genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22152648--22152905	119	2.2	119	83	6	310	25	21	27	25	1.99
22159996--22160096	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
22163886--22164068	40	4.6	39	82	8	194	24	21	27	26	2.00
22163918--22164101	79	2.3	77	79	10	192	27	21	25	26	1.99
22169382--22169482	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
22171427--22171664	40	6.1	40	81	12	264	24	21	28	26	1.99
22171427--22171664	79	3.1	79	81	10	253	24	21	28	26	1.99
22171520--22171665	74	2.0	75	85	6	199	25	19	28	26	1.98
22178785--22178885	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
22182681--22182865	40	4.7	40	81	7	209	24	22	27	26	2.00
22182682--22182898	79	2.7	78	76	12	219	25	21	26	25	2.00
22186026--22186085	18	3.4	18	67	28	56	45	30	1	23	1.63
22186024--22186091	35	1.9	35	100	0	136	47	30	1	20	1.59
22193796--22193840	16	2.8	16	90	6	65	40	26	0	33	1.57
22196260--22196388	63	2.0	63	85	2	170	27	20	26	25	1.99
22204785--22204955	93	1.8	93	92	2	290	29	28	19	22	1.98
22204780--22204952	46	3.7	47	80	10	212	30	27	19	22	1.98
22204830--22204971	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
22210213--22210401	40	4.8	40	91	3	301	23	28	21	26	1.99
22210187--22210401	80	2.7	80	86	5	303	22	27	22	26	1.99
22210998--22211027	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22213509--22213554	23	2.0	23	100	0	92	39	17	17	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22215429--22215599	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
22215424--22215596	46	3.7	46	78	10	199	28	27	21	21	1.99
22217777--22217961	63	2.9	63	85	0	244	27	18	27	26	1.98
22217777--22218030	63	4.1	63	79	2	226	27	18	26	26	1.98
22219365--22219393	15	1.9	15	100	0	58	27	13	10	48	1.75
22225421--22225544	20	5.9	21	77	7	67	19	8	16	54	1.68
22225435--22225545	20	5.4	20	77	7	89	19	10	16	53	1.72
22231369--22231401	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
22232961--22233013	3	17.3	3	78	3	52	3	56	1	37	1.28
22235544--22235582	18	2.2	18	86	4	53	30	5	5	58	1.41
22235765--22235803	4	9.2	4	89	10	60	25	5	0	69	1.09
22248097--22248143	24	1.9	25	82	4	60	53	2	4	40	1.32
22249460--22249496	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
22251150--22251252	34	3.0	34	100	0	206	24	20	14	40	1.90
22252184--22252243	29	2.1	29	100	0	120	31	0	30	38	1.58
22252686--22252726	21	2.0	21	90	0	64	29	26	26	17	1.97
22253092--22253187	47	2.0	47	95	0	174	40	14	20	23	1.90
22254166--22254224	29	2.0	29	83	0	73	33	30	8	27	1.86
22255404--22255442	19	2.1	19	95	0	69	25	17	15	41	1.89
22259989--22260048	28	2.1	28	81	6	68	33	11	10	45	1.74
22262219--22262308	30	3.0	30	85	3	128	38	10	18	32	1.84
22265767--22265791	13	1.9	13	100	0	50	36	32	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22266038--22266119	31	2.5	33	74	3	87	41	12	21	24	1.87
22266273--22266299	13	2.1	13	100	0	54	25	0	0	74	0.83
22266302--22266364	22	3.0	22	77	6	69	30	1	3	65	1.18
22267132--22267293	86	1.9	86	84	7	222	42	20	6	30	1.77
22267305--22267435	10	13.3	10	69	12	67	62	0	1	35	1.10
22267326--22267436	30	3.8	29	76	13	104	62	0	0	36	1.08
22267309--22267422	20	5.8	21	68	18	75	64	0	1	34	1.04
22276202--22276252	23	2.1	25	85	7	70	50	5	3	39	1.45
22277835--22277903	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
22286705--22286768	13	4.9	13	92	0	110	35	25	7	31	1.84
22286692--22286768	26	3.0	26	81	7	77	37	23	6	32	1.80
22289883--22289941	26	2.3	26	87	0	82	44	8	11	35	1.72
22290413--22290490	39	2.0	39	97	0	147	26	12	15	44	1.82
22297551--22297594	23	1.9	23	86	9	63	45	0	0	54	0.99
22301254--22301345	46	2.0	46	93	0	157	21	18	10	48	1.78
22301513--22301551	20	2.0	20	90	5	62	38	0	2	58	1.12
22301518--22301566	20	2.5	20	83	9	57	44	0	0	55	0.99
22301772--22301817	19	2.3	20	81	7	58	60	0	4	34	1.16
22301828--22301868	21	2.0	21	90	0	64	68	0	2	29	1.03
22304209--22304294	34	2.5	34	84	3	111	31	20	20	26	1.98
22307253--22307290	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
22307376--22307487	43	2.6	42	84	2	152	30	22	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22309391--22309492	30	3.4	30	87	0	141	24	26	20	28	1.99
22320030--22320060	16	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
22320052--22320127	9	7.8	9	73	15	62	60	1	0	38	1.05
22320052--22320127	30	2.6	29	83	8	91	60	1	0	38	1.05
22319938--22320161	120	1.9	123	86	7	334	55	3	2	38	1.31
22320282--22320357	12	6.0	12	73	24	59	71	0	3	25	1.03
22320296--22320360	4	15.2	4	76	17	60	72	0	4	23	1.03
22320281--22320323	13	3.4	13	87	6	61	69	0	0	30	0.88
22320296--22320360	17	3.8	17	78	9	69	72	0	4	23	1.03
22320298--22320357	31	1.9	31	83	12	79	71	0	5	23	1.05
22320292--22320387	31	3.0	29	77	17	77	71	1	6	20	1.13
22322414--22322456	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
22322412--22322458	23	2.0	23	100	0	94	46	17	0	36	1.48
22322416--22322465	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
22329121--22329169	22	2.5	18	81	15	53	71	2	6	20	1.18
22329943--22329989	23	2.0	23	95	0	85	44	17	2	36	1.60
22329945--22329987	13	3.5	13	78	18	56	46	16	2	34	1.60
22329950--22329996	23	2.0	23	91	0	76	48	14	0	36	1.44
22330557--22330640	11	7.5	11	69	23	50	39	0	8	52	1.32
22335309--22335446	40	3.5	40	91	4	201	23	29	23	22	1.99
22340925--22340961	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
22346373--22346677	40	7.6	40	91	3	454	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22346340--22346677	80	4.2	80	91	3	504	27	27	21	23	1.99
22351901--22351958	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
22352010--22352051	20	2.2	19	86	4	57	30	7	2	59	1.37
22352061--22352103	21	2.0	20	86	8	59	34	2	0	62	1.08
22352200--22352264	23	2.8	22	80	17	62	29	6	3	61	1.35
22352209--22352306	23	4.2	23	75	13	76	27	4	4	64	1.30
22356196--22356225	14	2.1	14	93	0	51	43	6	3	46	1.46
22364337--22365332	210	4.7	210	93	0	1643	29	18	22	29	1.98
22367036--22367078	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
22369023--22369073	21	2.5	20	81	15	59	74	3	5	15	1.16
22369856--22369900	23	2.0	23	90	0	72	46	15	2	35	1.58
22370462--22370546	11	7.5	11	71	20	59	38	0	8	52	1.31
22373129--22373153	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
22381585--22381629	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
22381674--22381716	20	2.4	19	82	17	56	72	0	25	2	0.97
22386824--22386966	48	3.0	48	92	0	241	34	32	16	16	1.91
22400809--22400984	46	3.8	46	80	10	223	21	21	28	28	1.98
22400805--22400976	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
22411874--22411981	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22413476--22413517	5	8.2	5	89	5	66	59	2	0	38	1.10
22413474--22413522	8	6.2	8	73	21	50	59	2	0	38	1.09
22418886--22419141	127	2.0	127	99	0	503	36	11	7	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22432596--22432679	30	2.8	30	74	1	89	27	15	27	29	1.96
22434806--22434888	42	2.0	42	86	9	116	12	24	0	63	1.28
22434846--22434879	12	2.8	12	95	0	59	14	26	0	58	1.36
22434839--22434891	12	4.4	12	82	0	52	9	22	0	67	1.19
22434899--22434929	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
22434977--22435040	16	4.2	14	79	13	65	4	18	0	76	0.95
22434977--22435033	5	11.0	5	77	17	55	3	19	0	77	0.92
22434975--22435044	20	3.3	20	73	18	63	4	20	0	75	0.96
22437565--22437652	30	2.9	30	74	0	86	27	13	27	31	1.94
22438945--22438977	14	2.4	14	100	0	66	42	15	12	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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