genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7868850--7868987	27	5.2	27	71	14	90	2	46	0	51	1.13
7868912--7868996	12	6.7	12	74	10	53	4	40	0	55	1.21
7875668--7875714	22	2.1	22	100	0	94	23	17	12	46	1.82
7876001--7876030	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
7876592--7876717	41	3.0	43	81	4	157	25	16	26	31	1.96
7877544--7877569	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
7890178--7890237	30	2.0	30	93	0	102	25	1	16	56	1.49
7893405--7893487	31	2.7	31	81	3	89	49	7	19	24	1.73
7894074--7894122	23	2.2	21	82	13	55	73	0	16	10	1.09
7896703--7896727	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7901001--7901283	18	15.3	18	69	11	115	37	15	12	35	1.85
7900988--7901217	36	6.7	36	69	12	135	37	14	12	35	1.84
7901117--7901283	72	2.3	72	83	5	194	36	15	11	35	1.85
7901081--7901283	36	5.6	36	73	10	128	37	15	11	34	1.84
7901447--7901555	45	2.4	45	85	0	146	45	18	16	19	1.85
7902156--7902301	72	2.0	72	95	0	265	17	24	16	41	1.90
7902330--7902364	18	1.9	18	94	0	61	0	14	0	85	0.59
7902343--7902368	12	2.2	12	100	0	52	0	15	0	84	0.62
7902335--7902376	18	2.2	18	87	8	57	0	21	0	78	0.75
7907863--7908552	277	2.5	278	90	3	1071	22	17	19	40	1.91
7919700--7919875	46	3.8	46	81	10	223	21	20	29	28	1.98
7919696--7919867	93	1.8	93	96	0	317	20	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7929351--7929414	32	2.0	32	87	0	92	15	17	26	40	1.89
7932968--7933472	38	13.8	37	69	10	211	36	12	20	30	1.90
7933055--7933352	75	4.0	75	74	5	250	38	11	20	29	1.88
7933874--7933900	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7938310--7938662	47	7.5	47	95	0	598	33	14	16	35	1.89
7945155--7945237	39	2.1	39	100	0	166	42	13	0	44	1.43
7946083--7946122	7	5.6	7	88	5	62	45	35	0	20	1.51
7946011--7946122	14	7.7	14	70	18	68	45	33	1	18	1.60
7946269--7946303	7	5.0	7	92	0	61	42	40	0	17	1.49
7946263--7946303	21	1.9	22	95	5	75	41	39	0	19	1.52
7946413--7946653	130	1.9	130	83	1	322	32	22	16	28	1.95
7946631--7947133	131	3.8	132	87	1	708	34	24	15	25	1.95
7946548--7947133	263	2.2	265	87	4	815	33	24	15	26	1.95
7947029--7947224	91	2.2	91	87	5	272	32	22	16	29	1.96
7952402--7952429	3	9.3	3	100	0	56	0	67	0	32	0.91
7953386--7953452	32	2.1	32	94	0	116	26	4	16	52	1.63
7954289--7954465	86	2.1	86	90	0	282	32	14	13	40	1.84
7954848--7955545	353	2.0	353	91	1	1130	32	13	15	38	1.87
7955890--7956229	82	4.1	81	84	1	410	30	10	10	47	1.72
7955890--7956238	164	2.1	164	85	2	477	30	10	10	48	1.72
7959303--7959385	22	3.7	21	74	16	60	22	4	6	66	1.34
7959480--7959572	33	2.9	31	77	13	100	36	6	2	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7963980--7964242	43	6.1	43	94	0	456	23	28	19	29	1.98
7969268--7969397	64	2.0	64	86	0	179	33	20	13	33	1.91
7969614--7970155	176	3.1	176	87	2	764	29	16	24	29	1.97
7970214--7970296	43	1.9	43	83	9	107	30	12	30	27	1.92
7970020--7970446	146	2.9	146	92	0	685	32	15	24	27	1.95
7970338--7970439	43	2.3	43	79	1	105	32	16	25	25	1.96
7970359--7970454	43	2.2	43	83	3	120	32	15	22	29	1.95
7970303--7970700	176	2.3	174	84	2	521	30	17	24	27	1.97
7971872--7971954	22	3.7	21	74	16	60	22	4	6	66	1.34
7972065--7972147	31	2.6	31	81	9	96	36	6	2	55	1.38
7972049--7972141	33	2.9	31	77	13	100	36	6	2	54	1.38
7972860--7973021	26	6.2	26	92	4	256	33	6	24	35	1.80
7972860--7973021	78	2.1	78	95	0	288	33	6	24	35	1.80
7981221--7981258	20	1.9	20	88	0	58	26	15	15	42	1.87
7981288--7981396	19	5.7	19	71	20	84	10	26	23	39	1.86
7981288--7981378	20	4.7	20	70	18	75	10	26	23	39	1.87
7981288--7981411	39	3.2	39	90	0	194	11	25	24	38	1.88
7984183--7984319	51	2.7	50	76	9	120	34	2	9	54	1.45
7992930--7992974	20	2.3	20	88	3	65	26	20	28	24	1.99
7997034--7997074	14	2.9	15	85	7	59	34	43	2	19	1.64
7997063--7997110	15	3.3	15	76	5	53	45	33	0	20	1.52
7997066--7997115	22	2.3	21	79	3	55	46	30	0	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7997134--7997172	14	2.8	14	80	0	51	48	23	0	28	1.51
7997685--7997784	40	2.5	40	82	9	123	37	20	18	25	1.94
7997856--7997959	40	2.6	40	84	6	131	25	18	25	29	1.98
7999138--7999197	24	2.5	24	91	0	102	33	1	35	30	1.68
8000599--8000710	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
8000599--8000710	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
8001756--8001789	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
8006892--8006960	24	2.9	24	95	0	120	34	1	37	26	1.65
8008178--8008236	28	2.1	28	81	3	66	38	23	10	27	1.87
8008367--8008478	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
8008367--8008478	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
8014689--8014748	24	2.5	24	97	0	111	35	0	36	28	1.58
8014689--8014755	24	2.8	24	88	4	100	37	1	34	26	1.66
8016174--8016285	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
8016174--8016285	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
8018004--8018043	21	2.0	21	85	5	55	52	25	0	22	1.47
8021590--8021623	18	1.9	17	88	5	50	41	0	2	55	1.15
8023409--8023449	13	3.2	13	83	13	50	29	0	0	70	0.87
8023407--8023444	13	2.6	15	84	16	53	28	0	0	71	0.87
8024079--8024327	128	1.9	129	92	2	421	26	18	18	36	1.94
8026098--8026133	17	2.1	17	89	0	54	11	11	22	55	1.66
8030116--8030181	21	3.0	21	73	16	69	30	1	13	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8031425--8031495	29	2.5	30	84	9	103	60	2	4	32	1.30
8033249--8033279	11	2.7	11	95	5	53	32	0	0	67	0.91
8044491--8044531	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
8045746--8046017	46	5.8	49	74	11	225	23	30	19	27	1.98
8045885--8046014	47	2.8	46	78	6	145	25	30	17	26	1.97
8052628--8052660	17	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
8058427--8058493	27	2.5	27	85	4	91	26	22	28	22	1.99
8061649--8061788	73	1.9	73	82	5	176	54	7	6	32	1.53
8061862--8061999	69	2.0	69	94	0	240	32	17	21	28	1.96
8062029--8062108	33	2.4	33	85	0	97	25	10	48	16	1.76
8065562--8065669	9	11.3	9	74	16	67	0	26	0	72	0.91
8065579--8065645	3	23.3	3	86	8	95	0	29	1	68	0.98
8065563--8065645	12	7.1	11	80	14	69	0	26	1	72	0.92
8065563--8065668	18	5.9	17	74	19	76	0	27	0	71	0.92
8065582--8065645	14	4.5	14	88	2	92	0	29	1	68	0.99
8065975--8066034	27	2.2	29	80	17	74	63	1	0	35	1.05
8066640--8066703	32	2.0	31	82	8	76	62	1	10	25	1.37
8066823--8066889	34	1.9	36	84	6	93	56	0	40	2	1.14
8070206--8070332	55	2.3	55	84	2	184	22	29	20	27	1.99
8078853--8078887	2	17.5	2	88	11	54	45	2	0	51	1.16
8080209--8080252	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
8080213--8080255	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8081821--8082073	135	1.9	134	84	0	335	22	12	22	42	1.86
8091270--8091300	15	2.1	14	94	5	53	16	0	9	74	1.07
8093875--8093945	21	3.3	23	75	16	64	57	2	1	38	1.22
8093896--8093952	16	3.7	16	75	13	57	56	3	1	38	1.27
8094011--8094066	10	5.6	10	91	0	67	50	7	0	42	1.30
8094009--8094066	4	14.5	4	92	0	80	50	6	0	43	1.29
8094009--8094057	14	3.5	14	94	0	80	51	8	0	40	1.32
8095731--8096255	44	12.2	44	85	5	718	21	31	16	30	1.96
8095731--8096255	87	6.1	88	87	4	718	21	31	16	30	1.96
8102096--8102203	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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