genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91172784--91172816	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
91174511--91175189	87	7.8	86	87	3	859	19	22	21	36	1.95
91174605--91175103	44	11.5	44	67	12	291	18	22	22	36	1.95
91175281--91175994	44	16.4	44	73	11	549	26	22	18	32	1.97
91175190--91175981	132	6.1	132	91	2	1262	26	23	17	32	1.97
91175203--91175953	387	1.9	387	93	0	1297	26	22	18	32	1.97
91175984--91176213	88	2.6	88	93	2	392	26	27	17	27	1.98
91176056--91176199	47	3.2	47	67	18	142	28	28	18	25	1.98
91178078--91178140	9	6.9	9	81	1	63	0	6	11	82	0.83
91182502--91182540	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
91182636--91182711	3	25.3	3	100	0	152	65	0	0	34	0.93
91186260--91186372	56	2.0	56	89	0	172	30	26	17	24	1.97
91202298--91202330	15	2.2	15	94	0	57	45	0	9	45	1.35
91209909--91210015	53	2.0	53	100	0	214	36	16	16	29	1.92
91211292--91211322	6	5.2	6	92	0	53	48	0	35	16	1.46
91211394--91211475	27	3.0	27	83	3	103	21	9	41	26	1.84
91213518--91213556	19	2.2	17	86	9	51	43	0	7	48	1.31
91213567--91213626	28	2.2	28	88	8	88	25	1	3	70	1.12
91213566--91213626	29	2.2	29	83	13	83	24	1	3	70	1.11
91218468--91218500	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
91218746--91218784	16	2.4	16	86	0	51	30	25	7	35	1.84
91221025--91221240	74	2.9	74	77	5	182	39	11	7	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91222282--91222567	27	10.6	27	84	0	313	40	19	8	31	1.81
91222282--91222542	54	4.8	54	87	1	380	40	19	7	31	1.80
91222282--91222640	81	4.4	80	80	2	344	39	20	8	31	1.82
91222275--91222542	107	2.5	107	90	2	403	39	20	7	32	1.81
91222282--91222676	27	14.7	27	77	7	286	39	20	8	31	1.82
91222660--91222809	27	5.6	27	93	0	237	34	20	21	23	1.97
91223254--91223318	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
91223477--91223578	27	3.8	27	81	5	89	19	22	20	37	1.95
91223476--91223578	54	1.9	53	84	2	134	20	22	20	36	1.95
91225474--91225512	21	2.0	20	90	10	62	28	15	20	35	1.93
91226601--91226645	22	2.0	22	86	0	63	40	15	28	15	1.88
91226628--91226670	22	2.0	22	85	0	59	44	13	27	13	1.83
91228407--91228526	57	2.1	58	87	4	172	28	20	5	45	1.74
91228538--91228564	10	2.7	10	100	0	54	11	11	7	70	1.34
91232674--91232785	43	2.6	42	80	5	127	33	14	23	29	1.94
91235244--91235403	49	3.3	49	93	1	270	32	7	30	30	1.85
91237590--91237664	38	2.0	38	84	5	98	32	18	25	24	1.97
91237718--91237878	40	4.1	40	90	0	252	24	21	29	24	1.99
91241606--91241863	49	5.3	49	95	0	457	31	7	30	30	1.86
91248729--91248771	22	2.0	21	86	4	59	20	72	0	6	1.08
91250148--91250253	49	2.2	49	83	6	126	25	16	27	31	1.96
91259733--91259795	11	5.6	11	78	16	51	12	6	3	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91263836--91263888	27	2.0	27	85	7	72	69	3	3	22	1.20
91263876--91264125	106	2.3	108	77	15	268	62	4	4	28	1.34
91263860--91264293	158	2.8	154	76	9	388	62	4	4	28	1.34
91263843--91264286	54	8.6	52	78	10	371	63	4	3	28	1.32
91263843--91264286	26	17.1	27	74	8	313	63	4	3	28	1.32
91264000--91264265	82	3.4	78	80	6	222	62	5	3	28	1.36
91265581--91265795	44	4.9	44	77	3	180	29	21	16	32	1.96
91265877--91266028	44	3.4	44	80	4	164	28	20	21	30	1.98
91270388--91270498	37	3.0	37	94	2	197	50	0	18	30	1.48
91277854--91277914	24	2.4	24	81	13	61	62	3	6	27	1.36
91277854--91278264	26	16.0	26	73	11	285	62	4	4	27	1.35
91277969--91278247	50	5.5	50	77	7	251	63	5	4	27	1.34
91277957--91278205	76	3.3	75	77	13	233	63	5	3	27	1.32
91277995--91278231	74	3.1	74	80	10	266	62	5	4	28	1.37
91278861--91278906	20	2.3	19	82	14	56	82	8	8	0	0.84
91280788--91280837	2	25.0	2	88	8	75	48	4	0	48	1.20
91281245--91281302	3	20.0	3	87	7	84	65	0	1	32	1.03
91281781--91281815	15	2.3	16	90	9	56	42	0	57	0	0.99
91283225--91283277	14	3.8	14	82	7	63	58	5	18	16	1.58
91283501--91283965	70	6.5	70	80	5	423	31	22	16	29	1.95
91302524--91302567	2	22.0	2	86	9	63	47	4	0	47	1.22
91302975--91303058	3	28.0	3	95	4	152	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91303536--91303570	15	2.3	16	90	9	56	42	0	57	0	0.99
91304936--91304966	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
91305516--91305732	45	5.0	45	80	6	234	23	17	26	32	1.97
91305658--91305754	41	2.4	41	78	8	103	25	18	27	27	1.98
91306801--91306834	14	2.4	14	85	5	50	41	0	14	44	1.45
91310017--91310047	3	10.3	3	92	0	53	3	0	29	67	1.06
91313142--91313170	14	2.0	15	93	6	51	82	0	3	13	0.79
91321637--91321681	18	2.4	19	85	3	65	77	4	4	13	1.07
91327282--91327336	23	2.5	21	82	8	56	72	5	5	16	1.22
91328397--91328468	30	2.4	30	90	0	108	11	26	36	26	1.90
91329131--91329191	25	2.4	25	89	5	88	36	24	18	21	1.95
91331475--91331521	21	2.2	21	88	0	67	51	2	0	46	1.13
91332723--91332757	12	2.8	13	91	8	63	37	14	0	48	1.44
91333037--91333137	47	2.1	47	83	3	123	31	24	20	22	1.98
91334336--91334400	28	2.7	23	76	21	69	4	23	1	70	1.14
91334906--91334948	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
91335856--91335932	37	2.1	36	87	4	109	31	31	6	31	1.83
91353128--91353184	22	2.6	21	89	8	87	26	22	10	40	1.86
91356097--91356128	11	2.9	11	100	0	64	15	0	28	56	1.40
91360284--91360325	19	2.2	19	87	8	59	23	21	14	40	1.90
91360999--91361028	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
91374444--91374540	50	1.9	50	93	4	169	40	13	38	8	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91378087--91378426	144	2.4	145	89	3	526	32	17	18	30	1.95
91378374--91378856	45	10.7	45	77	6	411	33	16	20	28	1.95
91378374--91378850	89	5.3	89	79	4	447	33	16	20	29	1.95
91378419--91378781	184	2.0	185	85	1	487	34	16	20	28	1.95
91388038--91388100	31	2.0	31	100	0	126	30	9	25	34	1.88
91390871--91390896	13	2.0	13	100	0	52	23	0	15	61	1.33
91391288--91391932	214	3.0	214	90	0	1031	29	24	13	32	1.93
91395951--91396234	137	2.1	137	96	0	523	33	24	16	25	1.96
91397887--91397912	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
91397937--91398172	41	5.8	41	92	2	381	32	22	23	21	1.98
91398294--91398377	7	11.4	7	72	9	51	26	0	25	48	1.51
91398302--91398347	21	2.2	21	92	0	74	26	0	26	47	1.52
91398323--91398385	32	2.0	32	93	0	108	26	0	28	44	1.55
91399426--91399534	37	2.9	37	83	5	148	13	48	11	25	1.77
91402962--91403002	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
91403251--91403358	43	2.5	42	92	4	180	23	21	27	27	1.99
91403677--91403786	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
91405144--91405183	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
91405893--91405922	12	2.5	12	94	0	51	10	13	26	50	1.73
91409350--91409448	23	4.3	23	89	2	137	33	7	24	35	1.82
91409450--91409493	23	1.9	23	100	0	88	34	9	20	36	1.84
91409368--91409530	84	2.0	83	79	10	181	31	7	22	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91409532--91409598	31	2.2	31	86	5	91	32	5	23	37	1.79
91409561--91410438	23	38.3	23	75	10	674	31	6	24	37	1.81
91409350--91410438	206	5.3	198	76	13	840	31	6	24	37	1.82
91409991--91410438	183	2.4	183	96	0	826	31	6	24	38	1.81
91409561--91410321	229	3.3	229	92	1	1177	31	6	24	37	1.82
91411265--91411487	43	5.2	43	86	5	292	24	29	18	26	1.98
91411946--91411975	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
91412797--91412841	22	2.1	22	84	8	58	53	2	0	44	1.13
91412861--91412902	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
91412865--91412901	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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