1.98
82472905--82473114	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
82481041--82481250	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
82488589--82488731	40	3.6	40	82	4	130	27	23	27	22	1.99
82488627--82488754	40	3.2	39	83	7	143	23	22	28	25	1.99
82490247--82490370	37	3.3	37	96	3	223	20	20	33	25	1.97
82493211--82493262	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
82493301--82493360	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
82497783--82497821	19	2.0	21	85	10	55	25	12	28	33	1.93
82497758--82497895	66	2.1	66	95	0	249	28	13	28	30	1.94
82503186--82503393	40	5.2	40	90	1	303	26	28	21	23	1.99
82511250--82511417	40	4.2	40	87	2	223	26	28	22	23	1.99
82513908--82514048	57	2.5	57	78	3	149	29	24	17	27	1.97
82522324--82522420	6	15.8	6	68	16	56	48	16	17	17	1.82
82522333--82522430	31	3.2	31	86	2	108	48	15	18	17	1.81
82522580--82522681	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
82524273--82524340	27	2.5	28	92	2	111	29	26	14	29	1.95
82525862--82525926	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
82526353--82526817	27	17.3	27	87	0	628	24	19	20	35	1.96
82526799--82527169	27	13.7	27	82	3	334	32	8	20	39	1.82
82526839--82527169	27	12.3	27	84	0	347	32	8	19	39	1.81
82533290--82533461	43	4.0	43	78	8	170	24	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82534463--82534578	54	2.1	54	87	0	160	24	21	32	21	1.98
82559582--82559620	17	2.2	18	90	4	62	10	33	46	10	1.72
82568963--82569181	40	5.9	37	72	20	163	24	22	28	24	2.00
82568950--82569163	107	2.0	108	97	2	405	25	21	28	25	1.99
82576591--82576684	44	2.1	45	88	2	136	21	13	26	38	1.91
82576604--82576700	45	2.2	44	81	1	104	23	15	26	34	1.95
82584533--82584723	6	31.0	6	69	16	97	50	13	16	19	1.77
82584596--82584662	25	2.7	25	88	0	98	49	13	17	19	1.80
82584547--82584641	37	2.6	37	82	0	109	50	12	16	20	1.77
82584627--82584690	19	3.4	18	79	12	67	50	17	15	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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