genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23552738--23552822	42	2.0	42	100	0	170	40	7	7	45	1.58
23553524--23553574	26	2.0	26	92	7	88	27	13	15	43	1.85
23553374--23553710	178	1.9	178	87	2	498	31	12	14	42	1.82
23553373--23553710	91	3.8	89	83	10	393	31	12	14	42	1.82
23553818--23553854	13	2.9	12	88	11	56	72	0	2	24	0.97
23556912--23556988	37	2.1	37	100	0	154	48	2	7	41	1.46
23556923--23556982	19	3.2	19	63	13	52	46	1	10	41	1.47
23557835--23558022	52	3.7	53	83	6	203	24	17	29	28	1.97
23565370--23565529	52	3.1	52	81	0	176	28	14	25	32	1.94
23569770--23569896	47	2.6	50	78	5	143	29	18	29	23	1.97
23571614--23571643	14	2.1	14	100	0	60	73	0	0	26	0.84
23574555--23574590	18	2.0	18	94	0	63	50	13	16	19	1.79
23574560--23574599	18	2.2	18	86	0	53	45	17	22	15	1.85
23577691--23577740	20	2.5	20	80	3	55	36	2	20	42	1.63
23578709--23578733	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
23580044--23580071	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23583295--23583342	25	1.9	25	86	0	69	52	22	14	10	1.72
23598782--23598848	32	2.1	32	94	0	116	26	22	11	38	1.89
23599669--23599771	54	1.9	54	83	0	134	19	27	14	38	1.90
23604210--23604391	96	1.9	99	85	5	255	25	30	18	25	1.98
23606828--23607021	49	3.9	49	83	5	239	29	25	18	26	1.98
23606828--23607019	99	1.9	100	92	1	323	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23612007--23612045	20	2.1	18	85	9	51	43	0	0	56	0.99
23612721--23612756	16	2.2	16	90	0	54	33	0	11	55	1.35
23612750--23612803	22	2.3	24	78	9	58	37	1	7	53	1.40
23614302--23614563	47	5.6	46	73	13	198	27	19	27	24	1.99
23614298--23614563	94	2.9	94	83	5	326	27	19	27	24	1.99
23618675--23618699	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23619249--23619373	21	6.0	21	80	3	137	44	13	24	18	1.86
23620539--23620563	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
23632376--23632429	15	3.7	15	75	20	51	7	12	18	61	1.54
23634099--23634323	49	4.5	49	88	2	297	25	18	27	28	1.98
23634092--23634331	99	2.4	100	85	2	313	24	19	27	28	1.98
23635272--23635321	25	2.0	25	100	0	100	40	24	20	16	1.91
23636586--23636627	18	2.3	18	87	4	57	21	11	11	54	1.68
23637315--23637375	31	2.0	31	100	0	122	22	8	19	49	1.75
23638068--23638130	27	2.3	27	81	10	76	53	3	0	42	1.16
23640724--23640787	29	2.2	29	97	0	119	25	31	23	20	1.98
23647235--23647349	56	2.1	56	98	0	221	25	23	12	39	1.89
23652625--23652718	48	2.0	48	97	0	179	35	24	12	27	1.92
23652814--23652846	14	2.2	16	89	10	52	33	18	12	36	1.88
23656578--23656679	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
23664045--23664195	40	3.8	39	77	8	126	21	26	24	27	2.00
23667769--23667870	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23669572--23669782	69	3.2	68	72	11	204	37	15	24	21	1.93
23669727--23669903	95	1.9	96	83	3	232	38	14	24	21	1.91
23670341--23670405	34	1.9	34	83	0	85	46	10	24	18	1.81
23671724--23671757	17	2.0	17	94	0	59	23	14	5	55	1.61
23682339--23682405	33	2.0	34	94	2	118	20	4	23	50	1.66
23683308--23683421	40	2.8	40	91	0	174	23	19	24	32	1.97
23683427--23683482	28	2.0	28	85	0	76	23	8	32	35	1.86
23693511--23693544	14	2.4	14	90	0	50	41	11	20	26	1.87
23693996--23694047	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
23694085--23694115	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
23694102--23694137	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
23694142--23694183	22	1.9	22	85	0	57	47	2	0	50	1.14
23694638--23694697	29	2.1	29	87	0	84	30	25	25	20	1.99
23698074--23698220	67	2.3	65	83	5	174	23	29	17	29	1.96
23710726--23710763	20	2.1	18	85	14	51	39	0	7	52	1.31
23711396--23711533	20	6.9	20	69	1	98	17	31	18	33	1.94
23711368--23711554	40	4.7	40	85	3	227	18	31	16	33	1.94
23711440--23711572	39	3.4	39	82	3	97	21	32	16	30	1.95
23711571--23711632	20	3.2	19	73	15	63	12	32	19	35	1.90
23711559--23711634	40	1.9	40	83	5	100	15	31	18	34	1.92
23714078--23714127	22	2.4	21	83	12	59	34	6	12	48	1.65
23716884--23716952	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23716875--23716971	30	3.2	30	81	10	99	10	17	14	57	1.64
23723258--23723297	5	7.8	5	83	5	53	77	0	0	22	0.77
23735185--23735224	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
23735972--23736075	52	2.0	52	98	0	199	28	18	11	41	1.85
23736659--23736747	26	3.4	26	78	3	99	30	16	14	38	1.89
23754803--23754857	20	2.8	20	88	0	83	38	12	18	30	1.88
23754909--23755043	26	5.3	26	87	5	181	28	20	22	28	1.99
23759818--23759849	14	2.3	14	100	0	64	25	6	28	40	1.79
23761923--23761960	19	2.0	19	100	0	76	21	10	10	57	1.61
23765340--23765415	31	2.5	31	82	2	91	25	18	14	42	1.88
23765653--23765725	31	2.3	32	88	4	103	45	13	19	21	1.85
23767653--23767732	30	2.7	28	75	9	79	52	17	10	20	1.72
23768511--23768557	3	15.7	3	100	0	94	68	0	31	0	0.90
23769889--23769943	21	2.6	21	75	21	60	50	0	1	47	1.11
23772455--23772496	15	2.5	17	81	11	52	64	0	2	33	1.07
23772944--23773027	41	2.0	41	100	0	168	30	16	11	40	1.85
23776277--23776324	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
23776315--23776349	15	2.3	15	100	0	70	28	5	5	60	1.43
23783236--23783272	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
23786100--23786131	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
23787628--23787729	29	3.6	29	86	4	136	25	17	30	26	1.97
23787628--23787738	58	1.9	57	87	5	161	26	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23787631--23787745	57	2.0	58	83	6	146	27	16	29	26	1.97
23792868--23793016	58	2.6	57	75	9	131	30	18	19	31	1.96
23797426--23797501	21	3.5	21	65	16	55	23	13	25	38	1.91
23797430--23797520	45	2.0	45	93	0	155	25	13	23	38	1.91
23799906--23799933	11	2.5	11	100	0	56	35	0	0	64	0.94
23808444--23808478	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
23808619--23808735	61	2.0	61	86	6	168	44	0	4	51	1.21
23808883--23808945	16	4.0	16	75	4	65	31	12	0	55	1.37
23813316--23813403	43	2.0	43	100	0	176	21	18	15	44	1.87
23830697--23830782	30	2.9	28	75	24	79	55	2	1	40	1.20
23830755--23830802	19	2.6	19	80	3	62	56	0	4	39	1.19
23835720--23835754	13	2.7	13	90	0	52	28	34	20	17	1.95
23837510--23837707	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
23837576--23837693	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23837544--23837707	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23845131--23845247	41	3.1	41	60	31	98	31	17	29	21	1.96
23845099--23845261	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
23848964--23849239	39	7.1	39	95	0	489	22	30	26	21	1.99
23852340--23852414	34	2.2	34	100	0	150	22	24	9	44	1.82
23854877--23855035	39	4.1	39	93	0	264	23	29	25	22	1.99
23861073--23861269	50	3.9	50	83	1	243	28	26	19	25	1.98
23861086--23861269	101	1.8	99	87	2	269	29	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23879122--23879172	26	2.0	26	92	0	84	15	19	27	37	1.92
23880055--23880090	6	6.0	6	100	0	72	66	16	0	16	1.25
23882279--23882415	46	3.0	46	91	0	211	26	31	8	34	1.85
23882389--23882723	47	7.1	47	89	3	447	26	29	11	32	1.91
23882389--23882723	93	3.5	94	87	2	447	26	29	11	32	1.91
23882389--23882723	140	2.3	143	86	2	460	26	29	11	32	1.91
23884266--23884293	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23898398--23898579	78	2.3	80	83	6	237	25	21	26	25	2.00
23898398--23898581	40	4.7	40	83	8	234	25	21	27	26	2.00
23901698--23901861	42	3.9	42	78	10	181	32	13	23	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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