genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19631306--19631522	41	5.3	40	78	6	181	23	21	18	35	1.96
19631309--19631533	81	2.8	79	76	12	199	24	22	18	34	1.96
19638117--19638158	23	1.9	23	85	9	61	30	4	2	61	1.29
19642251--19642280	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19647969--19648176	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
19647971--19648176	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
19662869--19663016	40	3.7	41	80	3	133	27	25	25	22	2.00
19667059--19667110	26	2.0	26	85	7	70	30	23	21	25	1.99
19674560--19674634	31	2.4	31	97	0	141	29	25	16	29	1.96
19674658--19674749	42	2.2	42	86	7	125	35	19	13	31	1.90
19674894--19675016	26	4.8	26	87	1	169	27	22	21	27	1.99
19674894--19675016	52	2.4	51	93	5	205	27	22	21	27	1.99
19675818--19675895	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
19675936--19676021	28	3.1	27	75	17	86	33	9	16	40	1.80
19676024--19676182	54	2.9	54	81	3	169	30	10	20	38	1.86
19675999--19676149	27	5.6	27	81	4	171	29	7	21	41	1.81
19676024--19676189	27	6.1	27	76	7	131	29	10	21	37	1.88
19676181--19676378	27	7.4	27	83	4	231	38	8	24	29	1.84
19676181--19676378	53	3.7	54	84	4	249	38	8	24	29	1.84
19676181--19676378	80	2.5	80	89	2	290	38	8	24	29	1.84
19679904--19679959	29	1.9	29	88	0	85	58	12	3	25	1.50
19681390--19681475	2	45.5	2	77	17	78	50	3	1	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19681392--19681468	15	4.9	16	71	19	72	50	3	1	44	1.28
19681383--19681441	19	3.1	19	100	0	118	52	0	0	47	1.00
19682001--19682039	19	2.1	18	86	13	53	48	0	2	48	1.15
19684000--19684068	28	2.5	28	95	2	122	18	10	26	44	1.81
19685842--19685885	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
19695275--19695501	46	4.9	46	86	7	325	27	29	21	20	1.98
19711668--19711890	101	2.2	101	80	6	247	40	14	22	22	1.90
19712547--19712690	71	2.0	71	95	0	261	33	21	18	26	1.97
19715161--19715276	57	2.0	58	86	1	162	28	19	6	45	1.74
19718107--19718244	48	2.9	48	87	0	195	28	24	20	26	1.99
19721818--19721850	6	5.3	6	92	7	57	84	0	0	15	0.61
19735360--19735391	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
19735638--19735702	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
19735808--19735897	28	3.2	27	78	13	94	20	23	22	34	1.97
19735808--19735922	55	2.1	55	80	16	123	19	23	20	36	1.95
19742263--19742415	40	3.8	38	77	8	137	25	28	22	23	2.00
19750102--19750204	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
19758092--19758194	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
19760603--19760679	27	2.9	27	98	0	145	31	16	19	32	1.94
19762759--19762857	50	2.0	50	94	2	173	29	24	29	17	1.97
19764415--19764447	11	3.0	11	90	0	57	27	21	0	51	1.48
19765423--19765683	41	6.4	41	91	0	418	34	24	22	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19766739--19766770	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
19766742--19766809	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
19768369--19768411	12	3.6	12	78	12	52	23	4	27	44	1.73
19768369--19768411	18	2.4	18	84	7	61	23	4	27	44	1.73
19770200--19770442	133	1.9	125	89	7	380	20	10	18	51	1.75
19772331--19772370	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
19773271--19773443	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
19773268--19773438	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
19773668--19773705	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
19781095--19781504	43	9.5	43	79	7	337	29	19	21	30	1.97
19781095--19781415	88	3.7	86	80	5	333	28	19	21	30	1.97
19781103--19781355	131	1.9	131	93	1	436	30	18	19	30	1.96
19781112--19781387	131	2.1	132	88	3	407	32	19	20	27	1.97
19782538--19782793	54	4.8	52	71	14	143	36	15	23	25	1.94
19790239--19790486	55	4.8	52	79	10	223	35	17	25	20	1.95
19790356--19790486	49	2.8	48	85	8	169	35	18	25	20	1.95
19795365--19795397	10	3.3	10	95	0	57	30	48	0	21	1.50
19801170--19801248	12	6.8	11	73	9	50	31	5	1	62	1.25
19801663--19801692	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
19801732--19801790	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
19803757--19803784	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19831867--19831977	49	2.2	50	85	1	143	31	24	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19832841--19832898	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
19833227--19833447	46	4.7	46	73	15	168	28	19	29	22	1.98
19833234--19833473	94	2.6	93	77	10	215	29	18	30	22	1.97
19836421--19836762	47	7.3	47	90	1	515	28	30	7	33	1.85
19845421--19845639	47	4.7	47	80	7	182	28	19	30	22	1.98
19845423--19845640	93	2.3	93	78	6	217	28	19	29	22	1.98
19852528--19852591	22	3.0	21	72	17	60	46	1	3	48	1.27
19854996--19855258	132	2.0	131	94	0	463	30	12	20	36	1.90
19858699--19858873	46	3.8	46	79	6	183	28	20	26	24	1.99
19858797--19858919	46	2.7	44	83	7	131	26	19	30	23	1.98
19860852--19861036	48	3.9	47	71	14	166	28	20	22	29	1.98
19860846--19861014	93	1.8	93	89	2	268	28	19	22	28	1.98
19870734--19870762	15	1.9	15	100	0	58	6	0	6	86	0.72
19876582--19876616	17	2.0	18	88	5	54	14	48	25	11	1.77
19878025--19878139	56	2.0	58	85	8	155	44	6	21	26	1.78
19886606--19886885	40	7.0	40	93	1	424	23	21	27	27	1.99
19889368--19889401	18	1.9	17	88	5	50	61	17	5	14	1.52
19893916--19894027	41	2.7	40	73	12	102	26	19	24	29	1.98
19896393--19896482	27	3.2	27	78	7	92	34	24	22	18	1.96
19896588--19896652	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
19905180--19905284	52	2.0	52	100	0	210	26	9	15	48	1.75
19907036--19907205	46	3.7	45	80	10	175	27	20	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19909042--19909126	42	2.0	44	81	4	102	23	22	27	27	1.99
19911081--19911111	11	2.8	11	100	0	62	58	6	16	19	1.59
19911491--19911528	13	2.8	13	85	14	51	84	2	2	10	0.83
19911490--19911534	21	2.2	20	84	11	56	80	4	2	13	0.97
19917218--19917353	51	2.7	51	75	6	141	38	6	12	41	1.69
19917980--19918022	5	8.8	5	85	14	63	16	0	2	81	0.79
19918670--19918709	6	6.7	6	82	0	53	77	5	2	15	1.04
19923617--19923662	18	2.6	18	85	0	65	32	26	28	13	1.93
19936039--19936146	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
19939757--19939964	67	3.2	64	76	10	197	32	16	28	22	1.96
19940259--19940413	28	5.6	27	74	11	136	29	15	29	25	1.96
19940265--19940420	54	2.8	55	85	4	217	30	16	28	25	1.96
19940259--19940438	56	3.2	56	83	4	240	28	17	28	25	1.97
19940343--19940446	28	3.7	28	81	7	113	28	21	26	23	1.99
19947157--19947264	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
19949947--19949987	10	4.2	10	87	3	57	24	0	2	73	0.96
19952250--19952303	27	2.0	27	100	0	108	33	14	22	29	1.94
19957714--19957746	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19957867--19957916	25	2.0	25	92	0	82	58	6	8	28	1.51
19961242--19961321	35	2.3	35	86	4	108	18	12	27	41	1.87
19962079--19962131	25	2.1	25	92	0	88	41	15	16	26	1.88
19962661--19962685	13	1.9	13	100	0	50	24	40	28	8	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19963847--19963942	25	3.9	25	76	1	86	36	20	22	19	1.95
19964025--19964096	26	2.8	26	81	8	85	38	18	23	19	1.93
19965037--19965065	13	2.2	13	100	0	58	13	13	0	72	1.13
19967346--19967649	49	6.4	49	89	6	473	29	9	32	28	1.88
19967351--19967628	89	3.0	89	90	6	421	29	8	32	28	1.88
19967400--19967649	138	1.8	138	96	0	464	28	9	32	29	1.88
19967373--19967659	89	3.1	90	83	11	368	30	8	31	29	1.86
19967751--19967835	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
19969652--19969896	40	6.1	40	95	0	346	28	20	26	24	1.99
19970069--19970232	29	5.7	29	95	0	292	26	15	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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