genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29836222--29836325	54	1.9	54	86	3	147	35	18	11	34	1.87
29836315--29836431	27	4.4	27	76	6	130	30	22	23	23	1.99
29844069--29844111	3	14.3	3	95	0	77	32	0	0	67	0.91
29845314--29845407	32	2.8	32	75	13	84	27	25	20	26	1.99
29847011--29847116	24	4.4	24	89	1	149	20	37	4	36	1.74
29849087--29849141	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
29849189--29849255	25	2.7	25	92	0	107	25	25	22	26	2.00
29849477--29849556	31	2.6	31	88	2	126	33	20	23	22	1.97
29858831--29858873	16	2.7	16	92	0	68	13	23	13	48	1.79
29863745--29863860	29	4.0	29	85	4	92	25	20	15	37	1.92
29863758--29863860	29	3.5	29	90	2	170	24	22	15	37	1.93
29870446--29870561	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
29870459--29870561	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
29870458--29870591	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
29871981--29872066	29	3.0	28	76	15	95	27	30	15	26	1.96
29872125--29872183	18	3.3	18	90	4	66	16	42	25	15	1.88
29872134--29872183	18	2.7	18	96	3	91	16	42	24	18	1.89
29873431--29873465	16	2.2	16	89	0	52	17	5	22	54	1.64
29878498--29878637	23	6.0	23	77	9	79	32	19	22	25	1.97
29878594--29878662	23	3.0	24	81	12	81	43	18	17	20	1.88
29878524--29878660	68	2.0	68	80	5	152	36	17	21	24	1.94
29882124--29882327	43	4.7	43	87	4	279	24	15	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29882970--29883050	33	2.4	35	77	10	96	29	23	18	28	1.98
29884655--29884760	24	4.4	24	91	1	158	19	38	4	36	1.73
29886728--29886782	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
29886830--29886899	25	2.8	25	93	0	113	24	24	22	28	1.99
29887059--29887142	31	2.7	31	88	1	134	34	19	23	22	1.96
29889112--29889274	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	23	1.98
29897057--29897251	39	5.0	39	89	1	232	24	31	21	22	1.98
29897093--29897251	39	4.1	38	91	3	255	24	32	20	22	1.98
29897093--29897243	77	1.9	79	94	2	270	23	31	21	23	1.98
29903372--29903526	69	2.2	69	97	2	292	35	17	27	19	1.94
29910970--29911087	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
29910938--29911100	71	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
29910938--29911123	71	2.7	68	91	6	254	34	17	28	19	1.95
29912753--29912864	43	2.6	42	79	8	145	32	17	22	27	1.97
29914686--29914817	51	2.5	53	74	3	133	36	24	17	21	1.95
29917896--29917956	24	2.5	24	86	5	79	21	16	27	34	1.95
29919920--29919990	35	2.0	35	97	0	133	29	11	19	39	1.87
29924875--29924917	16	2.6	17	82	10	54	55	9	0	34	1.32
29926812--29926920	56	1.9	57	83	7	143	32	28	14	24	1.95
29933179--29933220	16	2.6	17	81	11	52	54	9	0	35	1.33
29933935--29933977	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
29935905--29935952	25	1.9	25	83	8	62	54	12	2	31	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29937726--29937851	28	4.6	29	83	9	156	26	14	33	26	1.94
29945629--29945663	16	2.1	17	94	5	63	28	11	31	28	1.92
29945645--29945723	26	2.8	28	83	11	99	30	16	29	24	1.96
29947354--29947502	40	3.8	40	84	6	171	23	26	21	28	1.99
29955319--29955501	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
29962440--29962542	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
29969412--29969514	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
29973557--29973652	49	2.0	49	97	0	183	30	22	15	31	1.95
29973604--29973707	31	3.4	31	93	0	181	25	25	17	31	1.97
29973731--29973822	42	2.2	42	90	0	139	34	22	14	28	1.93
29973968--29974116	26	5.8	26	86	0	203	28	21	22	27	1.99
29973961--29974116	52	3.1	52	91	5	248	28	20	21	29	1.98
29974918--29974981	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
29975012--29975165	27	5.7	27	79	3	141	28	7	22	40	1.82
29975014--29975165	81	1.9	81	82	5	191	28	7	23	41	1.80
29975043--29975198	81	1.9	81	82	2	197	27	8	21	42	1.82
29975015--29975207	54	3.6	54	76	7	144	27	9	22	39	1.85
29975067--29975205	27	5.1	27	74	9	113	27	10	23	38	1.88
29975196--29975345	27	5.6	27	84	0	183	38	13	21	26	1.90
29975368--29975611	82	3.0	81	77	5	249	32	8	20	38	1.83
29975336--29975627	136	2.1	135	78	5	320	33	8	20	37	1.83
29975362--29975606	27	9.0	27	80	4	215	33	8	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29975564--29975735	54	3.2	54	81	4	170	37	8	20	33	1.84
29975593--29975737	27	5.4	27	80	3	175	38	8	20	32	1.82
29977430--29977586	78	2.0	78	96	0	287	42	17	19	21	1.89
29981630--29981664	15	2.3	15	95	0	61	31	5	0	62	1.18
29982057--29982117	3	20.0	3	90	9	97	32	1	0	65	1.02
29987277--29987359	11	7.5	11	75	0	67	33	48	6	12	1.65
29987277--29987359	22	3.8	22	80	0	85	33	48	6	12	1.65
29987467--29987552	43	2.0	43	100	0	172	13	18	23	44	1.86
29988863--29989035	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
29988856--29989031	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
29988864--29989050	46	4.0	45	75	12	164	28	28	20	21	1.98
29990477--29990525	11	4.5	11	81	0	62	40	46	2	10	1.49
29990477--29990525	22	2.2	22	88	0	71	40	46	2	10	1.49
30006792--30006920	49	2.6	49	82	2	159	34	21	14	28	1.93
30007765--30007896	39	3.4	39	95	0	228	22	28	20	28	1.99
30016588--30016770	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
30024003--30024183	39	4.6	39	86	3	231	24	22	30	22	1.99
30024009--30024181	77	2.2	77	84	4	213	24	23	30	21	1.99
30026379--30026508	39	3.3	39	92	0	197	24	27	19	28	1.98
30027173--30027201	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
30033242--30033395	29	5.6	28	86	6	163	25	33	15	25	1.95
30041003--30041163	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30042626--30042670	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
30049471--30049654	67	2.8	63	75	10	167	29	18	29	22	1.97
30050741--30050775	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
30054833--30055286	47	9.6	47	91	2	703	33	8	29	28	1.87
30054833--30055286	96	4.8	94	91	2	703	33	8	29	28	1.87
30054833--30055286	143	3.2	143	94	1	788	33	8	29	28	1.87
30056712--30057062	40	8.8	40	92	0	515	26	20	27	26	1.99
30072664--30072704	21	2.0	21	100	0	82	39	4	29	26	1.77
30074793--30074818	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
30075595--30075922	27	12.2	27	86	0	397	39	7	22	31	1.80
30075901--30076044	27	5.3	26	77	9	92	28	8	22	40	1.82
30075902--30076075	54	3.2	53	78	6	181	28	9	22	40	1.84
30075945--30076068	27	4.7	25	75	12	88	27	8	23	40	1.84
30078136--30078266	27	5.0	26	68	19	74	35	19	25	19	1.96
30078966--30079269	27	11.2	27	85	0	365	41	6	21	30	1.79
30078966--30079269	81	3.7	81	87	0	446	41	6	21	30	1.79
30079032--30079391	27	13.3	26	80	4	137	36	7	21	35	1.81
30078966--30079394	54	7.9	54	81	3	335	38	7	20	33	1.81
30079194--30079415	27	8.3	26	76	10	135	31	7	21	38	1.82
30094100--30094256	43	3.7	43	76	9	151	22	17	26	33	1.96
30094100--30094245	42	3.4	41	76	6	123	22	17	26	33	1.96
30096588--30096715	66	1.9	65	81	13	152	34	16	28	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30098701--30098790	44	2.0	44	97	0	171	32	15	26	25	1.96
30104635--30104744	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
30112212--30112268	26	2.2	26	79	11	64	17	10	19	52	1.73
30112253--30112311	15	3.9	15	77	2	64	13	16	13	55	1.68
30113508--30113567	28	2.1	28	84	6	77	16	18	16	48	1.82
30118276--30118319	22	2.0	22	100	0	88	31	18	31	18	1.95
30119514--30119552	14	2.9	13	81	7	51	61	10	10	17	1.55
30123887--30123912	12	2.2	12	100	0	52	23	38	26	11	1.89
30127790--30127828	14	2.9	13	81	7	51	61	10	10	17	1.55
30131214--30131376	48	3.4	48	83	0	191	30	23	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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