genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17857799--17857948	54	2.8	54	82	4	142	42	18	9	30	1.81
17857799--17857951	81	1.9	81	83	5	202	41	18	9	31	1.82
17858621--17858717	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
17861921--17861991	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
17861975--17862098	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
17861959--17862070	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
17861975--17862098	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
17862081--17862142	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
17861975--17862124	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
17861975--17862127	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
17862731--17862814	41	2.0	41	100	0	168	28	20	21	29	1.98
17862802--17862898	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
17873157--17873238	43	2.0	43	87	4	123	28	29	17	25	1.97
17873188--17873301	56	2.0	56	86	0	156	36	23	13	26	1.91
17873835--17875059	612	2.0	612	98	0	2353	35	20	15	29	1.93
17875480--17875616	46	3.0	45	84	2	166	26	29	9	34	1.88
17875590--17875828	47	5.1	47	95	0	397	25	30	12	31	1.92
17879968--17880358	40	9.8	40	88	2	563	25	28	21	24	1.99
17881846--17881982	46	3.0	46	85	0	184	26	30	8	34	1.87
17881956--17882185	47	5.1	47	86	9	316	25	30	12	31	1.93
17882093--17882158	22	3.3	22	61	30	56	24	31	15	28	1.95
17882094--17882176	38	2.2	38	100	0	166	24	31	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17886217--17886273	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
17889088--17889132	16	2.9	15	81	12	56	51	0	0	48	1.00
17889089--17889135	19	2.3	21	78	10	53	48	0	0	51	1.00
17894072--17894118	24	2.0	24	100	0	94	34	8	19	38	1.82
17894073--17894126	24	2.2	24	90	6	83	37	9	16	37	1.81
17894450--17894476	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
17907865--17908031	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
17915840--17916024	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
17915839--17916045	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
17915838--17916045	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
17922398--17922559	46	3.5	45	78	11	159	24	28	19	28	1.98
17937125--17937238	40	2.8	40	91	1	183	27	21	24	26	2.00
17937125--17937302	40	4.4	40	82	4	180	27	21	25	25	1.99
17945180--17945293	40	2.8	40	91	1	183	27	21	24	26	2.00
17945180--17945357	40	4.4	40	82	4	180	27	21	25	25	1.99
17956086--17956587	250	2.0	249	97	0	941	38	19	12	30	1.88
17959972--17960143	93	1.8	93	87	0	254	27	29	19	22	1.98
17959964--17960133	46	3.7	46	75	13	177	28	29	19	22	1.98
17962512--17962606	15	6.4	15	76	12	81	57	15	15	10	1.64
17962512--17962606	30	3.2	30	81	11	106	57	15	15	10	1.64
17962515--17962601	44	2.0	45	86	6	124	57	17	14	10	1.64
17968309--17968382	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17971298--17971412	43	2.7	43	89	1	178	30	22	26	20	1.98
17971975--17972007	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
17977835--17977870	18	2.0	18	100	0	72	16	22	27	33	1.95
17983893--17984075	40	4.6	40	81	5	174	27	22	26	23	1.99
17983935--17984044	39	2.8	38	87	6	148	26	22	28	22	1.99
17987374--17987495	43	2.9	43	90	1	183	26	21	30	22	1.99
17988804--17989014	28	7.6	28	81	0	226	46	17	22	14	1.83
17988825--17989020	84	2.3	84	83	0	250	46	18	21	13	1.82
17992594--17992654	25	2.4	25	78	5	70	32	26	16	24	1.96
17996403--17996532	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
17999885--18000232	47	7.3	47	91	2	498	32	8	30	28	1.87
18004627--18004735	44	2.4	47	80	7	127	31	15	22	31	1.95
18033324--18033361	20	2.0	20	85	15	53	39	18	13	28	1.88
18047137--18047265	46	2.8	46	92	0	213	20	21	27	30	1.98
18047371--18047414	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
18050237--18050291	15	3.7	15	85	7	76	10	14	10	63	1.52
18052683--18052810	46	2.8	46	95	0	220	21	21	28	28	1.99
18052917--18052960	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
18056286--18056369	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
18057684--18057956	48	5.7	48	76	6	241	27	18	31	22	1.97
18057683--18057959	96	2.9	96	81	4	335	27	18	31	22	1.97
18060074--18060104	14	2.2	14	100	0	62	51	12	6	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18064239--18064287	5	9.6	5	82	12	55	75	4	0	20	0.96
18064233--18064276	13	3.4	13	81	12	54	75	2	0	22	0.92
18064236--18064285	26	2.0	26	88	4	75	76	4	0	20	0.95
18073948--18074067	60	2.0	60	96	0	222	20	24	14	40	1.89
18078664--18078700	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
18093995--18094183	40	4.7	40	94	1	292	25	26	23	24	2.00
18093976--18094186	80	2.6	79	89	4	300	25	26	22	25	2.00
18101548--18101742	40	4.9	40	91	2	297	26	27	22	23	1.99
18101522--18101742	79	2.8	79	87	5	297	26	27	21	24	1.99
18103992--18104040	21	2.4	20	83	12	64	30	2	20	46	1.62
18104477--18104585	40	2.7	40	92	0	173	23	16	25	33	1.96
18106705--18106843	40	3.5	40	87	5	160	25	28	20	24	1.99
18106734--18106855	39	3.1	39	90	3	174	27	27	18	27	1.98
18111403--18111734	47	7.1	47	91	0	468	34	9	29	26	1.88
18111523--18111644	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
18111570--18111691	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
18111708--18111890	46	4.0	46	90	0	267	34	9	31	25	1.87
18115544--18115712	49	3.4	49	85	1	248	27	16	26	30	1.97
18117322--18117365	22	2.0	22	86	0	61	18	27	9	45	1.79
18121157--18121311	43	3.7	42	72	14	140	28	27	19	25	1.99
18126745--18126805	30	2.0	30	100	0	122	34	16	9	39	1.82
18128275--18128399	46	2.7	46	83	5	144	28	18	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18132520--18132552	13	2.5	14	90	9	52	48	9	3	39	1.50
18143049--18143179	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
18143066--18143216	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
18147015--18147190	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18147012--18147183	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18154569--18154744	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18154566--18154737	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18156329--18156669	27	12.6	27	88	1	387	39	7	23	29	1.83
18164266--18164452	24	7.8	24	96	0	338	35	26	18	20	1.95
18167509--18167542	18	1.9	18	88	5	52	23	29	2	44	1.68
18167969--18168020	25	2.1	25	96	0	95	50	11	0	38	1.39
18179429--18179744	53	5.9	54	80	6	318	23	22	17	35	1.95
18179440--18179736	55	5.5	53	80	8	305	23	22	18	35	1.95
18179440--18179736	108	2.7	108	90	1	452	23	22	18	35	1.95
18179724--18179844	47	2.6	47	91	0	197	25	23	14	37	1.92
18182346--18182520	49	3.7	45	77	16	160	23	29	19	27	1.98
18182346--18182614	138	1.9	142	82	11	340	23	29	19	27	1.98
18182358--18182655	140	2.1	140	80	10	324	23	28	19	29	1.98
18186821--18187005	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
18186820--18187026	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
18186819--18187026	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
18194861--18195064	40	5.2	39	82	5	214	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18194860--18195064	78	2.6	80	83	6	238	26	22	26	24	2.00
18202881--18203047	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
18207365--18207514	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
18207389--18207571	67	2.8	63	77	9	192	30	17	29	22	1.97
18211806--18211955	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
18211830--18212013	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
18219661--18219717	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
18219659--18219729	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
18219670--18219724	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
18219775--18219964	24	8.0	23	91	4	274	28	22	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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