genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8373097--8373382	137	2.1	136	96	0	518	31	25	18	24	1.98
8375160--8375243	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
8379014--8379298	137	2.1	135	96	1	525	31	25	18	24	1.98
8379047--8379257	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
8381075--8381157	26	3.2	26	94	1	141	37	25	4	32	1.77
8385843--8385867	11	2.3	11	100	0	50	68	0	8	24	1.16
8387372--8387407	15	2.4	15	90	0	54	19	36	13	30	1.91
8387476--8387917	90	4.9	89	78	6	435	25	20	20	33	1.97
8387488--8387923	45	9.7	44	70	12	271	25	20	20	33	1.97
8393174--8393678	251	2.0	251	97	0	956	27	24	15	33	1.95
8400311--8400441	27	4.9	27	88	0	181	29	19	8	42	1.81
8400300--8400494	54	3.6	54	80	2	196	34	20	7	36	1.81
8400419--8400779	27	13.3	27	75	8	239	39	20	8	30	1.83
8400266--8400483	81	2.7	81	71	2	204	34	20	7	37	1.81
8400419--8400777	54	6.6	53	75	6	263	39	20	8	30	1.83
8400419--8400693	81	3.4	80	81	6	313	40	21	8	29	1.82
8400810--8400889	27	3.0	27	92	3	126	33	22	26	17	1.96
8400810--8400901	27	3.4	27	85	8	116	35	20	25	18	1.95
8407350--8407434	36	2.4	35	80	5	82	38	12	15	32	1.85
8407388--8407541	35	4.4	34	68	18	91	38	12	15	33	1.85
8407388--8407523	36	3.8	36	70	17	104	40	11	13	33	1.82
8407459--8407927	134	3.6	130	77	9	458	39	12	15	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8407295--8407927	254	2.6	245	81	5	679	39	12	15	32	1.85
8407599--8407823	120	1.9	120	87	0	333	38	12	15	33	1.85
8407279--8408037	241	3.1	241	79	7	668	39	12	15	32	1.85
8407841--8408034	107	1.8	107	84	2	264	41	12	16	29	1.86
8407949--8408071	36	3.5	35	75	6	122	36	9	22	30	1.87
8407948--8408087	71	2.0	71	84	0	181	37	10	22	30	1.88
8414817--8414915	33	3.0	33	87	1	153	29	24	21	25	1.99
8437811--8437836	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
8441018--8441055	6	6.5	6	85	14	53	63	0	2	34	1.09
8441931--8441959	15	2.0	15	93	6	51	0	10	0	89	0.48
8448491--8448563	34	2.1	34	100	0	146	41	24	21	12	1.88
8452414--8452477	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
8452878--8452947	32	2.3	30	82	7	86	41	2	5	50	1.41
8452896--8452956	31	1.9	33	87	12	92	42	0	4	52	1.23
8453210--8453253	22	2.0	23	86	4	63	40	0	2	56	1.11
8454854--8454910	27	2.1	27	93	6	98	59	14	0	26	1.35
8455376--8455419	22	2.0	22	81	0	52	22	31	29	15	1.95
8457718--8457758	20	2.0	20	85	0	55	39	14	2	43	1.59
8458070--8458107	16	2.4	17	83	16	55	31	13	0	55	1.38
8462897--8463224	43	7.7	43	72	10	271	29	20	22	27	1.98
8462911--8463232	85	3.8	85	87	2	432	30	20	22	26	1.98
8462911--8463224	169	1.9	169	86	0	448	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8463749--8463780	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
8464140--8464176	20	1.9	20	88	5	58	35	5	18	40	1.74
8471552--8471791	54	4.5	53	83	6	268	41	17	8	32	1.80
8471546--8471791	27	9.1	26	79	7	199	40	18	9	32	1.82
8471553--8471792	81	3.0	81	80	9	274	41	17	8	32	1.80
8471689--8471809	27	4.5	27	77	10	113	41	15	11	31	1.83
8472168--8472222	22	2.5	22	93	0	101	29	25	21	23	1.99
8473321--8473350	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
8475545--8475573	14	2.1	14	100	0	58	24	20	20	34	1.97
8475733--8475915	27	6.8	27	81	8	196	40	18	8	32	1.81
8475731--8475886	80	2.0	80	90	2	251	42	16	7	33	1.77
8475868--8475929	27	2.3	27	91	0	97	38	16	16	29	1.90
8478421--8478447	9	3.0	9	100	0	54	33	22	11	33	1.89
8479765--8479797	11	3.1	11	91	8	59	57	0	15	27	1.38
8480696--8480973	75	3.7	75	90	0	432	24	21	21	32	1.98
8480721--8480973	35	6.7	39	69	20	146	24	21	21	33	1.97
8480696--8481013	150	2.1	150	87	1	433	24	21	22	31	1.98
8487333--8487372	19	2.0	20	90	4	64	45	2	0	52	1.14
8488875--8488915	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
8492895--8492946	25	2.1	25	88	0	77	0	32	1	65	1.04
8492935--8492965	15	2.0	16	93	6	55	6	16	6	70	1.29
8492942--8492984	20	2.2	20	91	8	70	6	11	4	76	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8495753--8495811	29	2.0	29	100	0	118	23	16	16	42	1.89
8500549--8500593	9	4.9	9	91	2	63	48	4	0	46	1.22
8500549--8500601	9	5.7	9	90	4	61	50	3	1	43	1.30
8502040--8502073	9	3.7	9	92	4	50	73	8	2	14	1.19
8502046--8502075	10	3.1	10	95	4	53	73	10	0	16	1.09
8503209--8503233	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8504404--8504482	36	2.3	34	82	8	97	58	1	0	40	1.06
8512205--8512254	21	2.4	21	86	0	64	44	18	18	20	1.88
8514562--8514690	61	2.1	61	85	2	170	21	23	25	29	1.99
8518417--8518495	41	1.9	41	100	0	158	32	5	10	51	1.57
8526464--8526575	56	2.0	57	84	5	147	45	3	10	40	1.56
8527123--8527156	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
8534804--8534844	21	1.9	22	85	5	57	17	9	0	73	1.09
8534791--8534860	25	2.8	26	72	20	67	14	17	0	68	1.21
8537183--8537258	40	1.9	39	84	7	100	44	23	17	14	1.85
8537939--8538006	21	3.2	21	77	6	66	29	0	39	30	1.57
8537957--8538007	14	3.6	14	81	0	66	27	0	47	25	1.53
8537967--8538011	7	6.4	7	81	0	54	24	0	46	28	1.53
8537952--8538011	28	2.1	28	87	0	84	26	0	43	30	1.55
8537974--8538013	21	1.9	21	89	0	62	27	0	45	27	1.54
8538667--8538709	22	2.0	22	85	0	59	41	11	0	46	1.40
8539443--8539476	13	2.6	13	100	0	68	23	35	0	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8539532--8539587	27	2.0	28	86	3	78	21	41	14	23	1.89
8541116--8541170	22	2.5	21	82	8	56	43	0	0	56	0.99
8541836--8541969	64	2.1	64	94	0	232	38	8	2	49	1.50
8541849--8541983	64	2.1	64	87	4	193	41	8	2	47	1.48
8542017--8542088	24	3.0	24	89	0	108	26	18	9	45	1.80
8542261--8542334	29	2.6	29	95	0	130	45	1	0	52	1.09
8542261--8542346	15	5.9	15	72	15	81	44	2	0	53	1.13
8542456--8542638	9	20.7	9	77	7	160	48	15	1	34	1.55
8542458--8542602	44	3.3	44	94	0	254	48	14	1	35	1.52
8542469--8542638	35	4.8	36	80	7	170	47	14	1	35	1.55
8542456--8542638	53	3.5	53	79	6	192	48	15	1	34	1.55
8542458--8542628	88	1.9	88	91	2	281	48	14	1	35	1.52
8542458--8542624	44	3.8	44	90	1	246	48	14	1	35	1.52
8542618--8542777	74	2.2	74	97	0	302	42	16	4	36	1.68
8550343--8550478	26	5.2	26	93	0	227	36	25	5	33	1.78
8550964--8550992	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
8551427--8551479	21	2.5	21	76	11	63	33	18	45	1	1.61
8551864--8552043	43	4.2	43	83	5	202	30	23	17	27	1.97
8556757--8556786	12	2.5	12	100	0	60	16	43	33	6	1.74
8559801--8559829	7	4.3	7	95	4	51	89	0	10	0	0.48
8560149--8560185	3	12.0	3	88	5	56	35	0	2	62	1.10
8563042--8563067	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8566109--8566238	66	2.0	66	85	0	179	36	11	20	31	1.89
8566963--8566993	8	3.8	8	91	8	53	12	0	0	87	0.55
8566964--8566993	9	3.4	9	95	4	53	10	0	0	90	0.47
8584719--8584796	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
8603590--8603629	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
8618288--8618372	39	2.2	39	95	0	152	44	14	18	22	1.85
8621308--8621349	21	2.0	21	95	0	75	28	11	9	50	1.70
8624455--8624481	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8625854--8625879	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8629012--8629067	18	3.3	16	74	18	51	62	3	3	30	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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