genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24271739--24271765	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24272509--24272726	40	5.4	40	81	3	197	26	20	25	27	1.99
24272519--24272726	80	2.6	79	82	5	231	25	21	25	26	1.99
24286210--24286279	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
24289221--24289290	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
24291760--24291802	18	2.4	18	80	3	52	23	2	16	58	1.50
24292260--24292308	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
24295823--24295940	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24295791--24295954	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24306502--24306597	48	2.0	48	100	0	192	39	10	18	31	1.85
24307824--24307955	45	2.9	46	84	5	160	24	22	18	34	1.97
24307832--24307955	23	5.4	22	79	12	126	24	22	18	34	1.96
24308178--24308231	20	2.8	20	80	2	56	38	11	14	35	1.82
24308570--24308662	3	31.0	3	100	0	186	66	0	0	33	0.92
24310459--24310511	28	1.9	27	88	3	79	24	26	20	28	1.99
24310601--24310656	20	2.9	19	78	2	58	35	23	14	26	1.93
24317008--24317215	40	5.2	40	80	7	226	25	22	25	25	2.00
24317008--24317194	79	2.3	81	81	8	220	25	22	25	26	2.00
24317065--24317229	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	2.00
24319027--24319095	27	2.5	27	86	11	88	31	26	14	27	1.95
24326822--24326891	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
24329360--24329402	18	2.4	18	80	3	52	23	2	16	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24329860--24329908	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
24333422--24333539	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24333390--24333553	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24343170--24343278	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
24343428--24343751	48	6.7	50	83	7	341	29	27	8	35	1.85
24343483--24343915	47	9.1	46	80	8	347	27	27	9	34	1.89
24343442--24343884	143	3.1	143	78	8	490	27	27	9	34	1.89
24343428--24343804	193	1.9	193	86	4	526	28	27	8	35	1.87
24356421--24356588	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
24358855--24358932	37	2.1	37	95	2	140	38	25	5	30	1.78
24370464--24370631	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
24376667--24376833	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
24384654--24384820	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
24392790--24392888	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
24402985--24403015	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
24403536--24403624	43	2.1	42	89	2	133	31	29	13	25	1.94
24403605--24403674	27	2.6	27	88	0	104	24	32	11	31	1.91
24413459--24413632	49	3.6	47	82	9	174	25	17	31	25	1.97
24419145--24419347	110	1.9	109	84	7	277	50	20	2	26	1.60
24424465--24424524	30	2.0	29	84	9	77	51	5	10	33	1.57
24434267--24434336	22	3.2	21	77	18	63	47	0	2	50	1.16
24434853--24434963	55	2.0	55	85	3	152	27	10	14	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24435015--24435056	21	2.0	21	90	0	66	33	11	19	35	1.88
24435643--24435725	41	2.0	41	100	0	166	37	4	21	36	1.75
24437088--24437220	54	2.5	54	82	11	166	33	12	24	30	1.92
24440211--24440260	24	2.1	24	100	0	100	14	28	28	30	1.95
24440173--24440299	63	2.0	64	93	1	220	21	30	22	25	1.98
24440235--24440312	39	2.0	39	97	0	147	24	30	19	25	1.98
24448100--24448280	39	4.7	40	84	6	178	22	31	22	23	1.98
24448130--24448288	39	4.2	39	87	7	236	23	32	20	23	1.98
24449793--24449945	77	2.0	77	97	0	288	22	22	18	36	1.95
24451272--24451314	21	2.0	21	82	8	52	69	11	9	9	1.36
24455032--24455204	50	3.6	50	77	5	151	25	28	17	27	1.98
24462691--24462854	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24462691--24462888	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24470273--24470436	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24470273--24470470	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24472343--24472398	29	1.9	29	100	0	112	37	7	23	32	1.82
24473160--24473326	46	3.6	45	75	10	158	25	30	16	27	1.97
24473649--24473696	23	2.1	23	100	0	96	35	20	4	39	1.72
24478647--24478701	19	3.1	17	80	12	65	43	10	20	25	1.84
24478647--24478698	17	2.9	17	83	10	68	44	11	19	25	1.84
24484028--24484076	21	2.3	20	89	6	71	26	24	32	16	1.96
24485218--24485339	46	2.6	46	80	6	120	22	30	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24492771--24492943	46	3.7	46	79	9	190	21	28	20	28	1.98
24496849--24496889	18	2.3	18	86	0	55	41	12	7	39	1.70
24502606--24502787	39	4.6	39	88	0	238	23	31	21	23	1.98
24502636--24502788	39	3.9	39	92	0	243	24	32	20	23	1.98
24510016--24510197	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
24510046--24510198	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
24513463--24513488	12	2.2	12	100	0	52	57	15	7	19	1.62
24518924--24519075	39	3.9	39	94	0	250	23	21	31	23	1.98
24542711--24542762	23	2.3	23	84	15	65	21	7	3	67	1.32
24544103--24544129	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24544175--24544235	17	3.8	16	72	12	54	34	14	0	50	1.43
24552014--24552192	48	3.7	48	75	5	175	28	17	26	26	1.98
24551997--24552192	96	2.0	96	90	3	306	28	18	26	27	1.98
24558752--24558786	16	2.2	16	100	0	70	28	8	5	57	1.52
24559474--24559758	48	5.9	48	76	6	256	27	16	28	28	1.97
24559474--24559753	96	2.9	96	90	1	427	27	16	28	28	1.97
24559472--24559753	144	2.0	144	80	2	325	27	15	28	28	1.97
24563725--24563929	85	2.4	85	80	8	211	35	23	14	26	1.94
24563725--24563929	43	4.8	43	76	9	177	35	23	14	26	1.94
24572089--24572207	47	2.5	47	86	2	150	31	32	15	19	1.93
24577665--24577756	44	2.1	45	93	2	159	23	18	25	32	1.97
24583196--24583240	17	2.5	17	85	7	54	2	28	2	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24583559--24583588	10	3.0	10	100	0	60	60	0	0	40	0.97
24585715--24585748	15	2.3	15	94	0	59	52	11	11	23	1.70
24599060--24599097	19	2.0	19	100	0	76	15	10	21	52	1.72
24601110--24601147	19	2.0	19	100	0	76	52	0	15	31	1.43
24606257--24606298	18	2.3	18	87	4	57	45	2	0	52	1.13
24609218--24609256	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
24612190--24612243	26	2.1	26	100	0	108	44	16	14	24	1.85
24623977--24624036	27	2.2	27	90	0	93	30	21	13	35	1.92
24624334--24624401	34	2.0	34	82	5	84	29	17	23	29	1.97
24628309--24628370	31	2.0	31	100	0	124	29	22	19	29	1.98
24633046--24633236	40	4.8	40	83	8	228	23	27	25	24	2.00
24637510--24637542	10	3.0	11	91	8	50	36	24	3	36	1.71
24642645--24642944	49	6.1	49	96	0	537	34	9	27	29	1.88
24652761--24652912	40	3.8	40	82	5	182	28	27	20	23	1.99
24656839--24656871	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
24663584--24663709	43	2.9	43	83	0	117	33	25	15	26	1.95
24676432--24676524	43	2.2	43	92	0	159	34	26	13	24	1.93
24676432--24676541	43	2.5	42	85	5	123	34	27	12	25	1.92
24679714--24679804	45	2.0	45	91	0	146	25	13	24	37	1.91
24685916--24686079	37	4.5	37	83	5	199	39	30	12	17	1.86
24688329--24688730	27	14.9	27	80	5	231	37	21	8	32	1.84
24688476--24688722	54	4.6	53	80	4	262	40	21	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24688490--24688724	81	2.9	80	88	1	319	41	21	8	28	1.82
24688858--24688958	27	3.7	27	82	10	91	36	22	20	19	1.95
24690452--24690627	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
24690448--24690619	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
24692518--24692653	52	2.7	51	92	5	215	29	20	22	27	1.98
24692518--24692647	26	5.1	26	84	1	167	30	20	20	28	1.98
24692859--24692929	31	2.3	31	95	0	124	30	16	22	29	1.96
24695708--24695777	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
24695708--24695789	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
24698165--24698533	27	13.7	27	78	6	221	38	21	8	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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