genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60567337--60567446	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
60567337--60567486	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
60569413--60569468	25	2.2	25	83	0	67	28	23	23	25	1.99
60575379--60575559	27	6.7	27	88	0	245	41	19	13	25	1.87
60575526--60576206	340	2.0	340	94	0	1182	27	28	20	23	1.99
60582917--60582974	25	2.3	26	79	5	66	34	25	18	20	1.96
60583253--60583348	48	2.0	48	85	0	129	33	12	5	48	1.63
60588670--60588716	25	2.0	23	84	16	60	27	14	19	38	1.91
60588715--60588753	20	2.0	20	100	0	78	25	10	30	33	1.89
60603860--60603977	47	2.5	48	75	8	114	20	14	22	43	1.87
60613630--60613669	19	2.0	20	90	4	64	35	15	10	40	1.80
60625127--60625247	46	2.6	48	82	2	147	24	27	16	31	1.96
60632982--60633145	48	3.5	48	75	9	165	23	28	18	29	1.98
60632977--60633155	94	1.9	95	85	1	252	22	28	20	29	1.98
60635767--60635801	17	2.1	17	89	5	54	57	22	2	17	1.53
60636834--60636965	56	2.4	56	86	0	210	33	21	14	30	1.93
60640475--60640654	47	3.8	49	79	15	191	29	29	19	21	1.98
60640483--60640654	94	1.8	93	91	3	283	29	29	19	21	1.98
60643981--60644141	46	3.6	44	85	8	184	24	31	20	23	1.98
60644024--60644186	46	3.6	43	82	6	166	22	32	19	25	1.97
60646630--60646759	47	2.8	47	95	1	226	30	29	20	20	1.97
60652468--60652529	4	15.5	4	100	0	124	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60661019--60661052	9	3.8	9	92	0	50	41	0	35	23	1.55
60661659--60661701	23	1.9	22	85	4	59	60	11	0	27	1.31
60671377--60671456	29	2.8	29	90	0	124	16	15	32	36	1.89
60671711--60671736	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60674837--60674967	42	3.0	44	82	9	169	32	25	15	25	1.95
60675468--60675508	21	2.0	21	90	4	66	48	21	0	29	1.50
60676419--60676452	15	2.3	15	100	0	68	41	14	14	29	1.86
60679766--60679794	15	1.9	15	100	0	58	41	6	13	37	1.72
60681577--60681612	18	2.0	18	94	0	63	25	22	11	41	1.86
60692550--60692674	24	5.2	24	85	3	128	35	23	16	25	1.95
60692574--60692674	48	2.1	48	87	1	141	37	24	15	21	1.93
60697055--60697237	93	1.9	97	80	12	220	27	27	18	25	1.98
60697285--60697405	48	2.6	46	85	5	154	22	26	20	30	1.98
60697194--60697408	94	2.3	94	81	1	234	24	26	18	30	1.98
60705087--60705119	17	2.0	17	88	5	50	18	6	18	57	1.60
60705801--60705971	46	3.7	46	79	6	184	28	18	30	23	1.97
60705801--60706014	46	4.6	46	75	11	168	28	18	29	23	1.98
60705977--60706111	50	2.8	47	82	8	157	28	20	28	22	1.98
60705984--60706111	47	2.6	49	83	8	156	29	21	28	21	1.98
60708542--60708768	40	5.5	40	86	10	307	26	28	22	22	1.99
60715102--60715174	36	2.0	36	97	0	137	28	17	16	36	1.92
60721590--60721662	29	2.5	29	88	4	103	26	31	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60722203--60722235	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
60724698--60724725	12	2.3	12	100	0	56	17	17	32	32	1.94
60725290--60725383	34	2.8	34	79	7	102	22	23	25	28	1.99
60727373--60727533	40	4.1	40	77	7	166	26	27	19	25	1.99
60739632--60739761	47	2.7	47	84	5	154	28	20	28	22	1.99
60739490--60739761	45	5.8	49	75	12	157	29	19	27	23	1.98
60747615--60747713	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
60755434--60755626	95	2.0	95	100	0	386	26	5	25	41	1.76
60760000--60760169	46	3.7	46	76	13	195	22	20	28	29	1.98
60759994--60760164	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
60774026--60774288	47	5.6	46	71	15	177	30	18	28	22	1.97
60778831--60778877	21	2.2	23	77	14	55	51	0	17	31	1.46
60778837--60778877	20	2.0	22	85	9	59	51	0	19	29	1.47
60779546--60779676	33	4.2	33	71	15	107	35	13	20	29	1.91
60781296--60781327	13	2.5	13	89	0	55	21	0	21	56	1.43
60782279--60782545	47	5.7	46	75	12	206	28	20	29	21	1.98
60791563--60791615	26	2.0	26	100	0	106	20	18	18	41	1.91
60792537--60792573	17	2.2	17	95	0	65	18	10	27	43	1.83
60797490--60797611	43	2.9	41	81	7	145	28	18	26	27	1.98
60797694--60797740	20	2.3	20	85	0	67	31	4	29	34	1.77
60800126--60800228	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
60800369--60801067	48	14.6	48	94	0	1155	30	27	6	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60800369--60801341	144	6.6	145	87	6	1388	30	27	6	35	1.83
60801050--60801087	20	1.9	20	100	0	76	34	26	5	34	1.79
60800949--60801183	116	2.0	116	94	1	409	31	27	5	35	1.81
60801002--60801135	68	2.0	68	92	2	225	31	26	5	35	1.81
60801065--60801341	48	5.8	48	95	0	473	31	27	6	35	1.81
60800901--60801231	164	2.0	164	96	0	608	30	27	6	35	1.81
60800853--60801279	212	2.0	212	94	0	755	31	26	6	35	1.81
60800810--60801327	260	2.0	260	96	0	957	31	27	6	35	1.81
60804490--60804682	40	4.8	40	92	0	305	27	30	21	20	1.98
60806167--60806732	48	11.9	48	95	1	976	30	27	6	35	1.82
60807494--60807520	12	2.2	12	100	0	54	33	0	14	51	1.43
60809098--60809166	27	2.5	28	97	2	131	28	13	26	31	1.93
60811922--60812088	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
60819798--60819867	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
60826368--60826474	39	2.7	38	83	11	119	21	29	25	23	1.99
60826368--60826517	40	3.8	39	76	10	126	22	27	24	26	1.99
60828840--60829117	27	10.3	27	81	3	290	38	20	9	31	1.85
60828840--60829156	81	3.9	82	81	5	306	37	21	9	31	1.85
60828840--60829153	27	11.6	27	76	9	104	37	21	9	31	1.85
60829145--60829630	27	18.0	27	89	0	657	36	19	20	23	1.95
60829608--60829673	27	2.4	27	75	9	71	19	18	21	40	1.91
60830143--60830199	6	9.3	6	75	17	55	17	17	15	49	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60832038--60832105	28	2.5	28	90	4	104	19	8	26	45	1.79
60833732--60833769	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
60834400--60834533	40	3.3	41	88	4	141	28	23	26	21	1.99
60834440--60834591	40	3.8	40	84	1	189	25	24	28	21	1.99
60841668--60841805	40	3.4	41	88	4	149	27	23	26	21	1.99
60841668--60841859	80	2.4	80	80	3	199	27	23	27	21	1.99
60841712--60841859	40	3.7	40	85	1	190	25	24	29	20	1.99
60841712--60841887	80	2.2	80	80	4	194	26	25	28	19	1.99
60844792--60845051	27	9.6	27	85	0	304	40	19	8	30	1.82
60844792--60845067	81	3.4	82	85	2	342	40	19	9	31	1.82
60844818--60845104	27	10.6	27	77	8	131	40	19	9	30	1.84
60844792--60845122	81	4.1	80	79	7	217	39	19	9	31	1.83
60845151--60845581	27	16.0	27	87	0	558	35	19	20	24	1.95
60845916--60845975	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
60846094--60846156	6	10.3	6	77	16	67	17	17	15	49	1.80
60847138--60847199	30	2.1	30	93	0	106	33	3	33	29	1.74
60848123--60848391	27	10.0	27	85	0	331	39	19	9	31	1.84
60848123--60848444	54	6.0	54	84	1	340	38	19	9	31	1.85
60848123--60848444	81	4.0	80	83	1	329	38	19	9	31	1.85
60848132--60848463	27	12.3	27	79	4	285	38	19	9	31	1.84
60848491--60848914	27	15.7	27	89	1	539	35	18	21	24	1.95
60850563--60850709	40	3.7	40	83	3	170	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60850563--60850716	80	1.9	80	86	0	218	27	22	25	23	2.00
60850563--60850770	40	5.2	40	80	2	166	27	24	25	22	1.99
60850567--60850749	80	2.3	80	81	0	213	28	24	25	21	1.99
60852526--60852585	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
60854882--60855148	24	11.1	24	97	0	489	37	25	17	20	1.94
60860679--60860945	24	11.1	24	97	0	480	36	25	17	20	1.94
60864283--60864342	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
60864304--60864367	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
60864963--60865025	27	2.3	27	83	0	72	22	28	19	30	1.98
60864980--60865035	27	2.1	27	86	6	78	19	25	17	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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